Este documento describe la clonación por simulación computacional como una herramienta útil en biología molecular. Explica cómo usar programas como NEBcutter, SerialCloner y ExPaSy para simular la inserción de un gen en un vector de clonación, predecir sitios de restricción y asegurar que el marco abierto de lectura se mantenga intacto. La simulación permite gestionar y representar gráficamente el resultado de la clonación antes de realizar el experimento en el laboratorio, lo que minimiza errores y optimiza el tiempo y costos

1. cl onacion por sim
ul acion comput acional como
her r amient as de t r abaj o en biol ogia
mol ecul ar
¿
que es la clonacion
sumulacin
computacional ?
¿
Que es clonar?
NEBcutter:Es un programa
disponoble atraves de un servidor
web que permite ser analisisde
restriccion in silico de moleculas
lineales o circular de ADN
nos permite precidir la insercion
de un franmento de ADN verctor
de clonacion
clonacin pormsimulacion
computacional o clonacion in silico es
una tecnica basada en herramientas
biotecnologicas
en el menu del programa se clic
NEW . Te llevara una ventana el
debes pegar la secuencia
PRIMERO:cuando se realizara
una clonacion (BamHI Sacl) sean
unicos tanto el verctor como el
gen usamos el programa
NEBcutter
se procede a realizar la clonacion
in silico uso del progrma
SerialCloner2.6
se realizara la clonacion por simulacion computaconal
utilizando por ejemplo el gen que codifica para la enzima
transcriptasa revesrsa (TR)
usaremos el progrma serial cloner
v2.6 como una aplicacion Biologia
Molecular
permite conservar el marco
avier de lectura (ORF) Correcto
del gen a clonar
Minimiza la probabilodad de
error al momento de realizar la
clonacion in vitro
Para realizar la clonacion
simulacion computacional del gen
que codifica para la enzima
transcriptasa reversa (TR)
SerialCloner: la aplicacion te
permite leer y escribir ficheros
de de ADN Compatibles con el
formato universal FASTA
HERRAMIENTAS:
- Analisis y visualisacion de ADN
- dispone de mapas geneticas de
secuencia
- visores de fracmentos de ADN
- Uuna reccion de polimeraza (PCR)
virtual
ExPaSy: Sistema experto de analisis de
proteinas es un servidor de proteomica
del instituto suizo de bioinformatica que
aliza secuencias y estructurade
proteinas y 2D -PAGE
se da clic en save as para
guardar el documento en el
formato compatible con el
programa ( xAND)
U ves guardad las secuencias
en formato xADN, procede a la
construccion del plasmidio
recombinante para eso de dar
clic en el icono recomb se abre
una ventana y clic other
pasos
En Name, se coloca el nombre con el que
desea guardar el archivo. Luego en
FRAGMENT to i se debe cargar la
secuencia del gen a clonar en formato
xADN y en TARGET seque se carga la
secuencia del vector. Se coloca el número
de nucleótidos necesarios en length of
identity y se selecciona el icono Circular.
Por último, se hace Clic en Clone by
Homologous recombination (figura
3). Se da clic en Graphic Map para que
el programa muestre el mapa del
plásmido con el inserto (figura 4).
Finalmente, se guarda el archivo con la
clonación haciendo clic en Save. Para
corroborar que el marco abierto de
lectura de nuestro gen está en fase con
el promotor del vector de expresión y
que se traduce correctamente,
utilizamos el servidor ExPASy, el cual
tiene una herramienta llamada
Translate, que permite traducir
nucleótidos a aminoácidos (4
Como se puede apreciar, el uso de estas
herramientas bioinformáticas permite una
completa simulación in silico del
experimento de clonación. A partir de una
secuencia de ADN primaria, se pueden
buscar sitios de restricción, marcos
abiertos de lectura, secuencias de
hibridación de los cebadores y varios
dominios comunes.
permiten gestionar y representar
gráficamente el resultado de la
clonación antes de llevar el
experimento a la fase in vitro. Esto
permite minimizan la probabilidad
de error al momento de realizar la
clonación in vitro, lo que se
traduce en una optimización del
tiempo, disminución de costos y
conservación del marco abierto de
lectura (ORF) correcto del gen a
clonar.