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nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016
Artículo Técnico
Andrés Zornoza
Universitat Politècnica
de Valéncia, Instituto
Universitario de Ingeniería
del Agua y Medio
Ambiente (IIAMA)
Verónica Romera
Universitat Politècnica
de Valéncia, Instituto
Universitario de Ingeniería
del Agua y Medio
Ambiente (IIAMA)
Marta Lledías
Universitat Politècnica
de Valéncia, Instituto
Universitario de Ingeniería
del Agua y Medio
Ambiente (IIAMA)
José Luis Alonso
Universitat Politècnica
de Valéncia, Instituto
Universitario de Ingeniería
del Agua y Medio
Ambiente (IIAMA)
Microscopía convencional vs. FISH:
identificación de bacterias
filamentosas tipo 021N de Eikelboom
y grupo Thiothrix nivea en fangos activos
El crecimiento excesivo de bacterias filamentosas en fangos activos origina problemas de explotación
en las estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR). Por ello, su correcta identificación y
cuantificación es primordial en el control del proceso de las EDAR. Algunas bacterias filamentosas
que pertenecen a la clase Gammaproteobacteria son muy comunes y abundantes en las EDAR
urbanas e industriales, como por ejemplo las bacterias pertenecientes al género Thiothrix. Debido a
la escasa especificidad de la microscopía convencional, se pueden producir, en algunas ocasiones,
errores en la identificación y cuantificación de las bacterias filamentosas. Por ello, el objetivo de este
estudio fue comparar la abundancia de las bacterias pertenecientes al grupo Thiothrix nivea y tipo
021N de Eikelboom obtenida con la microscopía convencional y la técnica de hibridación in situ con
sondas marcadas con fluoróforos (FISH) en muestras procedentes de cuatro EDAR. Los resultados
obtenidos han permitido establecer que existen diferencias significativas al comparar los resultados
de identificación y cuantificación entre ambas técnicas. Además, la técnica FISH reveló diferencias
en la dinámica poblacional de T. nivea y T. fructosivorans al asociarse ambos microorganismos con
diferentes variables ambientales.
Palabras clave
EDAR, fangos activos, bacterias filamentosas, Thiothrix, tipo 021N, BIO-ENV.
Conventional microscopy versus FISH: identification of filamentous
Eikelboom type 021N bacteria and Thiothrix nivea group in activated sludge
Excessive growth of filamentous bacteria in activated sludge wastewater treatment plants (WWTP)
causes serious operational problems. Therefore, their identification and quantification is essential in
the process control. Some filamentous bacteria that belong to the class Gammaproteobacteria are
very common and abundant in urban and industrial WWTP, as for example the filamentous bacteria
belong to the genus Thiothrix. Due to the low specificity of conventional microscopy, occasionally may
produce errors in the identification and quantification of filamentous bacteria.Therefore,the aim of this
study was to compare the abundance of filamentous Eikelboom type 021N bacteria and Thiothix nivea
group obtained by conventional microscopy and fluorescence in situ hybridization using 16S rRNA-
targeted oligonucleotides (FISH) in samples from four WWTP. The results have established that there
are significant differences when comparing the results of identification and quantification between
both techniques. Besides, the FISH technique revealed differences in the population dynamics of T.
nivea and T. fructosivorans to correlate both microorganisms with different environmental variables.
Keywords
WWTP, activated sludge, filamentous bacteria, Thiothrix, type 021N, BIO-ENV.
Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos
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1. Introducción
Las bacterias filamentosas son mi-
croorganismos habituales, junto con
protistas y metazoos, de la microbio-
ta de las estaciones depuradoras de
aguas residuales (EDAR), relaciona-
das con la degradación de la materia
orgánica y que desempeñan un pa-
pel esencial en la formación flocular
(Madoni et al., 2000). Una presencia
moderada de filamentos contribuye
a una buena formación del flóculo,
así como a la captura y al atrapa-
miento de pequeñas partículas du-
rante la sedimentación del fango ac-
tivo, generando un efluente tratado
de mayor calidad. La proliferación
excesiva de bacterias filamentosas
puede originar serios problemas de
separación del fango activo en el
clarificador secundario (Eikelboom,
2000; Jenkins et al., 2004; Tandoi et
al., 2006). Estos problemas pueden
ser clasificados en dos grandes gru-
pos, que pueden aparecer de forma
separada o conjunta: esponjamiento
o bulking y espumación o foaming
(Figura 1), siendo por ello esencial
la correcta identificación de las bac-
terias filamentosas presentes en el
fango activo.
El sistema de identificación con-
vencional para los microorganis-
mos filamentosos más frecuentes
en fangos activos fue publicado por
Eikelboom en 1975. Posteriormen-
te, Eikelboom y van Buijsen (1983)
y Jenkins et al. (1993) desarrollaron
unas claves de identificación dicotó-
micas a partir de una serie de carac-
terísticas morfológicas y reactivas a
las tinciones diferenciales clásicas,
entre ellas Gram y Neisser. De esta
forma, las bacterias filamentosas
fueron agrupadas bajo caracterís-
ticas comunes, estableciéndose su
denominación con un código de
cuatro cifras precedido por la de-
nominación 'tipo o morfotipo' y en
algunos casos a nivel de género. Las
versiones más actualizadas de Eike-
lboom (2000, 2006) y Jenkins et al.
(2004) son una modificación de las
claves de identificación propuestas
por Eikelboom y van Buijsen (1983),
donde se recogen las bacterias fila-
mentosas más frecuentes en fangos
activos. Sin embargo, debido a que
una misma especie puede mostrar
polimorfismo o diferentes especies
parecer iguales morfológicamente,
actualmente solo unos pocos mi-
croorganismos filamentosos pueden
ser identificados de forma fiable a
partir del sistema de identificación
convencional, los cuales incluyen
principalmente Candidatus ‘Mi-
crothrix parvicella’ y nocardioformes.
En este sentido, algunos estudios
han demostrado las limitaciones de
la técnica convencional en la identi-
ficación de los morfotipos filamen-
tosos 0803, 0914 y 0092 (Andújar
et al., 2013) y bacterias Nostocoida
limicola en fangos activos (Calvo et
al., 2016).
Con el desarrollo de métodos mo-
leculares de cultivo independiente,
el conocimiento sobre la dinámica
poblacional de microorganismos
filamentosos y otras poblaciones
bacterianas características de fan-
gos activos ha aumentado de forma
considerable en la última década. Su
aplicación, especialmente la técnica
de hibridación in situ con sondas
16S/23S rDNA marcadas con fluoró-
foros (FISH), ha permitido esclarecer
la posición taxonómica de numero-
sas bacterias del fango activo, que
anteriormente se identificaban agru-
pándose en morfotipos a través del
uso de la microscopía convencional,
diseñándose sondas para muchas
de estas bacterias (Kragelund et al.,
2009; Alonso et al., 2009; Nielsen et
al., 2009). Tanto la técnica conven-
cional como la técnica FISH presen-
tan ventajas y limitaciones, las cuales
se encuentran discutidas en algunos
trabajos de investigación (Andújar et
al., 2013; Calvo et al., 2016).
Figura 1. Problemas de separación del fango activo: episodio de bulking (izquierda) y episodio de foaming (derecha).
Artículo Técnico
66
nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016
y Thiothrix, así como las tres subdi-
visiones del grupo 021N represen-
tadas por T. disciformis (grupo I), T.
eikelboomii (grupo II) y T. flexilis (gru-
po III) (Aruga et al., 2002). Las ca-
racterísticas morfológicas empleadas
para la identificación convencional
de bacterias Thiothrix y tipo 021N en
fangos activos han mostrado cierta
confusión y escasa unificación en los
últimos manuales publicados (Eike-
lboom, 2000, 2006; Jenkins et al.,
2004). Eikelboom (2000) propone la
agrupación de Thiothrix I y II (Eike-
boom y van Buijsen, 1983) como
Thiothrix (0,5-1,5 µm de diámetro)
(Figura 2a), mientras que Jenkins
et al. (2004) describe a Thiothrix I
(1,6-2,5 µm) y Thiothrix II (0,8-1,4
µm de diámetro). Eikelboom (2006)
propone cinco morfotipos para las
bacterias Thiothrix: Thiothrix-1 (in-
cluye Thiothrix-3 y 5 de Eikelboom
y Geurkink, 2002), Thiothrix-2, Thio-
thrix-4, Thiothrix-5 y Thiothrix-6.
