Veremos un analisis empleando programas como BIOEDIT, NCBI - FAST

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
PRACTICA CALIFICADA
“ANALISIS DE SECUENCIA DEL GEN 16S”
CURSO: BIOTECNOLOGIA
Estudiante:
FLORES FLORES, Diego Hernan
Docente:
SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
SETIEMBRE – 2021
ILO – PERÚ

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INTRODUCCION
CROMATOGRAMA:El cromatograma esun registrográficobidimensional obtenidoen
un medioabsorbente,que muestralaseparaciónde sustanciasmedianteuna
cromatografía.En el cromatogramase formaun patrónvisible,picosomanchas,que
reflejanlaseparaciónfísicade loscomponentesde unamezcla.
Constituye el registrofinal de todoel procesode lacromatografía.De él se obtienen
parámetrosque sonde interésanalítico.Este puede obtenerse comounarchivo
electrónico,unhistogramaimpresooenel soporte del proceso;enpapel.
BLAST: (BasicLocal AlignmentSearchTool) esunprogramainformáticode
alineamientode secuenciasde tipolocal,yaseade ADN,ARN o de proteínas.El
programa escapaz de comparar una secuenciaproblema(tambiéndenominadaenla
literaturasecuenciaquery)contraunagran cantidadde secuenciasque se encuentren
enuna base de datos.El algoritmoencuentralassecuenciasde labase de datosque
tienenmayorparecidoala secuenciaproblema.Esimportante mencionarque BLAST
usa un algoritmoheurísticoporloque nonos puede garantizarque haencontradola
solucióncorrecta.Sinembargo,BLASTescapaz de calcularla significaciónde sus
resultados,porloque nosprovee de unparámetropara juzgarlosresultadosque se
obtienen.
BIOEDIT: Bioeditesunprogramagratuitopara ediciónde alineamientosyanálisisde
secuenciasque funcionaúnicamentesobre ambiente MS/Windows.Es,sinlugara
duda, uno de losprogramas másconocidospara ediciónde secuenciasparadicho
sistemaoperativo.
SECUENCIA:Se denominasecuenciaaundeterminadoconjuntode elementosque se
ordenanenuna determinadasucesión,estoes,unodetrásde otroso unosdelante de
otros.Un claroejemplode secuenciapuede mostrarloel alfabeto,que contiene una
listade las distintasletrasque se usanenmuchosidiomasyque se presentade un
modoordenado.Otroejemplopuede ofrecerloel modoenque se estudiael ADN;así,
éste esen general presentadocomounconjuntode informaciónque se presenta
ordenada.En algunoscasos,esnecesarioel establecimientode unasecuenciapara
que loselementospresentadostengansentido;unclaroejemplode estacircunstancia
loevidenciael lenguaje,endonde losmorfemasdebenpresentase enunasecuencia
temporal ycumpliendodeterminadasreglas.

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OBJETIVOS
 Reservarlos fundamentosde lastécnicasde secuenciaciónde ácidosnucleicos
 Efectuarel análisisyla selecciónde electroferogramasautomatizadosde
secuenciaciónmediantelaaplicaciónde softwarelibre BIOEDITen específico el
estudiodel genribosomal 16S.
MATERIALES Y METODOS
 Materiales
 Programa “BIOEDIT”
 PaginaNCBI - BLAST
 Programa “EXCEL”
 Programa “WORD”
 Programa “PDF”
 Una Laptop
 Un escritorio
 Una extensión
 Un celular
 Un modemde Internet
 Un cuaderno
 Lapiceros(rojo,azul,negro)
 Métodos
 Para poderhacer un análisis de loscromatogramasentregados,tuvimosque
utilizarel programao software “BIOEDIT”, se hizousode Bioeditutilizandoun
archivo,guardándoloenformatoFASTA,paraun mejoranálisisse recomienda
copiardirectamente lasecuenciade lainformacióndel taxón.
 Una vez exportadastodas lassecuenciasde interés, se procedióabrirel archivo
guardadoen formatoFASTA,por el programa BLOCKDE NOTAS,para hacerun
análisis yprocederahacer una correcciónde la secuencia.Estose realizoconla
finalidadde podertenerunasecuenciamenosdañada,ypoderhacerun análisis
más claro.
 Al terminarlacorrección,procedimosacopiar lassecuencias,ycolocarlos enla
páginaNCBI,formatoBLAST, para podertenerunresultado,de lassimilitudes,tipo
de bacteria,porcentajes,calidad,entreotros.
 Despuésse procedióarealizaruncuadro de cromatogramas,identificandosu
calidad,sutamaño,su origen,ysu númerode identidad,pasando losdatos
brindadosde lapáginaNCBI formatoBLAST.

