El documento describe la metodología para analizar muestras de secuencias de ADN utilizando los programas BioEdit y BLAST. Se analizaron 3 grupos de muestras. BioEdit fue utilizado para evaluar la calidad de las secuencias como buena, mala o regular. BLAST fue utilizado para identificar el organismo y porcentaje de identidad de cada secuencia. La mayoría de las secuencias pertenecían a bacterias con porcentajes de identidad entre 70-95%. El primer grupo tuvo mayoría de secuencias de mala calidad, el segundo grupo mantuvo

2. Contenido
I. Introducción............................................................................................................................... 2
II. Objetivos ................................................................................................................................ 3
III. Materiales............................................................................................................................... 3
IV. Metodología ........................................................................................................................... 5
V. Resultados................................................................................................................................ 10
5.1. Primer grupo de muestras: Hernan.zip ....................................................................... 10
5.2. Segundo grupo de muestras: SeqsHerbert.zip............................................................. 12
5.3. Tercer grupo de muestras: SeqsHerbert_9.zip............................................................ 14
VI. Conclusión............................................................................................................................ 16
VII. Bibliografía .......................................................................................................................... 16

3. I. Introducción
La secuenciación de ADN es el proceso de la determinación de una secuencia de
nucleótidos de ciertas moléculas de ADN - desde un segmento corto de una sola
molécula, tal como una región reguladora o un gen, hasta colecciones de genomas
enteros. En la década de 1970, las primeras secuencias de ADN se obtuvieron a través de
técnicas extremadamente laboriosas.
La tecnología de secuenciación se inició en 1975. Frederick Sanger desarrolló la primera
técnica de secuenciación del DNA, abriendo paso a una tecnología que mejorará por
momentos. Las aplicaciones de estos sistemas se basan en la investigación de genomas,
en biomedicina y aplicaciones clínicas.
La viabilidad de la secuenciación masiva de todo el ADN contenido en una compleja
muestra ambiental ha establecido el campo de la metagenómica. Uno de los objetivos
finales de la secuenciación del medio ambiente es transferir la información extraída de
los genomas de los organismos a las formas de vida sintéticas. Estos podrían ser
diseñados 3 de diversas maneras para beneficiar a la humanidad y reducir los problemas
ecológicos, que sirve como medicina, combustible o fertilizante por nombrar algunas
aplicaciones.
Los avances tecnológicos en secuenciación hacen atractivo utilizar un enfoque basado en
la secuenciación para identificar y cuantificar el transcriptoma de una célula en lugar de
utilizar matrices que se limitan al análisis de las transcripciones específicas conocidas en
el momento del diseño.
Uno de los puntos más importantes durante la secuenciación masiva de ADN es la calidad
de los resultados debido a que depende en gran medida de la pureza y correcta
cuantificación de las muestras de ADN analizadas.
Para la realización de la presente practica se tendrá material dispuesto por el docente, el
cual se llevará primero al programa de BioEdit, es un programa gratuito para edición de
alineamientos y análisis de secuencias, donde se observan los cromatogramas en
diferentes picos de colores, donde cada color corresponde a un nucleótido. El conjunto
de estos picos ordenados corresponde a la secuencia de un fragmento de ADN. Es, sin
lugar a duda, uno de los programas más conocidos para edición de secuencias para dicho
sistema operativo.

4. II. Objetivos
• Revisar los fundamentos de las técnicas de secuenciación de ácidos nucleicos.
• Efectuar el análisis y la selección de electroferogramas automatizados de
secuenciación mediante la aplicación de software libre BIOEDIT en específico el
estudio del gen ribosomal 16S.
III. Materiales
• BioEdit
Para el desarrollo de esta práctica se utilizará el programa Bioedit.
Bioedit es un programa gratuito para edición de alineamientos y análisis de
secuencias que funciona únicamente sobre ambiente MS/Windows.
• Excel
Se utilizará este programa para ordenar nuestros datos de acuerdo a los parámetros
de análisis que se dio en clase.
Excel es un programa que sirve para la creación, manejo y modificación de hojas
de cálculo. Se puede utilizar en varios dispositivos y sistemas operativos.