Contrariamente, las características
morfológicas y respuesta a las tin-
ciones diferenciales clásicas resumi-
das en los diferentes manuales para
la identificación del morfotipo 021N
(Figura 2b) son similares.
Los estudios de ecología en EDAR a
escala real que relacionan las pobla-
ciones de bacterias filamentosas con
las variables operacionales y fisicoquí-
micas de explotación tienen especial
interés para el avance en el control y
cluye T. nivea, T. unzii y T. fructosi-
vorans, muestra el 88,3-92,0% de
similaridad de la secuencia del gen
16S rRNA con el grupo tipo 021N de
Eikelboom, el cual incluye T. discifor-
mis, T. eikelboomii y T. flexilis.
La especie Thiothrix defluvii se en-
cuentra estrechamente relacionada
a nivel filogenético con los aislados
T. flexilis del grupo tipo 021N de
Eikelboom, con un 96,8-97,1% de
similaridad de la secuencia del gen
16S rRNA. Sin embargo, dicha espe-
cie no ha sido considerada miembro
del grupo tipo 021N de Eikelboom
(Aruga et al., 2002). Los nombres
‘Thiothrix ramosa’ (perteneciente al
grupo Thiothrix nivea) y ‘Thiothrix
arctophila’ no han sido validados
y el aislado CT3 no corresponde a
una especie en concreto (Tandoi et
al., 1994), siendo todavía incierta su
posición taxonómica (Unz y Head,
2005). Los últimos estudios sobre es-
pecies aisladas del género Thiothrix,
en este caso a partir de manantiales
de aguas sulfurosas, proponen como
nuevas especies: Thiothrix caldifontis
sp. nov. y Thiothrix lacustris sp. nov.,
ambas estrechamente relacionadas
con Thiothrix fructosivorans (Cher-
nousova et al., 2009).
Las dos sondas FISH originales
diseñadas para identificar bacterias
Thiothrix y tipo 021N han sido ahora
suplementadas por otras para la de-
tección de todas las bacterias 021N
1.1. Bacterias filamentosas
del grupo Thiothrix nivea y
tipo 021N en fangos activos
El género Thiothrix pertenece a la
familia Thiothrichaceae dentro de la
clase Gammaproteobacteria (Cole et
al., 2005), e incluye un grupo impor-
tante de bacterias que oxidan com-
puestos reducidos del azufre en fan-
gos activos (Eikelboom y van Buijsen,
1983; Jenkins et al., 1993). Las dis-
tintas especies del género Thiothrix
han sido encontradas en innumera-
bles hábitats, desde aguas naturales
que contienen sulfuros (Jones et al.,
1982; McGlannan y Makemson,
1990; Brigmon et al., 1994b), sis-
temas de irrigación (Ford y Tucker,
1975), hasta sistemas de fangos ac-
tivos en plantas de tratamiento de
aguas residuales, donde su presencia
excesiva origina episodios de bulking
(Eikelboom, 1975; Williams y Unz,
1985b, 1989; Brigmon et al., 1994a;
Tandoi et al., 1994; Wagner et al.,
1994). La implicación del género
Thiothrix en episodios de bulking ha
dado lugar al estudio de su fisiolo-
gía (Richard et al., 1985; Williams y
Unz, 1985a, b; Tandoi et al., 1994),
estructura (Williams et al., 1987;
Brigmon et al., 1994b), crecimien-
to (Williams y Unz, 1989) y relación
con metales pesados (Shuttleworth y
Unz, 1991, 1993).
Desde la primera descripción de
Thiothrix sp. por Winogradsky en
1888 (Larkin, 1989), han sido re-
conocidas siete especies y algunos
estudios han centrado sus objetivos
en resolver en detalle su filogenia
(Howarth et al., 1999; Kanagawa et
al., 2000; Aruga et al., 2002). Según
los datos filogenéticos, las especies
de Thiothrix han sido divididas en
dos grupos principales (Aruga et
al., 2002): el grupo Thiothrix nivea
y el grupo tipo 021N de Eikelboom.
El grupo Thiothrix nivea, el cual in-
Figura 2. Bacterias Thiothrix y tipo 021N: (a) roseta de Thiothrix; contraste
de fases, 400x; (b) Tipo 021N; contraste de fases, 1000x.
a b
Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos
67
www.tecnoaqua.es
men de oxidación total con elimina-
ción de nitrógeno mediante alter-
nancia de zonas anóxicas y óxicas,
así como control del sistema de
aireación por lógica difusa. Caudal
medio anual: 19.089 m3/día. Po-
blación servida: 45.152 habitantes
equivalentes.
- EDAR Castellón. Proceso Lud-
zack-Ettinger modificado de flujo en
pistón con dos líneas de tratamiento
en paralelo y sin recirculación inter-
na. Caudal medio anual línea 1: 21
837 m3/día. Caudal medio anual
línea 2: 12.320 m3/día. Población
servida: 193.773 habitantes equiva-
lentes.
La frecuencia del muestreo fue
quincenal, desde diciembre de 2008
hasta diciembre de 2009, proce-
sando un total de 140 muestras de
fango activo tomadas a la salida del
reactor biológico. Todas las muestra
recogidas se fijaron y permeabiliza-
ron previamente con paraformalde-
hído (PFA) y etanol (EtOH) para la
posterior identificación de bacterias
Gram negativas del género Thio-
thrix, siguiendo el protocolo detalla-
do por Alonso et al. (2009).
optimización de los procesos bioló-
gicos. La calidad de los resultados
de estos estudios comienza induda-
blemente con una taxonomía firme
basada en una elevada especificidad,
como por ejemplo, la que ofrece ac-
tualmente la técnica FISH para la de-
tección y posterior cuantificación de
los microorganismos filamentosos.
El uso de la técnica convencional se
encuentra todavía muy extendido
en el control rutinario de las EDAR,
dando lugar a posibles errores en la
identificación y cuantificación de di-
chos organismos debido a su escasa
especificidad, y por tanto, generan-
do confusión entre responsables de
planta respecto a la bacteria de la
cual se está discutiendo.
El objetivo del presente estudio
fue comparar la abundancia de
bacterias del grupo Thiothrix nivea
y del tipo 021N de Eikelboom, uti-
lizando ambas técnicas. Para ello,
fueron analizadas muestras de fan-
gos activos de cuatro EDAR durante
un año, mientras que las relaciones
entre variables de control del proce-
so y microorganismos filamentosos
fueron exploradas a partir de rutinas
estadísticas multivariantes.
2. Material y métodos
2.1. Toma de muestras
Las muestras de fango activo proce-
sadas han sido tomadas en cuatro
EDAR situadas en la Comunidad
Valenciana (España): Cuenca del
Carraixet (CX), Quart Benàger (QB),
Denia-Ondara-Pedreguer (DE) y Cas-
tellón (CT), cuyas características se
describen a continuación:
- EDAR Cuenca del Carraixet. Pro-
ceso Ludzack-Ettinger modificado
de flujo en pistón con dos líneas de
tratamiento en paralelo y sin recircu-
lación interna. Caudal medio anual
línea A+B: w15.784 m3/día. Caudal
medio anual línea C+D: 23.677 m3/
día. Población servida: 178.080 ha-
bitantes equivalentes.
- EDAR Quart Benàger. Proceso
Ludzack-Ettinger modificado de
mezcla completa con eliminación de
nitrógeno mediante aireación inter-
mitente y sin recirculación interna.
Caudal medio anual: 35.023 m3/día.
Población servida: 166.942 habitan-
tes equivalentes.
- EDAR Dénia-Ondara-Pedreguer.
Sistema de fangos activos en régi-
TablA 1
Sondas empleadas para la identificación de las bacterias thiothrix y 021n. Nota: 1 Concentración óptima de formamida; 2
Competidora para TNI (45% formamida) y TFR (35% formamida).
