Los hongos, levaduras y bacterias pueden causar alteraciones en la materia prima que producen efectos negativos. Los hongos incluyen mohos como Penicillium y levaduras como Saccharomyces cerevisiae que se usa en la fermentación del vino. Las bacterias incluyen formas como cocos, bacilos y espirilos. Algunas son patógenas y otras viven en simbiosis. Pueden causar descomposiciones como la gris, blanda, azul o negra; y enfermedades como la antracnosis o podred