Este informe presenta el proceso de elaboración de un dendrograma utilizando el programa bioinformático MEGA DNA a partir de artículos científicos. Se describen los materiales y métodos utilizados, que incluyen la obtención de secuencias de ADN de las especies de interés de los artículos, su alineamiento y análisis filogenético para construir el dendrograma. Los resultados muestran un dendrograma con aproximadamente 40 ramas y 22 puntos de ramificación que representan las relaciones evolutivas entre las especies.
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...AnyeliCossiCruz
Este documento describe el uso del programa bioinformático MEGA DNA para elaborar dendrogramas a partir de artículos científicos. Explica que MEGA DNA permite alinear secuencias de ADN, construir árboles filogenéticos y analizar relaciones evolutivas. También presenta algunas aplicaciones de MEGA DNA en ingeniería ambiental como el análisis de comunidades ecológicas, diagnóstico de enfermedades y análisis de bacterias y hongos. El objetivo de la práctica es que los estudiantes
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...JosueCalcinaFuentes1
Este documento describe los pasos para elaborar dendrogramas a partir de artículos científicos utilizando el programa bioinformático MEGA DNA. Se obtuvieron 31 códigos de ADN de un artículo y se alinearon y analizaron las secuencias utilizando MEGA DNA, generando un dendrograma filogenético similar al del artículo original. El proceso permitió aprender sobre el uso de herramientas bioinformáticas para el análisis evolutivo molecular.
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...DayanaHerrera55
El análisis genético evolutivo molecular (MEGA) es un programa de software bioinformático
para el análisis de secuencias de ADN y proteínas. Es ampliamente utilizado entre biólogos e
investigadores de bioinformática para el análisis filogenético, la reconstrucción del estado de
los caracteres y la alineación de secuencias. El software MEGA permite a los usuarios
construir árboles evolutivos para datos de secuencia y también incluye varios programas para
el análisis estadístico de la evolución molecular.
Este documento presenta la metodología y resultados de la elaboración de la estructura del ADN en papel como una manualidad educativa. Describe los materiales y pasos utilizados, que incluyeron marcar y unir las bases nitrogenadas del ADN usando diferentes colores de papel, y luego cortar y ensamblar las piezas para formar la doble hélice. El objetivo era ampliar el conocimiento sobre la estructura fundamental del ADN y su importancia en la biología.
El documento presenta los resultados de un análisis de secuencia del gen 16S utilizando los programas BioEdit, BLAST y Excel. Se analizaron 3 muestras de ADN y se identificó el tamaño de la secuencia, el organismo y el porcentaje de identidad para cada muestra utilizando las herramientas BioEdit, BLAST y una tabla en Excel.
Este informe describe la simulación molecular de ADN utilizando el software SnapGene. Se explica cómo se utilizó SnapGene para importar secuencias de ADN de un artículo científico, simular su electroforesis en gel de agarosa y analizar sus secuencias. Las conclusiones son que SnapGene es una herramienta efectiva para visualizar y analizar fragmentos de ADN y comprender mejor su estructura y función.
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...AnyeliCossiCruz
Este documento describe el uso del programa bioinformático MEGA DNA para elaborar dendrogramas a partir de artículos científicos. Explica que MEGA DNA permite alinear secuencias de ADN, construir árboles filogenéticos y analizar relaciones evolutivas. También presenta algunas aplicaciones de MEGA DNA en ingeniería ambiental como el análisis de comunidades ecológicas, diagnóstico de enfermedades y análisis de bacterias y hongos. El objetivo de la práctica es que los estudiantes
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...JosueCalcinaFuentes1
Este documento describe los pasos para elaborar dendrogramas a partir de artículos científicos utilizando el programa bioinformático MEGA DNA. Se obtuvieron 31 códigos de ADN de un artículo y se alinearon y analizaron las secuencias utilizando MEGA DNA, generando un dendrograma filogenético similar al del artículo original. El proceso permitió aprender sobre el uso de herramientas bioinformáticas para el análisis evolutivo molecular.
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...DayanaHerrera55
El análisis genético evolutivo molecular (MEGA) es un programa de software bioinformático
para el análisis de secuencias de ADN y proteínas. Es ampliamente utilizado entre biólogos e
investigadores de bioinformática para el análisis filogenético, la reconstrucción del estado de
los caracteres y la alineación de secuencias. El software MEGA permite a los usuarios
construir árboles evolutivos para datos de secuencia y también incluye varios programas para
el análisis estadístico de la evolución molecular.
Este documento presenta la metodología y resultados de la elaboración de la estructura del ADN en papel como una manualidad educativa. Describe los materiales y pasos utilizados, que incluyeron marcar y unir las bases nitrogenadas del ADN usando diferentes colores de papel, y luego cortar y ensamblar las piezas para formar la doble hélice. El objetivo era ampliar el conocimiento sobre la estructura fundamental del ADN y su importancia en la biología.
