Este documento presenta los resultados de un análisis de secuencias del gen 16S utilizando los programas BioEdit y BLAST. Se analizaron 48 secuencias y se reporta para cada una su código, calidad, tamaño, organismo más similar y porcentaje de identidad. La mayoría de las secuencias mostraron alta similitud con géneros de Enterobacteriaceae como Klebsiella, Enterobacter y Pseudomonas.
Las 3 oraciones son:
El documento presenta los resultados del análisis de secuencias del gen 16S utilizando programas como BIOEDIT y BLAST. Se analizaron 17 secuencias de diferentes organismos, identificando el organismo con el porcentaje más alto de identidad para cada secuencia. El documento también incluye información sobre los materiales y métodos utilizados para realizar el análisis de secuencias.
Este documento describe el análisis de secuencias del gen 16s a través del uso de programas como Mega X, Blast NCBI y BioEdit. Explica los fundamentos de la secuenciación de ADN y los métodos utilizados como la limpieza y edición de secuencias obtenidas de electroferogramas para su posterior análisis filogenético.
Este documento describe el uso de los programas Mega X y NCBI para analizar 30 muestras de ADN. Se realizó la secuenciación de ADN usando Mega X, se alinearon las secuencias y se creó un árbol genealógico que mostró la relación entre las bacterias muestreadas. El documento explica los objetivos, marco teórico, materiales, métodos y conclusiones del análisis de ADN llevado a cabo.
Este documento describe el uso del software MEGA X para generar un árbol filogenético de 15 secuencias de ADN del gen niFH. Se explica el procedimiento de alineamiento de las secuencias y construcción del árbol, el cual muestra las relaciones evolutivas entre las especies. El resultado proporciona información sobre las similitudes y diferencias entre los genes analizados.
Alineamiento de secuencias de adn y generación deMariaArrazola3
Este documento describe el proceso de alineamiento de secuencias de ADN y generación de un árbol filogenético utilizando el programa MEGA. Se alinearon 15 secuencias del gen nifH utilizando MUSCLE y se construyó un árbol filogenético que muestra dos grupos principales, uno formado por Mesorhizobium albiziae y Mesorhizobium septentrionale con una cercanía del 100% y otro formado por Azospirillum brasilense y Azospirillum formosense también con una cercanía del 100%.
Este documento describe un experimento de bioinformática que involucra el análisis de una secuencia de ADN de la bacteria Lactobacillus sakei utilizando la herramienta BLAST. Se seleccionó una parte de la secuencia de L. sakei y se cargó en BLAST para identificar de qué organismo proviene y obtener información relevante sobre cómo fue obtenida y para qué propósito. Los resultados muestran que la secuencia corresponde efectivamente a L. sakei y proporcionan detalles sobre su diversidad genética y uso de cebadores de PCR.
El documento presenta una introducción a las ciencias ómicas y la bioinformática impartida por el biólogo Edgar Fernando Salcedo. Se define la bioinformática y se explican conceptos clave como 'wet lab' y 'dry lab'. También se describen los principales sistemas operativos, formatos de archivos y aplicaciones de la bioinformática en genómica, proteómica, transcriptómica y otras áreas de la biología molecular.
Las 3 oraciones son:
El documento presenta los resultados del análisis de secuencias del gen 16S utilizando programas como BIOEDIT y BLAST. Se analizaron 17 secuencias de diferentes organismos, identificando el organismo con el porcentaje más alto de identidad para cada secuencia. El documento también incluye información sobre los materiales y métodos utilizados para realizar el análisis de secuencias.
Este documento describe el análisis de secuencias del gen 16s a través del uso de programas como Mega X, Blast NCBI y BioEdit. Explica los fundamentos de la secuenciación de ADN y los métodos utilizados como la limpieza y edición de secuencias obtenidas de electroferogramas para su posterior análisis filogenético.
Este documento describe el uso de los programas Mega X y NCBI para analizar 30 muestras de ADN. Se realizó la secuenciación de ADN usando Mega X, se alinearon las secuencias y se creó un árbol genealógico que mostró la relación entre las bacterias muestreadas. El documento explica los objetivos, marco teórico, materiales, métodos y conclusiones del análisis de ADN llevado a cabo.
Este documento describe el uso del software MEGA X para generar un árbol filogenético de 15 secuencias de ADN del gen niFH. Se explica el procedimiento de alineamiento de las secuencias y construcción del árbol, el cual muestra las relaciones evolutivas entre las especies. El resultado proporciona información sobre las similitudes y diferencias entre los genes analizados.
Alineamiento de secuencias de adn y generación deMariaArrazola3
Este documento describe el proceso de alineamiento de secuencias de ADN y generación de un árbol filogenético utilizando el programa MEGA. Se alinearon 15 secuencias del gen nifH utilizando MUSCLE y se construyó un árbol filogenético que muestra dos grupos principales, uno formado por Mesorhizobium albiziae y Mesorhizobium septentrionale con una cercanía del 100% y otro formado por Azospirillum brasilense y Azospirillum formosense también con una cercanía del 100%.
Este documento describe un experimento de bioinformática que involucra el análisis de una secuencia de ADN de la bacteria Lactobacillus sakei utilizando la herramienta BLAST. Se seleccionó una parte de la secuencia de L. sakei y se cargó en BLAST para identificar de qué organismo proviene y obtener información relevante sobre cómo fue obtenida y para qué propósito. Los resultados muestran que la secuencia corresponde efectivamente a L. sakei y proporcionan detalles sobre su diversidad genética y uso de cebadores de PCR.
El documento presenta una introducción a las ciencias ómicas y la bioinformática impartida por el biólogo Edgar Fernando Salcedo. Se define la bioinformática y se explican conceptos clave como 'wet lab' y 'dry lab'. También se describen los principales sistemas operativos, formatos de archivos y aplicaciones de la bioinformática en genómica, proteómica, transcriptómica y otras áreas de la biología molecular.
