1) El desarrollo embrionario del cráneo implica la segmentación del huevo fecundado, la formación de las capas germinativas (ectodermo, mesodermo, endodermo), y la diferenciación del mesodermo en estructuras como la notocorda y los somitas que dan origen a los huesos del cráneo.
2) El neurocráneo se forma a partir del mesodermo paraxial y puede osificarse por mecanismos membranosos u osteocondrales. El viscerocráneo deriva del primer arco branquial.