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RESULTADOS (cuadroen Excel,detallar)
 Se hizoel análisisaSetentayun, muestrasencromatogramas,utilizandoel programaBIOEDIT,paraluegohaceruna correcciónde lassecuencias,enel programa
BLOCK DE NOTAS,y para finalizarhacerunanálisisenel programaNCBI – BLAST, obteniendolossiguientesresultados:
 Utilizamosde “CODIGO”esmismonombre del elemento, conlafinalidadde poderidentificarlosmásrápido.
 En la calidadde secuenciaobservamosque unporcentajede 23.9%es de “BUENA” calidadde secuencia,que un15.5% esde “MALA” calidadde secuencia,yque un
60.6% esde “REGULAR” calidad.
 Teniendocomoresultado,predominalaREGULAR calidadde secuencia.
 Observamosentodosloscromatogramas,tienenunorganismo“BACTERIA”de diferentestipos,identificadosporel programaNCBI,formatoBLAST.
 Por último,tenemosun“N°DE ENTIDAD” enporcentaje identificadosporel formatoNCBI – BLAST,observandoque lamayoríatiene unporcentaje regular.
CODIGO
CALIDAD DE LA SECUENCIA TAMAÑO DE LA
SECUENCIA
ORGANISMO N° DE ENTIDAD
BUENA MALA REGULAR
DIVERSOS-_A07_1H_01 X 437 NEGATIVO
DIVERSOS-_A08_9H_02 X 725 Bacteria - Herbaspirillum seropedica 94%
DIVERSOS-_A09_1_01 X 600 Bacteria - Pseudomonas putida 83.21%
DIVERSOS-_A10_9_02 X 524 Bacteria - bacteria nocultivada 88.82%
DIVERSOS-_A11_17_01 X 544 NEGATIVO
DIVERSOS-_B07_2H_03 X 586
Bacteria - Stenotrophomonassp.
UYSB32 75.99%
DIVERSOS-_B08_10H_04 X 636 Bacteria - Leclercia adecarboxilat 85.95%
DIVERSOS-_B09_2_03 X 550 Bacteria - Klebsiella grimontii 84.24%
DIVERSOS-_B10_10_04 X 562 Bacteria - Enterobacter soli 71.76%
DIVERSOS-_B11_18_03 X 573 Bacteria - Pseudomonas sp. 72.62%
DIVERSOS-_C07_3H_05 X 576 Bacteria - Leclercia adecarboxilata 93.32%

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DIVERSOS-_C08_11H_06 X 630 Bacteria - Enterobacter sp. NA10140 94.48%
DIVERSOS-_C09_3_05 X 580 Bacteria - Phytobacter diazotrophicus 87.88%
DIVERSOS-_C10_11_06 X 583 Bacteria -Pseudomonas plecoglossicida 70.65%
DIVERSOS-_C11_19_05 X 550 Bacteria - Klebsiella aerogenes 65.62%
DIVERSOS-_D07_4H_07 X 614 Bacteria - Staphylococcus epidermidis 91.88%
DIVERSOS-_D08_12H_08 X 519 Bacteria - Staphylococcus sp. US-13 87.58%
DIVERSOS-_D09_4_07 X 614 Bacteria - Phytobacter diazotrophicus 89.98%
DIVERSOS-_D10_12_08 X 632 Bacteria - Pseudomonas sp. ERO06 82.84%
DIVERSOS-_E07_5H_09 X 533 NEGATIVO
DIVERSOS-_E08_13H_10 X 634 Bacteria - Paraburkholderia silvatlantica 79.97%
DIVERSOS-_E09_5_09 X 559
Bacteria - Enterobacter hormaechei
subsp 85.02%
DIVERSOS-_E10_13_10 X 581 Bacteria - bacteria nocultivada 67.48%
DIVERSOS-_F07_6H_11 X 619 Bacteria - Enterobacter ludwigii 95.89%
DIVERSOS-_F09_6_11 X 658 Bacteria - Klebsiella sp. 81.75%
DIVERSOS-_F10_14_12 X 648 NEGATIVO
DIVERSOS-_G07_7H_13 X 567 Bacteria - Enterobacter sp. ICBR189 93.18%
DIVERSOS-_G09_7_13 X 498 Bacteria - Enterobacter sp. 73.68%
DIVERSOS-_G10_15_14 X 643 Bacteria - Enterobacter cloacae 96.28%
DIVERSOS-_H07_8H_15 X 623 NEGATIVO
DIVERSOS-_H09_8_15 X 563 NEGATIVO
DIVERSOS-_H10_16_16 X 583 Bacteria - Enterobacter sp. IICDBZ9 84.77%
USER_04set2007_01-419NZ_A01_01 X 713 Bacteria - Klebsiella michiganensis 78.96%
USER_04set2007_02-526NZ_B01_03 X 612
Bacteria - Klebsiella sp. cultivo de
enriquecimiento 88.15%
USER_04set2007_03-419AZ_C01_05 X 745 Bacteria - Klebsiella sp. MPUS7 97.35%
USER_04SET2007_04_88NZ_D01_07 X 597 Bacteria - Klebsiella pneumo 95.46%
USER_04SET2007_05_88AZ_E01_09 X 519 Bacteria - Klebsiella pneumoniae 96.91%
USER_04SET2007_06_526Y1_F01_11 X 333 Bacteria - Klebsiella pneumoniae 95.91%
USER_04SET2007_07_419Y1_G01_13 X 293 Bacteria - Enterobacter sp. WF14-6 98.61%

