Informatica medica 2

Bases de Datos BibliográficasBases de Datos Bibliográficas
BiomédicasBiomédicas
Materia: Informática Médica - Unidad 10Materia: Informática Médica - Unidad 10
Profesor: Dr. Alberto Díaz AñelProfesor: Dr. Alberto Díaz Añel

BioinformáticaBioinformática
Es la investigación, desarrollo y/o aplicación de herramientasEs la investigación, desarrollo y/o aplicación de herramientas
computacionales para la expansión del uso de datos biológicos, médicos ocomputacionales para la expansión del uso de datos biológicos, médicos o
conductuales, incluyendo aquellas herramientas que sirvan para adquirir,conductuales, incluyendo aquellas herramientas que sirvan para adquirir,
almacenar, organizar, analizar o visualizar tales datos.almacenar, organizar, analizar o visualizar tales datos.

BioinformáticaBioinformática
La bioinformática se vincula con la informática médica en tanto queLa bioinformática se vincula con la informática médica en tanto que
abarca las bases de datos sobre bibliografía especializada, el genomaabarca las bases de datos sobre bibliografía especializada, el genoma
humano, las enfermedades hereditarias a nivel molecular, las víashumano, las enfermedades hereditarias a nivel molecular, las vías
metabólicas y muchos otros datos de utilidad para los profesionales de lametabólicas y muchos otros datos de utilidad para los profesionales de la
salud.salud.

MEDLINEMEDLINE
MedMedical Literature Analysis and Retrieval System Onical Literature Analysis and Retrieval System Onlineline
¿De dónde se obtiene bibliografía médica actualizada?¿De dónde se obtiene bibliografía médica actualizada?
Es la mayor base de datos bibliográfica de información acerca de lasEs la mayor base de datos bibliográfica de información acerca de las
ciencias de la vida y la biomedicina.ciencias de la vida y la biomedicina.
Ofrece artículos (Ofrece artículos (paperspapers) de revistas académicas () de revistas académicas (journalsjournals) que cubren) que cubren
las áreas de medicina, enfermería, farmacia, odontología, veterinaria,las áreas de medicina, enfermería, farmacia, odontología, veterinaria,
cuidado de la salud, biología, bioquímica y áreas diversas comocuidado de la salud, biología, bioquímica y áreas diversas como
evolución molecular, historia de la medicina y bioingeniería, entre otras.evolución molecular, historia de la medicina y bioingeniería, entre otras.

MEDLINE es compilada por la Biblioteca Nacional de los EstadosMEDLINE es compilada por la Biblioteca Nacional de los Estados
Unidos (National Library of Medicine o NLM), iniciándose en 1964Unidos (National Library of Medicine o NLM), iniciándose en 1964
Es de acceso gratuito vía internet, y puede consultarse a través del sitioEs de acceso gratuito vía internet, y puede consultarse a través del sitio
PubMed.comPubMed.com el cual fue lanzado por la NLM en 1996el cual fue lanzado por la NLM en 1996

Algunos datos sobre MEDLINEAlgunos datos sobre MEDLINE
• Contiene más de 23 millones de registros.Contiene más de 23 millones de registros.
•Los mismos se distribuyen entre 5639 publicaciones seleccionadas.Los mismos se distribuyen entre 5639 publicaciones seleccionadas.
• Están representados aproximadamente 40 idiomas.Están representados aproximadamente 40 idiomas.
•Cubre publicaciones desde 1946 al día de hoy, con algunos artículosCubre publicaciones desde 1946 al día de hoy, con algunos artículos
aun más antiguos.aun más antiguos.
•Desde 2005 se agregan entre 2000 y 4000 referencias por día deDesde 2005 se agregan entre 2000 y 4000 referencias por día de
martes a sábado.martes a sábado.
• En 2013 se incorporaron 700.000 publicaciones.En 2013 se incorporaron 700.000 publicaciones.