El documento presenta los resultados de un análisis de secuencia del gen 16S utilizando los programas BioEdit, BLAST y Excel. Se analizaron 3 muestras de ADN y se identificó el tamaño de la secuencia, el organismo y el porcentaje de identidad para cada muestra utilizando las herramientas BioEdit, BLAST y una tabla en Excel.
Este informe describe la simulación molecular de ADN utilizando el software SnapGene. Se explica cómo se utilizó SnapGene para importar secuencias de ADN de un artículo científico, simular su electroforesis en gel de agarosa y analizar sus secuencias. Las conclusiones son que SnapGene es una herramienta efectiva para visualizar y analizar fragmentos de ADN y comprender mejor su estructura y función.
INFORME 05 - Filogenia molecular de genes ribomales y construcción de un dend...Yanira Mamani Velasquez
Análisis de secuencias biológicas debido a su gran importancia dentro de la biotecnología. Aplicación del software MEGA y creación de un árbol filogenético.
Este documento compara la biología molecular y la vulnerabilidad social en el síndrome de Turner. Explica que los avances en biología celular, molecular y otras disciplinas biomédicas pueden ayudar a comprender y tratar problemas médicos como el síndrome de Turner. También señala que las niñas con este síndrome a menudo enfrentan dificultades en las relaciones sociales que es importante abordar de manera interdisciplinaria. El conocimiento científico del cuerpo a nivel celular y molecular, junto con otros enfoques, pueden
El documento describe el código genético, el genoma humano y el Proyecto Genoma Humano. El código genético contiene la información para determinar los rasgos de las especies. El genoma es la secuencia de nucleótidos que constituye el ADN. El Proyecto Genoma Humano buscó descubrir todos los genes humanos y su secuencia para estudiar las enfermedades genéticas.
El documento presenta una breve historia de la bioinformática, desde los descubrimientos de la estructura del ADN y la secuenciación de proteínas en los años 50 hasta la construcción del primer circuito integrado en 1958. Luego define la bioinformática como una disciplina científica emergente que utiliza la tecnología de la información para organizar, analizar y distribuir información biológica con el fin de responder preguntas complejas en biología. Finalmente, destaca algunas de las aplicaciones e importancia de la bioinformática en campos como la farm
El documento describe las tecnologías computacionales utilizadas para el análisis de secuencias de ADN. Explica que los grandes volúmenes de datos de ADN requieren métodos avanzados de modelado de datos y procesamiento. Describe algunas técnicas como las bases de datos biológicas, la minería de datos y las máquinas de aprendizaje que pueden utilizarse para optimizar el análisis de secuencias de ADN. Finalmente, discute cómo estas tecnologías pueden servir como base para el desarrollo de her
Este documento describe cómo usar el programa bioinformático MEGA DNA para crear dendrogramas a partir de artículos científicos. Se explica el procedimiento de alinear secuencias de ADN obtenidas de la base de datos NCBI y construir un árbol filogenético usando las herramientas de MEGA DNA como MUSCLE y UPGMA. Finalmente, se logra crear un dendograma basado en secuencias de 16S rDNA extraídas de un artículo científico.
El Proyecto Genoma Humano comenzó en 1990 en Estados Unidos con el objetivo de analizar la herencia genética humana. Tras 10 años de investigación, se completó la secuencia de los 3 billones de pares de bases del ADN humano en el 2000. El proyecto tuvo como objetivos identificar los aproximadamente 100,000 genes humanos, determinar la secuencia completa del ADN y almacenar la información en bases de datos para uso en el tratamiento y prevención de enfermedades.
Revista escolar de ciencias naturales y experimentales CETIS 37Betty Cruz
Este documento presenta información sobre varios temas relacionados con la ciencia y la tecnología. Explica brevemente los avances científicos y tecnológicos, la importancia de la biología, la biotecnología e ingeniería genética, la bioética y sus principios, el sistema circulatorio, trasplante de órganos, transfusión sanguínea y métodos anticonceptivos. También cubre temas como las ramas de la química, la parasitología forense, y energías renovables como la
Este documento trata sobre la bioinformática y su importancia. La bioinformática usa técnicas computacionales para analizar y entender grandes cantidades de datos biológicos producidos por proyectos como el Proyecto Genoma Humano. La bioinformática ayudará a predecir estructuras de proteínas, desarrollar algoritmos rápidos y contribuir al mejoramiento de la salud y calidad de vida.
Este documento presenta los resultados de una práctica de bioinformática utilizando el programa BioEdit para identificar especies a partir de secuencias de ADN. Se analizaron 15 secuencias y se identificaron diversas especies de Klebsiella, Enterobacter y Bacillus con porcentajes de identificación que variaron entre un 73.75% a un 98.61%. El documento concluye que gracias a las herramientas de bioinformática es posible identificar especies de manera efectiva para mejorar la investigación biotecnológica y ambiental.
