Los riesgos químicos pueden provenir de componentes naturales o agregados a los productos frescos. Entre los naturales se encuentran alérgenos, toxinas de hongos y alcaloides, mientras que entre los agregados se incluyen agroquímicos, metales tóxicos provenientes del suelo o agua, y sustancias de maquinaria, tratamientos y envases. El uso cuidadoso de prácticas apropiadas en el cultivo, poscosecha y transformación puede ayudar a disminuir los riesgos de contaminación química