Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones de ADN. Nos serviría para la aplicación de diversos puntos que tratemos referente a la ingeniería ambiental, como por ejemplo el ADN, ARN, NUCLEOTIDOS, entre otros.

1. UNIVERSIDAD NACIONAL DE MOQUEGUA
ESCUELA PROFESIONAL DE INGENIERÍA AMBIENTAL
“SOFTWARE SNAPGENE”
CURSO: BIOTECNOLOGIA
Estudiante:
FLORES FLORES, DIEGO HERNAN
Docente:
SOTO GONZALES, HEBERT HERNAN
SETIEMBRE – 2021
ILO – PERÚ

2. INTRODUCCION
Los plásmidos son moléculas pequeñas de ADN circular muy comunes en bacterias que
se replican de modo autónomo e independiente del cromosoma de la célula. Constituyen
una herramienta fundamental en Biología Molecular e Ingeniería Genética ya que se
pueden usar como “vectores” para introducir en ellos cualquier fragmento de ADN de
interés y de esta forma amplificarlo (es lo que se llama “clonar” un fragmento de DNA).
La obtención de grandes cantidades de ADN puro de estos “vectores” es fundamental en
aplicaciones posteriores. En esta práctica se realizará el aislamiento y purificación de un
ADN plasmídico mediante la utilización de un “kit” de uso rutinario en laboratorios de
Biología Molecular.
Posteriormente se visualizará mediante electroforesis en gel de agarosa. (Delgadillo
López, González Ramírez, Prieto García, Villagómez Ibarra, & Acevedo Sandoval,
2011).
La obtención de altas cantidades de ADN plasmídico puro es fundamental a la hora de
analizarlo o utilizar a éste como vector en aplicaciones posteriores. El avance de la
ingeniería genética y de las técnicas de ADN recombinante ha supuesto un aumento del
número y variedad de técnicas de purificación de ADN. En comparación con métodos
tradicionales (que utilizan fenol u otros reactivos tóxicos), los nuevos métodos utilizan
reactivos no peligrosos, mientras que mantienen un alto rendimiento y pureza del
producto final. El objetivo de esta práctica es el aislamiento y purificación de un ADN
plasmídico que contiene un fragmento de DNA correspondiente a un gen que se expresa
en el proceso de maduración del fruto de fresa. Este paso es previo y necesario para la
caracterización posterior del gen. Se utilizará un “kit” de aislamiento y purificación de
plásmidos que se usa de modo rutinario en laboratorios de Biología Molecular.
Posteriormente, se visualizará, mediante electroforesis en gel de agarosa.
OBJETIVOS
OBJETIVO GENERAL:
✓ Desarrollar en el programa “SnapGene” la electroforesis y el análisis de
secuencias de ADN escogiendo 15 nucleótidos de la página web NCBI.
OBJETIVOS ESPECIFICOS
✓ Analizar las secuencias de las 15 bandas de nucleótidos de la página web
NCBI con la asimilación del gen agarosa en el programa “SnapGene”.
✓ Identificar y seleccionar las enzimas de restricción de cada muestra
✓ Realizar en el grafico las separaciones de las enzimas de restricción para cada
secuencia.