5. • Ncbi-Blast
BLAST es un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local,
ya sea de ADN, ARN o de proteínas. El programa es capaz de comparar una
secuencia problema contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en
una base de datos.
• Laptop
• Archivos de secuencia
Estos archivos son proporcionados por el docente, en total son 3 carpetas de
muestras a analizar.

6. IV. Metodología
- Para la presente practica utilizaremos el programa BioEdit para analizar los
cromatogramas. Este ya debe estar previamente instalada en su equipo.
- Primero abriremos el archivo de secuencia proporcionada por el docente en formato
“zip”. Seleccionamos la carpeta, y abrimos la primera muestra para su análisis, y así
sucesivamente con cada una.

7. - Seguidamente procedemos a analizar el cromatograma, al hacer “click” en una de las
muestras directamente se abre en el BioEdit y analizamos de acuerdo a saberes
proporcionados por el docente, en esto para la comparación de cromatogramas
observamos las características, forma, secuencia de picos, determinando así la calidad
de las secuencias, obteniendo calificaciones como Buena, Mala o Regular. Los
resultados obtenidos se colocan en una tabla resumen en una hoja Excel para su mejor
comprensión y análisis.

8. - Luego del análisis de la calidad de los cromatogramas, exportamos los datos,
dirigiéndonos a “File” dentro de ellos elegimos “Export as Fasta”.
- Seguidamente creamos una carpeta para los archivos a exportar, una vez elegido
“Export as Fasta” colocamos el mismo nombre en el archivo a guardar.
- Ubicamos la carpeta y archivo guardado para abrirlo, una vez se hace “click” lo
abrimos con el programa “Block de notas”.
- Observamos la secuencia y eliminamos los caracteres que “ensucian” (se considera
estas como “N”) o distorsionan la cadena de ADN.

9. - Una vez realizado el procedimiento anterior, procedemos a llevar a analizar la
secuencia a la pagina web de NCBI BLAST para que esta proceda en la búsqueda e
identificación del tamaño y tipo de organismo al cual muestra similitud más cercano.
- Seguidamente hacemos “Click” en BLAST para que esta nos redirija a una siguiente
ventana donde el software de la pagina web empezara con su búsqueda de identidades
similares.

10. - En búsqueda de similitudes de las secuencias unas demoran mas que otras, pero
siempre obtenido una respuesta ya sean negativas o el nombre de que tipo de
organismo es, además del tamaño de secuencia y el porcentaje de identidad.
- Los resultados obtenidos se plasman en un cuadro resumen en Excel.
- Toda la metodología descrita se aplicará a todas las muestras de cada carpeta
proporciona por el docente, además de agregar gráficos para una mejor interpretación
de los resultados.

