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ELABORACION DE
DENDOGRAMAS A PARTIR DE
ARTICULOS CIENTIFICOS
UTILIZANDO EL PROGRAMA
BIOINFORMATICO MEGA DNA
Presentado por :
Flores, Obdulio
Parisuaña, Soledad
Mamani, Yanina
Mora, Jose
“Año de la unidad, la paz y el desarrollo”
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL INGENIERÍA AMBIENTAL
INFORME PRÁCTICO
TEMA:
“Elaboración de dendogramas a partir de artículos científico utilizando el
programa bioinformático MEGA ADN”
CURSO:
BIOTECNOLOGÍA
DOCENTE:
DR. Soto Gonzales, Hebert Hernan
ESTUDIANTES:
Flores Coaquira, Obdulio David
Mamani Goya, Yanina Maribel
Mora Pino, Jose Joaquin
Parisuaña Berrios, Soledad Magaly
CICLO:
VII
2023
ILO-PERU
I. INTRODUCCIÓN
La Bioinformática ha demostrado obtener mejoras en la investigación en áreas afines. Los
Biólogos usan programas para alinear secuencias y crear estructuras, que son de importancia
para analizar los resultados dados por dichos programas de software. De esta manera, se ha
logrado descubrir especies nuevas, determinar a qué especie pertenece una muestra de un ser
vivo, curas, entre otros descubrimientos.
El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) ha crecido continuamente
para satisfacer la necesidad de un análisis evolutivo sofisticado para descubrir patrones y
procesos evolutivos de organismos y genomas. Durante más de 25 años, el alcance y la
utilidad de MEGA han crecido gracias a la incorporación de nuevos métodos, herramientas e
interfaces, lo que ha dado como resultado un moderno software integrado para el análisis
comparativo de secuencias (Caspermeyer 2018 )
MEGA ahora contiene métodos para seleccionar los modelos de sustitución que mejor se
ajustan, estimar distancias evolutivas y tiempos de divergencia, reconstruir filogenias,
predecir secuencias ancestrales, probar la selección y diagnosticar mutaciones de
enfermedades ( Caspermeyer 2018 ) .
El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), es una aplicación, diseñada
para que los biólogos lo utilicen en la investigación de laboratorio para reconstruir las
historias evolutivas de los genes y las especies. Es compatible con varios formatos populares
de secuencias de ADN y proteínas, al tiempo que le ofrece herramientas para examinar los
datos y realizar una variedad de pruebas.
II. OBJETIVOS
2.1 Objetivos Generales:
● Elaborar un dendograma o árbol filogenético a partir de un artículo científico
utilizando el programa bioinformático MEGA ADN.
2.2 Objetivos Específicos:
● Aprender el uso y manejo del programa MEGA DNA
● Crear un dendograma
● Manipular secuencia de ADN
III. MARCO TEÓRICO
3.1 MEGA 11
El Análisis de Genética Evolutiva Molecular Versión 11 es un programa de una gran
colección de métodos y herramientas de evolución molecular computacional ya que se
implementan métodos para estimar tiempos de divergencia e intervalos de confianza para
usar densidades de probabilidad para restricciones de calibración para datación de nodos y
fechas de muestreo de secuencias para análisis de datación de punta.
3.2 Árboles filogenéticos
La filogenia molecular y aplicaciones como PAUP, Mr, Bayes y Beast, entre otras son usadas
en investigaciones comparativas en genética. Algunos estimadores filogenéticos se basan en
un modelo explícito de la evolución de los nucleótidos para estimar parámetros evolutivos
tales como longitudes de rama y topología del árbol.
3.3 Alineación de secuencias ADN
Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar
dos o más secuencias o cadenas de ADN y ARN, o estructuras primarias proteicas para
resaltar sus zonas de similitud.
IV. MATERIALES Y MÉTODOS
3.1 Materiales
Laptop Software MEGA Bioedit mega
3.2 Métodos
En la presente práctica usaremos el programa "MEGA 11" para realizar el alineamiento de
secuencias del ADN según los códigos correspondientes del artículo científico y la
construcción del árbol filogenético.