Morfotipo Sonda Secuencia (5´-3´) % FA1
Especificidad Referencia
Thiothrix y 021N G123T CCTTCCGATCTCTATGCA 40 Thiothrix spp. Kanagawa et al. (2000)
Thiothrix y 021N cG123T CCTTCCGATCTTCTACGCA 40 Competidora G123T Kanagawa et al. (2000)
021N G1B TGTGTTCGAGTTCCTTGC 30 T.disciformis Kanagawa et al. (2000)
021N G2M GCACCACCGACCCCTTAG 35 T. eikelbomii Kanagawa et al. (2000)
021N G3M CTCAGGGATTCCTGCCAT 30 T. flexilis Kanagawa et al. (2000)
Thiothrix TNI CTCCTCTCCCACATTCTA 45 T. nivea, T. unzii Wagner et al. (1994)
Thiothrix TFR CTCCTCTCCCACACTCTA 35 T. fructosivorans, T. ramosa Kim et al. (2002)
Thiothrix cTNI y TFR TCCCTCTCCCACATTCTA 45/352
Competidora TNI y TFR Kim et al. (2002)
Artículo Técnico
68
nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016
2.2. Identificación y
cuantificación de las
bacterias filamentosas
En la Tabla 1 se muestran las son-
das 16S rDNA utilizadas en la técni-
ca FISH para la identificación de las
diferentes bacterias Thiothrix y tipo
021N. Todas las sondas se encuen-
tran marcadas con el fluoróforo TA-
MRA en el extremo 5'. Para la identi-
ficación convencional de Thiothrix se
han utilizado las claves propuestas
por Eikelboom (2000), mientras que
para el morfotipo 021N se han em-
pleado las propuestas por Eikelboom
(2000) y Jenkins et al. (2004).
Las muestras fijadas se inmovili-
zaron en portaobjetos de vidrio con
máscara de teflón y se deshidrataron
3 minutos en soluciones seriadas de
etanol al 50%, 80% y 100%, res-
pectivamente. La hibridación se rea-
lizó durante 2 horas a 46 ºC en el
tampón de hibridación con la con-
centración de formamida correspon-
diente a cada sonda, según las refe-
rencias especificadas en la Tabla 1.
Seguidamente se realizó un lavado
a 48 ºC durante 15 minutos en tam-
pón de lavado con la concentración
de cloruro sódico correspondiente a
cada concentración de formamida.
Las muestras hibridadas se observa-
ron con microscopía de epifluores-
cencia con un equipo Olympus BX
50. Una vez identificadas las bacte-
rias a partir de la técnica convencio-
nal y FISH, se estimó la abundancia
de cada una de ellas a partir del ín-
dice de filamentos (IF) propuesto por
Eikelboom (2000).
2.3. Variables de control
del proceso biológico
Las variables carga másica (CM),
edad del fango (EF) y tiempo de
retención hidráulico en el reactor
(TRHr) y en el decantador secunda-
rio (TRHds) han sido determinadas
a partir de Tchobanoglous et al.
(2003), mientras que las variables
sólidos en suspensión del licor mez-
cla (SSLM), índice volumétrico de
fango (IVF) y temperatura en el reac-
tor (Tªr) han sido facilitadas por las
empresas de explotación (Tabla 2).
2.4. Análisis de los datos
La clasificación de los microorganis-
mos filamentosos y su relación con
las variables ambientales se realizó
a partir de las rutinas multivariantes
disponibles en el paquete estadístico
PRIMER v7 (Clarke y Gorley, 2015)
y PERMANOVA+ para PRIMER (An-
derson et al., 2008). La clasificación
de los microorganismos filamento-
sos, así como el total de los mues-
treos a partir de sus abundancias,
se exploró a partir de un análisis de
agrupamiento (clúster), empleando
el método de promedio no pon-
derado de pares de grupos (Field
et al., 1982) y gráfico de trazado
sombreado (shade plot). Se aplicó
la transformación raíz cuadrada de
la matriz biótica con el fin de pon-
derar lo suficiente el efecto de los
microorganismos muy abundantes
respecto a los poco abundantes, así
como el índice de Bray-Curtis para
generar la matriz distancia (Bray y
Curtis, 1957). Por último, el análisis
BIO-ENV se aplicó para identificar las
variables ambientales que más con-
tribuyeron a las diferencias entre las
comunidades de microorganismos
filamentosos. La matriz de similitud
de variables ambientales se obtuvo
con distancia euclidiana normalizada
y con estandarización.
3. Resultados y discusión
Las sondas moleculares utilizadas en
la técnica FISH hibridaron positiva-
mente con las siguientes bacterias
TablA 2
Media, desviación estándar (DE) y rango de las variables de control del proceso biológico
Parámetros Unidades
EDAR QB EDAR CX EDAR DN EDAR CT
Media +/- DE Rango Media +/- DE Rango Media +/- DE Rango Media +/- DE Rango
CM
kg DBO5/kg
SSLVM.d
0,20 +/- 0,09 0,08 - 0,47 0,29 +/- 0,10 0,12 - 0,43 0,09 +/- 0,02 0,03 - 0,12 0,28 +/- 0,11 0,13 - 0,62
TRHr horas 17,0 +/- 2,0 14 - 22 6,4 +/- 0,4 5,3 - 6,9 14,9 +/- 1,9 12 - 19 5,5 +/- 0,5 4,7 - 6,3
TRHds horas 5,8 +/- 1,5 3,8 - 8,4 9,2 +/- 0,6 7,3 -9,9 6,5 +/- 1,0 5,1 - 8,2 4,9 +/- 0,5 4,2 - 6,3
EF días 10,8 +/-5,7 5,2 - 29 7,5 +/- 5,2 3,3 - 22 17,2 +/- 5,4 10 - 35 8,4 +/- 5,9 5,9 - 31
Tªr ºC 21,3 +/- 3,7 14 - 29 20,2 +/- 3,5 15 - 27 18,5 +/- 4,2 11 - 26 22,0 +/- 4,0 15 - 29
SSLM mg/L 2.460 +/- 386 1.790 - 3.120 1.938 +/- 549 1.100 - 2.980 3.225 +/- 290 2.500 - 3.780 4.055 +/- 1.048 2.460 - 6.800
IVF mL/g 119 +/- 27 59 - 167 131 +/- 60 76 - 286 109 +/- 15 85 - 140 109 +/- 29 64 - 160
Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos
69
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lamentosos se observaron abundan-
tes gránulos de azufre in situ en los
filamentos de T. nivea (Figura 3d),
mientras que no fue así en el caso
de T. fructosivorans (Figura 3f).
Por todo ello, las observaciones pa-
recen estar de acuerdo con los re-
sultados obtenidos por los autores
citados anteriormente. Así mismo,
no constan trabajos anteriores que
hayan documentado la presencia de
T. fructosivorans en fangos activos
procedentes de instalaciones a esca-
la real, no siendo detectada de for-
ma significativa en algunos estudios
empleando sondas FISH para la de-
tección de Thiothrix sp. (Kim et al.,
2002). Contrariamente, T. eikeboo-
mii mostró una baja frecuencia de
aparición y baja abundancia, siendo
mayor en el caso del biorreactor QB.
El análisis clúster entre variables
biológicas ha permitido explorar la
similitud entre las distintas bacterias
identificadas mediante la técnica
Los resultados de la abundancia
de microorganismos filamentosos
pertenecientes a los grupos 021N y
Thiothrix nivea mostraron en general
bajos valores, siendo los mayores los
observados en los biorreactores QB y
DN, cuyas muestras presentaron los
porcentajes más elevados de simili-
tud en el análisis clúster (Figura 4).
Los resultados indican que las pobla-
ciones de T. nivea y T. fructosivorans
no parecen mostrarse codominantes
en las muestras de los biorreacto-
res, siendo abundantes en QB y DN,
respectivamente. Algunos autores
señalan que T. nivea requiere para
su crecimiento compuestos inorgá-
nicos reducidos del azufre, mientras
que T. fructosivorans no siempre los
requiere (Larkin y Shinabarger, 1983;
Williams y Unz, 1985a; Howarth et
al., 1999).
