Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud, que podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados.

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UNIVERSIDAD NACIONAL
DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE
INGENIERÍA AMBIENTAL
“ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE ADN Y GENERACIÓN DE
UN ÁRBOL FITOGENÉTICO”
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
ESTUDIANTE:
CHIPANA CONDORI, BRAYAN ALEXANDER
CÓDIGO:
2018205085
DOCENTE:
Dr. SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
18 de Octubre del 2021 – ILO

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CONTENIDO
INTRODUCCION ............................................................................................................ 3
OBJETIVOS.................................................................................................................... 4
Objetivo General.......................................................................................................... 4
Objetivo Especifico ...................................................................................................... 4
MATERIALES ................................................................................................................. 4
MARCO TEÓRICO.......................................................................................................... 4
MEGA X....................................................................................................................... 4
Mega En Plataformas Informáticas (MegaX) ............................................................... 4
Árbol filogenético ......................................................................................................... 5
METODOLOGÍA ............................................................................................................. 5
RESULTADOS.............................................................................................................. 16
CONCLUSIONES.......................................................................................................... 17
BIBLIOGRAFÍA ............................................................................................................ 18

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INTRODUCCION
En lasegunda parte se utilizó el programa MEGA para la construcción de un árbol
filogenético que contenía el gen NIFH con 15 secuencias. Para la obtención del árbol
se realizó una serie de pasos manipulando el programa MEGA.
MEGA DNA es un software el cual ha sido diseñada para el análisis comparativo de
secuencias de genes homólogos, ya sea de familias multigénicas o de diferentes
especies. (SudhirKumar,2018)
Permite realizar una identificación más rápida de microorganismos, bacterias, hongos y
la construcción de un árbol filogenético. De manera profundizada más acerca del a
utilización de esta herramienta que nos facilita su análisis mediante diversas funciones
que contiene, a su vez permitirá conocer el funcionamiento de un árbol filogenético de
cada una de las muestras que se vaya analizar. (SudhirKumar,2018)
Cuando hablamos de una moléculade ADN, nos referimos a un Acido
Desoxirribonucleico. Ya que esta es una molécula de gran peso
molecular(macromolécula), constituida por tres sustancias distintas: ácidofosfórico, un
monosacáridos aldehído del tipo pentosa(ladesoxirribosa), y una base nitrogenada que
puede ser púrica (por ser derivada de la purina de dos anillos heterocíclicos)
opirimidinica (por ser derivada de la pirimidina de un solo anillo)
(ChristopherP.Austin,s.f.)
Estas bases son anillos heterocíclicos, compuestos además de carbono e hidrogeno
por nitrógeno. Dichas bases son cinco, adenina, timina, guanina y citosina, pero
también se encuentra el uracilo que es correspondiente del ARN. La unión de las bases
nitrogenadas con el azúcar forma un nucleosido, éste, unido al fósforo da como
resultado un nucleótido. (HOMERO,2008)

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OBJETIVOS
Objetivo General
Evaluar la calidad y alimento de ADN y generar un arbol filogenetico en base al gen
niFH.
Objetivo Especifico
- Reconocer la calidad de las secuencias de ADN (buena o mala).
- Realizar el alineamiento
- Elaboración de un árbol filogenético del gen NIFH.
MATERIALES
- Software MEGAX
- Una laptop
- Conectividad a internet
MARCO TEÓRICO
MEGA X
Es un software informático para realizar análisis estadísticos de la evolución molecular
y para construir árboles filogenéticos. Incluye muchos métodos sofisticados y
herramientas para filogenética y filomedicina.
Mega En Plataformas Informáticas (MegaX)
MEGA se desarrolló por primera vez para MS DOS a principios de la década de 1990
(Kumaretal.1994) y luego se actualizó para su uso en MS Windows ocho veces,
incluyendo MEGA1 a MEGA6 y MEGA-CC y MEGA-MD (Kumaretal.2001,2016).
Por lo tanto, MEGA se ha transformado en una versión multiplataforma que se ejecuta

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de forma nativa en Linux y Microsoft Windows. Este avance elimina la limitación
exclusiva de Windows de MEGA, que se ha vuelto particularmente aguda debido al
creciente uso de Linux en la investigación biológica. Esta transformación también
allana el camino para el desarrollo de una versión MEGA X para marcos en un futuro
próximo.
Árbol filogenético
Es un esquema arborescente que muestra las relaciones evolutivas entre varias
especies u otras entidades que se cree que tienen una ascendencia común. Se
construyen tomando en cuenta la evolución biológica, basándose en la evidencia de
que todos los organismos son descendientes de un ancestro común. Así, todos los
organismos, ya sean vivos o extintos, se encuentran emparentados en algún grado.
(Kham,2015)
METODOLOGÍA
Inicio de la práctica
- Abrimos el Software MEGA X

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- Hacemos clic en ALING y damos otro clic en Query Databanks
- Al abrir Query Databanks nos abrirá una página de Home-Nucleotide

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- En nucleótido se pone NIFH, la cual dará muchas muestras y solo se escogerá
10.
- Damos el primer clic en la primera muestra.

