Magdalena nació en Japón en el siglo XVII en una familia noble y cristiana. Sus padres y hermanos fueron martirizados por su fe. Ella se consagró a Dios y ayudó a los pobres y enfermos durante la persecución de cristianos. Finalmente, fue arrestada y martirizada después de resistir 13 días de tortura por negarse a renunciar a su fe, ahogándose cuando inundaron la fosa donde estaba suspendida.