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Haplotipos del gen de la β-globina en pacientes
con anemia falciforme y su incidencia en la
República Dominicana.

Carlos Fdo Vergara Castillo Esp,
MSc, PhD(c)
Este proyecto fue desarrollado en el
Instituto de Innovación en
Biotecnología e Industria (IIBI)




     Hace parte de las investigaciones
      financiadas por el Ministerio de
       Educación Superior, Ciencia y
    Tecnología, a través del FONDOCYT.
Herencia de la anemia falciforme

http://www.google.com.do/imgres?q=sickl
e+cell+anemia&hl
Estructura proteica de la hemoglobina




        http://www.ornl.gov/sci/techresources/H
        uman_Genome/posters/chromosome/hbb
        .shtml
http://www.britannica.com/EBchecked/media/160694/The-distribution-of-malaria-and-the-distribution-of-sickle-
cell
Numero de pacientes muestreados por ciudad.
         Cuidad                      Hospitales               No. pacientes muestreados




     Santo Domingo                  Luis E. Aybar                        144

                                  Robert Reid Cabral

        Santiago               José María Cabral y Báez                  61

         La Vega                     Murillo King                        19

 San Francisco de Macorís        San Vicente de Paul                     14




         Higuey             Nuestra Señora de la Altagracia              11




          Total                                                         249
Fase de laboratorio

    ▫ Toma de muestra y Extracción de
      ADN
      Tarjetas Watman FTA
      Frotis bucal.


  • Análisis SNP basado en PCR.
A
        A



        T
        A


            517pb

267pb
        T
        A



        A
        A
Gel de agarosa al 2%. Confirmación de diagnostico de pacientes falcémicos y
portadores. Se observa claramente la separación de los fragmentos de 517
pb y de 267 pb, lo que permite identificar individuos homocigotos y
heterocigotos para la mutación.
Restricción enzimática
                                                               Dirección    Posición
   Enzimas de restricción           Secuencias de marcadores

         HindII 5' a ε            5' TCTCTGTTTGATGACAAATTC         f       18652–18672

                                 5' AGTCATTGGTCAAGGCTGACC          r       19391–19411


        XmnI 5' a Gγ             5' AACTGTTGCTTTATAGGATTTT         f       33862–33883

                                5' AGGAGCTTATTGATAACCTCAGAC        r       34495–34518


  HindIII dentro de IVS II Gγ   5' AGTGCTGCAAGAAGAACAACTACC        f       35677–35700

                                5' CTCTGCATCATGGGCAGTGAGCTC        r       35981–36004


  HindIII dentro de IVS II Aγ     5' ATGCTGCTAATGCTTCATTAC         f       40357–40377

                                 5' TCATGTGTGATCTCTCAGCAG          r       40971–40991


        HindII 3' a ψβ          5' GTACTCATACTTTAAGTCCTAACT        f       49559–49582

                                5' TAAGCAAGATTATTTCTGGTCTCT        r       50448–50471


   AvaII dentro de IVS II β     5' GTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGG        f       62416–62439

                                5' TTCGTCTGTTTCCCATTCTAAACT        r       62720–62743
Mapa de restriccion de cluster del gen de
B-globina




  Ubicación de las seis regiones de restricción para cuatro enzimas
  del cluster del gen de la beta-globina.ddd
Gel de agarosa al 2% donde se muestra el corte enzimático para un grupo de
pacientes con HindII para ε.
Haplotipo     Configuración de corte
Árabe-indio   (+ + + - + +)
Benín         (- - - - + +)
Camerún       (+ + + - + +)
Senegal       (- + + - + +)
Bantú-CAR     (- - + - - +)
Bantú A1      (- - - - - +)
Bantú A2      (+ - - - - +)
Bantú A2a     (+ - - - - -)
Bantú A4      (- + + - + -)
Bantú A6      (- - + + - +)
Sitios de restricción

Haplotipos    ε     γG      γA        ψβ       3´ψβ     5´β   N       %



Árabe-indio   +      +      +          -            +   +     8      7.55



Benín         -      -       -         -            +   +     31     29.2

Bantú-CAR     -      -      +          -            -   +     1      0.943



Bantú A1      -      -       -         -            -   +     18     17.0

Bantú A2      +      -       -         -            -   +     8      7.55

Bantú A4      -      +      +          -            +    -    1      0.943

Bantú A6      -      -      +         +             -   +     3      2.83

Camerún       -      -      +         +             +   +     7       6.6

Senegal       -      +      +          -            +   +     9      8.49

Atípico 13    -      -      +          -            +   +     20     18.9


Definición de haplotipos y frecuencias haplotípicas significativas
1            2          3         4         5

