ANÁLISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S

1. 1
UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
TEMA:
“ANALISIS DE SECUENCIAS DEL GEN 16S”
CURSO:
BIOTECNOLOGIA
ESTUDIANTE:
ARRAZOLA CCOSI, MARIA MILAGROS
DOCENTE:
SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
CICLO:
VII
FECHA DE PRESENTACION:
17/09/21
ILO-PERU
2021
ESCUELA
PROFESIONAL
DE INGENIERIA
AMBIENTAL

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INDICE
I. INTRODUCCION ..................................................................................................................3
II. OBJETIVOS GENERALES ...................................................................................................4
III. MATERIALES ....................................................................................................................4
IV. METODOLOGIA ................................................................................................................4
V. RESULTADOS......................................................................................................................7
VI. CONCLUSIONES ............................................................................................................ 10
VII. BIBLIOGRAFIA ................................................................................................................ 11

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I. INTRODUCCION
En la actualidad se cuenta con grandes avances tecnológicos, la ciencia dirigida y aplicada
hacías la genética, es por ello que es necesario conocer el secuenciamiento de ADN determina
el orden de las bases de un segmento específico de ADN. Las técnicas de secuenciamiento se
basan en el método de síntesis enzimática o método de Sanger. La técnica de secuenciamiento
de Sanger se basa en la propiedad del ADN polimerasa de sintetizar una copia complementaria
de una cadena simple de ADN molde a partir del uso de 2-3 - dideoxinucleótidos (ddNTPs) como
substratos.
Los ddNTPs son análogos de nucleótidos que carecen de un OH en el Carbono 3 (C3), los cuales
una vez incorporados en la nueva cadena de ADN, la polimerasa no puede incorporar bases
adicionales al extremo de la cadena, deteniéndose la reacción de síntesis. En esta técnica los
dideoxinucleótidos actúan como terminadores de la síntesis de ADN (Hardin, 2001; Wilton, 2002).
Es por ello que para este presente practica se hará uso del programa de “BioEdit” en el cual
cumple una función de editar secuencias biológicas, por ejemplo, de proteínas y alineamientos
de las mismas. También de un análisis visual de los cromatogramas generados se podrá discernir
algunos problemas comunes que puedan alterar las secuencias en estudio.

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II. OBJETIVOS GENERALES
 Analizar la selección de electroferogramas mediante la aplicación de software libre
BIOEDIT en específico el estudio del gen ribosomal 16S.
III. MATERIALES
 Microsoft EXCEL.
 Laptop.
 BioEdit.
 NCBI
 Muestras de secuenciación para análisis.
 Literatura bibliográfica.
IV. METODOLOGIA
En este presente práctica utilizaremos el programa “BioEdit”, nos será útil para el análisis de
secuenciamiento.
Abriremos la carpeta que contiene una serie de secuencias, dentro del archivo “zip”.
Seleccionamos la primera muestra, y así sucesivamente una a una a medida se vaya
realizando el análisis con los pasos posteriores.
Ahora procedemos a analizar el cromatograma, determinando así la calidad de las
secuencias, si obtiene una denominación de calidad BUENA, MALA o REGULAR.

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Exportamos los datos, dirigiéndonos a la barra de herramientas: File/Exportar como
Fasta/Colocamos un nombre al archivo/Guardar.
Seguidamente ubicamos el archivo guardado para abrirlo nuevamente, pero esta vez en
programa “Block de notas”.
Nos fijamos en la secuencia de ADN, y eliminamos los caracteres que alteran o
distorsionan la cadena, esbozando una correlación de paridad.
Ya considerando, una secuencia correcta, procedemos al análisis de nuestra muestra
problema dirigiéndonos a la interfaz web del NCBI (Centro Nacional para la Información
Biotecnológica) para la identificación del tamaño de la secuencia y el tipo de organismo.
Nos dirigimos a la página web del NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ /Click en BLAST
copiamos la secuencia corregida en los pasos anteriores para así iniciar el análisis.

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Click en BLAST/ ejecutando una búsqueda intensiva de identidades similares y
porcentajes de estas mismas dentro de toda la data disponible.
Esta metodología se aplicará a todas las muestras, se adjuntará toda la información
obtenida en tablas resumen generadas en Excel.

