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Proteómica
¿Cómo abordamos el
estudio y comprensión de
un sistema biológico?
Genoma: representación estatica de
una sistema biológico.
Transcriptoma: representación de la
expresión génica en estado fisiológico
determinado.
Proteoma: Visión integrada de
las proteínas en un proceso
biológico.
1. Si y cuándo un RNA se traduce.
2. La concentración relativa de productos génicos.
3. Modificaciones postraduccionales.
4. Represiones y sobreexpresiones génicas.
5. Fenotipos resultantes de la actuación de múltiples
genes.
A partir de la secuencia del DNA no se
puede predecir:
•Sistemático: estudio global de la
expresión proteica, es decir, identificación de
todas las proteínas en referencia a un estado
fisiológico determinado.
•Pragmático: propone comparar la
expresión proteíca de dos situaciones
fisiológicas y establecer mapas
bidimensionales.
La proteómica plantea objetivos
complementarios:
1. Sistemático. Analizar:
• Modificaciones postraduccionales.
• Localización subcelular.
• Interacción con otras moléculas.
• Estado fisiológico de la toma de muestra.
2. Pragmático. Estudios de expresión diferencial
de proteínas en diferentes estados fisiológicos:
• Medicina.
• Toxicología.
• Farmacología.
Aplicación
1. SEPARAR LAS PROTEÍNAS
• Preparar la muestra.
• Tecnicas de separación:
 Cromatografía.
 Electroforesis 2D.
2. MEDIR ALGUNA PROPIEDAD INTRINSECA:
• Masa, espectrometría de masas.
3. COMPARACIÓN CON BASES DE DATOS.
• PMF = Peptide Mass Fingerprinting.
¿Cómo se caracteriza una mezcla
proteica?
Isoelectroenfoque
Una solucion de
anfolitos es
incorporada en
un gel
Se genera un
gradiente estable
de pH tras la
aplicación de un
campo eléctrico
Se añade una
solución con
proteínas y se
reaplica un
campo eléctrico
Tras la tinción, las
proteínas aparecen
distribuidas a lo largo
del gradiente de pH
de acuerdo con su
valores de pI
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Primera
dimensión:
Isoelectroenfoque
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dimensión:
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de poliacrilamida/SDS
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Proteómica: Estudio global de la expresión proteica

  • 2. ¿Cómo abordamos el estudio y comprensión de un sistema biológico?
  • 3. Genoma: representación estatica de una sistema biológico. Transcriptoma: representación de la expresión génica en estado fisiológico determinado. Proteoma: Visión integrada de las proteínas en un proceso biológico.
  • 4. 1. Si y cuándo un RNA se traduce. 2. La concentración relativa de productos génicos. 3. Modificaciones postraduccionales. 4. Represiones y sobreexpresiones génicas. 5. Fenotipos resultantes de la actuación de múltiples genes. A partir de la secuencia del DNA no se puede predecir:
  • 5. •Sistemático: estudio global de la expresión proteica, es decir, identificación de todas las proteínas en referencia a un estado fisiológico determinado. •Pragmático: propone comparar la expresión proteíca de dos situaciones fisiológicas y establecer mapas bidimensionales. La proteómica plantea objetivos complementarios:
  • 6. 1. Sistemático. Analizar: • Modificaciones postraduccionales. • Localización subcelular. • Interacción con otras moléculas. • Estado fisiológico de la toma de muestra. 2. Pragmático. Estudios de expresión diferencial de proteínas en diferentes estados fisiológicos: • Medicina. • Toxicología. • Farmacología. Aplicación
  • 7. 1. SEPARAR LAS PROTEÍNAS • Preparar la muestra. • Tecnicas de separación:  Cromatografía.  Electroforesis 2D. 2. MEDIR ALGUNA PROPIEDAD INTRINSECA: • Masa, espectrometría de masas. 3. COMPARACIÓN CON BASES DE DATOS. • PMF = Peptide Mass Fingerprinting. ¿Cómo se caracteriza una mezcla proteica?
  • 8. Isoelectroenfoque Una solucion de anfolitos es incorporada en un gel Se genera un gradiente estable de pH tras la aplicación de un campo eléctrico Se añade una solución con proteínas y se reaplica un campo eléctrico Tras la tinción, las proteínas aparecen distribuidas a lo largo del gradiente de pH de acuerdo con su valores de pI
  • 9. Electroforesis bidimensional Primera dimensión: Isoelectroenfoque Segunda dimensión: Electroforesis en gel de poliacrilamida/SDS El gel de isoelectroenfoque se situa en un gel de de poliacrilamida/SDS
  • 10. Mas de 1000 proteínas de E. coli
  • 12.
  • 14. ICAT
  • 15. Identificación y caracterización de proteínas por espectrometría de masas
  • 16. Identificación y caracterización de proteínas por espectrometría de masas