El documento presenta los resultados de una práctica realizada utilizando el software MEGA DNA para elaborar un árbol filogenético a partir de un artículo científico sobre la biodegradación del explosivo PETN. El resumen del documento incluye la introducción al tema, los objetivos planteados, los materiales y métodos empleados como el software MEGA DNA y la obtención del árbol filogenético, y los resultados obtenidos que muestran las relaciones evolutivas entre las especies analizadas.
El documento proporciona información sobre el Proyecto Genoma Humano (PGH), incluyendo su objetivo de secuenciar el genoma humano completo, sus aplicaciones potenciales en medicina y biotecnología, y los desafíos éticos asociados. Brevemente describe el ADN, la genética y cómo el PGH ha impulsado el desarrollo de bases de datos y herramientas de análisis de datos genéticos.
El documento presenta información sobre un tema de biología molecular e inmunidad. Se anuncian tareas pendientes como entregar glosarios y cuadros de compatibilidad. El jueves habrá repaso para un examen sobre tipos de inmunidad y grupos sanguíneos. La biología molecular estudia los procesos celulares a nivel molecular, incluyendo el ADN, ARN y su papel en la expresión génica. Se describen conceptos como el código genético, dogma central de la biología molecular y técnicas como la PCR
El documento describe el proyecto del genoma humano, el cual tuvo como objetivo secuenciar los 3 mil millones de pares de bases que componen el ADN humano contenido en 23 pares de cromosomas. El proyecto se inició en 1990 y finalizó en 2005, logrando secuenciar aproximadamente 28,000 genes humanos. El conocimiento del genoma traerá grandes beneficios a la medicina, como comprender mejor las enfermedades a nivel molecular y desarrollar nuevos tratamientos.
Ensayo sobre genómica funcional, en el cual se abordan los siguientes temas: análisis de la función de un gen individual, generación y estudio de mutantes, generación y uso de transgénicos, técnicas de edición génica y cuantificación de la expresión de un gen.
Este informe presenta los resultados de una práctica realizada en el programa MEGA DNA para analizar y alinear secuencias de ADN de 4 especies diferentes basadas en el gen 16S. Se aprendió a usar las herramientas de MEGA y se construyó un árbol filogenético que muestra que Pseudomona aeruginosa es genéticamente similar a Acinetobacter baumannii, pero diferente de Mycobacterium tuberculosis. El uso de programas de biología molecular como MEGA es importante en ingeniería ambiental para identificar microorganismos y evaluar su potencial para la
La biología molecular nace en 1953 con el descubrimiento de la estructura del ADN. Desde entonces, ha buscado entender la vida a través de cómo el ADN codifica y expresa proteínas que determinan los fenotipos. La biotecnología moderna se basa en conocimientos de biología molecular y otras disciplinas para manipular sistemas biológicos y desarrollar tecnologías para la salud, agricultura y medio ambiente. Aplicaciones incluyen alimentos, agricultura, salud, genómica, terap
Las 3 oraciones son:
El documento presenta los resultados del análisis de secuencias del gen 16S utilizando programas como BIOEDIT y BLAST. Se analizaron 17 secuencias de diferentes organismos, identificando el organismo con el porcentaje más alto de identidad para cada secuencia. El documento también incluye información sobre los materiales y métodos utilizados para realizar el análisis de secuencias.
Este documento presenta una introducción a la genética y su enfoque en fisioterapia. Explica conceptos clave como genes, ADN y fenotipo. Describe brevemente qué es la fisioterapia y cómo la biología molecular permite comprender mejor los efectos de las modalidades físicas en los tejidos. Finalmente, incluye agradecimientos, glosario y referencias.
INFORME 05 - Filogenia molecular de genes ribomales y construcción de un dend...Yanira Mamani Velasquez
Análisis de secuencias biológicas debido a su gran importancia dentro de la biotecnología. Aplicación del software MEGA y creación de un árbol filogenético.
Este documento compara la biología molecular y la vulnerabilidad social en el síndrome de Turner. Explica que los avances en biología celular, molecular y otras disciplinas biomédicas pueden ayudar a comprender y tratar problemas médicos como el síndrome de Turner. También señala que las niñas con este síndrome a menudo enfrentan dificultades en las relaciones sociales que es importante abordar de manera interdisciplinaria. El conocimiento científico del cuerpo a nivel celular y molecular, junto con otros enfoques, pueden
El documento describe el código genético, el genoma humano y el Proyecto Genoma Humano. El código genético contiene la información para determinar los rasgos de las especies. El genoma es la secuencia de nucleótidos que constituye el ADN. El Proyecto Genoma Humano buscó descubrir todos los genes humanos y su secuencia para estudiar las enfermedades genéticas.