     1        0.00000

     2        0.10803      0.00000

     3        -0.03019     0.01633    0.00000

     4        0.00331      -0.01276   -0.05820   0.00000

     5        0.02321      0.09831    -0.06108   0.04715   0.00000



Cálculo FST poblacional.
Distancia genética de Reynolds, Weir y Cockerham
                1          2          3          4          5
    1        -0.00000
    2        0.11432    -0.00000
    3           0        0.01646   -0.00000
    4        0.00331       0          0       -0.00000
    5        0.02348     0.10348      0       0.04829    -0.00000




Distancia genética de Slatkin.
                1          2         3          4          5
    1        0.00000
    2        0.12111    0.00000
    3           0       0.01660    0.00000
    4        0.00332       0         0        0.00000
    5        0.02376    0.10902      0        0.04948    0.00000
Representación haplotípica en el continente africano (Tomado de Rodriguez y
col, 1998)
Haplotipos
    Población       N     Bantú-CAR        Benín   Senegal   Camerún     Otros
                    207      31*             31       9         7        0.0
 Rep. Dominicana1
                    20      60.0            10.0    30.0       0.0       0.0
 Afro-Brasileños2
                    42       54.8           45.2     0.0       0.0       0.0
    Salvador3
                    160      48.2           45.6     0.6       0.0       5.6
    Salvador 4
                    61       11.5           49.2     13.1      13.1      13.1
     Canadá5
                    371      19.1           55.3     15.1      3.5       7.0
      U.S.5
                    244      9.8            75.4     2.9       2.1       9.8
    Jamaica6
                    77       29.9           53.2     2.6       2.6       11.7
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                    92       55.5           34.8     4.3       5.4       0.0
    Colombia13


Distribución de frecuencias haplotípicas en las Américas (Tomado de Cardoso y col,
2006).
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Haplotipos β globina anemia falciforme 2013

