HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS MAPA MENTAL

1. Programas/herramie
ntas bioinformáticas
para el alineamiento
de secuencias
Bioedit
Programa con el que se pueden editar alineamientos
así como realizar algunos análisis de secuencias.
Permite una fácil manipulación de las secuencias.
BLAST2Sequences
Herramienta para alinear 2 secuencias dadas
usando BLAST para alineamiento local.
COBALT (Constraint based Multiple Alignment Tool)
Herramienta de alineamiento múltiple de secuencias.
Basada en restricciones por pares usando RPS-BLAST,
BLASTp y PHI-BLAST. Después se hace un alineamiento
múltiple progresivo. Rápido y preciso.
MEGA
Útil para el alineamiento de secuencias,
inferir árboles filogenéticos, estimar el
tiempo de divergencia, estimar la tasa de
evolución molecular e inferir secuencias
ancestrales.
MUSCLE (multiple sequence comparison by log-
expectation)
Uno de los mejores para alineamiento múltiple.
Más preciso que T-Coffee y más rápido que
CLUSTALW.
ClustalW
Para alineamientos múltiples de secuencias.
Secuencias con mejor puntaje de alineación se
alinean primero. Crea árboles filogenéticos que se
utilizan para generar una alineación global .
BLASTn
Utiliza una secuencia nucleotídica como query y realiza el
alineamiento con otra secuencia nucleotídica. Se utiliza
para realizar alineamientos locales.
BLASTp
Utiliza una secuencia aminoacidica como query y realiza el
alineamiento con otra secuencia aminoacidica. Se utiliza
para realizar alineamientos locales.
CLUSTAL OMEGA
Programa de alinemiento múltiple que
utiliza árboles filogenéticos y técnicas de
profile-profile. La calidad de
alineamiento es superior a otras
versiones de clustal.
CLUSTAL X
Versión de clustasW con una interfaz gráfica de
ususario. El programa está diseñado para realizar
alineamientos múltiples , ver resultados de
alineación y si es necesario mejorar la alineación
facilita por las opciones disponibles en esta
versión.
T COFEE
es un software para el alineamiento múltiple de
secuencias que utiliza un enfoque progresivo.
Genera una biblioteca de alineamientos de pares
para guiar el alineamiento múltiple de secuencias.
Puede combinar, también, alineamientos múltiples
obtenidos previamente