El documento presenta una breve historia de la bioinformática, desde los descubrimientos de la estructura del ADN y la secuenciación de proteínas en los años 50 hasta la construcción del primer circuito integrado en 1958. Luego define la bioinformática como una disciplina científica emergente que utiliza la tecnología de la información para organizar, analizar y distribuir información biológica con el fin de responder preguntas complejas en biología. Finalmente, destaca algunas de las aplicaciones e importancia de la bioinformática en campos como la farm
El documento describe las tecnologías computacionales utilizadas para el análisis de secuencias de ADN. Explica que los grandes volúmenes de datos de ADN requieren métodos avanzados de modelado de datos y procesamiento. Describe algunas técnicas como las bases de datos biológicas, la minería de datos y las máquinas de aprendizaje que pueden utilizarse para optimizar el análisis de secuencias de ADN. Finalmente, discute cómo estas tecnologías pueden servir como base para el desarrollo de her
Este documento describe cómo usar el programa bioinformático MEGA DNA para crear dendrogramas a partir de artículos científicos. Se explica el procedimiento de alinear secuencias de ADN obtenidas de la base de datos NCBI y construir un árbol filogenético usando las herramientas de MEGA DNA como MUSCLE y UPGMA. Finalmente, se logra crear un dendograma basado en secuencias de 16S rDNA extraídas de un artículo científico.
El Proyecto Genoma Humano comenzó en 1990 en Estados Unidos con el objetivo de analizar la herencia genética humana. Tras 10 años de investigación, se completó la secuencia de los 3 billones de pares de bases del ADN humano en el 2000. El proyecto tuvo como objetivos identificar los aproximadamente 100,000 genes humanos, determinar la secuencia completa del ADN y almacenar la información en bases de datos para uso en el tratamiento y prevención de enfermedades.
Revista escolar de ciencias naturales y experimentales CETIS 37Betty Cruz
Este documento presenta información sobre varios temas relacionados con la ciencia y la tecnología. Explica brevemente los avances científicos y tecnológicos, la importancia de la biología, la biotecnología e ingeniería genética, la bioética y sus principios, el sistema circulatorio, trasplante de órganos, transfusión sanguínea y métodos anticonceptivos. También cubre temas como las ramas de la química, la parasitología forense, y energías renovables como la
Este documento trata sobre la bioinformática y su importancia. La bioinformática usa técnicas computacionales para analizar y entender grandes cantidades de datos biológicos producidos por proyectos como el Proyecto Genoma Humano. La bioinformática ayudará a predecir estructuras de proteínas, desarrollar algoritmos rápidos y contribuir al mejoramiento de la salud y calidad de vida.
Este documento presenta los resultados de una práctica de bioinformática utilizando el programa BioEdit para identificar especies a partir de secuencias de ADN. Se analizaron 15 secuencias y se identificaron diversas especies de Klebsiella, Enterobacter y Bacillus con porcentajes de identificación que variaron entre un 73.75% a un 98.61%. El documento concluye que gracias a las herramientas de bioinformática es posible identificar especies de manera efectiva para mejorar la investigación biotecnológica y ambiental.
El documento presenta los resultados de una práctica realizada utilizando el software MEGA DNA para elaborar un árbol filogenético a partir de un artículo científico sobre la biodegradación del explosivo PETN. El resumen del documento incluye la introducción al tema, los objetivos planteados, los materiales y métodos empleados como el software MEGA DNA y la obtención del árbol filogenético, y los resultados obtenidos que muestran las relaciones evolutivas entre las especies analizadas.
El documento proporciona información sobre el Proyecto Genoma Humano (PGH), incluyendo su objetivo de secuenciar el genoma humano completo, sus aplicaciones potenciales en medicina y biotecnología, y los desafíos éticos asociados. Brevemente describe el ADN, la genética y cómo el PGH ha impulsado el desarrollo de bases de datos y herramientas de análisis de datos genéticos.
El documento presenta información sobre un tema de biología molecular e inmunidad. Se anuncian tareas pendientes como entregar glosarios y cuadros de compatibilidad. El jueves habrá repaso para un examen sobre tipos de inmunidad y grupos sanguíneos. La biología molecular estudia los procesos celulares a nivel molecular, incluyendo el ADN, ARN y su papel en la expresión génica. Se describen conceptos como el código genético, dogma central de la biología molecular y técnicas como la PCR
El documento describe el proyecto del genoma humano, el cual tuvo como objetivo secuenciar los 3 mil millones de pares de bases que componen el ADN humano contenido en 23 pares de cromosomas. El proyecto se inició en 1990 y finalizó en 2005, logrando secuenciar aproximadamente 28,000 genes humanos. El conocimiento del genoma traerá grandes beneficios a la medicina, como comprender mejor las enfermedades a nivel molecular y desarrollar nuevos tratamientos.
Ensayo sobre genómica funcional, en el cual se abordan los siguientes temas: análisis de la función de un gen individual, generación y estudio de mutantes, generación y uso de transgénicos, técnicas de edición génica y cuantificación de la expresión de un gen.