3. MARCO TEORICO
BIOTECNOLOGIA:
La biotecnología se define comúnmente como el uso de organismos vivos, o los productos
de los mismos, para el beneficio humano (o el beneficio de su entorno) con el fin de
desarrollar un producto o resolver un problema
GEL DE AGAROSA:
(Padilla Peña, Diez Dapena, Martinez Galisteo, Bárcena Ruiz, & Garcia Alonso, 2017,
pág. 1) La electroforesis en gel de agarosa es de las más utilizadas para analizar y
caracterizar ácidos nucleicos de distintas procedencias. Los geles se comportan como un
tamiz molecular y permiten separar moléculas cargadas en función de su tamaño y forma.
Así, moléculas de DNA de diferente tamaño van a emigrar de forma distinta en una
electroforesis en gel de agarosa. Además, si en dicha electroforesis se aplican marcadores
de peso molecular (fragmentos de DNA de tamaño conocido) se puede calcular el tamaño
aproximado del DNA en estudio.
PROCESO DE PCR:
(Perez de Castro, 2011) La reacción en cadena de la polimerasa o PCR (siglas de su
nombre en inglés Polymerase Chain Reaction) permite generar una gran cantidad de
copias de un fragmento de DNA (ácido desoxirribonulceico). El requisito fundamental
para poder llevar a cabo la reacción es disponer de fragmentos cortos de DNA de cadena
sencilla complementarios a los extremos del fragmento a amplificar. Estos fragmentos
servirán como cebadores para que una enzima polimerasa sea capaz de incorporar
nucleótidos complementarios a la cadena molde. Una vez completada la reacción la
cantidad fragmento amplificado se puede visualizar mediante técnicas sencillas de
separación de fragmentos de DNA.
SNAPGENE
(MEDICALEXPO, s.f.) Aprovechen el eficiente manejo de datos de SnapGene para
escanear grandes secuencias de ADN con miles de características anotadas. Visualización
de la proteína Vea las múltiples vistas de una secuencia de proteínas. Personaliza la
visualización de regiones, sitios, enlaces y colores de secuencia. Edición de secuencia
intuitiva Edita fácilmente las secuencias de ADN y proteínas. Hacer inserciones,
supresiones, sustituciones y cambios de caso. Cuando se copia y se pega una secuencia,
los rasgos se transfieren automáticamente. Codificación de color de la secuencia Poner
una secuencia seleccionada de ADN o aminoácidos en uno de diez colores. Colorear las
dos cadenas de ADN o la secuencia de proteínas. Los colores son visibles en las vistas
del mapa y de la secuencia. Anotación de características Anota las características
comunes automáticamente, o anota las características novedosas manualmente. Encuentra
características comunes en tu secuencia de ADN usando la extensa base de datos de
SnapGene. Se pueden añadir características adicionales de su elección a una base de datos
personalizada.

4. NUCLEOTIDO:
(Thieman & Palladino, 2010, pág. 390) Bloque estructural de ácidos nucleicos. Consiste
en una molécula de azúcar (ribosa o desoxirribosa) de cinco carbonos (denominada
pentosa), un grupo fosfato y las bases adenina (A), guanina (G), citosina (C), timina (T)
o uracilo (U).
ANALISIS DE SECUENCIA DE ADN:
(Meneses Escobar, Rozo Murillo, & Franco Soto, pág. 2) El análisis de la secuencia de
ADN, es el descubrimiento de similitudes funcionales y estructurales, y las diferencias
entre múltiples secuencias biológicas. Esto puede hacerse comparando las nuevas
(desconocidas) con las bien-estudiadas y anotadas (conocidas) secuencias. Este análisis
incluye la alineación de secuencias, la búsqueda en la base de datos de secuencias, el
descubrimiento de patrones, la reconstrucción de las relaciones evolutivas, y la formación
y la comparación del genoma.
ELECTROFORESIS
Es una técnica para separar el ADN, el ARN, o moléculas o proteínas en base a su tamaño
y carga eléctrica. Se realiza generalmente en una especie de caja que tiene una carga
positiva en un extremo y una carga negativa en el otro (Austin, s.f.).
(Thieman & Palladino, 2010, pág. 76) La separación del DNA mediante electroforesis se
basa en el hecho de que el DNA migra por el gel según su carga y tamaño (en pares de
bases). El eje azúcar fosfato produce DNA cargado negativamente; por lo tanto, cuando
el DNA se coloca en un campo eléctrico, migra hacia el ánodo (el polo positivo) y es
repelido por el cátodo (el polo negativo). Como todo el DNA tiene carga negativa,
independientemente de la longitud o del origen, la tasa de migración y separación del
DNA por el gel de agarosa depende del tamaño de la molécula. Dado que la distancia de
migración es inversamente proporcional al tamaño de un fragmento de DNA, los
fragmentos largos de DNA se desplazan distancias cortas por el gel y los fragmentos
cortos de DNA se mueven más rápidamente por el gel.
MARCO METODOLOGICO
Entrar a la página de NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, y colocar nucleotide en el
primer box y luego poner el codigo en la segunda.

5. Procedemos a seleccionar “Send to”, luego en la barra que despliega,
seleccionamos “File”
Procedemos a seleccionar en formato “Fasta”, y ponemos en “Create File”.
Guardamos en una carpeta, en mi caso puse de nombre “DEL CUADRO”,
hacemos lo mismo con todos los datos del cuadro.