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USER_04SET2007_08_375H_H01_15 X 486 Bacteria - Klebsiella oxytoca 73.75%
USER_04SET2007_09_419YZ_A02_02 X 357 Bacteria - Enterobacter sp. CB7 95.81%
USER_04SET2007_10_88H_B02_04 X 662
Bacteria - endosimbiontes de
Sphenophorus levis 72.46%
USER_04SET2007_11_375NZ_C02_06 X 624 Bacteria - bacteria nocultivado 75.43%
USER_04SET2007_12_526YZ_D02_08 X 430 Bacteria - Klebsiella sp. BR3357 95.25%
USER_04SET2007_13_483NZ_E02_10 X 729 Bacteria - Enterobacter sp. 88.89%
USER_04SET2007_14_483H_F02_12 X 602 Bacteria - Enterobacter hormaechei 88.47%
USER_04SET2007_15_456NZ_G02_14 X 728 Bacteria - parcial Bacillus cereus 92.27%
USER_12SET2007_01_A03_01 X 461 Bacteria - Kosakonia arachidis 81.90%
USER_12SET2007_02_B03_03 X 806
Bacteria - ecuenciaparcial bacteria del
suelonocultivado 71.52%
USER_12SET2007_03_C03_05 X 654 Bacteria - Klebsiella variicola 74.50%
USER_12SET2007_04_D03_07 X 617 Bacteria - Kosakoniaoryzae 81.47%
USER_12SET2007_05_E03_09 X 728 Bacteria - Enterobacter sp. 89.57%
USER_12SET2007_06_F03_11 X 657 NEGATIVO
USER_12SET2007_07_G03_13 X 785 NEGATIVO
USER_12SET2007_08_H03_15 X 738
Bacteria - secuencia parcialbacteria no
cultivado 72.17%
USER_12SET2007_09_A04_02 X 769 NEGATIVO
USER_12SET2007_10_B04_04 X 762 Bacteria - Achromobacter sp. 76.67%
USER_12SET2007_11_C04_06 X 725 Bacteria - Enterobacter cloacae 72.58%
USER_12SET2007_12_D04_08 X 779 Bacteria - Enterobacteriaceae HGH0104 85.71%
USER_12SET2007_13_E04_10 X 557 Bacteria - Erwiniaamylovora 72.26%
USER_12SET2007_14_F04_12 X 824 Bacteria - Pantoea deleyi 75.82%
USER_12SET2007_15_G04_14 X 645 Bacteria - Klebsiella sp. 90.84%
USER_12SET2007_16_H04_16 707 Bacteria - Kosakonia sacchari 77.42%
USER_12SET2007_1Y2_F04_12 X 657 Bacteria - Kosakoniaradic 79.20%
USER_12SET2007_2Y2_G04_14 X 557 Bacteria - Herbaspirillum sp. 86.75%
USER_12SET2007_3Y2_H04_16 X 531 NEGATIVO 79.04%

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USER_12SET2007_17_A04_02 X 819 Bacteria - Rhizobiumlusita 71.09%
USER_12SET2007_18_B04_04 X 857 Bacteria - Enterobacter sp. 81%
USER_12SET2007_19_C04_06 X 762 Bacteria - Pseudomonasjessenii 68.31%
USER_12SET2007_20_D04_08 X 630 Bacteria - Klebsiella pneumoniae 73.08%
USER_12SET2007_21_E04_10 X 21 Bacteria - bacteria nocultivado 74.24%