Este informe presenta los resultados de una práctica realizada en el programa MEGA DNA para analizar y alinear secuencias de ADN de 4 especies diferentes basadas en el gen 16S. Se aprendió a usar las herramientas de MEGA y se construyó un árbol filogenético que muestra que Pseudomona aeruginosa es genéticamente similar a Acinetobacter baumannii, pero diferente de Mycobacterium tuberculosis. El uso de programas de biología molecular como MEGA es importante en ingeniería ambiental para identificar microorganismos y evaluar su potencial para la
La biología molecular nace en 1953 con el descubrimiento de la estructura del ADN. Desde entonces, ha buscado entender la vida a través de cómo el ADN codifica y expresa proteínas que determinan los fenotipos. La biotecnología moderna se basa en conocimientos de biología molecular y otras disciplinas para manipular sistemas biológicos y desarrollar tecnologías para la salud, agricultura y medio ambiente. Aplicaciones incluyen alimentos, agricultura, salud, genómica, terap
Las 3 oraciones son:
El documento presenta los resultados del análisis de secuencias del gen 16S utilizando programas como BIOEDIT y BLAST. Se analizaron 17 secuencias de diferentes organismos, identificando el organismo con el porcentaje más alto de identidad para cada secuencia. El documento también incluye información sobre los materiales y métodos utilizados para realizar el análisis de secuencias.
Este documento presenta una introducción a la genética y su enfoque en fisioterapia. Explica conceptos clave como genes, ADN y fenotipo. Describe brevemente qué es la fisioterapia y cómo la biología molecular permite comprender mejor los efectos de las modalidades físicas en los tejidos. Finalmente, incluye agradecimientos, glosario y referencias.
Similar a INFORME 1- ELABORACIÓN DE ENDOGRAMAS CON MEGA DNA (GRUPO 2A).pdf (20)
La fase luminosa, fase clara, fase fotoquímica o reacción de Hill es la primera fase de la fotosíntesis, que depende directamente de la luz o energía lumínica para poder obtener energía química en forma de ATP y NADPH, a partir de la disociación de moléculas de agua, formando oxígeno e hidrógeno.
Desarrollo Sostenible y Conservación del Medio Ambiente.pdfillacruzmabelrocio
La conservación del medio ambiente aborda la protección, gestión y restauración de los recursos naturales y los ecosistemas para mantener su funcionalidad y biodiversidad.
INFORME 1- ELABORACIÓN DE ENDOGRAMAS CON MEGA DNA (GRUPO 2A).pdf
1.
2. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
“Año del Fortalecimiento de la Soberanía Nacional”
INFORME DETALLADO DE PRACTICA I:
ELABORACIÓN DE ENDOGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS
.....UTILIZANDO EL PROGRAMA BIOINFORMÁTICO MEGA DNA
Trabajo Presentado por:
Yunguri Huamani, Sunmi Mirian
Colana Coayla, Shirley Vanessa
Amesquita Gonzales, Melany Del
Carmen
Coacalla Cutimbo, Jorge Luis
Curso:
Biotecnología
Docente:
Soto Gonzales, Hebert Hernan
ILO-PERU
Abril, 2023
1
3. Índice
1. INTRODUCCIÓN............................................................................................................................. 3
2. OBJETIVOS.......................................................................................................................................4
2.1. Objetivo General.........................................................................................................................4
2.2. Objetivos Específicos................................................................................................................. 4
3. MARCO TEÓRICO.......................................................................................................................... 4
3.1. Genética:.....................................................................................................................................4
3.2. Secuencia ADN:......................................................................................................................... 4
3.3. Filogenética:............................................................................................................................... 5
3.4. Árbol filogenético.......................................................................................................................5
3.5. Bioinformática:...........................................................................................................................5
3.6. Dendrograma:.............................................................................................................................6
3.7. Software MEGA DNA:.............................................................................................................. 6
4. MATERIALES Y MÉTODOS..........................................................................................................6
4.1. Materiales................................................................................................................................... 6
4.2. Metodología................................................................................................................................7
5. RESULTADOS................................................................................................................................. 13
6. DISCUSIÓN DE RESULTADOS................................................................................................... 13
7. CONCLUSIONES............................................................................................................................14
8. CUESTIONARIO............................................................................................................................ 14
8.1. ¿Qué es el programa Mega DNA,puede ser aplicado en la Ingeniería Ambiental? Menciona 5
aplicaciones..................................................................................................................................... 14
8.2. ¿Para qué sirve el MUSCLE del programa MEGA DNA?...................................................... 16
8.3. ¿Qué es un dendograma o árbol filogenético?..........................................................................16
8.4. Dibuje a mano la estructura del ADN...................................................................................... 17
9. BIBLIOGRAFÍA..............................................................................................................................18
2
4. 1. INTRODUCCIÓN
En la actualidad, la biología molecular se ha convertido en una disciplina fundamental en el
estudio de los seres vivos. La capacidad de secuenciar y analizar el ADN ha permitido obtener
información valiosa sobre la evolución, la diversidad y la función de los organismos en la
Tierra. En este contexto, la elaboración de dendrogramas a partir de artículos científicos
utilizando el programa bioinformático MEGA DNA representa una herramienta esencial en la
investigación biológica.