Informe n°03 simulacion de electroforesis en gel de agarosa- brenda quirper...BrendaQuirper
Este documento presenta un informe sobre la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene. Se recopilaron datos de secuencias de ADN de un artículo científico y se analizaron en SnapGene, donde se pudieron visualizar las bandas simuladas y enzimas de restricción. El documento concluye que SnapGene es una herramienta útil para este tipo de análisis.
Practica 1 analisis de secuencias del gen 16 sjuancarlos74381
El documento presenta un análisis de secuencias del gen 16S utilizando el programa BioEdit. Se describen las herramientas BioEdit y NCBI que permiten editar alineamientos y analizar secuencias. Los resultados muestran que la mayoría de las secuencias analizadas correspondían a bacterias como Klebsiella, Enterobacter y Pseudomonas, determinadas mediante comparación con la base de datos de NCBI utilizando un porcentaje de identidad mayor al 70%.
Presentación dada en la clase BIOL-3705 (Genética de Bacterias) en el auditorio de enfermería (E-105) para Diciembre de2011. La profesora encargada era Cynthia Cardona.
Este informe describe el uso del software MEGA para alinear secuencias de ADN y construir un árbol filogenético. Se alinearon las secuencias del gen 16S de 30 bacterias utilizando MEGA y se construyó un árbol filogenético para analizar las relaciones evolutivas entre las bacterias basadas en sus secuencias de ADN. El informe concluye que MEGA es una herramienta útil para el alineamiento de secuencias y el análisis filogenético.
Alineamiento de secuencias de adn, árbol fitogenéticoBrayan Chipana
Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados.
Los microarrays son biochips que permiten detectar anomalías en el ADN como deleciones o duplicaciones mediante el uso de pequeños fragmentos de ADN marcados con sustancias fluorescentes. Esto permite diagnosticar enfermedades como el cáncer, la esquizofrenia o el autismo que cursan con alteraciones genéticas, así como realizar diagnósticos simples e incluso reparar genes alterados. Sin embargo, no todas las variaciones en el ADN significan enfermedad y se necesitan más estudios para conocer su implicación.
La bioinformática es la aplicación de métodos computacionales al análisis de datos biológicos. Incluye áreas como el alineamiento de secuencias, la predicción de estructuras de proteínas, el análisis de expresión génica y la genómica comparativa. Los bioinformáticos desarrollan herramientas para extraer información útil de grandes cantidades de datos biológicos y resolver problemas que sobrepasan la capacidad humana.
La bioinformática es un campo interdisciplinario que utiliza técnicas computacionales para organizar y analizar grandes cantidades de datos biológicos. Se aplica a áreas como la genómica, la proteómica y la biotecnología. En Colombia, la bioinformática ofrece herramientas para sistematizar el conocimiento de la gran biodiversidad del país y hacer frente a los desafíos de investigación genómica y otras áreas.
El documento describe los microarreglos y su uso en el estudio del cáncer. Un microarreglo es un conjunto ordenado de genes en una pequeña superficie que permite analizar 10,000 muestras por cm2. Los microarreglos de DNA son una nueva herramienta para la biología molecular y las ciencias genómicas que pueden usarse para estudiar el cáncer.
El documento describe la bioinformática como la aplicación de las matemáticas y la computación para comprender problemas biológicos mediante el desarrollo de bases de datos, algoritmos, herramientas estadísticas e interfaces de usuario. Explica que la bioinformática ha crecido rápidamente debido al aumento masivo de datos biológicos generados por proyectos de secuenciación genómica. Además, destaca algunas de las herramientas y bases de datos clave utilizadas en bioinformática para almacenar y analizar secuencias gené
Enseñanza de la Bioinformatica y la Biología ComputacionalRoberto Pineda
Este documento presenta una visión integral de la bioinformática y la biología computacional, destacando su intersección con disciplinas como la biología, la informática, la cibernética y la teoría de sistemas. Explora temas como la multidisciplinariedad, la interdisciplinariedad, la transdisciplinariedad y la biomimética, y examina herramientas como los algoritmos genéticos, las redes neuronales y la modelización basada en agentes. El documento también traza brevemente la historia del matrimonio
Practica n°03 de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el...RuthApaza8
PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ.
Este documento describe una práctica virtual realizada con el software MEGA para construir un árbol filogenético de 30 secuencias del gen 16s rRNA. Se descargaron las secuencias de NCBI, se alinearon y corrigieron en MEGA, y luego se construyó el árbol filogenético usando el método UPGMA, mostrando las relaciones evolutivas entre las especies estudiadas.
El documento describe las técnicas de biología molecular que se usan para manipular el ADN y ARN en organismos. Estas técnicas incluyen aislar, cortar, pegar y amplificar el ADN, así como visualizarlo y cortar regiones específicas con enzimas de restricción. También explica cómo estas técnicas permiten diseñar organismos genéticamente modificados para expresar características deseadas a través de la manipulación y regulación de genes específicos.
Informe n.02 biotecnologia 2021 ruth mayra apaza foraquita - informe de uso ...RuthApaza8
Este informe describe el uso del software MEGA para construir un árbol filogenético utilizando datos del gen 16S. El autor recolectó 30 secuencias del gen 16S de diferentes organismos y las alineó en MEGA. Luego, MEGA generó un árbol filogenético utilizando el método UPGMA que muestra las relaciones evolutivas entre los organismos basadas en las similitudes en sus secuencias del gen 16S.
Práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosaEmilyCusilayme
Este documento describe una práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene con datos de un artículo científico. El objetivo era identificar las secuencias de bacterias en agua y suelo contaminados por petróleo. Se copiaron códigos de acceso de NCBI, se guardaron las secuencias en formato FASTA y se abrieron en SnapGene para visualizar los mapas genéticos lineales y circulares. Finalmente, se concluyó que la metagenómica es una herramienta útil
Bioinformatica calidad y alineamiento de secuencia de adn y generacion de a...leticiamorales38
Este documento describe un análisis bioinformático de 11 secuencias de ADN utilizando el programa BioEdit. Primero, se evalúa la calidad de las secuencias mediante la observación de los picos cromatográficos y la presencia de nucleótidos desconocidos. Luego, se usa la herramienta BLAST en la página NCBI para determinar a qué ser vivo pertenece cada secuencia comparándolas con las bases de datos. Finalmente, se genera un árbol filogenético utilizando el programa MEGA X para mostrar las rel
INFORME DE LA PRACTICA N 04 ANALISIS DE SECUENCIAS DE ADN Y USO DEL BANCO DE ...StefaniBrillyArevalo
1. El documento presenta el análisis de 15 secuencias de ADN utilizando los programas Bioedit y BLAST.
2. Los resultados muestran la calidad de cada secuencia (mala, regular o buena) y el porcentaje de similitud y especie identificada.
3. Se concluye que Bioedit es útil para analizar la calidad de las secuencias y BLAST permite identificar las especies presentes en cada secuencia al compararlas con la base de datos.
Este documento presenta los resultados de una práctica de bioinformática utilizando el programa BioEdit para identificar especies a partir de secuencias de ADN. Se analizaron 15 secuencias y se identificaron diversas especies de Klebsiella, Enterobacter y Bacillus con porcentajes de identificación que variaron entre un 73.75% a un 98.61%. El documento concluye que gracias a las herramientas de bioinformática es posible identificar especies de manera efectiva para mejorar la investigación biotecnológica y ambiental.
El documento describe la simulación de electroforesis en gel de agarosa de secuencias de ADN usando el software SnapGene. Se obtuvieron las secuencias de ADN de un artículo científico y se cargaron en SnapGene. Luego, se simuló la electroforesis en gel de agarosa para visualizar los fragmentos de ADN según su tamaño. Los resultados concuerdan con los reportados en el artículo y demuestran la utilidad de SnapGene para simular experimentos de biología molecular.
Informe n°03 simulacion de electroforesis en gel de agarosa- brenda quirper...BrendaQuirper
Este documento presenta un informe sobre la simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene. Se recopilaron datos de secuencias de ADN de un artículo científico y se analizaron en SnapGene, donde se pudieron visualizar las bandas simuladas y enzimas de restricción. El documento concluye que SnapGene es una herramienta útil para este tipo de análisis.
Practica 1 analisis de secuencias del gen 16 sjuancarlos74381
El documento presenta un análisis de secuencias del gen 16S utilizando el programa BioEdit. Se describen las herramientas BioEdit y NCBI que permiten editar alineamientos y analizar secuencias. Los resultados muestran que la mayoría de las secuencias analizadas correspondían a bacterias como Klebsiella, Enterobacter y Pseudomonas, determinadas mediante comparación con la base de datos de NCBI utilizando un porcentaje de identidad mayor al 70%.
Presentación dada en la clase BIOL-3705 (Genética de Bacterias) en el auditorio de enfermería (E-105) para Diciembre de2011. La profesora encargada era Cynthia Cardona.
Este informe describe el uso del software MEGA para alinear secuencias de ADN y construir un árbol filogenético. Se alinearon las secuencias del gen 16S de 30 bacterias utilizando MEGA y se construyó un árbol filogenético para analizar las relaciones evolutivas entre las bacterias basadas en sus secuencias de ADN. El informe concluye que MEGA es una herramienta útil para el alineamiento de secuencias y el análisis filogenético.
Alineamiento de secuencias de adn, árbol fitogenéticoBrayan Chipana
Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados.
Los microarrays son biochips que permiten detectar anomalías en el ADN como deleciones o duplicaciones mediante el uso de pequeños fragmentos de ADN marcados con sustancias fluorescentes. Esto permite diagnosticar enfermedades como el cáncer, la esquizofrenia o el autismo que cursan con alteraciones genéticas, así como realizar diagnósticos simples e incluso reparar genes alterados. Sin embargo, no todas las variaciones en el ADN significan enfermedad y se necesitan más estudios para conocer su implicación.
La bioinformática es la aplicación de métodos computacionales al análisis de datos biológicos. Incluye áreas como el alineamiento de secuencias, la predicción de estructuras de proteínas, el análisis de expresión génica y la genómica comparativa. Los bioinformáticos desarrollan herramientas para extraer información útil de grandes cantidades de datos biológicos y resolver problemas que sobrepasan la capacidad humana.
La bioinformática es un campo interdisciplinario que utiliza técnicas computacionales para organizar y analizar grandes cantidades de datos biológicos. Se aplica a áreas como la genómica, la proteómica y la biotecnología. En Colombia, la bioinformática ofrece herramientas para sistematizar el conocimiento de la gran biodiversidad del país y hacer frente a los desafíos de investigación genómica y otras áreas.
El documento describe los microarreglos y su uso en el estudio del cáncer. Un microarreglo es un conjunto ordenado de genes en una pequeña superficie que permite analizar 10,000 muestras por cm2. Los microarreglos de DNA son una nueva herramienta para la biología molecular y las ciencias genómicas que pueden usarse para estudiar el cáncer.