Durante la identificación conven-
cional y valoración de la abundancia
de los distintos microorganismos fi-
pertenecientes al grupo Thiothrix
nivea: T. fructosivorans (Figuras
3e y f) y T. nivea (Figuras 3c y d),
mientras que aquellas pertenecien-
tes al grupo tipo 021N de Eikelboom
lo hicieron solo con T. eikelboomii
(grupo II) (Figura 3a y b). T. disci-
formis (grupo I) y T. flexilis (grupo
III) no se encontraron presentes en
ninguna de las muestras procesadas.
El diámetro celular observado en T.
fructosivorans fue aproximadamen-
te de 2,5 µm, encontrándose dentro
del intervalo 1,2-2,5 µm documen-
tado por algunos autores (Howarth
et al., 1999), mientras que los fila-
mentos T. nivea y T. eikelboomii lo
hicieron dentro del intervalo 1,0-1,5
µm (Larkin y Shinabarger, 1983) y
1,0-3,0 µm (Howarth et al., 1999),
respectivamente. La sonda G123T,
específica del género Thiothrix, fue
empleada para monitorizar todos
los microorganismos filamentosos
pertenecientes a dicho género.
Figura 3. Bacterias del género Thiothrix hibridando positivamente con sondas 16S rDNA: (a) señal positiva sonda G2M
(T. eikelboomii), epifluorescéncia, 1000x; (b) mismo campo imagen anterior, contraste de fases, 1000x; (c) señal positiva sonda
TNI (T. nivea), epifluorescéncia, 1000x.; (d) T. nivea, contraste de fases, 1000x.; (e) señal positiva sonda TFR (T. fructosivorans),
epifluorescéncia, 1000x.; y (f) T. fructosivorans, contraste de fases, 1000x.
ba c
ed f
Artículo Técnico
70
nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016
FISH y el método convencional (Fi-
gura 4). Los resultados indican que
el mayor porcentaje de similitud se
observó entre T. nivea y el morfotipo
Thiothrix (68%), y no tanto con T.
fructosivorans, lo cual indica que la
identificación y cuantificación con-
vencional en las muestras estudia-
das parece no considerar parte de
la abundancia de esta última. Ello
podría ser debido a la posición pre-
ferentemente intraflocular de algu-
nos filamentos de T. fructosivorans
y respuesta negativa a las tinciones
de Gram y Neisser, lo cual ha podido
infravalorar su abundancia.
Los resultados del análisis clúster
también han revelado la elevada
disimilitud entre el morfotipo 021N
y T. eikelboomii, lo cual indica que
la identificación convencional no
se corresponde con la obtenida a
partir de la técnica FISH. Dicho des-
viación podría ser debida al núme-
ro elevado de muestras con valores
bajos del IF y al poliformismo que
puede mostrar el morfotipo 021N
(Eikelboom, 2000; Jenkins et al.,
2004), identificándose bacterias
Thiothrix como tipo 021N, tal cual
ha sido observado en experimen-
tos realizados por algunos autores
(Nielsen et al., 1998).
La rutina multivariante BIO-ENV ha
permitido establecer las semejanzas
y diferencias entre microorganismos
filamentosos a partir de su relación
con algunas de las variables más uti-
lizadas en el control de explotación
de las EDAR (Tabla 3). Dicha tabla
muestra las tres combinaciones de
variables que mejor explicaron la di-
námica poblacional de bacterias del
grupo T. nivea y tipo 021N de Eike-
lboom. Los coeficientes de correla-
ción de Spearman representados
indican la variable ambiental que
más se relaciona con cada uno de
los distintos microorganismos.
Figura 4. Dendograma ilustrando la abundancia (IF) de los microrganismos
filamentosos y los resultados del análisis clúster cruzado mostrando la similitud
entre variables biológicas y entre muestras, según el factor biorreactor.
TablA 3
REsultados de la rutina BIO-ENV. Nota: * Método convencional.
B. Filamentosa Nº Var. Corr. Selección
Thiothrix
1 0,24 TRHr
2 0,28 TRHr, Tªr
3 0,30 TRHr, Tªr, TRHds
Grupo T. nivea
1 0,13 CM
2 0,12 SSLM, IVF
3 0,13 TRHr, Tªr, TRHds
T. nivea
1 0,29 TRHr
2 0,31 TRHr, TRHds
3 0,31 TRHds, CM, TRHr
T. fructosivorans
1 0,11 CM
2 0,10 SSLM, IVF
3 0,10 EF, SSLM, IVF
Tipo 021 N*
1 0,08 EF
2 0,08 Tªr, EF
3 0,08 Tªr, ED, TRHds
T. eikelboomii
1 0,12 SSLM
2 0,12 SSLM, TRHr
3 0,12 SSLM, TRHr, TRHds
Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos
71
www.tecnoaqua.es
Los resultados obtenidos a par-
tir de dicha rutina corroboran las
conclusiones alcanzadas en el
análisis clúster. La identificación
convencional de Thiothrix parece
corresponderse más con T. nivea,
puesto que ambas se relación con
el TRHr.
En cambio, T. fructosivorans pa-
rece mostrar una influencia distin-
ta a T. nivea, asociándose más con
la CM. Por esta razón, el grupo T.
nivea, que engloba a ambas espe-
cies, ha mostrado un coeficiente de
correlación inferior. En el caso del
morfotipo 021N, los resultados de
la rutina BIO-ENV también corrobo-
ran las diferencias encontradas con
T. eikelboomii en el análisis clúster,
asociándose el primero con la EF y
el segundo con la concentración de
SSLM.
Según los resultados obtenidos,
la identificación de bacterias Thio-
thrix y tipo 021N de Eikelboom
mediante microscopía convencio-
nal durante episodios de bulking
filamentoso podría mostrarse am-
bigua y confusa en el intercambio
de experiencias entre responsables
de planta, pudiendo conducir erró-
neamente a la toma decisiones para
su control.
Sin embargo, la elevada especi-
ficidad que ofrece la identificación
mediante la técnica FISH permitirá
al responsable de planta conocer
con una elevada especificidad el
organismo causante del episodio,
y por lo tanto, acceder a los últi-
mos conocimientos sobre su eco-
fisiología in situ con el fin de to-
mar las decisiones más acertadas.
Dicha forma de proceder ofrecerá
mayores posibilidades de éxito en
el control de los microorganismos
filamentosos sin comprometer la
sostenibilidad de la instalación y la
eficiencia energética.
4. Conclusiones
Las observaciones sobre la identifica-
ción y cuantificación de bacterias del
grupo Thiothrix nivea y tipo 021N de
Eikelboom indican que:
- La identificación de ambos gru-
pos de bacterias filamentosas a par-
tir del método convencional no es
comparable con la obtenida a partir
de la técnica FISH y, por lo tanto, el
empleo exclusivo del primero ofrece
resultados cuestionables respecto a
la bacteria la cual se está discutien-
do, así como su relación con las va-
riables ambientales de las EDAR.
- La técnica FISH ha revelado di-
ferencias en la dinámica poblacional
de T. nivea y T. fructosivorans al aso-
ciarse ambos microorganismos con
diferentes variables ambientales,
siendo, por tanto, una técnica válida
para la monitorización biológica an-
te episodios de bulking filamentoso.
5. AGRADECIMIENTOS
Este estudio forma parte del proyec-
to de investigación 'Estudio integra-
do del proceso de fangos activos',
financiado por la Entidad Pública de
Saneamiento de Aguas Residuales
de la Comunidad Valenciana (EP-
SAR). Se agradece la colaboración
de las empresas de explotación AV-
SA-EGEVASA, DAM, FACSA y OMS-
SACEDE.