El presente informe tiene como objetivo principal describir el proceso de elaboración de
dendrogramas a partir de artículos científicos utilizando el programa bioinformático MEGA
DNA. Para ello, se llevó a cabo una metodología que permitió aprender el uso y manejo del
software, manipular secuencias de ADN y generar un dendrograma.
La revisión bibliográfica exhaustiva de los artículos científicos seleccionados como base para
el estudio permitió obtener información detallada sobre las especies de interés y sus
relaciones evolutivas. La utilización del programa MEGA DNA, una herramienta de libre
acceso y ampliamente utilizada en la comunidad científica, permitió la descarga y
procesamiento de las secuencias de ADN de manera eficiente y sencilla.
Una vez obtenidas las secuencias de ADN, se procedió a realizar las alineaciones y se llevó a
cabo un análisis filogenético utilizando diferentes métodos de inferencia para construir el
dendrograma. La interpretación de los resultados permitió entender las relaciones evolutivas
entre las diferentes especies y su diversidad genética y biogeográfica.
La elaboración de dendrogramas a partir de artículos científicos utilizando el programa
bioinformático MEGA DNA es una herramienta valiosa en la investigación biológica. La
metodología aplicada en este informe permitió aprender el uso y manejo del software,
manipular secuencias de ADN y generar un dendrograma, lo que contribuye al avance del
conocimiento científico en la biología molecular.
3
5. 2. OBJETIVOS
2.1. Objetivo General
- Aprender el uso y manejo del programa MEGA DNA ,Derar un dendograma y
Manipular secuencias de ADN
2.2. Objetivos Específicos
- Adquirir habilidades en la manipulación y edición de secuencias de ADN utilizando
el programa MEGA DNA.
- Identificar y corregir errores en las secuencias de ADN.
- Realizar alineaciones múltiples de secuencias de ADN para la identificación de
regiones conservadas y variables.
- Utilizar las herramientas de MEGA DNA para la comparación de secuencias de ADN
y la identificación de diferencias genéticas entre diferentes especies.
3. MARCO TEÓRICO.
3.1. Genética:
La genética es una rama de la biología que se enfoca en el estudio de los genes , la herencia y
la variabilidad genética en los seres vivos. Los genes son unidades funcionales de ADN que
contienen la información necesaria para la síntesis de proteínas y para el desarrollo y
funcionamiento de los organismos . La genética también estudia cómo se transmiten los
rasgos de una generación a otra, incluyendo la relación entre los genes y las enfermedades
hereditarias. En resumen, la genética es una disciplina científica esencial para entendimiento
de la evolución, la biología celular y la medicina
3.2. Secuencia ADN:
La secuencia de ADN es importante porque determina las características físicas y funcionales
de un organismo, así como su capacidad para desarrollar enfermedades genéticas. Además, la
secuencia de ADN también es utilizada en la investigación científica para estudiar la
4
6. evolución de los organismos, las relaciones filogenéticas entre ellos y para diseñar
herramientas de diagnóstico y terapias genéticas.
La determinación de la secuencia de ADN ha sido una herramienta revolucionaria en la
biología molecular y ha permitido grandes avances en nuestra comprensión de la biología, la
medicina y la genética.
3.3. Filogenética:
La filogenética es una rama de la biología que se encarga de estudiar las relaciones evolutivas
entre los organismos. A partir de la comparación de características morfológicas, moleculares,
genéticas y ecológicas, se busca establecer la historia evolutiva de las especies y su
diversificación a lo largo del tiempo. La filogenética se basa en la teoría de la evolución de
Darwin y utiliza diversas técnicas y herramientas de análisis de datos para estudiar la
evolución y las relaciones entre los organismos. La filogenética es una disciplina importante
en la biología moderna ya que permite entender la diversidad y la complejidad de la vida en la
Tierra y brinda información valiosa para la conservación de la biodiversidad, la biotecnología,
la medicina y otras áreas de la biología.
3.4. Árbol filogenético
La construcción de un árbol filogenético implica el análisis de datos moleculares (como el
ADN o las proteínas) o características morfológicas de diferentes especies para determinar su
relación evolutiva. Los árboles filogenéticos son útiles para entender la diversidad biológica y
para estudiar la evolución de las especies a lo largo del tiempo.
3.5. Bioinformática:
La bioinformática es un campo científico interdisciplinario que combina la biología, la
informática, las estadísticas y la física para estudiar y analizar datos biológicos,
particularmente los datos genómicos. La bioinformática utiliza herramientas y técnicas
informáticas para analizar el gran volumen de datos biológicos generados por las tecnologías
modernas de la biología molecular y genética, como la secuenciación del ADN
5
7. 3.6. Dendrograma:
Un dendrograma es un tipo de gráfico o diagrama utilizado en ciencias como la biología, la
ecología, la genética y la informática, entre otras. Representa una estructura de jerarquía de
objetos, y se utiliza comúnmente para mostrar la relación entre diferentes grupos de objetos,
como organismos o muestras de datos.
