Se realizaron análisis fisicoquímicos del agua de la Laguna de Zupitlán en cuatro meses de 2008 para establecer su calidad. La calidad del agua para riego es aceptable, excepto por su baja salinidad y alta concentración de cadmio. Los análisis mostraron contaminación con amonio, cobre, plata, cadmio y plomo que afectan la sobrevivencia de los peces según los límites recomendados para la vida acuática.