El Liceo Naval Quito se fundó el 8 de abril de 1986 para brindar educación a los hijos del personal naval en la capital. Inició sus clases en La Vicentina y luego funcionó en el Convento de Guápulo. En 1991 adquirió un local propio en el Valle de los Chillos, con amplias áreas verdes. En 1996 la escuela fue nombrada "Comandante César Endara Peñaherrera" en honor a un héroe de la Batalla de Jambelí.