Este documento presenta un bloque de biología estructural que incluye la identificación de bacterias, actividad celulasa, predicción de genes, clonación y expresión de genes, y simulación de plegamiento proteico. Se analizan homólogos de proteínas celulolíticas encontrados en UniProt y su estructura terciaria 1L1Y mediante BLAST. El documento guía el análisis de esta estructura 3D y las interacciones polares clave de residuos como Glu76, Glu87, Asp520 y Trp645/His

1. Profesores:
Jose
F.
Sanchez
(Dept.
Gené+ca,
Micro.
y
Estadís+ca)
jfsanchezherrero@ub.edu
Olga
Tura
(Dept.
Bioq
y
Biomed.
Molecular)
olgaturac@gmail.com

2. Bloque
IV:
Biología
Estructural

3. Iden9ficació
de
bacteris

4. Genoteca
DNA
Ac+vidad
celulasa

5. Predicció
de
gens
en
seqüències
anònimes
Translate
tool
EXPASY
1
forward
2
forward
3
forward
1
reverse
2
reverse
3
reverse

6. Predicció
de
gens
en
seqüències
anònimes
FgenesB

7. Clonació
i
expressió
de
gens

8. Interés
biotecnológico
Análisis
bioquímico

9. Reciclaje
Papel/Cartón

10. Síntesis
a
escala
industrial

11. Bioreactor
Sistema
expresión:
E.coli
Medio
de
cul+vo
Selección
an+bió+cos

12. Problema
• Temperatura
óp+ma
E.
coli:
37
ºC
• Temperatura
óp+ma
Lactobacillus
barcinonensis:
25
ºC
• ¿Se
plegarán
correctamente
las
proteínas?

13. Desnaturalización

14. Simulación
• Plegamiento
proteína
• Estabilidad
• Factores:
– Medio
de
cul+vo
– Temperatura

15. Estructura
terciaria
• No
existe
de
nuestra
proteína
• ¿Y
de
algún
homólogo?

16. UNIPROT
Q8KKF7:
Cellulose
1,4-­‐beta-­‐cellobiosidase
Q9Z4I1:
Endoglucanase

17. Búsqueda
de
homólogos
• Con
estructura
terciaria
• BLASTP:
– Secuencia
Q8KKF7/Q9Z4I1
– Base
de
datos:
Protein
Databank
proteins
(PDB)

18. BLAST

19. BLAST

20. ¿Son
realmente
homólogos?

21. Estructura
1L1Y
• Análisis
estructura
3D
• Responder
preguntas
guión

22. Interacciones
polares
measure
range
0
3.5
(*:A.O??
or
*:A.N??)
(679-­‐680:A.O??)
Comando
Jmol:

23. Interacciones
polares

24. Interacciones
polares
GLU
76
GLU
87
ASP
520
TRP
645
HIS
646

25. BLAST

26. Simulación
Estructura