Este documento describe la evolución de la secuenciación del ADN y la computación en biología. En los años 50 y 60 se descubrieron las propiedades básicas del ADN y proteínas. En los 70 se crearon las primeras bases de datos de secuencias. En los 80 surgió Internet y la secuenciación automatizada. En los 90 se secuenciaron los primeros genomas completos. En el 2000 se publicó el borrador del genoma humano. Hoy la secuenciación es mucho más rápida y barata gracias a la computación, permitiendo nuevos
4. La vida puede verse como un proceso de almacenamiento y transmisión de información biológica. El ADN es la molécula portadora de esta información. Para entender la vida debemos identificar estas moléculas y descifrar el código
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9. “ We wish to propose a structure for the salt of desoxyribose nucleic acid (DNA). This structure has novel features which are of considerable biological interest” “ It has not escaped our attention that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.”
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11. En 1955 Ochoa publica en Journal of the American Chemical Society el descubrimiento de la polinucleótido-fosforilasa En 1959 recibe el premio Nobel junto a su discípulo Arthur Kornberg.
12. Sanger determinó la secuencia de los aminoácidos de la insulina en 1955. Al hacerlo, demostró que las proteínas tienen estructuras específicas. Este resultado le valió su primer Premio Nobel de química en 1958
13. Cuando Perutz llegó a Cambridge la estructura molecular más grande que se había resuelto era la del pigmento natural ficocianina, de 58 átomos. El tema escogido por Perutz para su tesis fue otra proteína, la hemoglobina, el transportador de oxígeno que da color rojo a nuestra sangre.
23. En 1971 se crea el Protein Data Bank. En 1974 tiene 12 estructuras myoglobin hemoglobin papain ribonuclease lactate dehydrogenase carboxypeptidase A
24. Frederick Sanger publica en 1975 un método para la "Secuenciación del ADN mediante síntesis enzimática".
25. El primer genoma de ADN completamente secuenciado fue el del bacteriófago φX174, en 1977
28. en Andre Marion y Sam Eletr de Hewlett Packard crean Applied Biosystems en 1982 En 1987 comercializan la primera máquina de secuenciación automatizada, el modelo ABI 370.
29. En 1984 el DoE invita a 20 investigadores a Alta, Utah, para discutir los efectos de la radiación en el ADN. Por la noche, entre cerveza y cerveza, alguien comenta, “¿por que no dedican el dinero a algo util, como secuenciar el genoma humano? “
30. Ejercicio 1: Imagine varias copias de un libro, cortadas en 10 millones de trocitos cada una, de manera que los trocitos se solapan. Supongamos que 1 millón de trocitos se han perdido, y que los otros 9 millones están manchados de tinta. Recupere el texto original.
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32. 1995.- El primer genoma completo de un organismo vivo , Hemophilus influenzae
52. 1953: IBM presenta su primera computadora electrónica comercial, la IBM 701 con una memoria total de una memoria total de 2048 palabras de 36 bits
53. 1977: “ No hay necesidad de tener un ordenador en cada casa", Ken Olsen, fundador de Digital Equipment
54. 1981: IBM PC A Intel 8088 processor running at 4.77 MHz. Basic in ROM. 16K RAM. MS-DOS 1.0
55. "Nadie va a necesitar más de 640 Kb de memoria en su ordenador personal"
56. En 1981 se crea EMBL Nucleotide Sequence Data Library. Version 2 contenia 811 secuencias, cerca de un millón de bases que fueron introducidas a mano.
57. En 1986 se crea Swissprot , una base de datos de proteinas curada a mano.
58. En 1990, Tim y su grupo desarrollaron el lenguaje HTML (HyperText Markup Language), el protocolo HTTP (HyperText Transfer Protocol); y el URL (Universal Resource Locator).
59. Hello everybody out there using minix - I'm doing a (free) operating system (just a hobby, won't be big and professional like gnu) for 386(486) AT clones. This has been brewing since april, and is starting to get ready. I'd like any feedback on things people like/dislike in minix, as my OS resembles it somewhat (same physical layout of the file-system (due to practical reasons) among other things). I've currently ported bash(1.08) and gcc(1.40) , and things seem to work. This implies that I'll get something practical within a few months, and I'd like to know what features most people would want. Any suggestions are welcome, but I won't promise I'll implement them :-) Linus ( [email_address] ) PS. Yes – it's free of any minix code, and it has a multi-threaded fs. It is NOT portable (uses 386 task switching etc), and it probably never will support anything other than AT-harddisks, as that's all I have :-(. El 25 de agosto de 1991, apareció este mensaje en el grupo de noticias comp.os.minix de Usenet
61. En 1995 se crea el Instituto Europeo de Bioinformática
62. Gestiona y pone a disposición de los investigadores más de 200 bases de datos biológicos
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64. La capacidad de almacenamiento se duplica cada 2 años Ley de Moore: el número de transistores en un chip se duplica cada 18 meses El ancho de banda se duplica cada 18 meses
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66. 2560 JS21 blade computing nodes, each with 2 dual-core, 2.3 GHz, IBM 64-bit PowerPC 970MP processors 10240 CPUs | 20 TB of RAM | 280 TB of external disk
69. un gran poder viene acompañado de una gran responsabilidad disponibilidad accesibilidad estabilidad responsabilidad
70. Contingency cluster backup engines +storage 8 X ES40 + 2 x DS20 SAN attached Tape silos SAN Backup/ mirrors Ensembl cluster 8 X ES40, 6 X ES40 Large scale assembly, sequencing & trace data 19 X ES40, 4 X DS20 360 ds10 alpha Oracle Cluster 6xDS20 2xES40 Informatics Development 5xES40 PFAM SAN attached Tape libraries Extranet Web Cluster 2X ES40 0.5Tb disk FIREWALL DMZ The ‘Internet’ Mail-hub, local ftp, secure login, Aceserver, Dial-in hubs Ensembl web Blast services 12 ES40 + 6TB storage Cancer Project X-linked disease 4 X ES40 4Tb disk High throughput Farm 768 RLX nodes Humgen 8 X ES45 Front-end Compute Servers Desk top devices Pathogen 15 x ES40 GS320 32-way 128GB mem. Internal Router GS320 32-way 128GB mem. User X at Institute Y
73. S.F. Altschul, et al. (1990) , "Basic Local Alignment Search Tool," J. Molec. Biol. , 215(3): 403-10, 1990. 15,306 citations
74. J. Thompson, T. Gibson, D. Higgins (1994), CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment. Nuc. Acids. Res. 22, 4673 - 4680
80. Relational data mining Text mining Spectrum data mining Chemical sequence data model Visualizing relational data clusters Visualizing multidimensional data Visualizing sequence data Visualizing pathway data Text mining visualization Visualizing cluster statistics Visualizing serial/spectrum data Decision tree model of metabonomic profile Chemical structure visualization
121. At $150,000, the Polonator is the cheapest instrument on the market, says Harvard University's George Church, whose lab developed the technology in conjunction with Dover Systems, Plus, the tool uses five-fold less reagents than other platforms, and is the smallest instrument available. http://www.polonator.org/
125. what is the impossible thing we are going to do today?
126. El mayor peligro no es que nuestro objetivo sea demasiado ambicioso y no lo consigamos, sino que sea demasiado humilde y lo alcancemos. Michelangelo