V. PROCEDIMIENTO
➔ Códigos el artículo científico entregados por el docente de curso, con el cual
obtendremos el árbol nuestro filogenético.
➔ Como primer paso nos dirigimos al programa de MEGA, seleccionamos la
opción de “Query Databanks”.
➔ Continuando tendremos la siguiente ventana, en el cual se agrega los códigos
correspondientes, dando “CLICK” en buscar.
➔ obteniendo el resultado, presionamos en la parte de arriba “Add To
Alingnment”.
➔ De esta manera podremos visualizar en el programa MEGA.
➔ Realizar los mismos pasos con con todos los códigos como resultado se
obtendrá lo siguiente.
➔ culminando, nos dirigimos al símbolo de “brazo” optamos por “ Align DNA”
seguidamente darle OK. obteniendo así el alineamiento correspondiente,
➔ seguidamente eliminamos todo espacio vacío.
➔ Así mismo recortamos el nombre
➔ Posteriormente, después de realizar el recortado de nombre, procedemos a
guardar, (en formato fasta).
➔ concretando, volvemos con el programa MEGA, ubicando el icono de
“PHYLOGENY” seleccionamos en “Construct/Test Neighbor”
➔ por último presionamos estas opciones, obteniendo así el árbol filogenético
que se muestra en los resultado
VI. RESULTADOS
Como resultado se obtuvo el árbol filogenético:
VII. CUESTIONARIO
6.1 ¿Qué es el programa MEGA DNA, puede ser aplicado en ingeniería
ambiental?
El programa MEGA DNA es un software de computadora para proceder a los análisis
estadísticos de la evolución molecular.
En el ámbito de la ingeniería ambiental el programa Mega, donde se construyeron
dendogramas, árboles filogenéticos se puede hacer la identificación de
microorganismos a través de codificaciones, secuencia de ADN, entre otros.
● La genética
● Datos para analizar la bioinformática
● El alineamiento de secuencias
● Monitoreo del efecto en el cambio climático.
6.2 ¿Para qué sirve el MÚSCULO del programa MEGA DNA?
Para darnos el alineamiento de la secuencia del ADN de todos los códigos del
Artículo científico insertados al software Molecular Evolutionary Genetics Analysis
(MEGA).
6.3 ¿Qué es un dendograma o árbol filogenético?
Un dendrograma es una representación gráfica de los datos en forma de árbol que los
organiza en subcategorías que se van dividiendo hasta llegar al nivel de detalle
deseado. Para formar este diagrama se forman conglomerados de observaciones en
cada paso y sus niveles de similitud. El nivel de similitud se mide en el eje vertical
(aunque también se puede mostrar el nivel de distancia), y las diferentes
observaciones se especifican en el eje horizontal.
6.4. Dibuje a mano la estructura del ADN
VIII. CONCLUSIÓN
● El programa MEGA DNA permitió analizar secuencias ADN de forma rápida y
precisa, de modo que realizando el alineamiento respectivo de las secuencias,
construyendo el árbol filogenético.
● Según el resultado del árbol filogenético se obtuvieron 37 secuencias con el programa
bioinformático MEGA ya que es una herramienta muy útil, obteniendo el resultado
deseado.
IX. BIBLIOGRAFÍA
● Ferrández, A.; Hernández, M. & Pastor, J. (2003). Algunos Aspectos Básicos
de la Doble Estructura Helicoidal del ADN. La Gaceta de la RSME, 6,
557-570.
● Torres, F. (2007). Algoritmos clásicos de alineamiento de secuencias. Tiempo
Compartido 7, 13-18
● https://www.megasoftware.net/web_help_10/index.htm#t=First_Time_User.ht
m.

