El relieve de Fuendetodos es kárstico, formado por la disolución de rocas calizas por la acción del agua. Algunas estructuras geológicas son cuevas y hoces. La Hoz Mayor tiene 600-700 metros de altitud, varios kilómetros de ancho y 60 metros de profundidad, formada por el derrumbamiento de cuevas subterráneas en lugar de la acción del agua. La vegetación dentro de la Hoz Mayor es atlántica mientras que fuera es mediterránea, con especies como el romero