PRÁCTICA Nº 4: “Análisis de secuencias del ADN con el software BioEdit y uso del banco de genes BLAST”

UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
“Año del Bicentenario, de la consolidación de nuestra Independencia, y de la
conmemoración de las heroicas batallas de Junín y Ayacucho”
PRÁCTICA Nº 4: “Análisis de secuencias del ADN con el software
BioEdit y uso del banco de genes BLAST”
DOCENTE:
Dr. Soto Gonzales, Hebert Hernan
PRESENTADO POR:
Cosi Delgado, Krissly Ashly
Ramos Quispe, Dayana Briseyda
CURSO:
Biotecnología
CICLO:
VII
ILO-PERU
2024

ÍNDICE
1. INTRODUCCIÓN........................................................................................................................3
2. OBJETIVOS................................................................................................................................. 3
a. Objetivo General.......................................................................................................................3
b. Objetivos específicos................................................................................................................3
3. MATERIALES Y EQUIPOS.......................................................................................................4
5. RESULTADOS..............................................................................................................................7
a. DIVERSOS-_C10_11_06....................................................................................................... 7
b. DIVERSOS-_D08_12H_08.................................................................................................... 7
c. DIVERSOS-_D09_4_07......................................................................................................... 8
d. DIVERSOS-_E08_13H_10.....................................................................................................8
e. DIVERSOS-_C07_3H_05...................................................................................................... 8
f. DIVERSOS-_C08_11H_06......................................................................................................9
g. DIVERSOS-_C09_3_05.........................................................................................................9
h. DIVERSOS-_D07_4H_07.................................................................................................... 10
i. DIVERSOS-_G09_7_13........................................................................................................10
j. DIVERSOS-_F09_6_11......................................................................................................... 11
k. DIVERSOS-_G07_7H_13.....................................................................................................11
l. DIVERSOS-_H10_16_16...................................................................................................... 12
m. DIVERSOS-_E09_5_09...................................................................................................... 12
p. USER_04set_09-419YZ_A02_02........................................................................................ 14
q. USER_04set2007_03-419AZ_C01_05................................................................................ 14
r. USER_04set2007_10-88H_B02_04..................................................................................... 15
s. USER_04set2007_12-526YZ_D02_08................................................................................ 15
t. USER_04set2007_15-456NZ_G02_14.................................................................................16
u. USER_04set_08-375H_H01_15.......................................................................................... 16
v. user_12set2007_01_A03_01................................................................................................17
w. user_12set2007_03_C03_05...............................................................................................17
x. user_12set2007_05_E03_09............................................................................................... 18
y. user_12set2007_06_F03_11................................................................................................ 18
6. CONCLUSIONES...................................................................................................................... 19
7. BIBLIOGRAFÍA........................................................................................................................19
8. ANEXOS..................................................................................................................................... 19

1. INTRODUCCIÓN
El ADN es el material que contiene la información hereditaria en los humanos y
casi todos los demás organismos. Casi todas las células del cuerpo de una persona tienen el
mismo ADN. La mayor parte del ADN se encuentra en el núcleo celular (o ADN nuclear),
pero también se puede encontrar una pequeña cantidad de ADN en las mitocondrias (ADN
mitocondrial o ADNmt).
Las mitocondrias son estructuras dentro de las células que convierten la energía de
los alimentos para que las células la puedan utilizar. La secuenciación del ADN es un
método de laboratorio utilizado para determinar el orden de las bases dentro del ADN.
Las diferencias en la secuencia de los 3 mil millones de pares de bases del genoma
humano conducen a la composición genética única de cada persona. En medicina, la
secuenciación de ADN se usa para diversos propósitos, incluido el diagnóstico y el
tratamiento de enfermedades.
En general, la secuenciación permite a los profesionales de la salud determinar si
un gen o la región que regula un gen contiene cambios, llamados variantes o mutaciones,
que están vinculados a un trastorno. La familia de programas BLAST es la más utilizada
para buscar secuencias similares en una base de datos dada una secuencia problema.
2. OBJETIVOS
a. Objetivo General
Analizar secuencias de ADN utilizando el software BioEdit.
b. Objetivos específicos
● Identificar los tipos de secuencia.
● Encontrar la especie de las secuencias con la asistencia del banco de genes
BLAST.