¿Qué más se publica en MEDLINE?¿Qué más se publica en MEDLINE?
•Citas “en proceso” (Citas “en proceso” (in-processin-process): registro de artículos que no han): registro de artículos que no han
pasado por los controles de calidad de la NLM.pasado por los controles de calidad de la NLM.
•Citas “fuera del límite” (Citas “fuera del límite” (out-of-scopeout-of-scope): artículos de ciertas revistas de): artículos de ciertas revistas de
temáticas no incluídas (química, astrofísica, tectónica de placas, etc.).temáticas no incluídas (química, astrofísica, tectónica de placas, etc.).
•Citas “con antelación a la impresión” (Citas “con antelación a la impresión” (ahead of printahead of print) en su) en su
correspondiente revista.correspondiente revista.
•Citas de artículos publicados por investigadores financiados por elCitas de artículos publicados por investigadores financiados por el
Instituto Nacional de Salud de los EE.UU. (National Institute ofInstituto Nacional de Salud de los EE.UU. (National Institute of
Health o NIH).Health o NIH).
•Citas de la mayoría de los libros disponibles en la biblioteca delCitas de la mayoría de los libros disponibles en la biblioteca del
NCBI (Centro Nacional de Información Biotecnológica oNCBI (Centro Nacional de Información Biotecnológica o NationalNational
Center for Biotechnology InformationCenter for Biotechnology Information).).

El vocabulario de MEDLINEEl vocabulario de MEDLINE
Los “encabezados de temas médicos oLos “encabezados de temas médicos o Medical Subject HeadingsMedical Subject Headings
((MeSHMeSH), forman el vocabulario controlado de la NLM.), forman el vocabulario controlado de la NLM.
Consisten en un grupo de términos que definen descriptores en unaConsisten en un grupo de términos que definen descriptores en una
estructura jerárquica, que permite una búsqueda dentro de variosestructura jerárquica, que permite una búsqueda dentro de varios
niveles de especificidad.niveles de especificidad.
Cada referencia bibliográfica se asocia con un grupo de MeSH, losCada referencia bibliográfica se asocia con un grupo de MeSH, los
cuales describen el contenido de ese ítem.cuales describen el contenido de ese ítem.
A su vez, cada búsqueda utiliza el vocabulario MeSH para encontrarA su vez, cada búsqueda utiliza el vocabulario MeSH para encontrar
ítems en el tema deseado.ítems en el tema deseado.

Ramas principales de los MeSHRamas principales de los MeSH
• AnatomyAnatomy
•OrganismsOrganisms
•DiseasesDiseases
•Chemical and DrugsChemical and Drugs
•Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and EquipmentAnalytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment
•Psychiatry and PsychologyPsychiatry and Psychology
•Phenomena and ProcessesPhenomena and Processes
•Disciplines and OccupationsDisciplines and Occupations
•Anthropology, Education, Sociology and Social PhenomenaAnthropology, Education, Sociology and Social Phenomena
•Technology, Industry, AgricultureTechnology, Industry, Agriculture
•HumanitiesHumanities
•Information ScienceInformation Science
•Named GroupsNamed Groups
•Health CareHealth Care
•Publication CharacteristicsPublication Characteristics
•GeographicalsGeographicals

Jerarquías de los MeSHJerarquías de los MeSH
Cuando PubMed busca un término MeSH, automáticamenteCuando PubMed busca un término MeSH, automáticamente incluyeincluye
los MeSH contenidos en ese término. Esto se llama “explosiónlos MeSH contenidos en ese término. Esto se llama “explosión
automática”.automática”.

Ventajas de los MeSHVentajas de los MeSH
Al buscar usando MeSH se obtienen todos los artículos sobre el tema,Al buscar usando MeSH se obtienen todos los artículos sobre el tema,
independientemente de los términos que usaron los autores de losindependientemente de los términos que usaron los autores de los
artículos.artículos.
Por ejemplo, si se busca “myocardial infarction” (el término MeshPor ejemplo, si se busca “myocardial infarction” (el término Mesh
para “heart attack”) se van a obtener todos los artículos sobre ataque alpara “heart attack”) se van a obtener todos los artículos sobre ataque al
corazón, aun si los autores no utilizaron los términos myocardialcorazón, aun si los autores no utilizaron los términos myocardial
infarction o heart attack.infarction o heart attack.
Esto difiere de buscadores tipo Google, que solo buscan por lasEsto difiere de buscadores tipo Google, que solo buscan por las
palabras exactas.palabras exactas.