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CONCLUSIONES
 El programa BIOEDIT,esutilizadoparael alineamiento múltiple,que esunade las
técnicasbioinformáticasmásusadas,yaque por mediode ellapodemosrealizar
diversosanálisis.Se realizólasecuenciaparanoperder informaciónnucleotídicade
importanciayasí obtenerunamayorcantidadde basesen la secuencia,loque
posteriormente nosayudóaelevarel porcentaje de coberturaenla comparacióncon
lasbasesde datosonline.
 El NCBI-BLASTesel programaque realizabúsquedasde secuenciasensusbasesde
datos.En esta seccióntrabajaremoscondichaimplementación. Existendiversas
formasde ingresarnuestrasecuenciapararealizarbúsquedasBLAST.Unade ellases
digitandounidentificadorconocidoporel NCBI.Otra manerade hacerloesingresando
directamente lasecuenciaenestamismacasillaenformatoFASTA.
 Se pudo identificarel tipobacteriasque se utilizaroneneste trabajo,porlocual
pudimostenerunconocimientomasadecuadoyde mayor informaciónde este.
 Se obtuvocomo calidadde frecuencia,unresultadode “REGULAR”que tomo un
porcentaje de 60.6% enla secuencia.
 El trabajorealizadonospermitió realizarunanálisiscondiferentesprogramas
mencionados,aprenderautilizarlos,ypoderidentificarlostiposde bacterias
existentes.

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ANEXOS
DIVERSOS-_A07_1H_01
DIVERSOS-_A08_9H_02
DIVERSOS-_A09_1_01

10. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_A10_9_02
DIVERSOS-_A11_17_01
DIVERSOS-_B07_2H_03
DIVERSOS-_B08_10H_04

11. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_B09_2_03
DIVERSOS-_B10_10_04
DIVERSOS-_B11_18_03
DIVERSOS-_C07_3H_05

12. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_C08_11H_06
DIVERSOS-_C09_3_05
DIVERSOS-_C10_11_06
DIVERSOS-_C11_19_05

13. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_D07_4H_07
DIVERSOS-_D08_12H_08
DIVERSOS-_D09_4_07
DIVERSOS-_D10_12_08

14. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_E07_5H_09
DIVERSOS-_E08_13H_10
DIVERSOS-_E09_5_09
DIVERSOS-_E10_13_10

15. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_F07_6H_11
DIVERSOS-_F09_6_11
DIVERSOS-_F10_14_12
DIVERSOS-_G07_7H_13

16. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_G09_7_13
DIVERSOS-_G10_15_14
DIVERSOS-_H07_8H_15
DIVERSOS-_H09_8_15

17. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
DIVERSOS-_H10_16_16
USER_04set2007_01-419NZ_A01_01
USER_04set2007_02-526NZ_B01_03
USER_04set2007_03-419AZ_C01_05

18. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_04SET2007_04_88NZ_D01_07
USER_04SET2007_05_88AZ_E01_09
USER_04SET2007_06_526Y1_F01_11
USER_04SET2007_07_419Y1_G01_13

19. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_04SET2007_08_375H_H01_15
USER_04SET2007_09_419YZ_A02_02
USER_04SET2007_10_88H_B02_04
USER_04SET2007_11_375NZ_C02_06

20. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_04SET2007_12_526YZ_D02_08
USER_04SET2007_13_483NZ_E02_10
USER_04SET2007_14_483H_F02_12
USER_04SET2007_15_456NZ_G02_14

21. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_12SET2007_01_A03_01
USER_12SET2007_02_B03_03
USER_12SET2007_03_C03_05
USER_12SET2007_04_D03_07

22. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_12SET2007_05_E03_09
USER_12SET2007_06_F03_11
USER_12SET2007_07_G03_13
USER_12SET2007_08_H03_15

23. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_12SET2007_09_A04_02
USER_12SET2007_10_B04_04
USER_12SET2007_11_C04_06
USER_12SET2007_12_D04_08

24. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_12SET2007_13_E04_10
USER_12SET2007_14_F04_12
USER_12SET2007_15_G04_14
USER_12SET2007_16_H04_16

25. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_12SET2007_1Y2_F04_12
USER_12SET2007_2Y2_G04_14
USER_12SET2007_3Y2_H04_16
USER_12SET2007_17_A04_02

26. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
USER_12SET2007_18_B04_04
USER_12SET2007_19_C04_06
USER_12SET2007_20_D04_08
USER_12SET2007_21_E04_10

27. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
BIBLIOGRAFIAS
BLAST - Wikipedia,laenciclopedialibre
seqretrieveCBIB.pdf (unal.edu.co)
BioEditDownload - Researchsoftware utilityforcreatingandeditingbiological sequences
(informer.com)
BLAST: BasicLocal AlignmentSearchTool (nih.gov)