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ELABORACION DE DENDOGRAMAS A PARTIR DE ARTICULOS CIENTIFICOS UTILIZANDO EL PROGRAMA BIOINFORMATICO MEGA DNA

  • 1. ELABORACION DE DENDOGRAMAS A PARTIR DE ARTICULOS CIENTIFICOS UTILIZANDO EL PROGRAMA BIOINFORMATICO MEGA DNA Presentado por : Flores, Obdulio Parisuaña, Soledad Mamani, Yanina Mora, Jose
  • 2. “Año de la unidad, la paz y el desarrollo” UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA ESCUELA PROFESIONAL INGENIERÍA AMBIENTAL INFORME PRÁCTICO TEMA: “Elaboración de dendogramas a partir de artículos científico utilizando el programa bioinformático MEGA ADN” CURSO: BIOTECNOLOGÍA DOCENTE: DR. Soto Gonzales, Hebert Hernan ESTUDIANTES: Flores Coaquira, Obdulio David Mamani Goya, Yanina Maribel Mora Pino, Jose Joaquin Parisuaña Berrios, Soledad Magaly CICLO: VII 2023 ILO-PERU
  • 3. I. INTRODUCCIÓN La Bioinformática ha demostrado obtener mejoras en la investigación en áreas afines. Los Biólogos usan programas para alinear secuencias y crear estructuras, que son de importancia para analizar los resultados dados por dichos programas de software. De esta manera, se ha logrado descubrir especies nuevas, determinar a qué especie pertenece una muestra de un ser vivo, curas, entre otros descubrimientos. El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) ha crecido continuamente para satisfacer la necesidad de un análisis evolutivo sofisticado para descubrir patrones y procesos evolutivos de organismos y genomas. Durante más de 25 años, el alcance y la utilidad de MEGA han crecido gracias a la incorporación de nuevos métodos, herramientas e interfaces, lo que ha dado como resultado un moderno software integrado para el análisis comparativo de secuencias (Caspermeyer 2018 ) MEGA ahora contiene métodos para seleccionar los modelos de sustitución que mejor se ajustan, estimar distancias evolutivas y tiempos de divergencia, reconstruir filogenias, predecir secuencias ancestrales, probar la selección y diagnosticar mutaciones de enfermedades ( Caspermeyer 2018 ) . El software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), es una aplicación, diseñada para que los biólogos lo utilicen en la investigación de laboratorio para reconstruir las historias evolutivas de los genes y las especies. Es compatible con varios formatos populares de secuencias de ADN y proteínas, al tiempo que le ofrece herramientas para examinar los datos y realizar una variedad de pruebas.
  • 4. II. OBJETIVOS 2.1 Objetivos Generales: ● Elaborar un dendograma o árbol filogenético a partir de un artículo científico utilizando el programa bioinformático MEGA ADN. 2.2 Objetivos Específicos: ● Aprender el uso y manejo del programa MEGA DNA ● Crear un dendograma ● Manipular secuencia de ADN III. MARCO TEÓRICO 3.1 MEGA 11 El Análisis de Genética Evolutiva Molecular Versión 11 es un programa de una gran colección de métodos y herramientas de evolución molecular computacional ya que se implementan métodos para estimar tiempos de divergencia e intervalos de confianza para usar densidades de probabilidad para restricciones de calibración para datación de nodos y fechas de muestreo de secuencias para análisis de datación de punta. 3.2 Árboles filogenéticos La filogenia molecular y aplicaciones como PAUP, Mr, Bayes y Beast, entre otras son usadas en investigaciones comparativas en genética. Algunos estimadores filogenéticos se basan en un modelo explícito de la evolución de los nucleótidos para estimar parámetros evolutivos tales como longitudes de rama y topología del árbol. 3.3 Alineación de secuencias ADN Un alineamiento de secuencias en bioinformática es una forma de representar y comparar dos o más secuencias o cadenas de ADN y ARN, o estructuras primarias proteicas para resaltar sus zonas de similitud.
