Este documento describe cómo elaborar un dendograma o árbol filogenético a partir de artículos científicos utilizando el programa bioinformático MEGA DNA. Los estudiantes utilizaron MEGA para alinear secuencias de ADN de un artículo, construir un árbol filogenético y analizar la relación evolutiva entre las secuencias. Como resultado, se obtuvo un dendograma con 37 secuencias agrupadas según su similitud genética.
INFORME - “SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA CON EL SOFTWARE SNA...DayanaHerrera55
En la actualidad la historia de la Biotecnología ha ido evolucionando, hace siglos atrás descubrimos las enzimas y como poder verlas con ayuda del microscopio, sin embargo, en nuestra época desarrollamos instrumentos más motorizados, con más exactitud, mejor imagen y diagnóstico, lo que nos ayuda a tener una investigación a más a detalle sobre el ADN, siendo una de esas el software SnapGene.
INFORME - “SIMULACIÓN DE ELECTROFORESIS EN GEL DE AGAROSA CON EL SOFTWARE SNA...DayanaHerrera55
En la actualidad la historia de la Biotecnología ha ido evolucionando, hace siglos atrás descubrimos las enzimas y como poder verlas con ayuda del microscopio, sin embargo, en nuestra época desarrollamos instrumentos más motorizados, con más exactitud, mejor imagen y diagnóstico, lo que nos ayuda a tener una investigación a más a detalle sobre el ADN, siendo una de esas el software SnapGene.
El software de análisis de genética evolutiva molecular (MEGA) implementa muchos métodos y herramientas analíticos para
filogenómica y filomedicina. Aquí, informamos una transformación de MEGA para permitir el uso multiplataforma en
Sistemas operativos Microsoft Windows y Linux. MEGA X no requiere software de virtualización o emulación y
proporciona una experiencia de usuario uniforme en todas las plataformas. MEGA X también se ha actualizado para utilizar múltiples sistemas informáticos.
núcleos para muchos análisis evolutivos moleculares. MEGA X está disponible en dos interfaces (gráfica y línea de comandos) y
se puede descargar de www.megasoftware.net de forma gratuita
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...DayanaHerrera55
El análisis genético evolutivo molecular (MEGA) es un programa de software bioinformático
para el análisis de secuencias de ADN y proteínas. Es ampliamente utilizado entre biólogos e
investigadores de bioinformática para el análisis filogenético, la reconstrucción del estado de
los caracteres y la alineación de secuencias. El software MEGA permite a los usuarios
construir árboles evolutivos para datos de secuencia y también incluye varios programas para
el análisis estadístico de la evolución molecular.
Se efectuó el alineamiento y la filogenia de treinta secuencias del GEN 16s rRNA mediante la aplicación de software libre MEGA: Análisis de Genética Evolutiva Molecular la cual permitió mostrar la historia evolutiva generando un árbol optimo con 30 secuencias de nucleótidos.
La bioinformática consiste en la creación de herramientas informáticas para analizar y gestionar datos de interés para la biología, también puede entenderse como una disciplina que utiliza y procesa información para comprender aspectos biológicos. De esta manera, se ha logrado descubrir especies nuevas, determinar a qué especie pertenece una muestra de un ser vivo, curas, entre otros descubrimientos.En la presente practica se harán uso de herramientas informáticas como los programas denominados “BioEdit” y “Mega DNA” para realizar el análisis de calidad y alineamiento de secuencias de ADN y generación de árboles filogenéticos en base al gene NIF H (fijación biológica de nitrógeno)
El software de análisis de genética evolutiva molecular (MEGA) implementa muchos métodos y herramientas analíticos para
filogenómica y filomedicina. Aquí, informamos una transformación de MEGA para permitir el uso multiplataforma en
Sistemas operativos Microsoft Windows y Linux. MEGA X no requiere software de virtualización o emulación y
proporciona una experiencia de usuario uniforme en todas las plataformas. MEGA X también se ha actualizado para utilizar múltiples sistemas informáticos.
núcleos para muchos análisis evolutivos moleculares. MEGA X está disponible en dos interfaces (gráfica y línea de comandos) y
se puede descargar de www.megasoftware.net de forma gratuita
ELABORACIÓN DE DENDROGRAMAS A PARTIR DE ARTÍCULOS CIENTÍFICOS UTILIZANDO EL P...DayanaHerrera55
El análisis genético evolutivo molecular (MEGA) es un programa de software bioinformático
para el análisis de secuencias de ADN y proteínas. Es ampliamente utilizado entre biólogos e
investigadores de bioinformática para el análisis filogenético, la reconstrucción del estado de
los caracteres y la alineación de secuencias. El software MEGA permite a los usuarios
construir árboles evolutivos para datos de secuencia y también incluye varios programas para
el análisis estadístico de la evolución molecular.
Se efectuó el alineamiento y la filogenia de treinta secuencias del GEN 16s rRNA mediante la aplicación de software libre MEGA: Análisis de Genética Evolutiva Molecular la cual permitió mostrar la historia evolutiva generando un árbol optimo con 30 secuencias de nucleótidos.