11. V. Resultados
Los siguientes cuadros a observar a continuación son los resultados finales
correspondientes al análisis de las muestras entregadas.
5.1. Primer grupo de muestras: Hernan.zip
INTERPRETACION:
En el presente cuadro se observa en detalle el análisis de las muestras de secuencia en
los programas BioEdit y NBCI Blast, el primero nos dio resultados de la calidad de
BUENA MALA REGULAR
DIVERSOS-_A07_1H_01.ab1 X 441 Negativo -----
DIVERSOS-_A08_9H_02.ab1 X 626 Bacteria - Herbaspirillumseropedicae 91,51%
DIVERSOS-_A09_1_01.ab1 X 734 Pseudomonas sp. 82,08%
DIVERSOS-_A10_9_02.ab1 X 691 Bacteria no cultivada 87,70%
DIVERSOS-_A11_17_01.ab1 X 739 Negativo -------
DIVERSOS-_B07_2H_03.ab1 X 773 Negativo -------
DIVERSOS-_B08_10H_04.ab1 X 757 Bacteria - Leclercia adecarboxilata 85,62%
DIVERSOS-_B09_2_03.ab1 X 631 Bacteria - Klebsiella oxytoca 84,01%
DIVERSOS-_B10_10_04.ab1 X 651 Bacteria - Enterobacter soli 71,76%
DIVERSOS-_B11_18_03.ab1 X 660 Negativo -------
DIVERSOS-_C07_3H_05.ab1 X 762 Enterobacter sp. NA10140 92,53%
DIVERSOS-_C08_11H_06.ab1 X 754 Enterobacter sp. NA10140 92,51%
DIVERSOS-_C09_3_05.ab1 X 706 Phytobacter diazotrophicus 86,91%
DIVERSOS-_C10_11_06.ab1 X 775 Negativo -------
DIVERSOS-_C11_19_05.ab1 X 735 Negativo -------
DIVERSOS-_D07_4H_07.ab1 X 742 Bacteria no cultivada 90,18%
DIVERSOS-_D08_12H_08.ab1 X 717 Uncultured bacterium 85.40%
DIVERSOS-_D09_4_07.ab1 X 761 Phytobacter diazotrophicus 89,23%
DIVERSOS-_D10_12_08.ab1 X 779 Pseudomonas guariconensis 83,87%
DIVERSOS-_E07_5H_09.ab1 X 708 Negativo -------
DIVERSOS-_E08_13H_10.ab1 X 672 Beta proteobacteria no cultivada 73,24%
DIVERSOS-_E09_5_09.ab1 X 822 Klebsiella pneumo 89,35%
DIVERSOS-_E10_13_10.ab1 X 826 Negativo -------
DIVERSOS-_F07_6H_11.ab1 X 725 Enterobacter ludwigii 96,22%
DIVERSOS-_F09_6_11.ab1 X 764 Klebsiella sp. 83,93%
DIVERSOS-_F10_14_12.ab1 X 1004 Negativo -------
DIVERSOS-_G07_7H_13.ab1 X 751 Kosakonia oryzae 92,16%
DIVERSOS-_G09_7_13.ab1 X 773 Negativo -------
DIVERSOS-_G10_15_14.ab1 X 742 Enterobacter cloacae 96,28%
DIVERSOS-_H07_8H_15.ab1 X 824 Negativo -------
DIVERSOS-_H09_8_15.ab1 X 1085 Negativo -------
DIVERSOS-_H10_16_16.ab1 X 762 Enterobacter sp. IICDBZ9 84,59%
CALIDAD DELA SECUENCIA TAMAÑO DELA
SECUENCIA
ORGANISMO % IDENTIDAD
CODIGO

12. la secuencia, pudiendo ser BUENA, MALA y REGULAR, en el segundo se obtienen
resultados del tamaño de la secuencia, el tipo de organismo y el % de identidad.
BUENO 4
MALO 25
REGULAR 3
TOTAL 32
En el primer grupo se analizo en total 32 muestras de las cuales 25 son de mala
calidad, 4 son buenos y 3 regular, siendo en mayoría malos en la calidad de secuencia.
0.00%
91.51%
82.08%
87.70%
0.00%
0.00%
85.62%
84.01%
71.76%
0.00%
92.53%
92.51%
86.91%
0.00%
0.00%
90.18%
85.40%
89.23%
83.87%
0.00%
73.24%
89.35%
0.00%
96.22%
83.93%
0.00%
92.16%
0.00%
96.28%
0.00%
0.00%
84.59%
0.00%
10.00%
20.00%
30.00%
40.00%
50.00%
60.00%
70.00%
80.00%
90.00%
100.00%
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 2 3 24 25 2 6 27 28 29 30 31 32
%
DE
IDENTIDAD
N° DE MUESTRAS
%DE IDENTIDAD
BUENO MALO REGULAR
Series1 4 25 3
4
25
3
CALIDAD DE LA SECUENCIA

