El INACIPE tiene como objetivos la formación especializada de servidores públicos en áreas de seguridad pública, justicia y ejecución de sanciones, así como la investigación en ciencias penales. Está compuesto por una Dirección General y secretarías que supervisan direcciones responsables de capacitación, posgrado, investigación, administración y más, con el fin de cumplir su misión de formar agentes del Ministerio Público y contribuir a mejorar el sistema de justicia penal.