  • 5. IV. MATERIALES Y MÉTODOS 3.1 Materiales Laptop Software MEGA Bioedit mega 3.2 Métodos En la presente práctica usaremos el programa "MEGA 11" para realizar el alineamiento de secuencias del ADN según los códigos correspondientes del artículo científico y la construcción del árbol filogenético. V. PROCEDIMIENTO ➔ Códigos el artículo científico entregados por el docente de curso, con el cual obtendremos el árbol nuestro filogenético.
  • 6. ➔ Como primer paso nos dirigimos al programa de MEGA, seleccionamos la opción de “Query Databanks”. ➔ Continuando tendremos la siguiente ventana, en el cual se agrega los códigos correspondientes, dando “CLICK” en buscar.
  • 7. ➔ obteniendo el resultado, presionamos en la parte de arriba “Add To Alingnment”. ➔ De esta manera podremos visualizar en el programa MEGA.
  • 8. ➔ Realizar los mismos pasos con con todos los códigos como resultado se obtendrá lo siguiente. ➔ culminando, nos dirigimos al símbolo de “brazo” optamos por “ Align DNA” seguidamente darle OK. obteniendo así el alineamiento correspondiente,
  • 9. ➔ seguidamente eliminamos todo espacio vacío. ➔ Así mismo recortamos el nombre
  • 10. ➔ Posteriormente, después de realizar el recortado de nombre, procedemos a guardar, (en formato fasta). ➔ concretando, volvemos con el programa MEGA, ubicando el icono de “PHYLOGENY” seleccionamos en “Construct/Test Neighbor”
  • 11. ➔ por último presionamos estas opciones, obteniendo así el árbol filogenético que se muestra en los resultado
  • 12. VI. RESULTADOS Como resultado se obtuvo el árbol filogenético:
  • 13. VII. CUESTIONARIO 6.1 ¿Qué es el programa MEGA DNA, puede ser aplicado en ingeniería ambiental? El programa MEGA DNA es un software de computadora para proceder a los análisis estadísticos de la evolución molecular. En el ámbito de la ingeniería ambiental el programa Mega, donde se construyeron dendogramas, árboles filogenéticos se puede hacer la identificación de microorganismos a través de codificaciones, secuencia de ADN, entre otros. ● La genética ● Datos para analizar la bioinformática ● El alineamiento de secuencias ● Monitoreo del efecto en el cambio climático. 6.2 ¿Para qué sirve el MÚSCULO del programa MEGA DNA? Para darnos el alineamiento de la secuencia del ADN de todos los códigos del Artículo científico insertados al software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA). 6.3 ¿Qué es un dendograma o árbol filogenético? Un dendrograma es una representación gráfica de los datos en forma de árbol que los organiza en subcategorías que se van dividiendo hasta llegar al nivel de detalle deseado. Para formar este diagrama se forman conglomerados de observaciones en cada paso y sus niveles de similitud. El nivel de similitud se mide en el eje vertical (aunque también se puede mostrar el nivel de distancia), y las diferentes observaciones se especifican en el eje horizontal.
  • 14. 6.4. Dibuje a mano la estructura del ADN VIII. CONCLUSIÓN ● El programa MEGA DNA permitió analizar secuencias ADN de forma rápida y precisa, de modo que realizando el alineamiento respectivo de las secuencias, construyendo el árbol filogenético. ● Según el resultado del árbol filogenético se obtuvieron 37 secuencias con el programa bioinformático MEGA ya que es una herramienta muy útil, obteniendo el resultado deseado.
  • 15. IX. BIBLIOGRAFÍA ● Ferrández, A.; Hernández, M. & Pastor, J. (2003). Algunos Aspectos Básicos de la Doble Estructura Helicoidal del ADN. La Gaceta de la RSME, 6, 557-570. ● Torres, F. (2007). Algoritmos clásicos de alineamiento de secuencias. Tiempo Compartido 7, 13-18 ● https://www.megasoftware.net/web_help_10/index.htm#t=First_Time_User.ht m.