Búsquedas BooleanasBúsquedas Booleanas
Están basadas en George Boole, un matemático inglés del siglo XIX,Están basadas en George Boole, un matemático inglés del siglo XIX,
que desarrolló la “lógica Booleana”, que sirve para combinar ciertosque desarrolló la “lógica Booleana”, que sirve para combinar ciertos
conceptos y excluir otros cuando se realizan búsquedas en bases deconceptos y excluir otros cuando se realizan búsquedas en bases de
datos.datos.
Utiliza los operadores Booleanos AND, OR, NOT, que deben siempreUtiliza los operadores Booleanos AND, OR, NOT, que deben siempre
ingresarse en mayúsculas. Si no se agrega ninguno entre palabras, elingresarse en mayúsculas. Si no se agrega ninguno entre palabras, el
valor por defecto es ANDvalor por defecto es AND
ANDAND OROR NOTNOT

Búsquedas Booleanas: ANDBúsquedas Booleanas: AND
Se utiliza para obtener un grupo de publicaciones en la que cada citaSe utiliza para obtener un grupo de publicaciones en la que cada cita
posee todos los términos buscados.posee todos los términos buscados.
Término Resultado
HypertensionHypertension 383977383977
DiabetesDiabetes 478415478415
Hypertension AND diabetesHypertension AND diabetes 6066760667

Búsquedas Booleanas: ORBúsquedas Booleanas: OR
contiene al menos uno de los términos buscados.contiene al menos uno de los términos buscados.
Usar OR cuando se quieran conseguir artículos en temas similares.Usar OR cuando se quieran conseguir artículos en temas similares.
Término Resultado
DiabetesDiabetes 478415478415
InsulinInsulin 320515320515
Diabetes OR insulinDiabetes OR insulin 660583660583

Búsquedas Booleanas: NOTBúsquedas Booleanas: NOT
contiene términos específicos de búsqueda en donde se eliminan loscontiene términos específicos de búsqueda en donde se eliminan los
que figuran después del NOT.que figuran después del NOT.
Término Resultado
ObesityObesity 201028201028
HypertensionHypertension 383977383977
Obesity NOT hypertensionObesity NOT hypertension 174524174524

““Anidado” de términosAnidado” de términos
La prioridad de búsqueda es de izquierda a derecha.La prioridad de búsqueda es de izquierda a derecha.
Por ejemplo: hypertension AND obesity OR diabetes, busca primeroPor ejemplo: hypertension AND obesity OR diabetes, busca primero
artículos que incluyan los dos términos iniciales, y luego aquellos queartículos que incluyan los dos términos iniciales, y luego aquellos que
estos comparten o no con el tercero.estos comparten o no con el tercero.

““Anidado” de términosAnidado” de términos
Para ser más específicos se puede proceder al “anidado”, que se lograPara ser más específicos se puede proceder al “anidado”, que se logra
separando con paréntesis para cambiar el orden de búsqueda.separando con paréntesis para cambiar el orden de búsqueda.
Por ejemplo: hypertension AND (obesity OR diabetes), busca primeroPor ejemplo: hypertension AND (obesity OR diabetes), busca primero
artículos que abarquen los dos términos entre paréntesis, y luego aquellosartículos que abarquen los dos términos entre paréntesis, y luego aquellos
que estos comparten con el primero.que estos comparten con el primero.

HistorialHistorial
Guarda todas las búsquedas que se hicieron en el día.Guarda todas las búsquedas que se hicieron en el día.
Se accede a través del link “Advanced” en la página principal de PubMed,Se accede a través del link “Advanced” en la página principal de PubMed,
debajo de la ventana de búsqueda.debajo de la ventana de búsqueda.
Almacena hasta 100 búsquedas.Almacena hasta 100 búsquedas.
Se borra luego de 8 horas de inactividad.Se borra luego de 8 horas de inactividad.
Permite combinar búsquedas con los operadores booleanos.Permite combinar búsquedas con los operadores booleanos.
Puede guardarse como archivo .csv (Excel).Puede guardarse como archivo .csv (Excel).
Recent queries in pubmedRecent queries in pubmed
Search,Query,Items found,TimeSearch,Query,Items found,Time
#4,"Search (hypertension) AND diabetes",60724,12:57:37#4,"Search (hypertension) AND diabetes",60724,12:57:37
#3,"Search diabetes",478756,12:56:59#3,"Search diabetes",478756,12:56:59
#2,"Search obesity",201203,12:56:54#2,"Search obesity",201203,12:56:54
#1,"Search hypertension",384230,12:56:47#1,"Search hypertension",384230,12:56:47