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- Obtenemos.
- Dar clic en T Add Alignmet

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- Obtenemos lo siguiente y le damos clic en OK

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- Al dar OK se abre una página de MIX: Aliganment Explorer
- Y para todas las muestras se hará el mismo procedimiento, obtenemos de la
siguiente manera.

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Alineamiento de secuencia de ADN Bacteriano
- Dar clic a EDIT, Buscar SELECT ALL y darle clic, lo cual obtendremos lo
siguiente:

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- Damos clic en el MUSCULO y dar en ALING DNA.
- Obtenemos el alineamiento de las muestras insertadas.
- Eliminación de columnas vacías, Seleccionando y dando clic a X

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- Al eliminar se obtiene de la siguiente manera.
Formulación del árbol filogenético
- Dar clic a DATA, clic en EXPORTAR, clic en MEGA FORMAL/ALINEAMIENTO,
clic en guardar.

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- Guardar con el nombre de ALINEAMIENTO.
- El segundo nombre se le pondrá ALINEMIENTO y darle clic en OK, dar clic en
YES para la confirmación.

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- Ir a MEGA X, clic en PHYLOGENY otro clic en CONSTRUCT/TES UPGMA
TREE.
-
- Clic en OK.

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- Obtenemos el ÁRBOL FITOGENÉTICO
RESULTADOS
Para la realización de esta filogenia se puede establecer analizando las similitudes y
las diferencias de los rasgos. Las especies que comparten muchos rasgos están
estrechamente relacionadas y se sitúan cerca en el árbol de vida.
Se utilizo la herramienta MUSCLE para la alineación de las 15 secuencias del Gen
nifH, después se procedió a la elaboración del árbol filogenético.
El primer grupo está conformado por Mesorhizobium albiziae y Mesorhizobium
septentrionale. Estas dos son especies próximas ya que presentan una cercanía de
100%, este grupo se encuentra a una cercanía de 98% con la especie Mesorhizobium
sp.
El segundo grupo está conformado por Azospirillum brasilense y
Azospirillumformosense. Estas dos son especies próximas y a que presentan una
cercanía de 100%, este grupo se encuentra a una cercaníade 53%con el género

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Mesorhizobium.
La especie Rhizobium leguminosarum bv trifollino es próxima debido a su cercanía de
35% y la especie Rhizobiumleguminosarumbvviciae tampoco se encuentra próxima
debido a su cercanía 30%.
CONCLUSIONES
Este documento describe un método para la construcción del árbol filogenético
para el gen niFH. Se obtuvo el árbol filogenético del gen nifH con 15 secuencias
con el programa bioinformático MEGA el cual es muy fácil de manejar y es una
herramienta muy útil para cualquier bioinformático y un programa de cajón para
cualquier laboratorio.
En el programa mega, se puede observar que en algunas bacterias tienen relación
una con otra y también ofreció una explicación sólida de porqué las especies
cambian con el tiempo y porqué están tan bien adaptadas a sus hábitats.
Es importante mencionar, que este trabajo muestra tan solo una pequeña parte de
las investigaciones desarrolladas, pero las opciones para nuevas investigaciones
son amplias. Sin embargo, son aún pocos los médicos que poseen la información
o experiencia necesaria para comprender estas investigaciones.

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BIBLIOGRAFÍA
ChristopherP.Austin,M.(s.f.).ADN(ÁcidoDesoxirribonucleico).Obtenidodehttps://w
ww.genome.gov/es/ge netics-glossary/ADN-acido-
Desoxirribonucleico#:-
:text=ADN%20es%20el%20nombre%20qu%C3%ADmic
o,(desoxirribosa)%20y%20grupos%20fosfato.
DeNecochea,R.,
&Canul,J.(2004).Métodosfisicoquímicosenbiotecnología:Secuenciaciónde
ácidosnucleicos.InstitutodeBiotecnología.México:UniversidadNacionalAut
ónomade México.
Hall,T.,Biosciences,l.,&C.A.,C.(2011).BioEdit:Unsoftwareimportanteparalabiologí
amolecular.GERFBulletinofBiosciences,60-61.
HOMERO, D. (2008). COMPUESTOS HETEROCICLICOS. Obtenido de
https://www.fcnym.unlp.edu.ar/catedras/quimicaorg/practicas/12_Guia_y_TP
12
_Compuestos_Heterociclicos.pdf
Kham.(2015).Obtenidodehttps://es.khanacademy.org/science/ap-
biology/natural-selection/phylogeny/a/building-an-evolutionary-tree
Stansfield, W.(1992).Genética.México.
SudhirKumar,G.
S.(2deMayode2018).MolecularBiologyandEvolution.Obtenidodehttps://doi.
org/10.1093/molbev/msy096