13. En su mayoría encontramos organismos de tipo organismos vivos, bacterias. Estas
con un rango de 70% a 92% de porcentaje de identidad.
5.2. Segundo grupo de muestras: SeqsHerbert.zip
INTERPRETACION:
En el presente cuadro se observa en detalle el análisis de las muestras de secuencia en
los programas BioEdit y NBCI Blast, el primero nos dio resultados de la calidad de
la secuencia, pudiendo ser BUENA, MALA y REGULAR, en el segundo se obtienen
resultados del tamaño de la secuencia, el tipo de organismo y el % de identidad.
BUENO 4
MALO 6
REGULAR 5
TOTAL 15
BUENA MALA REGULAR
USER_04set2007_01-419NZ_A01_01.ab1 X 719 Negativo -----
USER_04set2007_02-526NZ_B01_03.ab1 X 612 Klebsiella variicola 88,98%
USER_04set2007_03-419AZ_C01_05.ab1 X 745 Klebsiella sp. MPUS7 97,35%
USER_04set2007_04-88NZ_D01_07.ab1 X 757 Klebsiella pneumoniae 94,39%
USER_04set2007_05-88AZ_E01_09.ab1 X 665 Klebsiella pneumoniae 95,33%
USER_04set2007_06-526Y1_F01_11.ab1 X 718 Klebsiella pneumoniae 95,91%
USER_04set2007_07-419Y1_G01_13.ab1 X 727 Enterobacter sp. WF14-6 98,61%
USER_04set2007_08-375H_H01_15.ab1 X 691 Negativo -----
USER_04set2007_09-419YZ_A02_02.ab1 X 684 Bacteria no cultivada 96,45%
USER_04set2007_10-88H_B02_04.ab1 X 662 Negativo -------
USER_04set2007_11-375NZ_C02_06.ab1 X 726 Negativo -------
USER_04set2007_12-526YZ_D02_08.ab1 X 646 Klebsiella sp. BR3357 95,25%
USER_04set2007_13-483NZ_E02_10.ab1 X 729 Enterobacter sp. 89,55%
USER_04set2007_14-483H_F02_12.ab1 X 607 Enterobacter asburiae 86,09%
USER_04set2007_15-456NZ_G02_14.ab1 X 711 Bacillus thuringiensis 92,83%
CALIDAD DELA SECUENCIA TAMAÑO DELA
SECUENCIA
ORGANISMO % IDENTIDAD
CODIGO

14. En el segundo grupo se analizó en total 15 muestras de las cuales 6 son de mala
calidad, 4 son buenos y 5 regular, siendo en mayoría malos en la calidad de secuencia,
sin embargo, la calidad se mantiene entre lo bueno y malo buscando un equilibrio.
En su mayoría encontramos organismos de tipo organismos vivos, bacterias. Estas
con un rango de 85% a 96% de porcentaje de identidad.
BUENO MALO REGULAR
Series1 2 9 13
2
9
13
CALIDAD DE LA SECUENCIA
85.03%
0.00%
77.61%
78.18%
85.67%
0.00%
0.00%
72.17%
0.00%
77.06%
0.00%
85.71%
0.00%
94.92%
88.84%
0.00%
10.00%
20.00%
30.00%
40.00%
50.00%
60.00%
70.00%
80.00%
90.00%
100.00%
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 3 14 15
%
DE
IDENTIDAD
N° DE MUESTRAS
%DE IDENTIDAD

15. 5.3. Tercer grupo de muestras: SeqsHerbert_9.zip
INTERPRETACION:
En el presente cuadro se observa en detalle el análisis de las muestras de secuencia en los
programas BioEdit y NBCI Blast, el primero nos dio resultados de la calidad de la secuencia,
pudiendo ser BUENA, MALA y REGULAR, en el segundo se obtienen resultados del
tamaño de la secuencia, el tipo de organismo y el % de identidad.
BUENO 2
MALO 9
REGULAR 13
TOTAL 24
BUENA MALA REGULAR
user_12set2007_01_A03_01.ab1 x 677 Pantoea agglomerans 85.03%
user_12set2007_02_B03_03.ab1 x 861 Negativo -----
user_12set2007_03_C03_05.ab1 x 873 Klebsiella pneumoniae 77.61%
user_12set2007_04_D03_07.ab1 x 837 Klebsiella pneumoniae 78.18%
user_12set2007_05_E03_09.ab1 x 862 Uncultured bacterium 85.67%
user_12set2007_06_F03_11.ab1 x 657 Negativo -----
user_12set2007_07_G03_13.ab1 x 1093 Negativo -----
user_12set2007_08_h03_15.ab1 x 940 Uncultured bacterium 72.17%
user_12set2007_09_A04_02.ab1 x 1004 Negativo -----
user_12set2007_10_B04_04.ab1 x 659 Clon RsDiSp8 de Treponema no cultivado 77,06%
user_12set2007_11_C04_06.ab1 x 871 Negativo -----
user_12set2007_12_D04_08.ab1 x 459 Klebsiella sp. 85.71%
user_12set2007_13_E04_10.ab1 x 881 Negativo -----
user_12set2007_14_F04_12.ab1 x 949 Pantoea deleyi 94.92%
user_12set2007_15_G04_14.ab1 x 882 Klebsiella sp. 88.84%
user_12set2007_16_H04_16.ab1 x 929 Negativo ---
usuarios_12set2007_1Y2_F04_12.ab1 x 925 uncultured proteobacterium 81.08%
usuarios_12set2007_2Y2_G04_14.ab1 x 789 Herbaspirillum seropedicae 81.20%
usuarios_12set2007_3Y2_H04_16.ab1 x 957 Negativo ----
usuarios_12set2007_17_A04_02.ab1 x 1023 Negativo ----
usuarios_12set2007_18_B04_04.ab1 x 924 Enterobacter sp. 79.83%
usuarios_12set2007_19_C04_06.ab1 x 998 Negativo ----
usuarios_12set2007_20_D04_08.ab1 x 855 Negativo ----
usuarios_12set2007_21_E04_10.ab1 x 333 Unculture bacterium 74.24%
CALIDAD DE LA SECUENCIA
TAMAÑO DE LA
SECUENCIA
ORGANISMO
%
IDENTIDAD
CODIGO