En términos simples, un dendrograma es una representación gráfica de un árbol jerárquico
que muestra la relación entre diferentes objetos. Los objetos se agrupan en función de su
similitud o diferencia en ciertos aspectos. En el caso de la biología molecular, el dendrograma
se utiliza para mostrar la relación evolutiva entre diferentes especies o para mostrar la
similitud o diferencia entre secuencias de ADN o proteínas.
3.7. Software MEGA DNA:
Es un programa de computadora utilizado para el análisis comparativo de secuencias de ADN
y para la construcción de árboles filogenéticos . MEGA es una herramienta útil para
investigadores en biología evolutiva, genética y biología molecular, ya que ayuda a descubrir
la evolución y la diversidad biológica. El software MEGA permite la comparación de
secuencias, análisis estadístico y visual y la representación en gráficos de los resultados.
4. MATERIALES Y MÉTODOS
4.1. Materiales
a) Materiales de escritorio:
● laptop o computador
b) Software utilizado:
● software MEGA DNA
● national library of biotechnology information
6
8. 4.2. Metodología
● Para comenzar con el presente trabajo práctico , primero debemos tener instalado en
software MEGA DNA ,con el que se hará uso para elaborar el árbol filogenético y el
cual será guiado con el docente a cargo , Soto Gonzales, Hebert Hernan
● Para la construcción de un dendograma, se hará uso del programa MEGA, donde se
iniciará dirigiéndonos la pestaña ALIGN- QUERY DATABANKS y seleccionamos
para dirigiros a la pestaña de búsqueda web.
7
9. ● Ya estando en el NIH(national of library medicine),https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ,
en el buscador escribimos los códigos obtenidos del artículo(Biodegradación de fenol
en aguas tratadas de la industria petrolera para re-uso en cultivos agrícolas) , en el
cual nos aparecerán opciones en las cuales sólo seleccionaremos una para poder así
solo trabajar con una tipo de bacteria.
8
10. ● Posteriormente de la selección de la bacteria escogida,se seleccionará la opción “add
to Alignment”, para completar el cuadro,para obtener la secuencia transcrita en el
cuadro.
9
11. ● Luego, realizamos la misma acción con las demás secuencias de datos las cuales son
31 en total ,para completar.
● Al tener el cuadro ya presentado, oprimimos la opción MUSCLE-ALING DNA y
luego en la ventana emergente seleccionamos la opción OKEY ,una vez a lineada la
secuencia se debe tener en cuenta que los espacios en blanco de las columnas no debe
exceder el 50% , en caso de que esto suceda debemos eliminar la comuna y para eso
se selecciona el icono CUT THE SELECTED BLOCK
10
12. ● Una vez completada las 31 secuencias de ADN, guardamos el archivo en los tres
formatos posibles en el programa. Oprimiendo DATA<EXPORT ALIGNMENT , ahi
encontraremos los diferentes formatos los cuales conforman
:MEGA-FASTA-NEXUS/PAUP y finalmente lo guardamos
11
13. ● Finalmente para obtener el dendograma presionamos
PHYLOGENY<CONSTRUCT/TEST UPGMA TREE y obtenemos el árbol
filogenético
12
14. 5. RESULTADOS
6. DISCUSIÓN DE RESULTADOS
● Con el resultado obtenido podemos observar la gran utilidad del software MEGA
DNA, obteniendo así, 31 especies de nuestro interés, 40 ramas aproximadamente y
alrededor de 22 puntos de ramificación aproximadamente.
● los resultados obtenidos son importantes porque permiten entender las relaciones
evolutivas entre las diferentes especies y su diversidad genética y biogeográfica. En la
sección de discusión de resultados, se menciona que la gran utilidad del software
13
15. MEGA DNA se evidencia en la cantidad de especies y ramas obtenidas, lo que
permite una mejor comprensión de la evolución y diversidad de los organismos
estudiados.
● Además, se puede decir que el uso de esta herramienta es fundamental en la
investigación biológica, ya que permite la manipulación y análisis de secuencias de
ADN de manera eficiente y sencilla. En conclusión, los resultados obtenidos a través
del uso del software MEGA DNA son valiosos para la investigación biológica.
7. CONCLUSIONES
● El patrón en el que se conectan ramas representa nuestra comprensión de cómo
evolucionaron las especies del árbol a partir de una serie de ancestros comunes. Cada
punto de ramificación (también llamado nodo interno) representa un evento de
divergencia o separación de un grupo en dos grupos descendientes.
● Para generar un árbol filogenético, los científicos a menudo comparan y analizan
muchas características de las especies o grupos involucrados. Estas características
pueden incluir la morfología externa (forma y apariencia), la anatomía interna, el
comportamiento, las rutas bioquímicas, las secuencias de ADN y proteínas, e incluso
las características de fósiles.
