El tercer ventrículo se encuentra entre los hemisferios cerebrales y tiene forma de embudo. Sus paredes forman parte del diencéfalo. El diencéfalo contiene estructuras importantes como el tálamo y el hipotálamo. El tálamo es el núcleo más grande y conecta la mayoría de las fibras nerviosas, mientras que el hipotálamo controla funciones vitales y la neurohormona. El diencéfalo juega un papel clave en el comportamiento, la memoria y la conducta.