Este documento describe el proceso de aprendizaje para usar los programas Gbedit y Towhee. Gbedit se usa para crear y unir moléculas y obtener coordenadas atómicas, mientras que Towhee es un código de fuente abierto para simulaciones de campo de fuerza de fases fluidas. El documento explica los pasos para instalar y usar ambos programas, incluida la creación de archivos de entrada y la obtención de resultados de energía molecular.

1. RETO:
APRENDER A USAR UN NUEVO
PROGRAMA PARA APLICAR
CONONIMIENTOS DE LA
CARRERA
JORGE ILICH DE ARCO LEON

2. Gbedit
 Este programa sirve para crear moléculas e entrelazarlas, además de obtener
las coordenadas de los átomos pertenecientes a las moléculas.
 Pasos a seguir:

3. Towhee
 Código libre originalmente diseñado para predicciones de equilibrio de fases
fluidas utilizando campos de fuerza con algoritmos que abordan muestreo de
conformación molecular.
 Ventajas:
 Ahorro en la creación de algoritmos utilizados para el calculo de energías y
optimización de geometrías.
 Desventajas:
 Requiere uso de otros paquetes de visualización molecular y visualización de
resultados numéricos.

4. Towhee
 Al crear las moléculas en el programa gbedit y obtener nuestras coordenadas
y podemos mirar los enlaces entre moléculas.
 Procedemos a instalar towhee-7.1.0 este programa se usa en Linux en una
consola con un programa alternativa para sistema operativo Windows como
cygwing.
 Despues de intalar cygwing y dentro de este towhee debemos tener ciertos
pasos a considerar para aprender a programar.
 1. leer el manual de comandos y aprender para que sirve y con que fines
vamos a utilizar este programa.

5.  2.Diseñar el archivo input
 Zona 1:Condiciones de operación

6.  Segunda zona: campos de fuerza, tamaño de la caja, nombre del archivo.

7.  Tercera zona :se define cada tipo de átomo de la molécula y los
requerimientos respectivos.

8.  Al terminar y realizar una adecuada programación se arrojan resultados en la
construcción de diferentes configuraciones para la molécula dependiendo de
la geometría y su energía molecular. Así que debemos recurrir a otro
programa para elegir cual energía molecular se acerca mas al valor real.

9. Simulación método monte Carlo
 Es un método cuantitativo uso de ordenadores, para imitar por medio de
movimientos aleatorios el comportamiento de sistemas reales no dinámicos.
 Reporta un mejor desempeño que la dinámica molecular. Y se puede
comparar mediante la energía molecular y mientras mas experimentos será
mas preciso.

10. Conclusiones
 Cuando desarrolle este reto obtuve grandes beneficios académicos, aunque
todavía me encuentro empezando a entender estos programas puedo darme
cuenta del impacto que se han generado en mi.
 Este programa es de gran ayuda al momento de elegir la molécula mas
apropiada para después realizar trabajos mas avanzados, sea crear
membranas celulares, realizar experimentos con drogas farmacéuticas,
sistemas de equilibrio.
 Los valores geométricos utilizados obtenidos por el campo de fuerza elegido
con cuerda con la literatura.

11. Bibliografía
 Marcus G.M MCCCS Towhee. [Online]; 2016 [Cited 2016 06 20] Available from:
http://towhee.sourceforge.net/citation_manual.html
 Chem Axon .https://www.chemaxon.com/search-
results/?q=charge+&cx=000096747247041067936%3Ajhqxmz3tukg

Gabedit is a graphical user interface to computational chemistry packages
like Gamess-US, Gaussian, Molcas, Molpro, MPQC, OpenMopac, Orca,
PCGamess and Q-Chem. From: http://gabedit.sourceforge.net/home.html