8. CUESTIONARIO
8.1. ¿Qué es el programa Mega DNA,puede ser aplicado en la Ingeniería Ambiental?
Menciona 5 aplicaciones.
El programa Mega DNA es un software utilizado para la manipulación, visualización, análisis
y comparación de secuencias de ADN y proteínas en bioinformática y esto puede ser aplicado
en una amplia variedad de campos, incluyendo la investigación en biología molecular,
genética, biotecnología y ciencias ambientales, como la Ingeniería Ambiental.
En la Ingeniería Ambiental, el programa Mega DNA puede ser utilizado para el análisis y
comparación de diferentes secuencias de ADN de organismos presentes en muestras
ambientales, lo que permite el estudio de la biodiversidad y secuenciación de bacterias
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16. importantes para suelos y ríos. El Programa Mega DNA permite analizar posibles cambios en
secuencias a través del tiempo, lo que permitirá el estudio de cambios evolutivos y la
posibilidad de entender la adaptación de organismos a los cambios en el ambiente, a
continuación podemos ver 5 aplicaciones en las que podemos hacer usos de esta herramienta:
● Diseño y optimización de microorganismos genéticamente modificados: El software
Mega DNA es útil para diseñar y optimizar microorganismos genéticamente
modificados que pueden degradar contaminantes ambientales, una estrategia
importante para la biorremediación de sitios contaminados.
● Identificación y caracterización de especies animales y vegetales: El software Mega
DNA puede identificar y caracterizar especies animales y vegetales en el medio
ambiente, lo que es importante para la conservación de la biodiversidad y la gestión
de los recursos naturales.
● Detección y seguimiento de patógenos y enfermedades: El software Mega DNA
puede detectar y hacer un seguimiento de patógenos y enfermedades en el medio
ambiente, lo que es fundamental para la salud pública y la seguridad alimentaria.
● Construcción de árboles filogenéticos: El software Mega DNA permite la
construcción de árboles filogenéticos, lo que ayuda a entender las relaciones
evolutivas entre diferentes especies y puede proporcionar información importante
para la conservación de la biodiversidad.
● Análisis de comunidades microbianas: El software Mega DNA permite analizar y
comparar las secuencias de ADN de los microorganismos presentes en muestras
ambientales, lo que ayuda a entender su interacción y cómo pueden ser manipulados
para mejorar la calidad del medio ambiente.
En conclusión, el programa Mega DNA es una herramienta importante para la Ingeniería
Ambiental, que permite el análisis de información genética y molecular de organismos
presentes en el medio ambiente, lo que puede ayudar a entender mejor los procesos
ambientales y la biodiversidad.
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17. 8.2. ¿Para qué sirve el MUSCLE del programa MEGA DNA?
El programa MEGA DNA es un software diseñado para la bioinformática y la genética,
utilizado para el análisis de datos genómicos y filogenéticos Y tiene una función llamada
MUSCLE, que es un algoritmo utilizado para la alineación de secuencias de ADN y proteínas.
Esto se utiliza para comparar las secuencias genéticas de diferentes organismos y construir
árboles filogenéticos que muestren su relación evolutiva. Por lo tanto, el músculo de MEGA
DNA es utilizado para la comparación de secuencias y el análisis filogenético, lo que puede
tener aplicaciones en diversas áreas de investigación, como la biología evolutiva, la
biotecnología, la medicina y la agricultura
8.3. ¿Qué es un dendograma o árbol filogenético?
Un dendrograma o árbol filogenético es una representación gráfica de la relación evolutiva
entre diferentes organismos o especies. Se construye a partir de la comparación de
características genéticas o morfológicas de los organismos, y muestra cómo las diferentes
especies están relacionadas entre sí en términos de su evolución y antepasados comunes.
En un dendrograma, cada nodo representa un antepasado común y cada rama representa la
evolución y divergencia de las diferentes especies a partir de ese antepasado común. Las
ramas más cercanas a un nodo representan especies que están más estrechamente relacionadas
en términos evolutivos, mientras que las ramas más alejadas indican especies que están menos
relacionadas.
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19. 9. BIBLIOGRAFÍA
➢ Home. (s. f.). https://www.megasoftware.net/
➢ National Center for Biotechnology Information. (s. f.). https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
➢ Chilebio. (2019). La Estructura del ADN, los genes y el código genético. ChileBIO.
https://www.chilebio.cl/el-adn-los-genes-y-el-codigo-genetico/
➢ Dendrograma - Minitab. (s. f.). (C) Minitab, LLC. All rights Reserved. 2023.
https://support.minitab.com/es-mx/minitab/21/help-and-how-to/statistical-modeling/
multivariate/how-to/cluster-observations/interpret-the-results/all-statistics-and-graphs
/dendrogram/
➢ Filogenias — Bioinformatics at COMAV 0.1 documentation. (s. f.).
https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/filogenias.html
➢ Bioinformática. (s. f.). Genome.gov.
https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Bioinformatica
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