El documento describe la bioinformática como la aplicación de las matemáticas y la computación para comprender problemas biológicos mediante el desarrollo de bases de datos, algoritmos, herramientas estadísticas e interfaces de usuario. Explica que la bioinformática ha crecido rápidamente debido al aumento masivo de datos biológicos generados por proyectos de secuenciación genómica. Además, destaca algunas de las herramientas y bases de datos clave utilizadas en bioinformática para almacenar y analizar secuencias gené
Enseñanza de la Bioinformatica y la Biología ComputacionalRoberto Pineda
Este documento presenta una visión integral de la bioinformática y la biología computacional, destacando su intersección con disciplinas como la biología, la informática, la cibernética y la teoría de sistemas. Explora temas como la multidisciplinariedad, la interdisciplinariedad, la transdisciplinariedad y la biomimética, y examina herramientas como los algoritmos genéticos, las redes neuronales y la modelización basada en agentes. El documento también traza brevemente la historia del matrimonio
Practica n°03 de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el...RuthApaza8
PRÁCTICA DE SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA UTILIZANDO EL PROGRAMA SNAP GENECON DATOS DEL ARTICULO CIENTIFICO "AISLAMIENTO DE BACTERIAS CON POTENCIAL BIORREMEDIADOR Y ANALISIS DE COMUNIDADES BACTERIANAS DE ZONA IMPACTADA POR PETROLEO EN CONDORCANQUI - AMAZONAS - PERÚ.
Este documento describe una práctica virtual realizada con el software MEGA para construir un árbol filogenético de 30 secuencias del gen 16s rRNA. Se descargaron las secuencias de NCBI, se alinearon y corrigieron en MEGA, y luego se construyó el árbol filogenético usando el método UPGMA, mostrando las relaciones evolutivas entre las especies estudiadas.
El documento describe las técnicas de biología molecular que se usan para manipular el ADN y ARN en organismos. Estas técnicas incluyen aislar, cortar, pegar y amplificar el ADN, así como visualizarlo y cortar regiones específicas con enzimas de restricción. También explica cómo estas técnicas permiten diseñar organismos genéticamente modificados para expresar características deseadas a través de la manipulación y regulación de genes específicos.
Informe n.02 biotecnologia 2021 ruth mayra apaza foraquita - informe de uso ...RuthApaza8
Este informe describe el uso del software MEGA para construir un árbol filogenético utilizando datos del gen 16S. El autor recolectó 30 secuencias del gen 16S de diferentes organismos y las alineó en MEGA. Luego, MEGA generó un árbol filogenético utilizando el método UPGMA que muestra las relaciones evolutivas entre los organismos basadas en las similitudes en sus secuencias del gen 16S.
Práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosaEmilyCusilayme
Este documento describe una práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene con datos de un artículo científico. El objetivo era identificar las secuencias de bacterias en agua y suelo contaminados por petróleo. Se copiaron códigos de acceso de NCBI, se guardaron las secuencias en formato FASTA y se abrieron en SnapGene para visualizar los mapas genéticos lineales y circulares. Finalmente, se concluyó que la metagenómica es una herramienta útil
Bioinformatica calidad y alineamiento de secuencia de adn y generacion de a...leticiamorales38
Este documento describe un análisis bioinformático de 11 secuencias de ADN utilizando el programa BioEdit. Primero, se evalúa la calidad de las secuencias mediante la observación de los picos cromatográficos y la presencia de nucleótidos desconocidos. Luego, se usa la herramienta BLAST en la página NCBI para determinar a qué ser vivo pertenece cada secuencia comparándolas con las bases de datos. Finalmente, se genera un árbol filogenético utilizando el programa MEGA X para mostrar las rel
INFORME DE LA PRACTICA N 04 ANALISIS DE SECUENCIAS DE ADN Y USO DEL BANCO DE ...StefaniBrillyArevalo
1. El documento presenta el análisis de 15 secuencias de ADN utilizando los programas Bioedit y BLAST.
2. Los resultados muestran la calidad de cada secuencia (mala, regular o buena) y el porcentaje de similitud y especie identificada.
3. Se concluye que Bioedit es útil para analizar la calidad de las secuencias y BLAST permite identificar las especies presentes en cada secuencia al compararlas con la base de datos.
Este documento presenta los resultados de una práctica de bioinformática utilizando el programa BioEdit para identificar especies a partir de secuencias de ADN. Se analizaron 15 secuencias y se identificaron diversas especies de Klebsiella, Enterobacter y Bacillus con porcentajes de identificación que variaron entre un 73.75% a un 98.61%. El documento concluye que gracias a las herramientas de bioinformática es posible identificar especies de manera efectiva para mejorar la investigación biotecnológica y ambiental.
El documento describe la simulación de electroforesis en gel de agarosa de secuencias de ADN usando el software SnapGene. Se obtuvieron las secuencias de ADN de un artículo científico y se cargaron en SnapGene. Luego, se simuló la electroforesis en gel de agarosa para visualizar los fragmentos de ADN según su tamaño. Los resultados concuerdan con los reportados en el artículo y demuestran la utilidad de SnapGene para simular experimentos de biología molecular.
Este documento describe el uso del software SnapGene para simular un gel de electroforesis de ADN. Se utilizaron las secuencias de 13 microorganismos obtenidas del NCBI y se cargaron en SnapGene. Luego, se simuló un gel de agarosa que separó las moléculas de ADN según su tamaño, visualizando las secuencias de los 13 microorganismos. El procedimiento permitió familiarizarse con las funciones básicas de SnapGene para la visualización y edición de secuencias de ADN.
SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAPGENE-CUELA CAMACHO AGUSTÍN...AgustnJuniorCuelaCam
Este documento describe la simulación de electroforesis de ADN usando el software SnapGene. Presenta información sobre NCBI, electroforesis, SnapGene y agarosa. Luego detalla los pasos del método, que incluyen descargar secuencias de ADN del NCBI, importarlas a SnapGene, y simular su separación en un gel de agarosa usando la herramienta de simulación de gel de SnapGene. Concluye que SnapGene es útil para visualizar y editar secuencias de ADN, y que la electroforesis separa fragmentos de ADN por tama
simulacion de electroforesis en Gel Agarosa mediante Software SnapGenekatlheen ale espinoza
La electroforesis puede separar fragmentos de ADN y ARN en función de su tamaño, poder visualizarlos mediante una sencilla tinción, y de esta forma determinar el contenido de ácidos nucleicos que se encuentra en una muestra, teniendo una estimación de su concentración y grado de entereza. Podemos además extraer del gel los fragmentos de ADN que sean de interés, para posteriormente utilizarlos en diferentes aplicaciones. Existen programas como el SnapGene que ayudan a simular estos procesos, para poder conocer anticipadamente los resultados de la manipulación que se realicen.
El SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular.
Este documento describe una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software SnapGene. Explica brevemente las funcionalidades de SnapGene y conceptos clave como ADN, ARN, secuencias de ADN y electroforesis. Luego detalla la metodología para realizar la simulación de electroforesis en SnapGene y analizar los resultados obtenidos.
INFORME: SIMULACIÓN MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAP GENE.pdfStefaniBrillyArevalo
El documento describe una simulación molecular del ADN utilizando el software SnapGene. Estudiantes de la Universidad Nacional de Moquegua realizaron la simulación agregando enzimas al plásmido pgem t-easy en SnapGene para adquirir conocimientos sobre el proceso. Primero buscaron y descargaron 10 secuencias al azar del banco de datos NCBI, luego las abrieron en SnapGene y simularon su digestión con enzimas diferentes para cada secuencia. Finalmente obtuvieron un gráfico que muestra los resultados de la simulación.
Simulacion de electroforesis en gel agarosa juan carlos bustinza coilajuancarlos74381
Algunas diferencias principales entre ADN y ARN son:
- Composición: El ADN contiene desoxirribosa mientras que el ARN contiene ribosa como azúcar pentosa en su estructura.
- Ubicación: El ADN se encuentra principalmente en el núcleo celular, mientras que el ARN se encuentra tanto en el núcleo como en el citoplasma de la célula.
- Estructura: El ADN tiene forma de doble hélice, mientras que el ARN puede adoptar diferentes estructuras como simple hélice o bucles.
Simulación de Electroforesis en Gel de Agarosa utilizando el programa Snap GeneBrayan Chipana
SnapGene proporciona una forma sencilla y segura de planificar, visualizar y documentar los procedimientos diarios de biología molecular. El software tiene una interfaz intuitiva que puede realizar visualización de secuencias de ADN, anotación de secuencias, edición de secuencias, clonación, visualización de proteínas y simulación de métodos de clonación comunes.
El documento presenta los resultados de un análisis de secuencia del gen 16S utilizando los programas BioEdit, BLAST y Excel. Se analizaron 3 muestras de ADN y se identificó el tamaño de la secuencia, el organismo y el porcentaje de identidad para cada muestra utilizando las herramientas BioEdit, BLAST y una tabla en Excel.
Informe n°01 analisis de secuencias 16 s- bqBrendaQuirper
El documento presenta los resultados del análisis de 71 secuencias de ADN mediante el uso de herramientas bioinformáticas. La mayoría de las secuencias tuvieron una calidad regular y fueron identificadas como enterobacterias por el programa NCBI BLAST. Los resultados incluyen tablas con la identidad de organismos, tamaños de secuencias y porcentajes de identidad para cada muestra.
INFORME - “SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA CON EL SOFTWARE SNA...DayanaHerrera55
En la actualidad la historia de la Biotecnología ha ido evolucionando, hace siglos atrás descubrimos las enzimas y como poder verlas con ayuda del microscopio, sin embargo, en nuestra época desarrollamos instrumentos más motorizados, con más exactitud, mejor imagen y diagnóstico, lo que nos ayuda a tener una investigación a más a detalle sobre el ADN, siendo una de esas el software SnapGene.
INFORME PRACTICA SIMULACION DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA-SOSA PINO.pdfFlaviaSosaPino
Este documento presenta el informe de una práctica dirigida sobre técnicas moleculares de electroforesis de ADN simulada en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene. El estudiante obtuvo secuencias de ADN de bacterias contaminantes de agua y suelo de un artículo del NCBI, y las cargó en SnapGene para simular una electroforesis y observar el comportamiento de los fragmentos de ADN. El estudiante concluyó que SnapGene es una herramienta útil para este tipo de simulaciones, y reconoció
Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN.
Nos serviría para la aplicación de diversos puntos que tratemos referente a la ingeniería ambiental, como por ejemplo el ADN, ARN, NUCLEOTIDOS, entre otros.
INFORME DE SIMULACION MOLECULAR DE ADN USANDO EL SOFTWARE SNAP GENE.pdfMarisolPariiPm
Este documento presenta una simulación de electroforesis en gel de agarosa de 10 secuencias de ADN bacterianas utilizando el software SnapGene. Se descargaron las secuencias del NCBI y se cargaron en el programa para simular su separación en un gel de agarosa al 1%. Los resultados muestran la migración diferencial de las 10 secuencias a través del gel debido a sus diferencias de tamaño.
Este documento presenta los resultados de una simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el software Snapgene. Se descargaron las secuencias del gen 16S de 10 especies bacterianas de la base de datos NCBI y se cargaron en Snapgene. Luego, se simuló un gel de agarosa del 1% para visualizar el comportamiento de las secuencias al someterlas a electroforesis.
Este documento describe cómo usar el programa bioinformático MEGA DNA para crear dendrogramas a partir de artículos científicos. Se explica el procedimiento de alinear secuencias de ADN obtenidas de la base de datos NCBI y construir un árbol filogenético usando las herramientas de MEGA DNA como MUSCLE y UPGMA. Finalmente, se logra crear un dendograma basado en secuencias de 16S rDNA extraídas de un artículo científico.
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El documento describe una práctica de simulación de electroforesis en gel de agarosa utilizando el programa SnapGene con datos de un artículo científico. La práctica involucra aislar cepas bacterianas con potencial biorremediador de zonas contaminadas con petróleo y analizar sus comunidades bacterianas mediante metagenómica y el programa SnapGene.
