1. Cálculo de las propiedades electrostáticas de RNA proporcionan nuevos conocimientos
sobre las interacciones y funciones moleculares.
Integrantes:
Alex Mauricio Báez
John Andrés Ochoa
Santiago A. Tamayo

2. • La ecuación no lineal de Poisson-Boltzmann se utiliza para obtener los potenciales
electrostáticos de las moléculas de ARN en términos de contornos isopotenciales y superficiale
• Ambas representaciones tienen características, como:
• "cavidades" dentro de los contornos isopotenciales y áreas de mayor potencial negativo sobre
superficies moleculares en regiones importantes, demostrando que las propiedades
electrostáticas juegan un papel clave en el reconocimiento de ARN.
Dos objetivos son fundamentales para examinar los vínculos entre la forma estructural y la
función electrostática del ARN.
• En primer lugar, los contornos potenciales electrostáticos que rodean las estructuras de ARN se
visualizan y se describen para entender la base electrostática para la asociación entre dos
moléculas de ARN o dominios de ARN.
• En segundo lugar, los potenciales de superficie se calculan para identificar heterogeneidades, o
parches de potencial positivo y negativo lo que nos sirve para determinar si hay patrones
únicos que conducen a sitios de asociación de iones de metal (u otros tipos de reconocimiento
molecular).
• Debido a la alta densidad de carga de los ácidos nucleicos, se requiere usar NLPB (ecuación de
Poisson-Boltzmann no lineal) para proporcionar descripciones precisas de efectos
electrostáticos en otros sistemas de ácido nucleico., en lugar de la ecuación linealizada (LPB)
que ha sido generalmente adecuada para la mayoría de las proteínas. Los resultados son
propensos a ofrecer una descripción realista de los potenciales electrostáticos.

3. Resultados y discusión
• Revelaron que las superficies de las proteínas están cubiertas con distintos
parches de potencial electrostático.
• A diferencia de las proteínas, los ácidos nucleicos contienen sólo residuos de
carga negativa, por lo que no se generan regiones de distinto potencial
electrostático.
Prueba de los parámetros utilizados en los cálculos de la electrostática
Los potenciales electrostáticos tRNAphe se calcularon y se compararon con los
cálculos anteriores sobre el mismo sistema donde ambos conjuntos de cálculos
adoptan una estructura que posee sentido.
Para determinar si las propiedades electrostáticas de giros en U son generales,
los contornos isopotenciales se calcularon a partir de una estructura típica de
un tetralopodo GAAA revelando un gran agujero potencial sobre la segunda
base del bucle.

4. • Dado que las cargas parciales tienen un efecto sobre la electrostática, dos
conjuntos diferentes de cargas fueron aplicadas en los cálculos de la
estructura tetraloop GAAA revelando que sólo hay pequeñas diferencias en
los resultados calculados.
• Con el fin de probar la sensibilidad las cargas se colocan sólo en los fosfatos
del tetralopodo. Esto se traduce en la desaparición del agujero potencial en -
1,0--2,0 niveles de contorno kT / e.
• La cavidad se puede ver en los niveles negativos del contorno isopotencial,
indicando que la
• Las grandes variaciones en la constante dieléctrica interior tienen efectos
significativos en los resultados de los cálculos electrostáticos generales. Si se
aumenta la constante dieléctrica interior, el tamaño de los agujeros
potenciales disminuye pero, los resultados son básicamente independientes
del valor exacto asignado a la constante dieléctrica interior.