La sinfonía No. 39 de Haydn sigue la estructura clásica de cuatro movimientos. El primer movimiento emplea la forma sonata con un tema principal dramático presentado en sol menor y un segundo tema más alegre en si bemol mayor. El segundo movimiento es un Andante en mi bemol mayor con una textura homogénea. El tercer movimiento es un minueto enérgico en sol menor. El cuarto movimiento final es un allegro en forma sonata con un tema principal enérgico y un segundo tema contrastante en si bemol mayor.