Otros “secretos” del PubMedOtros “secretos” del PubMed
TruncamientoTruncamiento: permite hacer búsquedas de términos que tengan la: permite hacer búsquedas de términos que tengan la
misma raíz agregando un asterisco al final de la misma. Por ejemplo,misma raíz agregando un asterisco al final de la misma. Por ejemplo,
“neurolo*” buscará términos como neurology, neurologist, etc. Si el“neurolo*” buscará términos como neurology, neurologist, etc. Si el
número de variables es mayor a 600, se sugerirá alargar la raíz de lanúmero de variables es mayor a 600, se sugerirá alargar la raíz de la
palabra.palabra.
EntrecomilladoEntrecomillado: permite buscar palabras compuestas. Por ejemplo: permite buscar palabras compuestas. Por ejemplo
family AND medicine presenta 233995 resultados, pero con “familyfamily AND medicine presenta 233995 resultados, pero con “family
medicine” solo se obtienen 30163.medicine” solo se obtienen 30163.
Se pueden hacer combinaciones de todos estos operadores, como porSe pueden hacer combinaciones de todos estos operadores, como por
ejemplo suicide NOT depressi*, o “asperger´s syndrome” OR “aspergerejemplo suicide NOT depressi*, o “asperger´s syndrome” OR “asperger
disorder”.disorder”.

Presentación de los resultados de las búsquedasPresentación de los resultados de las búsquedas
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ConfiguraciónConfiguración
Resultados por añoResultados por año
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Artículos gratis en PMCArtículos gratis en PMC
Datos relacionadosDatos relacionados
Detalles de la búsquedaDetalles de la búsqueda

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Datos del artículo (cita)Datos del artículo (cita)
ResumenResumen
Palabras clavePalabras clave
PMID (identificación)PMID (identificación)
““Enviar a…”Enviar a…”
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877 revistas877 revistas
677.459 registros677.459 registros
555.985 artículos555.985 artículos
83.019 monografías83.019 monografías
31.472 tesis31.472 tesis
286.615 textos completos286.615 textos completos

MeSHMeSH
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http://www.scielo.org/php/index.php?lang=eshttp://www.scielo.org/php/index.php?lang=es
La Biblioteca Científica Electrónica en Línea es un modelo para laLa Biblioteca Científica Electrónica en Línea es un modelo para la
publicación electrónica cooperativa de revistas científicas en Internet.publicación electrónica cooperativa de revistas científicas en Internet.
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literatura científica.literatura científica.

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•Ciencias AgrícolasCiencias Agrícolas
•Ciencias BiológicasCiencias Biológicas
•Ciencias de la SaludCiencias de la Salud
•Ciencias Exactas y de la TierraCiencias Exactas y de la Tierra
•Ciencias Sociales AplicadasCiencias Sociales Aplicadas
•HumanidadesHumanidades
•IngenieriasIngenierias
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15 países15 países
1.166 Revistas1.166 Revistas
33.811 Números33.811 Números
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• Revista argentina de cirugíaRevista argentina de cirugía
• Revista argentina de dermatologíaRevista argentina de dermatología
• Revista argentina de endocrinología y metabolismoRevista argentina de endocrinología y metabolismo
• Revista argentina de neurocirugíaRevista argentina de neurocirugía
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información sobre enfermedades y temas de las salud en un lenguajeinformación sobre enfermedades y temas de las salud en un lenguaje
llano y sencillo. Ofrece información actualizada y confiable sobrellano y sencillo. Ofrece información actualizada y confiable sobre
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ilustraciones explicativos.ilustraciones explicativos.
TambiénTambién posibilitaposibilita el acceso a las últimas publicaciones académicas, y ael acceso a las últimas publicaciones académicas, y a
los ensayos clínicos que se están realizando.los ensayos clínicos que se están realizando.

http://clinicaltrials.gov/http://clinicaltrials.gov/
Es la base de datos donde se registran los ensayos clínicos públicos yEs la base de datos donde se registran los ensayos clínicos públicos y
privados que se llevan a cabo en humanos en todo el mundo.privados que se llevan a cabo en humanos en todo el mundo.
Permite buscar por tipo de estudio, lugar de realización, edad y sexo dePermite buscar por tipo de estudio, lugar de realización, edad y sexo de
los participantes, fase del ensayo, estado del estudio (en proceso,los participantes, fase del ensayo, estado del estudio (en proceso,
finalizado, reclutando), etc. Puede o no mostrar los resultados y/o lasfinalizado, reclutando), etc. Puede o no mostrar los resultados y/o las
publicaciones que de ellos surjan.publicaciones que de ellos surjan.

http://www.medscape.com/http://www.medscape.com/

Ofrece a los médicos, especialistas y otros profesionalesOfrece a los médicos, especialistas y otros profesionales
de la salud la información médica y las herramientasde la salud la información médica y las herramientas
educativas más robustas y especializadas.educativas más robustas y especializadas.
Requiere registrarse al sitio de manera gratuita.Requiere registrarse al sitio de manera gratuita.

