El relieve de Fuendetodos es cárstico, formado por la disolución de rocas calizas. Presenta características como dolinas, cañones y estalactitas. La hoz mayor se formó a partir de las aguas y el viento, midiendo 65 metros de profundidad y 240 de altura. La vegetación incluye liquen, sabina, arbustos como muérdago e hiedra, y plantas aromáticas. La fauna comprende aves como abejarucos y carboneros, aunque los buitres disminuyeron al prohibirse