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72
nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016
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»» La identificación de bacterias Thiothrix y
tipo 021N de Eikelboom mediante microscopía
convencional durante episodios de bulking
filamentoso podría mostrarse ambigua y confusa
en el intercambio de experiencias entre
responsables de planta, pudiendo conducir
erróneamente a la toma decisiones para su
control. Sin embargo, la elevada especificidad
que ofrece la identificación mediante la técnica
FISH permitirá al responsable de planta conocer con
una elevada especificidad el organismo causante
del episodio y, por lo tanto, acceder a los últimos
conocimientos sobre su ecofisiología in situ con
el fin de tomar las decisiones más acertadas

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2016 - Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos

  • 1. 64 nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016 Artículo Técnico Andrés Zornoza Universitat Politècnica de Valéncia, Instituto Universitario de Ingeniería del Agua y Medio Ambiente (IIAMA) Verónica Romera Universitat Politècnica de Valéncia, Instituto Universitario de Ingeniería del Agua y Medio Ambiente (IIAMA) Marta Lledías Universitat Politècnica de Valéncia, Instituto Universitario de Ingeniería del Agua y Medio Ambiente (IIAMA) José Luis Alonso Universitat Politècnica de Valéncia, Instituto Universitario de Ingeniería del Agua y Medio Ambiente (IIAMA) Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos El crecimiento excesivo de bacterias filamentosas en fangos activos origina problemas de explotación en las estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR). Por ello, su correcta identificación y cuantificación es primordial en el control del proceso de las EDAR. Algunas bacterias filamentosas que pertenecen a la clase Gammaproteobacteria son muy comunes y abundantes en las EDAR urbanas e industriales, como por ejemplo las bacterias pertenecientes al género Thiothrix. Debido a la escasa especificidad de la microscopía convencional, se pueden producir, en algunas ocasiones, errores en la identificación y cuantificación de las bacterias filamentosas. Por ello, el objetivo de este estudio fue comparar la abundancia de las bacterias pertenecientes al grupo Thiothrix nivea y tipo 021N de Eikelboom obtenida con la microscopía convencional y la técnica de hibridación in situ con sondas marcadas con fluoróforos (FISH) en muestras procedentes de cuatro EDAR. Los resultados obtenidos han permitido establecer que existen diferencias significativas al comparar los resultados de identificación y cuantificación entre ambas técnicas. Además, la técnica FISH reveló diferencias en la dinámica poblacional de T. nivea y T. fructosivorans al asociarse ambos microorganismos con diferentes variables ambientales. Palabras clave EDAR, fangos activos, bacterias filamentosas, Thiothrix, tipo 021N, BIO-ENV. Conventional microscopy versus FISH: identification of filamentous Eikelboom type 021N bacteria and Thiothrix nivea group in activated sludge Excessive growth of filamentous bacteria in activated sludge wastewater treatment plants (WWTP) causes serious operational problems. Therefore, their identification and quantification is essential in the process control. Some filamentous bacteria that belong to the class Gammaproteobacteria are very common and abundant in urban and industrial WWTP, as for example the filamentous bacteria belong to the genus Thiothrix. Due to the low specificity of conventional microscopy, occasionally may produce errors in the identification and quantification of filamentous bacteria.Therefore,the aim of this study was to compare the abundance of filamentous Eikelboom type 021N bacteria and Thiothix nivea group obtained by conventional microscopy and fluorescence in situ hybridization using 16S rRNA- targeted oligonucleotides (FISH) in samples from four WWTP. The results have established that there are significant differences when comparing the results of identification and quantification between both techniques. Besides, the FISH technique revealed differences in the population dynamics of T. nivea and T. fructosivorans to correlate both microorganisms with different environmental variables. Keywords WWTP, activated sludge, filamentous bacteria, Thiothrix, type 021N, BIO-ENV.
  • 2. Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos 65 www.tecnoaqua.es 1. Introducción Las bacterias filamentosas son mi- croorganismos habituales, junto con protistas y metazoos, de la microbio- ta de las estaciones depuradoras de aguas residuales (EDAR), relaciona- das con la degradación de la materia orgánica y que desempeñan un pa- pel esencial en la formación flocular (Madoni et al., 2000). Una presencia moderada de filamentos contribuye a una buena formación del flóculo, así como a la captura y al atrapa- miento de pequeñas partículas du- rante la sedimentación del fango ac- tivo, generando un efluente tratado de mayor calidad. La proliferación excesiva de bacterias filamentosas puede originar serios problemas de separación del fango activo en el clarificador secundario (Eikelboom, 2000; Jenkins et al., 2004; Tandoi et al., 2006). Estos problemas pueden ser clasificados en dos grandes gru- pos, que pueden aparecer de forma separada o conjunta: esponjamiento o bulking y espumación o foaming (Figura 1), siendo por ello esencial la correcta identificación de las bac- terias filamentosas presentes en el fango activo. El sistema de identificación con- vencional para los microorganis- mos filamentosos más frecuentes en fangos activos fue publicado por Eikelboom en 1975. Posteriormen- te, Eikelboom y van Buijsen (1983) y Jenkins et al. (1993) desarrollaron unas claves de identificación dicotó- micas a partir de una serie de carac- terísticas morfológicas y reactivas a las tinciones diferenciales clásicas, entre ellas Gram y Neisser. De esta forma, las bacterias filamentosas fueron agrupadas bajo caracterís- ticas comunes, estableciéndose su denominación con un código de cuatro cifras precedido por la de- nominación 'tipo o morfotipo' y en algunos casos a nivel de género. Las versiones más actualizadas de Eike- lboom (2000, 2006) y Jenkins et al. (2004) son una modificación de las claves de identificación propuestas por Eikelboom y van Buijsen (1983), donde se recogen las bacterias fila- mentosas más frecuentes en fangos activos. Sin embargo, debido a que una misma especie puede mostrar polimorfismo o diferentes especies parecer iguales morfológicamente, actualmente solo unos pocos mi- croorganismos filamentosos pueden ser identificados de forma fiable a partir del sistema de identificación convencional, los cuales incluyen principalmente Candidatus ‘Mi- crothrix parvicella’ y nocardioformes. En este sentido, algunos estudios han demostrado las limitaciones de la técnica convencional en la identi- ficación de los morfotipos filamen- tosos 0803, 0914 y 0092 (Andújar et al., 2013) y bacterias Nostocoida limicola en fangos activos (Calvo et al., 2016). Con el desarrollo de métodos mo- leculares de cultivo independiente, el conocimiento sobre la dinámica poblacional de microorganismos filamentosos y otras poblaciones bacterianas características de fan- gos activos ha aumentado de forma considerable en la última década. Su aplicación, especialmente la técnica de hibridación in situ con sondas 16S/23S rDNA marcadas con fluoró- foros (FISH), ha permitido esclarecer la posición taxonómica de numero- sas bacterias del fango activo, que anteriormente se identificaban agru- pándose en morfotipos a través del uso de la microscopía convencional, diseñándose sondas para muchas de estas bacterias (Kragelund et al., 2009; Alonso et al., 2009; Nielsen et al., 2009). Tanto la técnica conven- cional como la técnica FISH presen- tan ventajas y limitaciones, las cuales se encuentran discutidas en algunos trabajos de investigación (Andújar et al., 2013; Calvo et al., 2016). Figura 1. Problemas de separación del fango activo: episodio de bulking (izquierda) y episodio de foaming (derecha).