Incluye contenidos médicos, artículos de revisión, comentarios sobreIncluye contenidos médicos, artículos de revisión, comentarios sobre
publicaciones, columnas de expertos, artículos para educación de lospublicaciones, columnas de expertos, artículos para educación de los
pacientes, críticas de libros, etc.pacientes, críticas de libros, etc.
Cobertura de conferencias sobre los temas médicos de mayor interés.Cobertura de conferencias sobre los temas médicos de mayor interés.
Selección de noticias médicas de agencias informativas y de las agenciasSelección de noticias médicas de agencias informativas y de las agencias
de prensa de las principales revistas académicas.de prensa de las principales revistas académicas.
Acceso a más de 125 revistas médicas y libros de texto especializados.Acceso a más de 125 revistas médicas y libros de texto especializados.
Información sobre práctica médica, negocios y finanzas relacionadas a laInformación sobre práctica médica, negocios y finanzas relacionadas a la
medicina.medicina.

Open Access JournalsOpen Access Journals
(Revistas de acceso abierto)(Revistas de acceso abierto)
Se definen con ese nombre aquellas revistas que manejan un modelo deSe definen con ese nombre aquellas revistas que manejan un modelo de
publicación que no requiere ningún tipo de pago por parte del usuario o depublicación que no requiere ningún tipo de pago por parte del usuario o de
su institución para acceder a sus contenidos.su institución para acceder a sus contenidos.
Apoyan el derecho de los usuarios de leer, bajar, copiar, distribuir,Apoyan el derecho de los usuarios de leer, bajar, copiar, distribuir,
imprimir, buscar o vincular el texto completo de sus artículos.imprimir, buscar o vincular el texto completo de sus artículos.
Puede accederse a ellos a través de los sitios web de las mismas revistas,Puede accederse a ellos a través de los sitios web de las mismas revistas,
accediendo a los vínculos que ofrece PubMed (incluyendo PMC), o deaccediendo a los vínculos que ofrece PubMed (incluyendo PMC), o de
determinadas páginas especializadas en este tipo de publicaciones.determinadas páginas especializadas en este tipo de publicaciones.

Ofrece un listado de las revistas que presentan artículos gratuitos enOfrece un listado de las revistas que presentan artículos gratuitos en
diversas áreas de la medicina.diversas áreas de la medicina.
No tiene un buen buscador (basado en Google).No tiene un buen buscador (basado en Google).
Los artículos ofrecidos por las revistas listadas pueden ser de accesoLos artículos ofrecidos por las revistas listadas pueden ser de acceso
inmediato, o luego de 6, 12 o más meses luego de publicados.inmediato, o luego de 6, 12 o más meses luego de publicados.
http://www.freemedicaljournals.com/http://www.freemedicaljournals.com/

No todas las revistas cumplen con los requisitos estrictos del MEDLINENo todas las revistas cumplen con los requisitos estrictos del MEDLINE
Ofrece acceso directo al artículo en formato PDFOfrece acceso directo al artículo en formato PDF
Posee filtros limitadosPosee filtros limitados
http://doaj.org/http://doaj.org/

http://www.biomedcentral.com/http://www.biomedcentral.com/
Es un grupo editor de 265 revistas de acceso abierto, que cubren lasEs un grupo editor de 265 revistas de acceso abierto, que cubren las
áreas de biología y medicina.áreas de biología y medicina.
Para algunas funciones (búsqueda avanzada) necesita suscripciónPara algunas funciones (búsqueda avanzada) necesita suscripción
gratuita.gratuita.
Algunas de las publicaciones propias en el área de medicina:Algunas de las publicaciones propias en el área de medicina:

““El médico debe educarse en formaEl médico debe educarse en forma
continua e ininterrumpida, día a día, horacontinua e ininterrumpida, día a día, hora
a hora, captar lo preceptos esenciales, losa hora, captar lo preceptos esenciales, los
constantes cambios, y estar dispuesto aconstantes cambios, y estar dispuesto a
modificar continuamente su conducta enmodificar continuamente su conducta en
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