La bioinformática consiste en la creación de herramientas informáticas para analizar y gestionar datos de interés para la biología, también puede entenderse como una disciplina que utiliza y procesa información para comprender aspectos biológicos. De esta manera, se ha logrado descubrir especies nuevas, determinar a qué especie pertenece una muestra de un ser vivo, curas, entre otros descubrimientos.En la presente practica se harán uso de herramientas informáticas como los programas denominados “BioEdit” y “Mega DNA” para realizar el análisis de calidad y alineamiento de secuencias de ADN y generación de árboles filogenéticos en base al gene NIF H (fijación biológica de nitrógeno)
(PROYECTO) Límites entre el Arte, los Medios de Comunicación y la Informáticavazquezgarciajesusma
En este proyecto de investigación nos adentraremos en el fascinante mundo de la intersección entre el arte y los medios de comunicación en el campo de la informática.
La rápida evolución de la tecnología ha llevado a una fusión cada vez más estrecha entre el arte y los medios digitales, generando nuevas formas de expresión y comunicación.
Continuando con el desarrollo de nuestro proyecto haremos uso del método inductivo porque organizamos nuestra investigación a la particular a lo general. El diseño metodológico del trabajo es no experimental y transversal ya que no existe manipulación deliberada de las variables ni de la situación, si no que se observa los fundamental y como se dan en su contestó natural para después analizarlos.
El diseño es transversal porque los datos se recolectan en un solo momento y su propósito es describir variables y analizar su interrelación, solo se desea saber la incidencia y el valor de uno o más variables, el diseño será descriptivo porque se requiere establecer relación entre dos o más de estás.
Mediante una encuesta recopilamos la información de este proyecto los alumnos tengan conocimiento de la evolución del arte y los medios de comunicación en la información y su importancia para la institución.
En este documento analizamos ciertos conceptos relacionados con la ficha 1 y 2. Y concluimos, dando el porque es importante desarrollar nuestras habilidades de pensamiento.
Sara Sofia Bedoya Montezuma.
9-1.
Es un diagrama para La asistencia técnica o apoyo técnico es brindada por las compañías para que sus clientes puedan hacer uso de sus productos o servicios de la manera en que fueron puestos a la venta.
Diagrama de flujo - ingenieria de sistemas 5to semestre
ELABORACION DE DENDOGRAMAS A PARTIR DE ARTICULOS CIENTIFICOS UTILIZANDO EL PROGRAMA BIOINFORMATICO MEGA DNA
1. ELABORACION DE
DENDOGRAMAS A PARTIR DE
ARTICULOS CIENTIFICOS
UTILIZANDO EL PROGRAMA
BIOINFORMATICO MEGA DNA
Presentado por :
Flores, Obdulio
Parisuaña, Soledad
Mamani, Yanina
Mora, Jose
2. “Año de la unidad, la paz y el desarrollo”
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL INGENIERÍA AMBIENTAL
INFORME PRÁCTICO
TEMA:
“Elaboración de dendogramas a partir de artículos científico utilizando el
programa bioinformático MEGA ADN”
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
DOCENTE:
DR. Soto Gonzales, Hebert Hernan
ESTUDIANTES:
Flores Coaquira, Obdulio David
Mamani Goya, Yanina Maribel
Mora Pino, Jose Joaquin
Parisuaña Berrios, Soledad Magaly
CICLO:
VII
2023
ILO-PERU
3. I. INTRODUCCIÓN
La Bioinformática ha demostrado obtener mejoras en la investigación en áreas afines. Los
Biólogos usan programas para alinear secuencias y crear estructuras, que son de importancia
para analizar los resultados dados por dichos programas de software. De esta manera, se ha
logrado descubrir especies nuevas, determinar a qué especie pertenece una muestra de un ser
vivo, curas, entre otros descubrimientos.
El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) ha crecido continuamente
para satisfacer la necesidad de un análisis evolutivo sofisticado para descubrir patrones y
procesos evolutivos de organismos y genomas. Durante más de 25 años, el alcance y la
utilidad de MEGA han crecido gracias a la incorporación de nuevos métodos, herramientas e
interfaces, lo que ha dado como resultado un moderno software integrado para el análisis
comparativo de secuencias (Caspermeyer 2018 )
MEGA ahora contiene métodos para seleccionar los modelos de sustitución que mejor se
ajustan, estimar distancias evolutivas y tiempos de divergencia, reconstruir filogenias,
predecir secuencias ancestrales, probar la selección y diagnosticar mutaciones de
enfermedades ( Caspermeyer 2018 ) .
El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), es una aplicación, diseñada
para que los biólogos lo utilicen en la investigación de laboratorio para reconstruir las
historias evolutivas de los genes y las especies. Es compatible con varios formatos populares
de secuencias de ADN y proteínas, al tiempo que le ofrece herramientas para examinar los
datos y realizar una variedad de pruebas.
4. II. OBJETIVOS
2.1 Objetivos Generales:
● Elaborar un dendograma o árbol filogenético a partir de un artículo científico
utilizando el programa bioinformático MEGA ADN.