6. En primer lugar, abrimos el programa “SnapGene”, seleccionado la opción
“open”, elegimos en la barra que se desplaza la opción “open files”.
Seleccionamos los datos guardados del cuadro
En la barra solo presionamos “ok”

7. En el programa SnapGene añadimos las 15 muestras, donde elegimos 16 lanes
RESULTADOS
En el grafico se muestra el comportamiento de los diferentes nucleótidos en la
electroforesis con la simulación del gel agarosa en el programa “SNAPGENE”.

8. CONCLUSIONES
En el programa SnapGene fue fácil de manipular con las respectivas indicaciones, en el
cual el total de muestras escogidas permitió dar a conocer el grafico de las bandas sin
ningún inconveniente, la asimilación de gel agarosa permitió la separación de cadenas en
tamaños pequeños en el grafico en unidad de kb, también se pudo reconocer las
secuencias de genes específicas con las enzimas de restricción identificadas en el proceso
final. Conocer los términos para esta práctica fue crucial para entablar los objetivos, el
procedimiento y por ende las conclusiones finales de la práctica de electroforesis. Las 15
secuencias proporcionaban un buen número de ER (enzimas de restricción), por el cual
solo se escogió dos como mínimo para demostrar la calidad.
Se reviso una de las técnicas principales y a la vez complementarias de la mayoría de
marcadores, la electroforesis en gel. Ésta se ha convertido en la principal técnica para
separar moléculas de ácidos nucleicos y proteínas. Se describen diferentes protocolos para
llevarla a cabo, tales como electroforesis de agarosa, de camp
Cuando una molécula de ADN es cortada con una enzima de restricción y los fragmentos
generados se separan por electroforesis en un gel de agarosa, se puede determinar el
número de sitios de restricción y la distancia entre ellos a partir del número y la posición
de las bandas en el gel. Cabe distinguir entre moléculas de ADN lineal y ADN circular.
BIBLIOGRAFIA
• ¿Qué Es SnapGene? (de GSL Biotech LLC) (solvusoft.com)
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NR_112010.1
• SnapGene User Guide
• SnapGene as a Laboratory Resource

9. CUESTIONARIO
INDIQUE DIFERENCIAS ENTRE EL ADN Y ARN
ADN ARN
El peso molecular del ADN es
generalmente mayor que el del ARN
El ARN contiene la base nitrogenada
uracilo, mientras que el ADN presenta
timina.
La configuración espacial del ADN es la
de un doble helicoide, mientras que el
ARN es un polinucleótido lineal, que
ocasionalmente puede presentar
apareamientos intracatenarios.
El azúcar del ARN es ribosa, y el del ADN
es desoxirribosa.
Se encuentra en el núcleo. Se encuentran en el citoplasma.
La función es llevar la información
genética de padres a hijos.
Su función es la síntesis de proteínas.
¿QUÉ ES EL SNAPGENE Y COMO NOS SERVIRÍA EN INGENIERÍA
AMBIENTAL?
Es un software de clonación que ayudas en planear y simulando manipulaciones
de ADN.
Nos serviría para la aplicación de diversos puntos que tratemos referente a la
ingeniería ambiental, como por ejemplo el ADN, ARN, NUCLEOTIDOS, entre
otros.
¿QUE ES EL GEN 16S Y PARA QUE TIPOS DE MICROORGANISMOS SERIA
UTIL?
El gen 16S rRNA se utiliza para estudios filogenéticos ya que su secuencia está
altamente conservada entre las distintas especies de bacterias y arqueas. Carl
Woese fue pionero en esta aplicación del 16S rRNA.
Los estudios de las comunidades microbianas marinas pueden agruparse por las
características de los ambientes donde se establecen:
• Comunidades microbianas planctónicas pelágicas. Los estudios se han centrado
en determinar el patrón global de la composición de la comunidad microbiana.
Los resultados indican que en todos los océanos están presentes los mismos
taxones, y lo que se observa en una región y tiempo dado son los cambios en las
abundancias relativas de sus miembros.
• Comunidades microbianas planctónicas costeras. independientemente de la
influencia oceánica, estas comunidades muestran cambios en su estructura
atribuidos a las partículas en suspensión provenientes de ríos, escurrimientos o

