El mesencéfalo se divide en dos porciones, anterior y posterior, separadas por el acueducto cerebral. Contiene estructuras importantes como los colículos superiores e inferiores, la sustancia negra y el núcleo rojo, involucrados en funciones motoras y sensoriales. Además conecta el cerebelo y prosencéfalo a través de los pedúnculos cerebrales y contiene los núcleos de los nervios craneales III y IV.