2.2 Objetivos Específicos:
● Aprender el uso y manejo del programa MEGA DNA
● Crear un dendograma
● Manipular secuencia de ADN
III. MARCO TEÓRICO
3.1 MEGA 11
El Análisis de Genética Evolutiva Molecular Versión 11 es un programa de una gran
colección de métodos y herramientas de evolución molecular computacional ya que se
implementan métodos para estimar tiempos de divergencia e intervalos de confianza para
usar densidades de probabilidad para restricciones de calibración para datación de nodos y
fechas de muestreo de secuencias para análisis de datación de punta.
3.2 Árboles filogenéticos
La filogenia molecular y aplicaciones como PAUP, Mr, Bayes y Beast, entre otras son usadas
en investigaciones comparativas en genética. Algunos estimadores filogenéticos se basan en
un modelo explícito de la evolución de los nucleótidos para estimar parámetros evolutivos
tales como longitudes de rama y topología del árbol.
3.3 Alineación de secuencias ADN
Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar
dos o más secuencias o cadenas de ADN y ARN, o estructuras primarias proteicas para
resaltar sus zonas de similitud.
5. IV. MATERIALES Y MÉTODOS
3.1 Materiales
Laptop Software MEGA Bioedit mega
3.2 Métodos
En la presente práctica usaremos el programa "MEGA 11" para realizar el alineamiento de
secuencias del ADN según los códigos correspondientes del artículo científico y la
construcción del árbol filogenético.
V. PROCEDIMIENTO
➔ Códigos el artículo científico entregados por el docente de curso, con el cual
obtendremos el árbol nuestro filogenético.
6. ➔ Como primer paso nos dirigimos al programa de MEGA, seleccionamos la
opción de “Query Databanks”.
➔ Continuando tendremos la siguiente ventana, en el cual se agrega los códigos
correspondientes, dando “CLICK” en buscar.
7. ➔ obteniendo el resultado, presionamos en la parte de arriba “Add To
Alingnment”.
➔ De esta manera podremos visualizar en el programa MEGA.
8. ➔ Realizar los mismos pasos con con todos los códigos como resultado se
obtendrá lo siguiente.
➔ culminando, nos dirigimos al símbolo de “brazo” optamos por “ Align DNA”
seguidamente darle OK. obteniendo así el alineamiento correspondiente,
10. ➔ Posteriormente, después de realizar el recortado de nombre, procedemos a
guardar, (en formato fasta).
➔ concretando, volvemos con el programa MEGA, ubicando el icono de
“PHYLOGENY” seleccionamos en “Construct/Test Neighbor”
11. ➔ por último presionamos estas opciones, obteniendo así el árbol filogenético
que se muestra en los resultado
13. VII. CUESTIONARIO
6.1 ¿Qué es el programa MEGA DNA, puede ser aplicado en ingeniería
ambiental?
El programa MEGA DNA es un software de computadora para proceder a los análisis
estadísticos de la evolución molecular.
En el ámbito de la ingeniería ambiental el programa Mega, donde se construyeron
dendogramas, árboles filogenéticos se puede hacer la identificación de
microorganismos a través de codificaciones, secuencia de ADN, entre otros.
● La genética
● Datos para analizar la bioinformática
● El alineamiento de secuencias
● Monitoreo del efecto en el cambio climático.
6.2 ¿Para qué sirve el MÚSCULO del programa MEGA DNA?
Para darnos el alineamiento de la secuencia del ADN de todos los códigos del
Artículo científico insertados al software Molecular Evolutionary Genetics Analysis
(MEGA).
6.3 ¿Qué es un dendograma o árbol filogenético?
Un dendrograma es una representación gráfica de los datos en forma de árbol que los
organiza en subcategorías que se van dividiendo hasta llegar al nivel de detalle
deseado. Para formar este diagrama se forman conglomerados de observaciones en
cada paso y sus niveles de similitud. El nivel de similitud se mide en el eje vertical
(aunque también se puede mostrar el nivel de distancia), y las diferentes
observaciones se especifican en el eje horizontal.
14. 6.4. Dibuje a mano la estructura del ADN
VIII. CONCLUSIÓN
● El programa MEGA DNA permitió analizar secuencias ADN de forma rápida y
precisa, de modo que realizando el alineamiento respectivo de las secuencias,
construyendo el árbol filogenético.
● Según el resultado del árbol filogenético se obtuvieron 37 secuencias con el programa
bioinformático MEGA ya que es una herramienta muy útil, obteniendo el resultado
deseado.
15. IX. BIBLIOGRAFÍA
● Ferrández, A.; Hernández, M. & Pastor, J. (2003). Algunos Aspectos Básicos
de la Doble Estructura Helicoidal del ADN. La Gaceta de la RSME, 6,
557-570.
● Torres, F. (2007). Algoritmos clásicos de alineamiento de secuencias. Tiempo
Compartido 7, 13-18
● https://www.megasoftware.net/web_help_10/index.htm#t=First_Time_User.ht
m.