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V. RESULTADOS
Los siguientes cuadros presentan los detalles de análisis correspondientes a los grupos
de muestras de interés dispuestas por el docente.
 Nombre de archivo del primer grupo de muestras: Hernan3.zip
CODIGO CALIDAD DE LA
SECUENCIA
TAMAÑO
DE LA
SECUENCIA
ORGANISMO %
IDENTIDAD
BUENA MALA REGULAR
DIVERSOS-_A07_1H_01.ab1 X 527 Negativo -----
DIVERSOS-_A08_9H_02.ab1 X 626 Bacteria -
Herbaspirillum
seropedicae
91,51%
DIVERSOS-_A09_1_01.ab1 X 734 Pseudomonas sp. 82,08%
DIVERSOS-_A10_9_02.ab1 X 691 Bacteria no cultivada 87,70%
DIVERSOS-_A11_17_01.ab1 X 739 Negativo -------
DIVERSOS-_B07_2H_03.ab1 X 773 Negativo -------
DIVERSOS-
_B08_10H_04.ab1
X 757 Bacteria - Leclercia
adecarboxilata
85,62%
DIVERSOS-_B09_2_03.ab1 X 631 Bacteria - Klebsiella
oxytoca
84,01%
DIVERSOS-_B10_10_04.ab1 X 651 Bacteria - Enterobacter
soli
71,76%
DIVERSOS-_B11_18_03.ab1 X 660 Negativo -------
DIVERSOS-_C07_3H_05.ab1 X 762 Enterobacter
sp. NA10140
92,53%
DIVERSOS-
_C08_11H_06.ab1
X 754 Enterobacter
sp. NA10140
92,51%
DIVERSOS-_C09_3_05.ab1 X 706 Phytobacter
diazotrophicus
86,91%
DIVERSOS-_C10_11_06.ab1 X 775 Negativo -------
DIVERSOS-_C11_19_05.ab1 X 735 Negativo -------
DIVERSOS-_D07_4H_07.ab1 X 742 Bacteria no cultivada 90,18%
DIVERSOS-
_D08_12H_08.ab1
X 717 Uncultured bacterium 85.40%
DIVERSOS-_D09_4_07.ab1 X 761 Phytobacter
diazotrophicus
89,23%
DIVERSOS-_D10_12_08.ab1 X 779 Pseudomonas
guariconensis
83,87%
DIVERSOS-_E07_5H_09.ab1 X 708 Negativo -------

8. 8
DIVERSOS-
_E08_13H_10.ab1
X 672 Beta proteobacteria no
cultivada
73,24%
DIVERSOS-_E09_5_09.ab1 X 822 Klebsiella pneumo 89,35%
DIVERSOS-_E10_13_10.ab1 X 826 Negativo -------
DIVERSOS-_F07_6H_11.ab1 X 725 Enterobacter ludwigii 96,22%
DIVERSOS-_F09_6_11.ab1 X 764 Klebsiella sp. 83,93%
DIVERSOS-_F10_14_12.ab1 X 1004 Negativo -------
DIVERSOS-_G07_7H_13.ab1 X 751 Kosakonia oryzae 92,16%
DIVERSOS-_G09_7_13.ab1 X 773 Negativo -------
DIVERSOS-_G10_15_14.ab1 X 742 Enterobacter cloacae 96,28%
DIVERSOS-_H07_8H_15.ab1 X 824 Negativo -------
DIVERSOS-_H09_8_15.ab1 X 1085 Negativo -------
DIVERSOS-_H10_16_16.ab1 X 762 Enterobacter
sp. IICDBZ9
84,59%
 Nombre de archivo del primer grupo de muestras: SeqsHebert_9
CODIGO
CALIDAD DE LA
SECUENCIA
TAMAÑO
DE LA
SECUENCI
A
ORGANISMO
%
IDENTIDA
D
BUENA REGULAR MALA
USER_12SET2007_01_A03_01.AB1 x 677 Pantoea
agglomerans
85.03%
USER_12SET2007_02_B03_03.AB1 x 861 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_03_C03_05.AB1 x 873 Klebsiella
pneumoniae
77.61%
USER_12SET2007_04_D03_07.AB1 x 837 Klebsiella
pneumoniae
78.18%
USER_12SET2007_05_E03_09.AB1 x 862 uncultured
bacterium
85.67%
USER_12SET2007_06_F03_11.AB1 x 1101 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_07_G03_13.AB1 x 1093 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_08_H03_15.AB1 x 940 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_09_A04_02.AB1 x 1004 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_10_B04_04.AB1 x 798 NEGATIVO -----

