Los barcos generan grandes cantidades de residuos acuáticos como 13,000-26,000 litros de aguas oleosas y 67-130 kilos de residuos tóxicos. También emiten grandes cantidades de gases contaminantes como óxidos de nitrógeno y azufre, siendo responsables del 18-30% y 9% respectivamente de las emisiones mundiales. Además, los polizones como conejos y peces león que llegan en los barcos pueden proliferar sin control en nuevos ecosistemas y eliminar especies locales.