3. MATERIALES Y EQUIPOS
LAPTOP SOFTWARE BIOEDIT
ACCESO A PÁG. BANCO DE GENES
BLAST
OFFICE EXCEL
BLOCK DE NOTAS
4. METODOLOGÍA
Primero se descargaron los archivos que contienen la estructura de ADN, se
descomprimieron y se hizo click en uno de los archivos abriendo con el software BioEdit
(previamente instalado en la laptop).

Fig 1. Software BioEdit
Después para exportar la secuencia se selecciona “File” → Export as Fasta y
creamos una carpeta que sea fácil de ubicar y allí colocamos el nuevo archivo con el
nombre que nos sea más sencillo para identificar.
Fig. 2 Pasos para exportar
El archivo guardado se abre en bloc de notas y se copia toda la secuencia. Abrimos
google y colocamos “nbci” seleccionamos el primer enlace y hacemos click en BLAST →
Nucleotide BLAST, allí ingresamos la secuencia y se configura algunas opciones en la
parte inferior. Y hacemos click en “BLAST”.

Fig. 3 Uso de banco de genes Fig. 4 Click en Nucleotide BLAST
Fig 5. Pegado de la secuencia
Fig. 6 Parte inferior que se debe configurar
Y empieza a buscar en todos los bancos de genes con cual coincide más, esto puede
tardar unos minutos.Salen los resultados y la especie que tenga mayot porcentaje de
similitud con la secuencia de ADN es la establecida.
Fig. 7 Resultados de identificación de especie

5. RESULTADOS
CÓDIGOS:
a. DIVERSOS-_C10_11_06
Esta secuencia posee Repeticiones dinucleótidos GT o GA y formación de
dúplex que alteran estabilidad del cebador, podría decirse que esta secuencia es de
regular calidad, con 350 nucleótidos, porcentaje de identidad de 96.23 % con la
especie Klebsiella variicola bacteria que originalmente se identificó como un
endosimbionte benigno en las plantas, pero desde entonces también se ha asociado
con enfermedades en humanos y ganado.
SECUENCIA EN BIOEDIT BLAST
b. DIVERSOS-_D08_12H_08
Esta secuencia tiene la reacción comienza de forma normal pero existe
doble lectura a partir de un determinado punto, podría decirse que esta secuencia es
de buena calidad, con 778 nucleótidos, porcentaje de identidad de 84.42% con la
especie Staphylococcus sp es un coco gram positivo, coagulasa, anaerobio
facultativo, no formador de cápsula, no formador de espora e inmóvil.

c. DIVERSOS-_D09_4_07
El cromatograma presenta una secuencia “sombra”, podría decirse que esta
secuencia es de regular calidad, con 850 nucleótidos, porcentaje de identidad de
88.43% con la especie Phytobacter diazotrophicus es una cepa bacteriana aeróbica
que se aisló de líquido intravenoso.
d. DIVERSOS-_E08_13H_10
El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo podría
decirse que esta secuencia es de regular calidad, con 700 nucleótidos, porcentaje de
identidad de 79.97% con la especie Paraburkholderia silvatlantica es una bacteria
fijadora de nitrógeno gram negativa, catalasa y oxidasa positiva.
e. DIVERSOS-_C07_3H_05
El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo podría

identidad de 91.90% con la especie Enterobacter cloacae es un microorganismo
ubicuo en la naturaleza que forma parte de la flora intestinal en humanos.
f. DIVERSOS-_C08_11H_06
La secuencia es de doble lectura inicial que se resuelve antes de la base 200,
podría decirse que esta secuencia es de regular calidad, con 750 nucleótidos,
porcentaje de identidad de 92.51 % con la especie Enterobacter sp. son una familia
de bacterias que viven en el intestino de las personas sin producir daño, dando lugar
a una situación que se denomina colonización.
g. DIVERSOS-_C09_3_05
La secuencia tiene señal de baja intensidad, podría decirse que esta
86.58% con la especie Phytobacter diazotrophicus es una cepa bacteriana aeróbica
que se aisló de líquido intravenoso.

