Análisis cienciométrico de líneas en biología sintética, elementos emergentes, elementos singulares.

1. Un vistazo de Techmining de 10 minutos sobre 13.000 + artículos JCR
publicados WoS 2019
Mayo 2019
Panorama de la investigación: tendencias
v.11

2. Tres definiciones:
“Designing and constructing biological modules, biological systems,
and biological machines or, re-design of existing biological systems
for useful purposes". Nakano T, Eckford AW, Haraguchi T (12 September 2013). Molecular
Communication. Cambridge University Press. ISBN 978-1-107-02308-6.
“The artificial design and engineering of biological systems and
living organisms for purposes of improving applications for industry
or biological research.” Osbourn AE, O'Maille PE, Rosser SJ, Lindsey K (November 2012). "Synthetic
biology. 4th New Phytologist Workshop, Bristol, UK, June 2012". The New Phytologist. 196 (3): 671–7.
“The design and construction of novel artificial biological pathways,
organisms or devices, or the redesign of existing natural biological
systems” https://royalsociety.org/~/media/Royal_Society.../synthetic-biology/CallForViews.pdf

3. Otra definición indica que se diseñan o rediseñan los
organismos para:
1. Procesar información,
2. Manipular elementos químicos,
3. Fabricar materiales y estructuras,
4. Producir energía,
5. Proporcionar alimento, y
6. Mantener y mejorar la salud humana y la del
entorno.
Chopra, Paras; Akhil Kamma. "Engineering life through Synthetic Biology". In Silico Biology. 6.

4. Todos conocemos los OGM, organismos genéticamente
modificados, alimentos modificados, ¿Cuál es la diferencia
ahora?

5. En este sentido, Drew Endy nos recuerda, cuál es la diferencia
entre Ingeniería Genética y Biología Sintética
Ingeniería Genética:
• Recombinant DNA,
• PCR
• Automated DNA Sequence Últimos 30 años !

6. En este sentido Drew Endy nos recuerda, cuál es la diferencia
entre Ingeniería Genética y Biología Sintética
Ingeniería Genética:
• Recombinant DNA,
• PCR,
• Automated DNA Sequence
Biología Sintética incluye IG, pero además considera
cómo lo haces :
• Automated construction (DNA synthesis),
• Standards,
• Abstraction

7. Hacemos un análisis Techmining con 13.000+ artículos sobre la
biología sintética, pero no para ver quién más publica sobre ese
término, o en qué año se publicó mas sobre biología sintética, NO.
Queremos saber quiénes se dedican a rediseñar microorganismos,
quiénes hacen lo propio con proteínas o genes, quiénes proponen
estándares, o quiénes buscan mejorar la salud o producir energía.
Para esto es necesario limpiar duplicados, agrupar términos,
desambiguar instituciones y autores, procesar mediante lógica difusa
y machine learning, los términos dentro de los abstracts o entre las
palabras clave, crear indicadores. Techmining en resumen.
Con VantagePoint afortunadamente, esto es sencillo sin dejar de
ser riguroso.

8. Engineered living systems
Engineered components
Health Applications
Standarization processes
Energy applications
Mathematical methods
Agriculture applicatons
Food processing applications
0
50
100
150
200
250
300
350
400
450
500
2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016 2017 2018
Engineered living systems
Engineered components
Health Applications
Standarization processes
Energy applications
Mathematical methods
Agriculture applicatons
Food processing applications
El diseño y rediseño de microorganismos son los campos más activos así como
los métodos de estandarización que van creciendo

