La contaminación natural ocurre sin la intervención humana y puede ser dañina. Incluye materiales diluidos en el agua por seres acuáticos, restos animales y vegetales, y minerales cerca del agua. Los terremotos, huracanes y volcanes pueden propagar partículas contaminantes en el aire, agua y suelo. Algunos minerales y elementos como el mercurio contaminan naturalmente el agua, aunque generalmente en pequeñas cantidades.