h. DIVERSOS-_D07_4H_07
El cromatograma presenta una secuencia “sombra”, podría decirse que esta
90.18% con la especie Uncultured bacterium muchos organismos no cultivados de
diversos grupos taxonómicos han perdido la capacidad de producir sideróforos y
dependen de especies vecinas para crecer.
i. DIVERSOS-_G09_7_13
El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo, podría
identidad de 73.78% con la especie Uncultured Enterobacter muchos organismos
no cultivados de diversos grupos taxonómicos han perdido la capacidad de producir
sideróforos y dependen de especies vecinas para crecer.

j. DIVERSOS-_F09_6_11
Doble lectura inicial que se resuelve antes de la base 200, podría decirse que
esta secuencia es de regular calidad, con 956 nucleótidos, porcentaje de identidad
de 83.93% con la especie Klebsiella quasipneumoniae el gran mobiloma de estas
bacterias patógenas influye en la diseminación de factores de virulencia en entornos
de alto riesgo.
k. DIVERSOS-_G07_7H_13
El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo, podría
identidad de 91.07% con la especie Enterobacter sp. son una familia de bacterias
que viven en el intestino de las personas sin producir daño, dando lugar a una
situación que se denomina colonización.

l. DIVERSOS-_H10_16_16
La secuencia es normal pero aparece un pico de forma repentina, podría
identidad de 84.42% con la especie Enterobacter sp. son una familia de bacterias
que viven en el intestino de las personas sin producir daño, dando lugar a una
situación que se denomina colonización.
m. DIVERSOS-_E09_5_09
Esta secuencia tiene presencia de microsatélites su posible causa es por
tener repeticiones dinucleótidos GC, cuenta con 981 nucleótidos, su calidad de
muestra fue buena, el porcentaje de identidad fue de 88.43% y la especie a la cual
pertenece es Enterobacter ludwigii.

n. USER_04set_06-526Y1_F01_11
Esta secuencia tiene presencia de zonas ricas GT o GA su posible causa es
la formación de dúplex que alteran estabilidad del cebador, cuenta con 989
nucleótidos, tiene una secuencia regular en cuanto a calidad de la muestra,
teniendo un 96.23% de similitud se identificó la especie Klebsiella variicola.
Es un microorganismo que puede producir infecciones de pulmón, en el
intestino, en vías urinarias o en heridas.
o. USER_04set_07-419Y1_G01_13
Esta secuencia pierde bruscamente la señal y cae, tiene 980 nucleótidos,
presenta una calidad de muestra regular, teniendo un 98.61% de similitud con la
especie Enterobacter sp. , estas son bacterias Gram negativas facultativamente
anaerobias de la familia de las Enterobacteriaceae. Muchas de estas bacterias son
patógenas y causa de infección oportunista, otras son descomponedoras que viven
en la materia orgánica muerta o viven en el ser humano como parte de una
población microbiana normal.

p. USER_04set_09-419YZ_A02_02
Esta secuencia tiene presencia de zonas ricas GT o GA su posible causa es
la formación de dúplex que alteran estabilidad del cebador, cuenta con 896
nucleótidos, tiene una secuencia regular en cuanto a calidad de la muestra,
teniendo un 96.98% de similitud se identificó la especie Enterobacter cloacae.
Es un microorganismo ubicuo en la naturaleza que forma parte de la flora
intestinal en humanos.
q. USER_04set2007_03-419AZ_C01_05
Esta secuencia, cuenta con 895 nucleótidos, la calidad de la muestra es mala
porque no se pudo encontrar a qué especie pertenece. En secuencia se observa que
el cromatograma presenta dos secuencias superpuestas puede ser porque hay más
de un ADN molde en la muestra o el cebador está degenerado.

r. USER_04set2007_10-88H_B02_04
Esta secuencia una señal de baja calidad esto se debe a que el ADN presenta
estructura secundaria en el sitio de hibridación del cebador, cuenta con 971
nucleótidos, su calidad de muestra fue mala, el porcentaje de identidad fue de 74.76%
y la especie a la cual pertenece es Serratia sp.
Es un bacilo gram negativo, miembro de la familia Enterobacteriaceae. Este
microorganismo tiene una alta capacidad de supervivencia en condiciones hostiles y
ha sido implicado en infecciones del tracto respiratorio, vía urinaria, meningitis,
endocarditis y sistema musculoesquelético.
s. USER_04set2007_12-526YZ_D02_08
Esta secuencia tiene 880 nucleótidos, la calidad de muestra es regular, el
cromatograma presenta una secuencia “sombra” esto se debe por un cebador mal
purificado o parcialmente degradado. La especie al cual pertenece este ADN es
Klebsiella sp. con un 95.25% de identidad.