  • 3. Artículo Técnico 66 nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016 y Thiothrix, así como las tres subdi- visiones del grupo 021N represen- tadas por T. disciformis (grupo I), T. eikelboomii (grupo II) y T. flexilis (gru- po III) (Aruga et al., 2002). Las ca- racterísticas morfológicas empleadas para la identificación convencional de bacterias Thiothrix y tipo 021N en fangos activos han mostrado cierta confusión y escasa unificación en los últimos manuales publicados (Eike- lboom, 2000, 2006; Jenkins et al., 2004). Eikelboom (2000) propone la agrupación de Thiothrix I y II (Eike- boom y van Buijsen, 1983) como Thiothrix (0,5-1,5 µm de diámetro) (Figura 2a), mientras que Jenkins et al. (2004) describe a Thiothrix I (1,6-2,5 µm) y Thiothrix II (0,8-1,4 µm de diámetro). Eikelboom (2006) propone cinco morfotipos para las bacterias Thiothrix: Thiothrix-1 (in- cluye Thiothrix-3 y 5 de Eikelboom y Geurkink, 2002), Thiothrix-2, Thio- thrix-4, Thiothrix-5 y Thiothrix-6. Contrariamente, las características morfológicas y respuesta a las tin- ciones diferenciales clásicas resumi- das en los diferentes manuales para la identificación del morfotipo 021N (Figura 2b) son similares. Los estudios de ecología en EDAR a escala real que relacionan las pobla- ciones de bacterias filamentosas con las variables operacionales y fisicoquí- micas de explotación tienen especial interés para el avance en el control y cluye T. nivea, T. unzii y T. fructosi- vorans, muestra el 88,3-92,0% de similaridad de la secuencia del gen 16S rRNA con el grupo tipo 021N de Eikelboom, el cual incluye T. discifor- mis, T. eikelboomii y T. flexilis. La especie Thiothrix defluvii se en- cuentra estrechamente relacionada a nivel filogenético con los aislados T. flexilis del grupo tipo 021N de Eikelboom, con un 96,8-97,1% de similaridad de la secuencia del gen 16S rRNA. Sin embargo, dicha espe- cie no ha sido considerada miembro del grupo tipo 021N de Eikelboom (Aruga et al., 2002). Los nombres ‘Thiothrix ramosa’ (perteneciente al grupo Thiothrix nivea) y ‘Thiothrix arctophila’ no han sido validados y el aislado CT3 no corresponde a una especie en concreto (Tandoi et al., 1994), siendo todavía incierta su posición taxonómica (Unz y Head, 2005). Los últimos estudios sobre es- pecies aisladas del género Thiothrix, en este caso a partir de manantiales de aguas sulfurosas, proponen como nuevas especies: Thiothrix caldifontis sp. nov. y Thiothrix lacustris sp. nov., ambas estrechamente relacionadas con Thiothrix fructosivorans (Cher- nousova et al., 2009). Las dos sondas FISH originales diseñadas para identificar bacterias Thiothrix y tipo 021N han sido ahora suplementadas por otras para la de- tección de todas las bacterias 021N 1.1. Bacterias filamentosas del grupo Thiothrix nivea y tipo 021N en fangos activos El género Thiothrix pertenece a la familia Thiothrichaceae dentro de la clase Gammaproteobacteria (Cole et al., 2005), e incluye un grupo impor- tante de bacterias que oxidan com- puestos reducidos del azufre en fan- gos activos (Eikelboom y van Buijsen, 1983; Jenkins et al., 1993). Las dis- tintas especies del género Thiothrix han sido encontradas en innumera- bles hábitats, desde aguas naturales que contienen sulfuros (Jones et al., 1982; McGlannan y Makemson, 1990; Brigmon et al., 1994b), sis- temas de irrigación (Ford y Tucker, 1975), hasta sistemas de fangos ac- tivos en plantas de tratamiento de aguas residuales, donde su presencia excesiva origina episodios de bulking (Eikelboom, 1975; Williams y Unz, 1985b, 1989; Brigmon et al., 1994a; Tandoi et al., 1994; Wagner et al., 1994). La implicación del género Thiothrix en episodios de bulking ha dado lugar al estudio de su fisiolo- gía (Richard et al., 1985; Williams y Unz, 1985a, b; Tandoi et al., 1994), estructura (Williams et al., 1987; Brigmon et al., 1994b), crecimien- to (Williams y Unz, 1989) y relación con metales pesados (Shuttleworth y Unz, 1991, 1993). Desde la primera descripción de Thiothrix sp. por Winogradsky en 1888 (Larkin, 1989), han sido re- conocidas siete especies y algunos estudios han centrado sus objetivos en resolver en detalle su filogenia (Howarth et al., 1999; Kanagawa et al., 2000; Aruga et al., 2002). Según los datos filogenéticos, las especies de Thiothrix han sido divididas en dos grupos principales (Aruga et al., 2002): el grupo Thiothrix nivea y el grupo tipo 021N de Eikelboom. El grupo Thiothrix nivea, el cual in- Figura 2. Bacterias Thiothrix y tipo 021N: (a) roseta de Thiothrix; contraste de fases, 400x; (b) Tipo 021N; contraste de fases, 1000x. a b
  • 4. Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos 67 www.tecnoaqua.es men de oxidación total con elimina- ción de nitrógeno mediante alter- nancia de zonas anóxicas y óxicas, así como control del sistema de aireación por lógica difusa. Caudal medio anual: 19.089 m3/día. Po- blación servida: 45.152 habitantes equivalentes. - EDAR Castellón. Proceso Lud- zack-Ettinger modificado de flujo en pistón con dos líneas de tratamiento en paralelo y sin recirculación inter- na. Caudal medio anual línea 1: 21 837 m3/día. Caudal medio anual línea 2: 12.320 m3/día. Población servida: 193.773 habitantes equiva- lentes. La frecuencia del muestreo fue quincenal, desde diciembre de 2008 hasta diciembre de 2009, proce- sando un total de 140 muestras de fango activo tomadas a la salida del reactor biológico. Todas las muestra recogidas se fijaron y permeabiliza- ron previamente con paraformalde- hído (PFA) y etanol (EtOH) para la posterior identificación de bacterias Gram negativas del género Thio- thrix, siguiendo el protocolo detalla- do por Alonso et al. (2009). optimización de los procesos bioló- gicos. La calidad de los resultados de estos estudios comienza induda- blemente con una taxonomía firme basada en una elevada especificidad, como por ejemplo, la que ofrece ac- tualmente la técnica FISH para la de- tección y posterior cuantificación de los microorganismos filamentosos. El uso de la técnica convencional se encuentra todavía muy extendido en el control rutinario de las EDAR, dando lugar a posibles errores en la identificación y cuantificación de di- chos organismos debido a su escasa especificidad, y por tanto, generan- do confusión entre responsables de planta respecto a la bacteria de la cual se está discutiendo. El objetivo del presente estudio fue comparar la abundancia de bacterias del grupo Thiothrix nivea y del tipo 021N de Eikelboom, uti- lizando ambas técnicas. Para ello, fueron analizadas muestras de fan- gos activos de cuatro EDAR durante un año, mientras que las relaciones entre variables de control del proce- so y microorganismos filamentosos fueron exploradas a partir de rutinas estadísticas multivariantes. 2. Material y métodos 2.1. Toma de muestras Las muestras de fango activo proce- sadas han sido tomadas en cuatro EDAR situadas en la Comunidad Valenciana (España): Cuenca del Carraixet (CX), Quart Benàger (QB), Denia-Ondara-Pedreguer (DE) y Cas- tellón (CT), cuyas características se describen a continuación: - EDAR Cuenca del Carraixet. Pro- ceso Ludzack-Ettinger modificado de flujo en pistón con dos líneas de tratamiento en paralelo y sin recircu- lación interna. Caudal medio anual línea A+B: w15.784 m3/día. Caudal medio anual línea C+D: 23.677 m3/ día. Población servida: 178.080 ha- bitantes equivalentes. - EDAR Quart Benàger. Proceso Ludzack-Ettinger modificado de mezcla completa con eliminación de nitrógeno mediante aireación inter- mitente y sin recirculación interna. Caudal medio anual: 35.023 m3/día. Población servida: 166.942 habitan- tes equivalentes. - EDAR Dénia-Ondara-Pedreguer. Sistema de fangos activos en régi- TablA 1 Sondas empleadas para la identificación de las bacterias thiothrix y 021n. Nota: 1 Concentración óptima de formamida; 2 Competidora para TNI (45% formamida) y TFR (35% formamida). Morfotipo Sonda Secuencia (5´-3´) % FA1 Especificidad Referencia Thiothrix y 021N G123T CCTTCCGATCTCTATGCA 40 Thiothrix spp. Kanagawa et al. (2000) Thiothrix y 021N cG123T CCTTCCGATCTTCTACGCA 40 Competidora G123T Kanagawa et al. (2000) 021N G1B TGTGTTCGAGTTCCTTGC 30 T.disciformis Kanagawa et al. (2000) 021N G2M GCACCACCGACCCCTTAG 35 T. eikelbomii Kanagawa et al. (2000) 021N G3M CTCAGGGATTCCTGCCAT 30 T. flexilis Kanagawa et al. (2000) Thiothrix TNI CTCCTCTCCCACATTCTA 45 T. nivea, T. unzii Wagner et al. (1994) Thiothrix TFR CTCCTCTCCCACACTCTA 35 T. fructosivorans, T. ramosa Kim et al. (2002) Thiothrix cTNI y TFR TCCCTCTCCCACATTCTA 45/352 Competidora TNI y TFR Kim et al. (2002)
