Los pueblos indígenas son los habitantes del país en una situación de mayor desventaja con respecto a la población en general. La marginación y el rezago educativo y social, se ve agravado con la discriminación, que obstaculiza el acceso a sus derechos básicos y prolonga su situación de desfavorecidos. Pese que la sociedad mexicana simpatiza con un discurso de igualdad y tolerancia, en la realidad, la discriminación es una práctica social corriente contra miembros de pueblos indígenas lo que vulnera aún más su situación, muchas veces auspiciada institucionalmente. El objetivo de la contribución es mostrar cómo las condiciones socioeconómicas de los pueblos indígenas no han mejorado pese al discurso de buena gobernanza y derechos humanos que los gobiernos en turno han pregonado. Esta situación es un reflejo de una discriminación velada, institucionalizada y estructural de la que son objeto. Para ello se analizaron las Encuestas Nacionales contra la Discriminación, algunos datos socioeconómicos arrojados por el Censo de Población y Vivienda de 2010 e informes de marginación del CONEVAL para explicar cómo la discriminación es una práctica social e institucional arraigada que quebranta los principios de buena gobernanza y de derechos humanos para el bienestar integral de los pueblos indígenas.