ALINEAMIENTO EN PARES

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE TRUJILLO
FACULTAD DE CIENCIAS BIOLÓGICAS
ESCUELA DE SEGUNDA ESPECIALIDAD
Docente:
María Noemí Llanos Román
M.Sc. Biología Computacional y Bioinformatica ETH Zurich
Doctorando en Ciencias Biomédicas UNT
Semana 2: Alineamiento en pares
Práctica 2.1
Curso: Bioinformática - 2022-I
Mención: BIOLOGÍA MOLECULAR Y GENÉTICA

2. Presentación de la secuencia de desarrollo de la práctica:
- Elegir y descargar una secuencia de interés: secuencia de DNA y/o ARN que se va a
estudiar, y de proteínas.
- Ejecutar BLAST en NCBI. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- Ejecutar alineamiento en pares con herramientas disponibles en el EMBOSS.
https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/

3. Parte I: Utilizando el programa
BLAST del NCBI

4. Formas de acceder al BLAST del NCBI
Desde el mismo NCBI, de novo

5. Formas de acceder al BLAST del NCBI
Desde el mismo NCBI, desde nuestra secuencia de interés

6. Formas de acceder al BLAST del NCBI
Directamente entrar a la página del NCBI:

7. Ajustes para ejecutar el BLAST del NCBI

8. ¡A continuación hagamos un ejemplo juntos!

10. Bajar la secuencia en FASTA

11. Hacer BLAST, de nuestra secuencia DIRECTAMENTE

16. Resultado del BLAST

17. Resultado del BLAST

18. Resultado del BLAST

19. Resultado del BLAST

20. Resultado del BLAST

21. Resultado del BLAST

22. Resultado del BLAST

23. Parte II: Realizando alineamiento
en pares con otras herramientas

24. Realizar alineamiento en pares con tools de EMBOSS

25. Realizar alineamiento en pares con tools de EMBOSS

26. Realizar alineamiento en pares con tools de EMBOSS

27. Realizar alineamiento en pares con tools de EMBOSS

28. Realizar alineamiento en pares con tools de EMBOSS

29. Realizar alineamiento en pares con tools de EMBOSS

30. Realizar alineamiento en pares con tools de EMBOSS

31. Parte I: Utilizando el programa BLAST del NCBI
1) Elija un gen, del cual procederá a descargar una secuencia de nucleótidos y de aminoácidos.
2) Use la secuencia de nucleótidos de su transcrito para realizar el tipo de BLAST correspondientes. De sus
resultados de su BLAST obtenga 15 secuencias de nucleótidos y vea que estén en un archivo.
3) Use la secuencia de aminoácidos de su proteína correspondiente a su gen de interés para realizar el tipo de
BLAST correspondientes. De sus resultados de su BLAST descargue 15 secuencias de aminoácidos y vea que estén
en un archivo.
Parte II: Realizando alineamiento en pares con otras herramientas:
• Utilice las herramientas disponibles en EMBOSS para realizar lo siguiente:
1) Seleccione un par de secuencias producto de sus BLASTs (el de transcrito y el de proteínas respectivamente) y
para cada caso realice alineamiento en pares usando Needle, Stretcher o Water.
• SUS TRABAJO DEBE MOSTRAR PASO A PASO TODO LO REALIZADO PARA LLEGAR A LOS RESULTADOS
SOLICITADOS.
Presentar esta tarea – vía email- hasta las 8 am del día MARTES 14 de junio del 2022. El retraso tiene penalidad
de -4 puntos sobre la calificación.
Tarea 2.2:

32. ¡Muchas gracias por su atención!