San Martín asumió el gobierno del Perú como Protector. Aunque los realistas aún eran poderosos, se hizo necesaria la ayuda de Bolívar para lograr la independencia. San Martín se reunió con Bolívar en Guayaquil para coordinar esfuerzos pero no lograron un acuerdo. Desilusionado, San Martín renunció y dejó a Bolívar a cargo de terminar la independencia del Perú y América del Sur.