16. En el tercer grupo se analizó en total 24 muestras de las cuales 13 son de mala calidad, 9 son
buenos y 2 regular, siendo en mayoría malos en la calidad de secuencia.
En su mayoría encontramos organismos de tipo organismos vivos, bacterias. Estas con un
rango de 70% a 95% de porcentaje de identidad.
BUENO MALO REGULAR
Series1 2 9 13
2
9
13
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
CALIDAD DE LA SECUENCIA
85.03%
0.00%
77.61%
78.18%
85.67%
0.00%
0.00%
72.17%
0.00%
77.06%
0.00%
85.71%
0.00%
94.92%
88.84%
0.00%
81.08%
81.20%
0.00%
0.00%
79.83%
0.00%
0.00%
74.24%
0.00%
10.00%
20.00%
30.00%
40.00%
50.00%
60.00%
70.00%
80.00%
90.00%
100.00%
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 1 1 2 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
%
DE
IDENTIDAD
N° DE MUESTRAS
%DE IDENTIDAD

17. VI. Conclusión
• Los programas presentados para el análisis de secuencia de ADN de las muestras
proporcionan tanto BioEdit como NBCI Blast, en el primero se pudo observar los
picos, caídas y sobreposiciones de la calidad de la secuencia, entonces podemos
concluir que el programa BioEdit cumplio y sirvió para la determinación de la
secuencia ya se que la muestra fuera de BUENA, MALA O REGULAR calidad.
Además, se utilizó también el programa de NBCI Blast la cual almacena en su base
de datos bastante información acerca de las secuenciaciones de gen, sirviéndonos
satisfactoriamente con la práctica realizada, dándonos resultados de las identidades
de organismos que presentaban cierta similitud según la secuencia insertada.
• Se concluye que la calidad de la secuencia en total, es decir en los 3 grupos
presentados en su mayoría fueron de calidad mala, en el grupo 1 y 2 con 25 y 6
muestras malas, mientras que en el grupo 3 en su mayoría tenemos una calidad regular
con 13 muestras de las 24.
• Se concluye en el porcentaje de identidad de los 3 grupos registran similitud de
secuencias dentro de un rango entre 70% y 96%, siendo esto porcentajes muy altos y
casi confiables.
VII. Bibliografía
Biotecnológica, E. C. (s.f.). Nucleotide BLAST. Obtenido de https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
María del Rosario Rodicio, M. d. (2004). Identificación bacteriana mediante secuenciación del
ARNr 16S: fundamento, metodología y aplicaciones. Elvesier.
Perez, D. V. (2011). SISTEMAS DE SECUENCIACION DE DNA DE NUEVA GENERACION. Madrid -
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Rojas, A. C. (2 de Octubre de 2017). Secuenciación convencional (Sanger). Obtenido de
http://conogasi.org/
Valenzuela-González, F. (2015). El gen ARNr 16S en el estudio. Mexico.
Sanger, F., et al. (1992). "DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. 1977." Biotechnology
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