Trabajo de puntos extra

1. El NCBI es parte de la Biblioteca
Nacional de Medicina de Estados
Unidos, una rama de los Institutos
Nacionales de Salud.
Almacena y actualiza información referente a secuencias genómicas
en GenBank, un índice de artículos científicos en PubMed, una
recopilación de enfermedades genéticas, además de otros datos
biotecnológicos de relevancia en diversas bases de datos (1).
Las secuencias son gratis,
sin embargo, no todas son
de calidad
Tiene un formato para
organizar la información,
sin embargo, no es
necesario seguirlo
Incluye secuencias de
ARNm con regiones
codificantes, ADN
genómico-
correspondientes a uno o
varios genes y ARN
ribosómico
Proteinas
Proteinas
Proteinas
-Protein (Secuencias de aa para
-Protein (Secuencias de aa para
-Protein (Secuencias de aa para
proteinas)
proteinas)
proteinas)
-Conserved Domains CDD
-Conserved Domains CDD
-Conserved Domains CDD
(Regiones/Dominios conservados)
(Regiones/Dominios conservados)
(Regiones/Dominios conservados)
-Protein Family Models (Modelos de
-Protein Family Models (Modelos de
-Protein Family Models (Modelos de
proteinas homologas con funciones en
proteinas homologas con funciones en
proteinas homologas con funciones en
común)
común)
común)
Universidad Autónoma de Nuevo León.
Facultad de Ciencias Biológicas.
Bioinformática.
¿Qué es el National Center for
Biotechnology Information?
base de datos de
Genbank
ventajas y desventajas
base de datos Refseq
Refseq (Reference Sequence). Base
de datos de nucleótidos mantenida
por el NCBI.
Es una base de datos secundaria, que
contiene una colección de secuencias de
ADN, ARN y proteínas mantenida y revisada.
No redundancia
Vinculo explicito entre secuencias de nucleótidos y su equivalente de secuencias de proteínas
(aminoácidos)
Actualizaciones constantes que reflejan el conocimiento actual de datos de secuencias y
biología
Validación de datos y consistencia de formato
Números de acceso característicos para cada tipo de molécula
Constante curación por parte del equipo de NCBI y colaboradores, con indicación explicita de
registros validados y actualizados.
Está diseñada para
proporcionar y fomentar el
acceso dentro de la
comunidad científica a la
información de secuencias
de ADN más actualizada y
completa. Por lo tanto,
NCBI no impone
restricciones sobre el uso o
la distribución de los datos
de GenBank.
Bibliografía
1) Rubén Cañedo Andalia, Roberto Rodríguez Labrada & Yaimeé Vázquez Mojena. (2009). Centro Nacional para la Información
Biotecnológica de los Estados Unidos: un palacio de la información para la medicina molecular. ACIMED, 19(4), 0.
Bioinformatics at COMAV (no date) Bases de datos biológicas - Bioinformatics at COMAV 0.1 documentation. Universidad Politecnica de
Valencia. Available at: https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/bases_datos.html (Accessed: November 30, 2022).
NCBI staff (no date) About refseq, National Center for Biotechnology Information. U.S. National Library of Medicine. Available at:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/about/.
Genes:
Genes:
Genes:
-Gene (Genes)
-Gene (Genes)
-Gene (Genes)
-HomoloGene (Genes homologos por organismo)
-HomoloGene (Genes homologos por organismo)
-HomoloGene (Genes homologos por organismo)
-PopSet (Conjuntos de secuencias por
-PopSet (Conjuntos de secuencias por
-PopSet (Conjuntos de secuencias por
poblaciones o ramas filogeneticas)
poblaciones o ramas filogeneticas)
poblaciones o ramas filogeneticas)
Clinicos:
-ClinicalTrials.gov (Estudios clinicos publicos o
privados de todo el mundo)
-GTR (Registro de pruebas geneticas)
-MedGen (Literatura de genomica humana)
Pubchem
-Substances (Información de
substancias y quimicos)
-Pathways (Rutas moleculares con
links a genes, proteinas y/o
substancias)
Genomas:
-Nucleotide (Secuencias de ARN o
ADN)
-Genome (Proyectos de
secuenciación por organismo)
-Taxonomy (Taxonomia, clasificación
y nomenclatura de organismos)
-Assembly (Información de
ensamblaje de genomas)
-BioProject (Proyectos biologicos
que aportan datos a la NCBI)
bases de datos
Maestro:
Juan Antonio Gallegos López
Integrantes:
Angel Daniel Hernández González - 1923675
Sofia Montserrat Ocaña Bolado - 1904765
César Humberto Moya Treviño - 2075745