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Este documento describe el uso del software MEGA para analizar secuencias genéticas. MEGA permite alinear secuencias de ADN y ARN de diferentes organismos para identificar zonas de similitud. También puede inferir árboles filogenéticos que representan las relaciones evolutivas entre los organismos. El documento explica los pasos para cargar secuencias genéticas en MEGA, alinearlas y generar un árbol filogenético que muestre las relaciones evolutivas entre 10 microorganismos.
La bacteria extremófila cepa FT3 se inmovilizó en perlas de alginato de calcio para producir enzimas exoxilanolíticas. Estas enzimas, llamadas xilanasas, son capaces de degradar la xilana, un polisacárido abundante en plantas. Se estudió la producción de xilanasas mediante cultivos en lote y continuo de la cepa FT3 encapsulada, y se determinó que una concentración óptima de alginato permite una alta actividad enzimática. El biorreactor establecido con la
Este documento presenta una tabla que describe diferentes tipos de microorganismos, incluyendo bacterias y microalgas. Para cada microorganismo, se especifica su tipo metabólico, los metabolitos primarios y secundarios que produce, su fuente de carbono, y cómo podría aplicarse en biotecnología e ingeniería ambiental, por ejemplo en la producción de alimentos, vacunas, biofertilizantes, extracción de metales sin daño ambiental, reducción de cromo en sedimentos marinos, y elaboración de biocombustible.
Este documento describe las aplicaciones ambientales de microorganismos inmovilizados, incluyendo la degradación de contaminantes orgánicos en suelos y aguas. Explica que los microorganismos inmovilizados tienen mayor tolerancia a la toxicidad y estabilidad. También analiza diferentes soportes usados para la inmovilización como alginato de calcio, agar, poliuretano y silica gel, así como estudios sobre la degradación de contaminantes usando microorganismos inmovilizados.
La biotecnología tiene ventajas y desventajas asociadas con su contribución a la sociedad. Se ha desarrollado en varias etapas, desde el cultivo y domesticación de plantas y animales hace miles de años, hasta la ingeniería genética y terapia génica en la actualidad. La biotecnología ambiental ayuda a contrarrestar los efectos de la contaminación mediante el estudio de soluciones a problemas ambientales existentes o potenciales.
El Medio Ambiente(concientizar nuestra realidad)govesofsofi
Este pequeño trabajo tiene como intención concientizar sobre el medio ambiente...menciona las "famosas" islas de basuras y unos jóvenes que intentaron cambiar la realidad de la contaminación, pero como sabemos...no basta con uno o dos para poder lograr grandes cambios, se necesita de todos para poder lograr los. Roma no fue grande a causa de una sola persona...
La fase luminosa, fase clara, fase fotoquímica o reacción de Hill es la primera fase de la fotosíntesis, que depende directamente de la luz o energía lumínica para poder obtener energía química en forma de ATP y NADPH, a partir de la disociación de moléculas de agua, formando oxígeno e hidrógeno.
1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA
AMBIENTAL
ASIGNATURA
TEMA : “Nº1 PRÁTICA VIRTUAL – ANALISIS DE SECUENCIAS”
CURSO : BIOTECNOLOGÍA
DOCENTE : DR. HEBERT HERNAN SOTO GONZALES
ALUMNO : AYRTON CESAR SOTO PAREDES
ILO - PERÚ
2021
2. CONTENIDO
1. INTRODUCCIÓN
2. OBJETIVOS
3. MARCO TEORICO
3.1. SECUENCIACIÓN DEL ADN
3.1.1. ¿QUÉ ES LA SECUENCIACIÓN DEL ADN?
3.1.2. ¿CÓMO SE REALIZA LA SECUENCIACIÓN DEL ADN?
2.1.3. ¿CÓMO SE USA LA SECUENCIACIÓN DE ADN
4. MATARIALES
5. RESULTADOS
6. CONCLUSIONES
7. BIBLIOGRAFÍA
3. ANALISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S
1.INTRODUCCIÓN
La secuenciación genética es una tecnología que permite conocer y descifrar el código
genético que tienen todos los seres vivos. Se trata de ‘leer’ ese código, que contiene
información imprescindible para su desarrollo y funcionamiento, como si de un libro de
instrucciones genéticas se tratase. Estas señas de identidad, que definen las características
y la ‘firma genética’ de los organismos biológicos, vienen ‘inscritas’ en moléculas
llamadas ácidos nucleicos, formadas por nucleótidos.
El BLAST se utiliza habitualmente para comparar una secuencia dada contra toda una
base de datos de millones de secuencias. Producen alineamientos locales entre cada pareja
de secuencias. Además, generan un valor se significación estadística para cada
alineamiento.
BioEdit es otro programa que también nos permite editar alineamientos múltiples tanto
de nucleótidos como aminoácidos, además de hacer diferentes análisis con ellos. es un
editor de alineación de secuencias biológicas. Una interfaz intuitiva para varios
documentos con prestaciones convenientes hace relativamente sencilla la alineación y
manipulación de secuencias en su computadora de escritorio. Varias opciones de
manipulación de secuencias y análisis, además de enlaces a programas externos de
análisis facilitan un entorno de trabajo que le permite ver y manipular secuencias con
sencillas operaciones de señalar y hacer clic.
4. 2.OBJETIVOS
• Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos.
• Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación mediante la aplicación de software libre BIOEDIT en específico el
estudio del gen ribosomal 16S.
3. MARCO TEORICO:
3.1. SECUENCIACIÓN DEL ADN
3.1.1. ¿QUÉ ES LA SECUENCIACIÓN DEL ADN?
La secuenciación del ADN es un método de laboratorio utilizado para
determinar el orden de las bases dentro del ADN. Las diferencias en la
secuencia de los 3 mil millones de pares de bases del genoma humano
conducen a la composición genética única de cada persona. En medicina, la
secuenciación de ADN se usa para diversos propósitos, incluido el
diagnóstico y el tratamiento de enfermedades. En general, la secuenciación
permite a los profesionales de la salud determinar si un gen o la región que
regula un gen contiene cambios, llamados variantes o mutaciones, que están
vinculados a un trastorno.