  • 5. Artículo Técnico 68 nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016 2.2. Identificación y cuantificación de las bacterias filamentosas En la Tabla 1 se muestran las son- das 16S rDNA utilizadas en la técni- ca FISH para la identificación de las diferentes bacterias Thiothrix y tipo 021N. Todas las sondas se encuen- tran marcadas con el fluoróforo TA- MRA en el extremo 5'. Para la identi- ficación convencional de Thiothrix se han utilizado las claves propuestas por Eikelboom (2000), mientras que para el morfotipo 021N se han em- pleado las propuestas por Eikelboom (2000) y Jenkins et al. (2004). Las muestras fijadas se inmovili- zaron en portaobjetos de vidrio con máscara de teflón y se deshidrataron 3 minutos en soluciones seriadas de etanol al 50%, 80% y 100%, res- pectivamente. La hibridación se rea- lizó durante 2 horas a 46 ºC en el tampón de hibridación con la con- centración de formamida correspon- diente a cada sonda, según las refe- rencias especificadas en la Tabla 1. Seguidamente se realizó un lavado a 48 ºC durante 15 minutos en tam- pón de lavado con la concentración de cloruro sódico correspondiente a cada concentración de formamida. Las muestras hibridadas se observa- ron con microscopía de epifluores- cencia con un equipo Olympus BX 50. Una vez identificadas las bacte- rias a partir de la técnica convencio- nal y FISH, se estimó la abundancia de cada una de ellas a partir del ín- dice de filamentos (IF) propuesto por Eikelboom (2000). 2.3. Variables de control del proceso biológico Las variables carga másica (CM), edad del fango (EF) y tiempo de retención hidráulico en el reactor (TRHr) y en el decantador secunda- rio (TRHds) han sido determinadas a partir de Tchobanoglous et al. (2003), mientras que las variables sólidos en suspensión del licor mez- cla (SSLM), índice volumétrico de fango (IVF) y temperatura en el reac- tor (Tªr) han sido facilitadas por las empresas de explotación (Tabla 2). 2.4. Análisis de los datos La clasificación de los microorganis- mos filamentosos y su relación con las variables ambientales se realizó a partir de las rutinas multivariantes disponibles en el paquete estadístico PRIMER v7 (Clarke y Gorley, 2015) y PERMANOVA+ para PRIMER (An- derson et al., 2008). La clasificación de los microorganismos filamento- sos, así como el total de los mues- treos a partir de sus abundancias, se exploró a partir de un análisis de agrupamiento (clúster), empleando el método de promedio no pon- derado de pares de grupos (Field et al., 1982) y gráfico de trazado sombreado (shade plot). Se aplicó la transformación raíz cuadrada de la matriz biótica con el fin de pon- derar lo suficiente el efecto de los microorganismos muy abundantes respecto a los poco abundantes, así como el índice de Bray-Curtis para generar la matriz distancia (Bray y Curtis, 1957). Por último, el análisis BIO-ENV se aplicó para identificar las variables ambientales que más con- tribuyeron a las diferencias entre las comunidades de microorganismos filamentosos. La matriz de similitud de variables ambientales se obtuvo con distancia euclidiana normalizada y con estandarización. 3. Resultados y discusión Las sondas moleculares utilizadas en la técnica FISH hibridaron positiva- mente con las siguientes bacterias TablA 2 Media, desviación estándar (DE) y rango de las variables de control del proceso biológico Parámetros Unidades EDAR QB EDAR CX EDAR DN EDAR CT Media +/- DE Rango Media +/- DE Rango Media +/- DE Rango Media +/- DE Rango CM kg DBO5/kg SSLVM.d 0,20 +/- 0,09 0,08 - 0,47 0,29 +/- 0,10 0,12 - 0,43 0,09 +/- 0,02 0,03 - 0,12 0,28 +/- 0,11 0,13 - 0,62 TRHr horas 17,0 +/- 2,0 14 - 22 6,4 +/- 0,4 5,3 - 6,9 14,9 +/- 1,9 12 - 19 5,5 +/- 0,5 4,7 - 6,3 TRHds horas 5,8 +/- 1,5 3,8 - 8,4 9,2 +/- 0,6 7,3 -9,9 6,5 +/- 1,0 5,1 - 8,2 4,9 +/- 0,5 4,2 - 6,3 EF días 10,8 +/-5,7 5,2 - 29 7,5 +/- 5,2 3,3 - 22 17,2 +/- 5,4 10 - 35 8,4 +/- 5,9 5,9 - 31 Tªr ºC 21,3 +/- 3,7 14 - 29 20,2 +/- 3,5 15 - 27 18,5 +/- 4,2 11 - 26 22,0 +/- 4,0 15 - 29 SSLM mg/L 2.460 +/- 386 1.790 - 3.120 1.938 +/- 549 1.100 - 2.980 3.225 +/- 290 2.500 - 3.780 4.055 +/- 1.048 2.460 - 6.800 IVF mL/g 119 +/- 27 59 - 167 131 +/- 60 76 - 286 109 +/- 15 85 - 140 109 +/- 29 64 - 160
  • 6. Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos 69 www.tecnoaqua.es lamentosos se observaron abundan- tes gránulos de azufre in situ en los filamentos de T. nivea (Figura 3d), mientras que no fue así en el caso de T. fructosivorans (Figura 3f). Por todo ello, las observaciones pa- recen estar de acuerdo con los re- sultados obtenidos por los autores citados anteriormente. Así mismo, no constan trabajos anteriores que hayan documentado la presencia de T. fructosivorans en fangos activos procedentes de instalaciones a esca- la real, no siendo detectada de for- ma significativa en algunos estudios empleando sondas FISH para la de- tección de Thiothrix sp. (Kim et al., 2002). Contrariamente, T. eikeboo- mii mostró una baja frecuencia de aparición y baja abundancia, siendo mayor en el caso del biorreactor QB. El análisis clúster entre variables biológicas ha permitido explorar la similitud entre las distintas bacterias identificadas mediante la técnica Los resultados de la abundancia de microorganismos filamentosos pertenecientes a los grupos 021N y Thiothrix nivea mostraron en general bajos valores, siendo los mayores los observados en los biorreactores QB y DN, cuyas muestras presentaron los porcentajes más elevados de simili- tud en el análisis clúster (Figura 4). Los resultados indican que las pobla- ciones de T. nivea y T. fructosivorans no parecen mostrarse codominantes en las muestras de los biorreacto- res, siendo abundantes en QB y DN, respectivamente. Algunos autores señalan que T. nivea requiere para su crecimiento compuestos inorgá- nicos reducidos del azufre, mientras que T. fructosivorans no siempre los requiere (Larkin y Shinabarger, 1983; Williams y Unz, 1985a; Howarth et al., 1999). Durante la identificación conven- cional y valoración de la abundancia de los distintos microorganismos fi- pertenecientes al grupo Thiothrix nivea: T. fructosivorans (Figuras 3e y f) y T. nivea (Figuras 3c y d), mientras que aquellas pertenecien- tes al grupo tipo 021N de Eikelboom lo hicieron solo con T. eikelboomii (grupo II) (Figura 3a y b). T. disci- formis (grupo I) y T. flexilis (grupo III) no se encontraron presentes en ninguna de las muestras procesadas. El diámetro celular observado en T. fructosivorans fue aproximadamen- te de 2,5 µm, encontrándose dentro del intervalo 1,2-2,5 µm documen- tado por algunos autores (Howarth et al., 1999), mientras que los fila- mentos T. nivea y T. eikelboomii lo hicieron dentro del intervalo 1,0-1,5 µm (Larkin y Shinabarger, 1983) y 1,0-3,0 µm (Howarth et al., 1999), respectivamente. La sonda G123T, específica del género Thiothrix, fue empleada para monitorizar todos los microorganismos filamentosos pertenecientes a dicho género. Figura 3. Bacterias del género Thiothrix hibridando positivamente con sondas 16S rDNA: (a) señal positiva sonda G2M (T. eikelboomii), epifluorescéncia, 1000x; (b) mismo campo imagen anterior, contraste de fases, 1000x; (c) señal positiva sonda TNI (T. nivea), epifluorescéncia, 1000x.; (d) T. nivea, contraste de fases, 1000x.; (e) señal positiva sonda TFR (T. fructosivorans), epifluorescéncia, 1000x.; y (f) T. fructosivorans, contraste de fases, 1000x. ba c ed f