t. USER_04set2007_15-456NZ_G02_14
Esta secuencia presenta un cromatograma correcto pero presenta mucho
ruido de fondo una de las posibles causas indicaría que la cantidad de ADN es
insuficiente y la señal es demasiado baja confundiéndose con el ruido normal de
fondo o podría ser que la PCR no fue específica y existiera amplicones
contaminantes en la muestra. Tiene 903 nucleótidos, su calidad de muestra fue regular,
el porcentaje de identidad fue de 91.68% y la especie a la cual pertenece es Bacillus
cereus.
Es una bacteria genéticamente diversa que se encuentra comúnmente en el
ambiente. Contamina los alimentos afectando la salud humana, al ingerir el
microorganismo y/o sus toxinas, la emética o las enterotoxinas.
u. USER_04set_08-375H_H01_15
Esta secuencia tiene una señal de baja calidad esto se debe a una mala
calidad del ADN o la concentración del ADN es inferior a la necesaria , cuenta con
1002 nucleótidos, tiene una secuencia mala en cuanto a calidad de la muestra,
teniendo un 73.68% de similitud se identificó la especie Enterobacter cloacae.

Es un microorganismo ubicuo en la naturaleza que forma parte de la flora
intestinal en humanos.
v. user_12set2007_01_A03_01
Esta secuencia tiene una señal de baja calidad esto se debe a una mala
calidad del ADN o la concentración del ADN es inferior a la necesaria , cuenta con
942 nucleótidos, tiene una secuencia mala en cuanto a calidad de la muestra,
teniendo un 77.95% de similitud se identificó la especie Enterobacter sp.
Estas son bacterias Gram negativas facultativamente anaerobias de la
familia de las Enterobacteriaceae. Muchas de estas bacterias son patógenas y causa
de infección oportunista, otras son descomponedoras que viven en la materia
orgánica muerta o viven en el ser humano como parte de una población microbiana
normal.
w. user_12set2007_03_C03_05
Esta secuencia tiene presencia de microsatélites su posible causa es por
tener Repeticiones dinucleótidos GC, cuenta con 997 nucleótidos, su calidad de

muestra fue regular, el porcentaje de identidad fue de 74.50% y la especie a la cual
pertenece es Klebsiella variicola.
Es un microorganismo que puede producir infecciones de pulmón, en el
intestino, en vías urinarias o en heridas.
x. user_12set2007_05_E03_09
Esta secuencia tiene un cromatograma con dos secuencias superpuestas
puede ser porque hay más de un ADN molde en la muestra, cuenta con 921
nucleótidos, su calidad de muestra fue regular, el porcentaje de identidad fue de
85.32% y la especie a la cual pertenece es Klebsiella pneumoniae.
Esta bacteria suele transmitirse por contacto con la piel, mucosas, heces,
heridas u orina de una persona infectada.
y. user_12set2007_06_F03_11
Esta secuencia, cuenta con 1347 nucleótidos, la calidad de la muestra es
mala porque no se pudo encontrar a qué especie pertenece.

6. CONCLUSIONES
● Es muy importante aprender a usar el programa BioEdit, ya que, nos ayuda a poder
identificar el alineamiento de las secuencias y también nos permite editar
alineamientos múltiples tanto de nucleótidos como aminoácidos. El proceso de
deducir el orden de los nucleótidos en el ADN se denomina secuenciación del
ADN. Esta confiere la información que utiliza la célula para la fabricación de las
moléculas de ARN y proteínas, disponer de la secuencia de ADN es clave para
entender cómo funcionan los genomas.
● EL BLAST es un banco de información biotecnológica que nos permite analizar e
identificar las similitudes a partir de trazar de las secuencias y mostrarnos un
porcentaje estadístico de similitud.
● De acuerdo a los resultados obtenidos se aprecia que gran parte de la data analizada
pudo encontrarse similitud con alguna especie, por lo general corresponden a
bacterias. En el caso de las especies no identificadas, se debe a una posible
contaminación en las muestras lo que no permite un correcto análisis para su
posterior identificación.
7. BIBLIOGRAFÍA
Kim Lewis, Slava Epstein, Anthony D'Onofrio & Losee L Ling (2010), Uncultured
microorganisms as a source of secondary metabolites, https://www.nature.com/articles/ja201087
Rubén Tato-Rodrígueza, Jesús Oteo-Iglesiasb, Patricia Álvarez-Garcíaa, María José
Zamora-Lópeza (2016), Brote de Enterobacter cloacae complex multirresistente productor de
CTX-M-9 en una unidad de cuidados intensivos
https://www.elsevier.es/es-revista-enfermedades-infecciosas-microbiologia-clinica-28-articulo-brot
e-enterobacter-cloacae-complex-multirresistente-S0213005X15001962
8. ANEXOS