Al considerar someterte a pruebas genéticas, es importante que busques la
ayuda de un experto en genética, como un genetista médico o un asesor
genético, para interpretar sus resultados: comprender mejor los resultados de
5. las pruebas, sus implicaciones y cualquier riesgo potencial de tener o
transmitir una enfermedad genética a tus hijos.
3.1.2. ¿CÓMO SE REALIZA LA SECUENCIA DEL ADN?
Si bien los métodos para secuenciar el ADN han evolucionado a lo largo de
los años, todos ellos consisten en general en romper las largas cadenas de
ADN en muchas piezas pequeñas y utilizar luego uno de los diversos tipos de
pruebas analíticas para determinar el orden de las bases de nucleótidos que
componen esas piezas. Finalmente, las piezas se ensamblan de nuevo para
recomponer el orden original de la cadena de ADN.
-SECUENCIACIÓN SANGER:
Desarrollado en la década de 1970, este es el método que se utilizó en el
Proyecto Genoma Humano de 1990-2003 para secuenciar por completo el
ADN de un ser humano por primera vez. La secuenciación de Sanger se basa
en productos químicos llamados didesoxinucleótidos, que también se
conocen como nucleótidos de "terminación de cadena". Cuando uno de estos
dideoxinucleótidos se incorpora a una copia creciente de la secuencia de
ADN, ya no se puede agregar ningún otro nucleótido a la cadena después de
él. Cada didesoxinucleótido tiene una "etiqueta" fluorescente única que
permite identificar claramente A, T, C y G.
-Secuenciación masiva – Next Generation Sequencing (NSG)
El Proyecto Genoma Humano, completado en 2003, necesitó más de una
década usando la secuenciación de Sanger para determinar el genoma de un
solo individuo. Ahora es posible secuenciar el genoma humano en cuestión
de días. El tiempo y el coste de la secuenciación han disminuido
6. drásticamente gracias a un grupo de tecnologías de secuenciación masiva
denominado Next Generation Sequencing (NGS). Los métodos NGS son más
rápidos que la secuenciación de Sanger porque secuencian millones de
pequeños fragmentos de ADN de muchas partes diferentes del genoma al
mismo tiempo, en lugar de leer cada vez un solo fragmento de ADN de una
región del genoma. Debido a que todas estas reacciones están ocurriendo al
mismo tiempo, NGS también se conoce como secuenciación masiva.
METODOLOGÍA
Para analizar la calidad de secuencia, primero lo que debemos hacer es buscar la capeta
donde se encuentran los archivos de secuenciamiento
Hacemos click en el archivo que querramos analizar su calidad.
7. Y se nos abrira el archivo del cromatograma.
Luego hacemos una tabla en excel para poder hacer nuestras notas de cada secuencia que
abriremos de los cromatogramas.
Para ver el tamaño de la secuencia le damos click en file y buscamos donde dice
“Export as Fasta, guardamos en un archivo donde quieran guardarlo y para ubicarlo
rapidamente. Se nos guardara el archivo que hemos exportado, poniendo su codigo de
cada secuencia para hallarlo rapido.
Y se nos abrira el archivo y copiamos todo para poder pasarlo al BLAST
8. Luego de copiar las secuencias lo pegamos en la pagina de NCBI y le damos
en BLAST en la parte de abajo y dara los resultados de la secuencia que
hemos escogido.
Una vez nos halla dado los resultados, nuestro presente trabajo solo queremos
sacar cual es su longitud, su nombre científico y su porcentaje y si su calidad
es mala, regular o buena en la cual lo obtuvimos mediante la pagina de NCBI
“BLAST” como se puede observar en la imagen. Para que finalmente los
resultados que requerimos lo colocamos en nuestra hoja de “Excel”
9. 4. MATERIALES
▪ Programa de BioEdit: BioEdit es un editor de alineación de secuencias biológicas.
Una interfaz intuitiva para varios documentos con prestaciones convenientes hace
relativamente sencilla la alineación y manipulación de secuencias en su
computadora de escritorio. Varias opciones de manipulación de secuencias y
análisis, además de enlaces a programas externos de análisis facilitan un entorno
de trabajo que le permite ver y manipular secuencias con sencillas operaciones de
señalar y hacer clic.
▪ Computadora: Para poder realizar nuestro trabajo
▪ NCBI: El Centro Nacional para la Información Biotecnológica es parte de la
Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos, una rama de los Institutos
Nacionales de Salud.
▪ EXCEL: Es un programa computacional incluido en el paquete Microsoft Office,
y sirve para la creación, manejo y modificación de hojas de cálculo. Se puede
utilizar en varios dispositivos y sistemas operativos.