  • 7. Artículo Técnico 70 nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016 FISH y el método convencional (Fi- gura 4). Los resultados indican que el mayor porcentaje de similitud se observó entre T. nivea y el morfotipo Thiothrix (68%), y no tanto con T. fructosivorans, lo cual indica que la identificación y cuantificación con- vencional en las muestras estudia- das parece no considerar parte de la abundancia de esta última. Ello podría ser debido a la posición pre- ferentemente intraflocular de algu- nos filamentos de T. fructosivorans y respuesta negativa a las tinciones de Gram y Neisser, lo cual ha podido infravalorar su abundancia. Los resultados del análisis clúster también han revelado la elevada disimilitud entre el morfotipo 021N y T. eikelboomii, lo cual indica que la identificación convencional no se corresponde con la obtenida a partir de la técnica FISH. Dicho des- viación podría ser debida al núme- ro elevado de muestras con valores bajos del IF y al poliformismo que puede mostrar el morfotipo 021N (Eikelboom, 2000; Jenkins et al., 2004), identificándose bacterias Thiothrix como tipo 021N, tal cual ha sido observado en experimen- tos realizados por algunos autores (Nielsen et al., 1998). La rutina multivariante BIO-ENV ha permitido establecer las semejanzas y diferencias entre microorganismos filamentosos a partir de su relación con algunas de las variables más uti- lizadas en el control de explotación de las EDAR (Tabla 3). Dicha tabla muestra las tres combinaciones de variables que mejor explicaron la di- námica poblacional de bacterias del grupo T. nivea y tipo 021N de Eike- lboom. Los coeficientes de correla- ción de Spearman representados indican la variable ambiental que más se relaciona con cada uno de los distintos microorganismos. Figura 4. Dendograma ilustrando la abundancia (IF) de los microrganismos filamentosos y los resultados del análisis clúster cruzado mostrando la similitud entre variables biológicas y entre muestras, según el factor biorreactor. TablA 3 REsultados de la rutina BIO-ENV. Nota: * Método convencional. B. Filamentosa Nº Var. Corr. Selección Thiothrix 1 0,24 TRHr 2 0,28 TRHr, Tªr 3 0,30 TRHr, Tªr, TRHds Grupo T. nivea 1 0,13 CM 2 0,12 SSLM, IVF 3 0,13 TRHr, Tªr, TRHds T. nivea 1 0,29 TRHr 2 0,31 TRHr, TRHds 3 0,31 TRHds, CM, TRHr T. fructosivorans 1 0,11 CM 2 0,10 SSLM, IVF 3 0,10 EF, SSLM, IVF Tipo 021 N* 1 0,08 EF 2 0,08 Tªr, EF 3 0,08 Tªr, ED, TRHds T. eikelboomii 1 0,12 SSLM 2 0,12 SSLM, TRHr 3 0,12 SSLM, TRHr, TRHds
  • 8. Microscopía convencional vs. FISH: identificación de bacterias filamentosas tipo 021N de Eikelboom y grupo Thiothrix nivea en fangos activos 71 www.tecnoaqua.es Los resultados obtenidos a par- tir de dicha rutina corroboran las conclusiones alcanzadas en el análisis clúster. La identificación convencional de Thiothrix parece corresponderse más con T. nivea, puesto que ambas se relación con el TRHr. En cambio, T. fructosivorans pa- rece mostrar una influencia distin- ta a T. nivea, asociándose más con la CM. Por esta razón, el grupo T. nivea, que engloba a ambas espe- cies, ha mostrado un coeficiente de correlación inferior. En el caso del morfotipo 021N, los resultados de la rutina BIO-ENV también corrobo- ran las diferencias encontradas con T. eikelboomii en el análisis clúster, asociándose el primero con la EF y el segundo con la concentración de SSLM. Según los resultados obtenidos, la identificación de bacterias Thio- thrix y tipo 021N de Eikelboom mediante microscopía convencio- nal durante episodios de bulking filamentoso podría mostrarse am- bigua y confusa en el intercambio de experiencias entre responsables de planta, pudiendo conducir erró- neamente a la toma decisiones para su control. Sin embargo, la elevada especi- ficidad que ofrece la identificación mediante la técnica FISH permitirá al responsable de planta conocer con una elevada especificidad el organismo causante del episodio, y por lo tanto, acceder a los últi- mos conocimientos sobre su eco- fisiología in situ con el fin de to- mar las decisiones más acertadas. Dicha forma de proceder ofrecerá mayores posibilidades de éxito en el control de los microorganismos filamentosos sin comprometer la sostenibilidad de la instalación y la eficiencia energética. 4. Conclusiones Las observaciones sobre la identifica- ción y cuantificación de bacterias del grupo Thiothrix nivea y tipo 021N de Eikelboom indican que: - La identificación de ambos gru- pos de bacterias filamentosas a par- tir del método convencional no es comparable con la obtenida a partir de la técnica FISH y, por lo tanto, el empleo exclusivo del primero ofrece resultados cuestionables respecto a la bacteria la cual se está discutien- do, así como su relación con las va- riables ambientales de las EDAR. - La técnica FISH ha revelado di- ferencias en la dinámica poblacional de T. nivea y T. fructosivorans al aso- ciarse ambos microorganismos con diferentes variables ambientales, siendo, por tanto, una técnica válida para la monitorización biológica an- te episodios de bulking filamentoso. 5. AGRADECIMIENTOS Este estudio forma parte del proyec- to de investigación 'Estudio integra- do del proceso de fangos activos', financiado por la Entidad Pública de Saneamiento de Aguas Residuales de la Comunidad Valenciana (EP- SAR). Se agradece la colaboración de las empresas de explotación AV- SA-EGEVASA, DAM, FACSA y OMS- SACEDE. Bibliografía [1] Alonso, J.L., Cuesta, G., y Ramirez, G.W. (2009). Manual de Técnicas Avanzadas para la Identificación y Control de Bacterias Filamentosas. Valencia: EPSAR-Generalitar Valenciana. [2] Anderson, M.J., Gorley, R.N., y Clarke, K.R. (2008) PERMANOVA+for PRIMER. Guide to software and statistical methods. PRIMER-E Ltd., Plymouth, UK. [3] Andújar, A.B., Zornoza, A., Lledías, M., y Alonso, J.L. (2013). Microscopía convencional versus FISH en la identificación y abundancia de los morfotipos filamentosos 0803, 0914 y 0092 en fangos activos. Tecnoaqua 4: 60-79. [4] Aruga, S., Kamagata, Y., Kohno, T., Hanada, S., Nakamura, K., y Kanagawa, T. 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  • 9. Artículo Técnico 72 nº 22 - Noviembre-Diciembre 2016 emitters by iron-sulfur-bacterial products. Scientia Horticulturae 10: 62-64. [19] Howarth, R., Unz, R.F., Seviour, E.M., Seviour, R.J., Blackall, L.L., Pickup, R.W., Jones, J.G., Yaguchi, J., y Head, I.M. (1999). Phylogenetic relationships of filamentous sulfur bacteria (Thiothrix spp. and Eikelboom type 021N bacteria) isolated from wastewater treatment plants and description of Thiothrix eikelboomii sp. nov. Thiothrix unzii sp. nov., Thiothrix fructosivorans sp. nov. and Thiothrix defluvii sp. nov. International Journal of Systematic Bacteriology 49: 1.817-1.827. [20] Jones, G.B., Burdon-Jones, C., y Thomas, F.G. (1982). Influence of Trichodesmiun red tides on trace metal cycling at a coastal in the Great Barrier Reef Lagoon. Oceanologica Acta, Special Publication, 319-326. [21] Jenkins, D., Richard, M., y Daigger, G. (1993). Manual on Causes and Control of Activated Sludge Bulking and Foaming. 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