9. Distribución de las publicaciones
por países

10. Los trabajos seminales en biología sintética: los más citados
RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9 ; Mali, Prashant / Harvard Univ /
USA
(3645 times cited)
Drug Discovery and Natural Products: End of an Era or an Endless Frontier? ; Li, Jesse
W -H / Univ Alberta / Canada (1014 times cited)
Comparing Photosynthetic and Photovoltaic Efficiencies and Recognizing the Potential
for Improvement; Blankenship, Robert E / Washington Univ / USA (726 times cited)
High-level semi-synthetic production of the potent antimalarial artemisinin; Paddon, C J
/ Amyris Inc / USA (679 times cited)
Dynamic DNA nanotechnology using strand-displacement reactions ; Zhang, David Yu
/ Harvard Univ / USA (678 times cited)
How antibiotics kill bacteria: from targets to networks ; Kohanski, Michael A / Boston
Univ / USA (636 times cited)

11. 0
20
40
60
80
100
120
140
160
180
200
MIT
Chinese Acad Sci
Univ Calif Berkeley
Swiss Fed Inst Technol
Univ Washington
Univ Illinois
Univ Manchester
Harvard Univ
Univ Edinburgh
Tianjin Univ
Medida indirecta de la calidad de la investigación
nº citations average Nº of articles

12. Veamos los elementos emergentes
basados en:
• Novedad
• Persistencia en el período
• Comunidad que trabaja detrás
• Crecimiento
NO tienen porqué coincidir con los que más publican. A la
izquierda de las tablas siguientes, está el número de publicaciones Source:wonderopolis.org

13. ¿Cuáles son
los términos
emergentes
?
Términos factor emergente
Términos emergentes

14. Instituciones emergentes
Institución factor emergente

15. TF-iDF nos permite
extraer de más de 13.000
abstracts, aquellos
términos con mayor
presencia pero a la vez
más unívocos en cada
documento
Lógicamente los términos ADN,
bacteria, enzimas, levaduras, etc, se
refieren a modificados ‘engineered’
# Records Abstract terms
TF-IDF
values
963engineered protein 35,79
864bioengineered Escherichia coli 34,06
632metabolic engineering 30,84
470metabolic pathways 30,2
434bacteria 29,89
434enzymes 30,13
431gene expression 30,69
361genome 28,65
350DNA 29,03
283strains 28,54
261yeast 27,98
252microorganisms 26,29
251biosynthetic pathways 26,49
243living cells 25,35
218systems biology 25,36
207biofuels 26,41
201networks 26,08
161genetic circuits 23,6
182Saccharomyces cerevisiae 22,56

16. ¿Quiénes se dedican a
diseñar o rediseñar
microorganismos?
Source: medicalnewstoday

17. ¿Quiénes lideran en
el trabajo de
modificar
diferentes
microorganismos
de forma
estandarizada y
abstrayendo
métodos
Microorganismos
modificados
Instituciones

18. ¿Quiénes se dedican a
diseñar componentes
biológicos?

19. ¿Quiénes lideran
en el trabajo de
modificar un
elemento de
microrganismos
de forma
estandarizada y
abstrayendo
métodos
Elementos
modificados
Instituciones

20. ¿Quiénes aplican la BS a
la mejora de la salud?

21. ¿Quiénes diseñan microorganismos, proteínas, péptidos, levaduras, genes, enzimas, ARN, etc. para el tratamiento
de enfermedades, en particular el cáncer ?
¿Cuáles son sus
autores?

22. ¿Qué se usa para la
generación de energía?

24. ¿ Qué elementos o
microorganismos se concentran en
la aplicación a la energía ?
Source: alcheton

25. Un super perfil aplicado a microorganismos en la generación de energía

26. En este indicador sobre
aplicaciones de
energía, podemos ver p.
ej. cómo el CSIC tiene
menos colaboración pero
más temática variada por
ejemplo, que la Universidad
de Tianjin y que la
Universidad de Oxford.

27. Source: Asian Science Magazine
Métodos matemáticos

28. Algunos de los que desarrollan métodos mátematicos en
la BS

29. Estandarización
en BS

30. ¿Quiénes
trabajan en
estándares?

31. Para saber más por favor contactar con
vicentegomila@gmail.com
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Dr Jose M Vicente-Gomila