El organigrama institucional de la U.E.E Buenos Aires describe la estructura jerárquica de la institución, en la que la Directora ejerce la supervisión general y es asistida por una Sub-Directora. La estructura incluye al Consejo Educativo, el personal administrativo y de apoyo, las coordinaciones de recursos para el aprendizaje y bienestar estudiantil, los consejos comunales, el personal docente y los estudiantes.