Aplicación web para convertir archivos a un formato compatible entre diferentes software de análisis de redes biológicas

1. Simposio Argentino de Tecnología
Procesos
República Argentina
Septiembre de 2014
Aplicación web
para convertir archivos a un formato compatible entre
diferentes software de análisis de redes biológicas
Lic. María D. García
Investigador de Sidar y responsable de Atedis. Buenos Aires.
Argentina (e-mail: garcia.mariad@gmail.com )
Dr. Daniel V. Guebel
Consultor. Biotechnology Counseling Services. Buenos Aires.
Argentina (e-mail: dvguebel@hotmail.com)

2. Procesos República Argentina
Procesos es una aplicación interdisciplinaria en la que se han
combinado programación en código abierto, principios de diseño
universal con técnicas avanzadas para resolución de problemas de
modelización en biotecnología.
Procesos es un servicio que se ofrece gratuitamente en línea.

3. Procesos República Argentina
Problema
Análisis
MejoraResultados
Evaluación

4. Procesos República Argentina Problema
Investigación
Biológica
Enfoque
Reduccionista
•Biología de Sistemas
•Biología Integrativa
•Ingeniería Metabólica
• Biología Sintética
Sistema
Global
Resuelve
con
Métodos
Formal-matemáticos
Resultados:
•Representación
•Visualización
•Simulación
•Análisis de estructuras complejas
Software para simular modelos
Nuevoparadigma

5. Procesos República Argentina Problema
Software para simular modelos:
CellNetAnalyzer / FluxAnalyzer
Ha sido desarrollado por
Steffen Klamt y Axel von Kamp
para la Dinámica de Sistemas Técnicos Complejos ,
En el Instituto Max Planck . Magdeburgo, Alemania.
Trabaja sobre plataforma MATLAB
Software de descarga gratuita.
URL de descarga: http://www2.mpi-magdeburg.mpg.de/projects/cna/cna.html

6. Procesos República Argentina Problema
CellNetAnalyzer (CNA) es un software que opera sobre MATLAB y
que proporciona un entorno completo y fácil de usar para el análisis
estructural y funcional de las redes de bioquímica.
CNA facilita el análisis de metabólico-estequiométrico, así como la
señalización y las redes de regulación únicamente en la topología
de red, es decir, independiente de los mecanismos cinéticos y
parámetros.
CNA proporciona una potente colección de herramientas y
algoritmos para el análisis de la red estructural que se puede iniciar
en forma de menú controlado dentro de mapas de redes
interactivas.
Aplicaciones de la CNA se pueden encontrar en
•biología de sistemas
•biotecnología
•ingeniería metabólica
•farmacología
• microbiología
•ingeniería química

7. Procesos República Argentina
Problema
Análisis
MejoraResultados
Evaluación

8. Procesos República Argentina Análisis
Software
Sistemas
formales
Alternativos
Métodos de análisis cualitativos
(Boolean Logic) y s/cuantitativos
( Multi-valued Logic)
Extended Multivalued Logic
(MUVAL: Multi-valued Logic
with graded inhibition)
Cytoscape(5)
BINOM(6)
Diva(7)
MFINDER(8)
Cell Net Analyzer
(Plataforma
MatLab)
formatos de salida
incompatibles
(entre sí y respecto
a Cell Net Analyzer)
Formato de salida
compatibles

9. Procesos República Argentina
Problema
Análisis
MejoraResultados
Evaluación

10. Procesos República Argentina Mejora
Software
Procesos
Cell Net Analyzer
Cytoscape(5),
BINOM(6),
Diva(7),
MFINDER(8).
Transforma
formatos de salida
Diversifica las
posibilidades,
potenciando las
prestaciones de
cada software
Computa la matriz
de incidencia, siendo
esta un insumo para
la posterior
determinación de la
estructura modular
del sistema

11. Procesos República Argentina
Problema
Análisis
MejoraResultados
Evaluación

12. Procesos República Argentina Resultados
Software
Procesos
Diversifica las
posibilidades,
potenciando las
prestaciones de cada
software
Computa la matriz de
incidencia, siendo esta
un insumo para la
posterior determinación
de la estructura
molecular del sistema
Ventajas

13. Procesos República Argentina Resultados
Software
Procesos
Diversifica las
posibilidades,
potenciando las
prestaciones de cada
software
Otras ventajas
Computa la matriz de
incidencia, siendo esta
un insumo para la
posterior determinación
de la estructura
molecular del sistema
Ventajas
Permite el ingreso y procesamiento de datos de
gran tamaño, evitando el ingreso individual a
través de interfases gráficas.
No se requiere de ningún conocimiento de
programación para su utilización
El debugging incorporado localiza y facilita la
corrección de errores en el archivo fuente

14. Procesos República Argentina
Problema
Análisis
MejoraResultados
Evaluación

15. Procesos República Argentina Evaluación
Google Analitycs

16. Procesos República Argentina
Evaluación
Más investigadores podrán aplicar las
herramientas del análisis de redes en los campos
de biomedicina y biotecnología, así como su
enseñanza en el ámbito universitario.

17. Procesos República Argentina
Sitio Web :
http://www.desarrollosdg.com.ar/Guebel/

18. Procesos República Argentina
Muchas gracias.