Izucar de Matamoros es un antiguo asentamiento humano que data de la expansión olmeca. Tuvo influencia de diferentes culturas como los zapotecas, mayas y nahuas. En el siglo XV fue conquistado por los mexicas, y en 1521 cayó bajo el dominio español. En el siglo XIX jugó un papel importante durante la guerra de independencia de México al apoyar a los insurgentes liderados por Morelos y Matamoros.