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USER_12SET2007_11_C04_06.AB1 x 871 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_12_D04_08.AB1 x 822 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_13_E04_10.AB1 x 881 NEGATIVO -----
USER_12SET2007_14_F04_12.AB1 x 949 Pantoea deleyi 94.92%
USER_12SET2007_15_G04_14.AB1 x 882 Klebsiella sp. 88.84%
USER_12SET2007_16_H04_16.AB1 x 929 NEGATIVO ---
USUARIOS_12SET2007_1Y2_F04_12.A
B1
x 925 uncultured
proteobacteriu
m
81.08%
USUARIOS_12SET2007_2Y2_G04_14.A
B1
x 789 Herbaspirillum
seropedicae
81.20%
USUARIOS_12SET2007_3Y2_H04_16.A
B1
x 957 NEGATIVO ----
USUARIOS_12SET2007_17_A04_02.AB
1
x 1023 NEGATIVO ----
USUARIOS_12SET2007_18_B04_04.AB
1
x 924 Enterobacter
sp.
79.83%
USUARIOS_12SET2007_19_C04_06.AB
1
x 998 NEGATIVO ----
USUARIOS_12SET2007_20_D04_08.AB
1
x 855 NEGATIVO ----
USUARIOS_12SET2007_21_E04_10.AB
1
x 781 NEGATIVO ----
 Nombre de archivo del primer grupo de muestras: SeqsHerbert
CODIGO
CALIDAD DE LA
SECUENCIA
TAMAÑO
DE LA
SECUENCIA
ORGANISMO
%
IDENTIDAD
BUENA REGULAR MALA
USER_04set2007_01-
419NZ_A01_01.ab1
x 950 Klebsiellamichiganensis 74.54%
USER_04set2007_02-
526NZ_B01_03.ab1
x 612 Klebsiellasp. 88.15%
USER_04set2007_03-
419AZ_C01_05.ab1
x 755 Klebsiellasp. MPUS7 97.35%

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USER_04set2007_04-
88NZ_D01_07.ab1
x 610 Klebsiella pneumoniae 95.08%
USER_04set2007_05-
88AZ_E01_09.ab1
x 613 Klebsiella pneumoniae 97.10%
USER_04set2007_06-
526Y1_F01_11.ab1
x 717 Klebsiella pneumoniae 95.91%
USER_04set2007_07-
419Y1_G01_13.ab1
x 723 Enterobacter sp.
WF14-6
98.61%
USER_04set2007_08-
375H_H01_15.ab1
x 832 NEGATIVO -----
USER_04set2007_09-
419YZ_A02_02.ab1
X 723 uncultured bacterium 96.45%
USER_04set2007_10-
88H_B02_04.ab1
X 725 NEGATIVO -----
USER_04set2007_11-
375NZ_C02_06.ab1
X 763 NEGATIVO -----
USER_04set2007_12-
526YZ_D02_08.ab1
X 598 Klebsiella sp. BR3357 95.25%
USER_04set2007_13-
483NZ_E02_10.ab1
X 729 Enterobacter sp. 89.55%
USER_04set2007_14-
483H_F02_12.ab1
X 783 Enterobacter asburiae 86.09%
USER_04set2007_15-
456NZ_G02_14.ab1
X 670 Bacillus cereus 96.42%
VI. CONCLUSIONES
 Se cuenta con una variedad de herramientas para realizar un análisis de secuencias de
ADN,donde la generación de los cromatogramas, gracias a sus detalle de picos y caídas
que respaldan la calidad de la muestra, distinguiendo si esta cumple la condición de ser
una secuencia BUENA, MALA o REGULAR que gracias a la paguina NCBI (TheNational
Center forBiotechnologyInformation), nos ayudó a identificar,comparar del tipo de
microorganismos analizados, también el porcentaje de Identidad al que se asemejan
frente a nuestra muestra de interés.

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VII. BIBLIOGRAFIA
 Bioquímica. Escrito por Jeremy Mark Berg, Lubert Stryer, John Tymoczko.
( books.google.es ).https://web.archive.org/web/20110407064631/http://www.sanger.ac.
uk/about/people/biographies/fsanger.html
 Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. "Gapped
BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs", Nucleic
Acids Res. 1997. 25, 3389-3402.
 Arahal DR, Sánchez E, Macián MC, Garay E. Value of recN sequences for species
identification and as a phylogenetic marker within the family “Leuconostocaceae”. Int
Microbiol. 2008. 11: 33-39.
 Kim OS, Cho YJ, Lee K, Yoon SH, Kim M, Na H, Park SC, Jeon YS, Lee JH, Yi H, Won
S, Chun J. Introducing EzTaxon: a prokaryotic 16S rRNA Gene sequence database with
phylotypes that represent uncultured species. Int J Syst Evol Microbiol. 2012. 62, 716-
721.
 Lucena T, Pascual J, Garay E, Arahal DR, Macián MC, Pujalte MJ. Haliea mediterranea
sp. nov., a new marine gammaproteobacterium. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2010. 50,
1844-1848.