N° CODIGO DE MUESTRA
CALIDAD DE LA MUESTRA TAMAÑO DE
NUCLEOTIDOS
A QUE ORGANISMO
PERTENECE
% IDENTIDAD OBSERVACIONES
EXCELENTE BUENA REGULAR MALA
1 DIVERSOS-_C10_11_06 x 350 Klebsiella variicola 96.23% Presencia de zonas ricas de GT o GA
2 DIVERSOS-_D08_12H_08 x 778 Staphylococcus sp 84.27% La reacción comienza de forma normal pero existe doble lectura a
partir de un determinado punto
3 DIVERSOS-_D09_4_07 x 850 Phytobacter diazotrophicus 88.43% El cromatograma presenta una secuencia “sombra”
4 DIVERSOS-_E08_13H_10 x 700 Burkholderia silvatlantica 79.97% El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo
5 DIVERSOS-_C07_3H_05 x 963 Enterobacter cloacae 91.90% El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo
6 DIVERSOS-_C08_11H_06 x 750 Enterobacter sp. 92.51% Doble lectura inicial que se resuelve antes de la base 200
7 DIVERSOS-_C09_3_05 x 743 Phytobacter diazotrophicus 86.58% Señal de baja intensidad
8 DIVERSOS-_D07_4H_07 x 713 Uncultured bacterium 90.18% El cromatograma presenta una secuencia “sombra”
9 DIVERSOS-_G09_7_13 X 935 Uncultured Enterobacter 73.78% El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo
10 DIVERSOS-_F09_6_11 x 956 Klebsiella quasipneumoniae 83.93% Doble lectura inicial que se resuelve antes de la base 200
11 DIVERSOS-_G07_7H_13 x 931 Enterobacter sp. 91.07% El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo
12 DIVERSOS-_H10_16_16 x 948 Enterobacter sp. 84.42% La secuencia es normal pero aparece un pico de forma repentina
13 DIVERSOS-_E09_5_09 x 981 Enterobacter ludwigii 88.43% Presencia de microsatélites
14 USER_04set_06-526Y1_F01_11 x 989 Klebsiella variicola 96.23% Presencia de zonas ricas de GT o GA
15 USER_04set_07-419Y1_G01_13 x 980 Enterobacter sp. 98.61% La secuencia pierde bruscamente la señal y cae
16 USER_04set_09-419YZ_A02_02 x 896 Enterobacter cloacae 96.98% Presencia de zonas ricas de GT o GA
17 USER_04set2007_03-419AZ_C01_05 x 895 N.I. El cromatograma presenta dos secuencias superpuestas
18 USER_04set2007_10-88H_B02_04 x 971 Serratia sp. 74.76% Señal de baja intensidad
19 USER_04set2007_12-526YZ_D02_08 x 880 Klebsiella sp. 95.25% El cromatograma presenta una secuencia "sombra"
20 USER_04set2007_15-456NZ_G02_14 x 903 Bacillus cereus 91.68% El cromatograma es correcto pero presenta mucho ruido de fondo
21 USER_04set_08-375H_H01_15 x 1002 Enterobacter cloacae 73.68% Señal de baja intensidad
22 user_12set2007_01_A03_01 x 942 Enterobacter sp. 77.95% Señal de baja intensidad
23 user_12set2007_03_C03_05 x 997 Klebsiella variicola 74.50% Presencia de microsatélites
24 user_12set2007_05_E03_09 x 921 Klebsiella pneumoniae 85.32% El cromatograma presenta dos secuencias superpuestas
25 user_12set2007_06_F03_11 x 1347 N.I.

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