10. 5.RESULTADOS
CÓDIGO
CALIDAD DE LA SECUENCIA TAMAÑO DE
LA
SECUENCIA
ORGANISMO
% DE
IDENTIDAD
BUENA MALA REGULAR
DIVERSOS-_H10_16_16.ab1 948 ENTEROBACTER 84,59%
DIVERSOS-_H09_8_15.ab1 X 1262 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_H07_8H_15.ab1 X 1101 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_G10_15_14.ab1 X 950 ENTEROBACTER CLOACAE 96,28%
DIVERSOS-_G09_7_13.ab1 X 935 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_G07_7H_13.ab1 931 KOSAKONIA ORYZAE 92,16%
DIVERSOS-_F10_14_12.ab1 X 1204 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_F09_6_11.ab1 956 KLEBSIELLA 83,93%
DIVERSOS-_F07_6H_11.ab1 X 915 ENTEROBACTER LUDWIGII 96,22%
DIVERSOS-_E10_13_10.ab1 X 1057 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_E09_5_09.ab1 981 KLEBSIELLA PNEUMONIAE 89,35%
DIVERSOS-_E08_13H_10.ab1 932 PROTEOBACTERIUM 73,24%
DIVERSOS-_E07_5H_09.ab1 X 926 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_D10_12_08.ab1 986 PSEUDOMONAS GUARICONENSIS 83,87%
DIVERSOS-_D09_4_07.ab1 983 PHYTOBACTER DIAZOTROPHICUS 89,23%
DIVERSOS-_D08_12H_08.ab1 X 963 bacteria no cultivada 85,40%
DIVERSOS-_D07_4H_07.ab1 X 928 bacteria no cultivada 90,18%
DIVERSOS-_C11_19_05.ab1 X 950 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_C10_11_06.ab1 X 979 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_C09_3_05.ab1 X 944 Phytobacter diazotrophicus 86,91%
11. DIVERSOS-_C08_11H_06.ab1 X 965 Enterobacter sp. NA10140 92,51%
DIVERSOS-_C07_3H_05.ab1 X 963 Enterobacter sp. NA10140 92,53%
DIVERSOS-_B11_18_03.ab1 X 993 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_B10_10_04.ab1 X 1020 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_B09_2_03.ab1 X 939 Klebsiella oxytoca 84,01%
DIVERSOS-_B08_10H_04.ab1 X 958 Leclercia adecarboxilata 85,62%
DIVERSOS-_B07_2H_03.ab1 X 944 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_A11_17_01.ab1 X 1163 NEGATIVO 0%
DIVERSOS-_A10_9_02.ab1 X 925 bacteria no cultivada 87,70%
DIVERSOS-_A09_1_01.ab1 X 1007 Pseudomonas sp. 82,08%
DIVERSOS-_A08_9H_02.ab1 X 908 Herbaspirillum seropedicae 91,51%
DIVERSOS-_A07_1H_01.ab1 X 978 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_15-
456NZ_G02_14.ab1
X 903 Bacillus sp. S82 91,48%
USER_04set2007_14-483H_F02_12.ab1 X 947 Enterobacter asburiae 86,09%
USER_04set2007_13-
483NZ_E02_10.ab1
X 891 Enterobacter sp. 89,55%
USER_04set2007_12-
526YZ_D02_08.ab1
X 880 Klebsiella sp. BR3357 95,25%
USER_04set2007_11-
375NZ_C02_06.ab1
X 976 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_10-88H_B02_04.ab1 X 971 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_09-
419YZ_A02_02.ab1
X 896 bacteria no cultivada 96,45%
USER_04set2007_08-375H_H01_15.ab1 X 1002 NEGATIVO 0%
USER_04set2007_07-
419Y1_G01_13.ab1
X 980 Enterobacter sp. WF14-6 98,61%
USER_04set2007_06-
526Y1_F01_11.ab1
X 989 Klebsiella pneumoniae 95,91%
12. USER_04set2007_05-88AZ_E01_09.ab1 X 839 Klebsiella pneumoniae 93,07%
USER_04set2007_04-88NZ_D01_07.ab1 X 872 Klebsiella pneumoniae 94,39%
USER_04set2007_03-
419AZ_C01_05.ab1
X 895 Klebsiella sp. MPUS7 97,35%
USER_04set2007_02-
526NZ_B01_03.ab1
X 877 Klebsiella variicola 86,71%
USER_04set2007_01-
419NZ_A01_01.ab1
X 950 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_21_E04_10.ab1 X 866 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_20_D04_08.ab1 X 949 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_19_C04_06.ab1 X 1116 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_18_B04_04.ab1 X 951 Enterobacter sp. 79,83%
usuarios_12set2007_17_A04_02.ab1 X 1056 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_3Y2_H04_16.ab1 X 1006 NEGATIVO 0%
usuarios_12set2007_2Y2_G04_14.ab1 X 1005 Herbaspirillum seropedicae 81,20%
usuarios_12set2007_1Y2_F04_12.ab1 X 984 proteobacterias no cultivadas 81,62%
user_12set2007_16_H04_16.ab1 X 959 NEGATIVO 0%
user_12set2007_15_G04_14.ab1 X 944 Klebsiella variicola 89,38%
user_12set2007_14_F04_12.ab1 X 977 Pantoea deleyi 94,92%
user_12set2007_13_E04_10.ab1 X 928 NEGATIVO 0%
user_12set2007_12_D04_08.ab1 X 860 NEGATIVO 0%
user_12set2007_11_C04_06.ab1 X 959 NEGATIVO 0%
user_12set2007_10_B04_04.ab1
X 964
clon RsDiSp8 de Treponema no
cultivado
77,06%
user_12set2007_09_A04_02.ab1 X 1163 NEGATIVO 0%
user_12set2007_08_H03_15.ab1 X 991 NEGATIVO 0%
user_12set2007_07_G03_13.ab1 X 1185 NEGATIVO 0%
user_12set2007_06_F03_11.ab1 X 1347 NEGATIVO 0%
13. user_12set2007_05_E03_09.ab1 X 921 Enterobacter sp. 89,23%
user_12set2007_04_D03_07.ab1 X 983 Kosakonia oryzae 81,30%
user_12set2007_03_C03_05.ab1 X 997 Klebsiella variicola 75,12%
user_12set2007_02_B03_03.ab1 X 1024 NEGATIVO 0%
user_12set2007_01_A03_01.ab1 X 942 Kosakonia radicincitans 81,90%
En los siguientes rultados fueron producto a todos los archivos que queriamos saber su calidad de secuencia que fueron un total de 71 muestras de
cromatogramas, de las 71 muestras 30 fueron Malas, 10 fueron Buenas y 30 fueron regulares.
6.CONCLUSIONES
Como conclusion se pudo observar gracias al BLAST como son las secuencias de de cada archivo que hemos querido observar, hemos podido
obervar su longitud, que nombre cientifico era, su porcentaje y si tenia buena, regular o mala secuencia, nos ayuda mucho este pograma informático,
ya que el BLAST es la herramienta mas usada para la anotación y predicción funcional de genes o secuencias proteicas.