La enzima principal involucrada en el proceso de metilación del epigenoma es la ADN metiltransferasa. El documento luego presenta cuatro opciones para ordenar los pasos de la metilación del ADN, siendo la secuencia correcta: 1) modificación de las histonas, 2) metilación del ADN, 3) cambio en los factores de cromatina, 4) modificación de la estructura cromosómica.