La metodología de la auditoría informática se compone de varias fases, desde la identificación de objetivos y el alcance hasta la elaboración del informe final. Cada fase implica un análisis detallado del entorno de trabajo, la organización, los recursos necesarios, y la realización de actividades de auditoría con un enfoque en la evaluación de controles y la gestión de riesgos. Al final del proceso, se presenta un informe que incluye hallazgos, conclusiones y recomendaciones, estructurado de acuerdo a estándares establecidos.