  • 1. Haplotipos del gen de la β-globina en pacientes con anemia falciforme y su incidencia en la República Dominicana. Carlos Fdo Vergara Castillo Esp, MSc, PhD(c)
  • 2. Este proyecto fue desarrollado en el Instituto de Innovación en Biotecnología e Industria (IIBI) Hace parte de las investigaciones financiadas por el Ministerio de Educación Superior, Ciencia y Tecnología, a través del FONDOCYT.
  • 3. Herencia de la anemia falciforme http://www.google.com.do/imgres?q=sickl e+cell+anemia&hl
  • 4. Estructura proteica de la hemoglobina http://www.ornl.gov/sci/techresources/H uman_Genome/posters/chromosome/hbb .shtml
  • 5.
  • 7. Numero de pacientes muestreados por ciudad. Cuidad Hospitales No. pacientes muestreados Santo Domingo Luis E. Aybar 144 Robert Reid Cabral Santiago José María Cabral y Báez 61 La Vega Murillo King 19 San Francisco de Macorís San Vicente de Paul 14 Higuey Nuestra Señora de la Altagracia 11 Total 249
  • 8.
  • 9. Fase de laboratorio ▫ Toma de muestra y Extracción de ADN  Tarjetas Watman FTA  Frotis bucal. • Análisis SNP basado en PCR.
  • 10.
  • 11. A A T A 517pb 267pb T A A A
  • 12. Gel de agarosa al 2%. Confirmación de diagnostico de pacientes falcémicos y portadores. Se observa claramente la separación de los fragmentos de 517 pb y de 267 pb, lo que permite identificar individuos homocigotos y heterocigotos para la mutación.
  • 13. Restricción enzimática Dirección Posición Enzimas de restricción Secuencias de marcadores HindII 5' a ε 5' TCTCTGTTTGATGACAAATTC f 18652–18672 5' AGTCATTGGTCAAGGCTGACC r 19391–19411 XmnI 5' a Gγ 5' AACTGTTGCTTTATAGGATTTT f 33862–33883 5' AGGAGCTTATTGATAACCTCAGAC r 34495–34518 HindIII dentro de IVS II Gγ 5' AGTGCTGCAAGAAGAACAACTACC f 35677–35700 5' CTCTGCATCATGGGCAGTGAGCTC r 35981–36004 HindIII dentro de IVS II Aγ 5' ATGCTGCTAATGCTTCATTAC f 40357–40377 5' TCATGTGTGATCTCTCAGCAG r 40971–40991 HindII 3' a ψβ 5' GTACTCATACTTTAAGTCCTAACT f 49559–49582 5' TAAGCAAGATTATTTCTGGTCTCT r 50448–50471 AvaII dentro de IVS II β 5' GTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGG f 62416–62439 5' TTCGTCTGTTTCCCATTCTAAACT r 62720–62743
  • 14. Mapa de restriccion de cluster del gen de B-globina Ubicación de las seis regiones de restricción para cuatro enzimas del cluster del gen de la beta-globina.ddd
  • 15. Gel de agarosa al 2% donde se muestra el corte enzimático para un grupo de pacientes con HindII para ε.
  • 16. Haplotipo Configuración de corte Árabe-indio (+ + + - + +) Benín (- - - - + +) Camerún (+ + + - + +) Senegal (- + + - + +) Bantú-CAR (- - + - - +) Bantú A1 (- - - - - +) Bantú A2 (+ - - - - +) Bantú A2a (+ - - - - -) Bantú A4 (- + + - + -) Bantú A6 (- - + + - +)
  • 17. Sitios de restricción Haplotipos ε γG γA ψβ 3´ψβ 5´β N % Árabe-indio + + + - + + 8 7.55 Benín - - - - + + 31 29.2 Bantú-CAR - - + - - + 1 0.943 Bantú A1 - - - - - + 18 17.0 Bantú A2 + - - - - + 8 7.55 Bantú A4 - + + - + - 1 0.943 Bantú A6 - - + + - + 3 2.83 Camerún - - + + + + 7 6.6 Senegal - + + - + + 9 8.49 Atípico 13 - - + - + + 20 18.9 Definición de haplotipos y frecuencias haplotípicas significativas
  • 18. 1 2 3 4 5 1 0.00000 2 0.10803 0.00000 3 -0.03019 0.01633 0.00000 4 0.00331 -0.01276 -0.05820 0.00000 5 0.02321 0.09831 -0.06108 0.04715 0.00000 Cálculo FST poblacional.
  • 19. Distancia genética de Reynolds, Weir y Cockerham 1 2 3 4 5 1 -0.00000 2 0.11432 -0.00000 3 0 0.01646 -0.00000 4 0.00331 0 0 -0.00000 5 0.02348 0.10348 0 0.04829 -0.00000 Distancia genética de Slatkin. 1 2 3 4 5 1 0.00000 2 0.12111 0.00000 3 0 0.01660 0.00000 4 0.00332 0 0 0.00000 5 0.02376 0.10902 0 0.04948 0.00000
  • 20. Representación haplotípica en el continente africano (Tomado de Rodriguez y col, 1998)
  • 21. Haplotipos Población N Bantú-CAR Benín Senegal Camerún Otros 207 31* 31 9 7 0.0 Rep. Dominicana1 20 60.0 10.0 30.0 0.0 0.0 Afro-Brasileños2 42 54.8 45.2 0.0 0.0 0.0 Salvador3 160 48.2 45.6 0.6 0.0 5.6 Salvador 4 61 11.5 49.2 13.1 13.1 13.1 Canadá5 371 19.1 55.3 15.1 3.5 7.0 U.S.5 244 9.8 75.4 2.9 2.1 9.8 Jamaica6 77 29.9 53.2 2.6 2.6 11.7 Surinam5 252 11.5 77.0 8.7 2.8 0.0 Guadalupe7 198 41.0 51.0 8.0 0.0 0.0 Cuba8 37 78.8 18.2 0.0 0.0 3.0 México9 176 32.4 51.1 14.2 2.3 0.0 Venezuela10 90 43.4 51.1 3.3 0.0 2.2 Venezuela11 42 50.0 35.7 2.4 0.0 11.9 Venezuela12 92 55.5 34.8 4.3 5.4 0.0 Colombia13 Distribución de frecuencias haplotípicas en las Américas (Tomado de Cardoso y col, 2006).
  • 22. A ustedes, por su amable atención