10. surgencias, En estos ambientes, es posible diferenciar una comunidad adherida a
materia orgánica y otra de vida libre
• Comunidades microbianas bentónicas. Estas comunidades son muy dinámicas
con la más rica diversidad dentro de las comunidades marinas. Esto
posiblemente sea influenciado por los nutrientes, las condiciones ambientales y
la heterogeneidad del sustrato que se presentan en el bento, lo que favorece las
altas tasas de recambio de las poblaciones.
• Las comunidades microbianas bentónicas son las responsables de los procesos
de nitrificación y oxidación anaeróbica de amonio.
• Comunidades microbianas relacionadas con volcanes marinos (fumarolas).
• Estas comunidades representan un ambiente extremo y no muestran gran
diversidad. Sin embargo, como un reflejo de la gran presión evolutiva ejercida
por el medio, los miembros de los principales grupos taxonómicos presentan
mayor variación en sus secuencias del 16S.

11. DESCRIBIR EL PROCESO DE ELECTROFORESIS PARA ADN
¿QUE ES LA AGAROSA?
Es de las más utilizadas para analizar y caracterizar ácidos nucleicos de distintas
procedencias. Los geles se comportan como un tamiz molecular y permiten
separar moléculas cargadas en función de su tamaño y forma.
¿QUE ES UN MARCADOR DE PESO MOLECULAR, CUALES SON SU TIPOS?
Un marcador es un carácter o un gen que debido al ligamiento puede usarse para
indicar la presencia de otro gen; es decir, cualquier característica A (sea un gen,
una proteína, tipo de hoja, etc.) que esté asociada a la presencia o expresión de
una característica B (como vigor, altura, resistencia a enfermedades, etc.) puede
considerarse como un marcador, pues la presencia de A necesariamente implica
la de B.
Marcadores morfológicos
Los marcadores morfológicos fueron el primer tipo de marcadores que el
hombre utilizó. Se consideran marcadores morfológicos a los caracteres de un
individuo que se expresan en un ambiente específico y que el hombre identifica
con un objetivo determinado. Por ejemplo, en los árboles de pino podemos usar
como marcadores morfológicos el peso o tamaño de las semillas, pues se ha
visto que dicha característica se asocia en la mayoría de las poblaciones con la
supervivencia, el crecimiento y la reproducción.
Este tipo de marcadores son muy utilizados para estimar la variación
morfológica existente en una población. Sin embargo, hay varias limitaciones
para su uso, de las que la principal es precisamente que se basan en las
características morfológicas o expresadas en el individuo (fenotipo), las cuales

12. son fuertemente influidas por el ambiente en que se desarrollan, además de que
generalmente sólo se pueden identificar y medir en individuos completos o
adultos.
Marcadores moleculares
Los marcadores moleculares corresponden a cualquier gen cuya expresión
permite un efecto cuantificable u observable (características fenotípicas), que
además puede detectarse fácilmente. Este tipo de marcadores pueden evaluarse
desde que los individuos están en sus primeros estadios de desarrollo, y se
pueden aplicar usando a todo el individuo o sólo parte de él. Se habla de
marcadores genéticos cuando se transmiten según las leyes básicas de la
herencia mendeliana, por lo que es importante destacar que no todos los
marcadores moleculares pueden considerarse como genéticos. Existen dos tipos
de marcadores moleculares: los marcadores bioquímicos y los marcadores de
ADN.
Marcadores bioquímicos
Los marcadores bioquímicos incluyen a las proteínas y las isoenzimas o
aloenzimas y constituyen la primera generación de marcadores moleculares. Las
proteínas son los productos primarios de los genes y se forman mediante los
procesos de transcripción y traducción, por lo que se ven menos influidos por el
ambiente. Las isoenzimas fueron descubiertas por Hunter y Markert en 1957 y
son diferentes variantes moleculares de una misma enzima presentes en una
especie, las cuales desempeñan la misma actividad, pero pueden tener diferentes
propiedades.
Marcadores de ADN
Los marcadores de ADN constituyen la nueva generación de marcadores
moleculares y solucionaron el problema de la carencia de marcadores que tenían
las isoenzimas, pues son capaces de generar una cantidad virtualmente infinita
de marcadores. Existen varias técnicas para identificar marcadores de ADN, las
que se pueden agrupar en tres categorías: las de hibridación tipo Southern, las de
reacción de polimerización en cadena (PCR) y las que combinan PCR o sus
productos de ADN con la hibridación tipo Southern.