El río Lerma Santiago se origina en el estado de México y atraviesa el Valle de Toluca antes de desaguar en el lago de Chápala. La contaminación es grave cerca de Salto y Juanacatlán, Jalisco debido a los desechos tóxicos de industrias como Urrea y Alen, lo que ha provocado enfermedades como cáncer e infecciones entre los habitantes locales.