¿Cuáles son los retos a la hora de publicar datos en investigación? En esta presentación se abordan las partes asociadas a la publicación de un experiment científico en un ambiente académico, así como las propuestas que estamos siguiendo en el Grupo de Ingeniería Ontológica de la Universidad Politécnica de Madrid

1. Asunción Gómez-Pérez, Olga Giraldo,
Idafen Santana, Daniel Garijo
Ontology Engineering Group (Universidad Politécnica de Madrid)
14 October 2015
Publicación de datos y métodos
científicos en investigacion

2. Source:
Fanelli, D. PLoS One. 2010 Apr 7;5(4):e10068.
Fuente:
Nature Reviews Drug Discovery 10, 712
(September 2011)
Fuente:
Nature 483, 531–533 (29 March 2012)
¿Por qué publicamos datos? Reproducibilidad
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3. • El Consorcio Europeo ha promovido dar ayuda para
publicar artículos como Open Data en sus proyectos
• NSF no acepta propuestas de proyecto sin un plan
de gestión de datos.
• Creación de “Data Journals”
• Sin embargo, la mayoría de las revistas que
mencionan datos o software en sus páginas web
normalmente promueven que se compartan datos,
pero no obligan a ello.
Esfuerzos para promover la publicación de datos
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4. Prácticas actuales para publicar datos
Scientific Data
DATA
REPOSITORY
…
JOURNAL
…
Repositorios de datos:
•Descripción de los datos almacenados.
•Preservación de datos.
•Los datos se vuelven citables (DOI)
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5. ¿Qué hay de los métodos usados para producir los datos?
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Lab bookExperiment
Lab book
Digital
Log
Workflow
Experiment
A
B
A) Protocolos de Laboratorio
B) Flujos de trabajo cienticíficos

6. Protocolos de Laboratorio
• Similares a recetas de cocina
• Tienen los ingredientes: reactivos y muestras
• Capturan el equipo necesario
• Contienen el tiempo estimado que se necesita
• Contienen los pasos críticos de un
experimento
• Repositorios de protocolos: MethodsX
(Elsevier), Protocol Exchange (Nature) o
Cold Spring Harbor Protocols (CSHP).
• Incubate the
centrifuge tubes in a
water bath.
• Incubate the samples
for 5 min with shaking.
• Rinse DNA in 1-2 ml
of wash.
• Incubate at -20C
overnight.
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7. Flujo de trabajo científico
7
Lab bookExperiment
• Plantilla que contiene la secuencia de
actividades necesarias para llevar a
cabo un experimento científico
computacional (Deelman et al., 2009).
Se compone de:
• Pasos
• Entradas
• Resultados intermedios
• Salidas
• Los flujos de trabajo se guardan en
repositorios como MyExperiment,
Crowdlabs, Galaxy or The LONI
Pipeline
Deelman, E., Gannon, D., Shields, M., and Taylor, I. (2009). Workflows and e-science:
An overview of workflow system features and capabilities. Future Generation Computer Systems,
25(5):528{540.

8. Capturando el contexto de los experimentos: Research Objects
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Research Object:
•Agregación de recursos que están relacionados con una misma investigación
Cómo relacionamos los protocolos de laboratorio o los flujos
de trabajo científicos con sus recursos y publicaciones?
Necesitamos contexto.
Usage conditions (License)

9. ¡No nos olvidemos de la infraestructura!
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Lab bookExperiment
Lab book
Digital
Log
Workflow
Experiment
¡No capturada en el flujo de trabajo científico!
Capturada en el protocolo de laboratorio

10. CLOUD
Reproducibilidad de infrastructura
• Reproducibilidad de experimentos científicos
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FORMER
EQUIPMENT
ANNOTATE REPRODUCE
SEMANTIC
ANNOTATIONS
EQUIVALENT EXECUTION
ENVIRONMENT
• “Its about capturing, preserving, reusing and
curating” [Goble 2012]

11. Use case
• Objetivo
Amazon
Entorno de
ejecución de
flujos de trabajo
Anotación Reproducir
Anotaciones
semánticas
Entornos de
ejecución
equivalentes
Future
Grid
Vagrant
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12. Resumen
• Publicación de una investigación:
• Publicación de datos
• Publicación de métodos
• Protocolos de laboratorio
• Flujos de trabajo científicos
• Publicación del contexto
• Research Objects
• Publicación de la Infraestructura
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13. Asunción Gómez-Pérez, Olga Giraldo,
Idafen Santana, Daniel Garijo
Ontology Engineering Group (Universidad Politécnica de Madrid)
14 October 2015
Publicación de datos y métodos
científicos en investigacion