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         Mapas conceptuales          te
                                    u sintéticas
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                             Ciencias Bioquímicas
                            wGenaro Matus Ortega
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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     Primera parte                         w
     HISTORIA Y      e nDESARROLLO DE
     LA BIOLOGÍA   os MOLECULAR
                 n
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
HISTORIAx
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  Genes ligados,
                              n
                         ta
  Genes auto y gonosómicos,



                       í
  Herencia citoplásmica,




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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                               w
     Segunda parte                         w
     ESTRUCTURA      e n DE ADN Y ARN:
                  os
     PROPIEDADES DERIVADAS
                n
           í ta
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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  Estructura de la doble hélice
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
Purinas                                                                   x
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    Adenina          Guanina

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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
Purinas                                                                   x
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                                                      Pirimidinas




                                                                           o m
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    Adenina          Guanina            Timina       Citosina

                                                                u t   Uracilo



                                                        .g
                                      Timina = uracilo metilado

                                                   w
                                      Citosina = uracilo aminado

                                                 w
                                      Timina – uracilo –citosina
                                           w
                                   e n
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
Purinas                                                                   x
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                                                      Pirimidinas




                                                                           o m
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    Adenina          Guanina            Timina       Citosina

                                                                u t   Uracilo



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                 Pentosa


                                                   w
                                                 w
                                           w
                                   e n
    Ribosa
                          os
                     2’-Desoxi-

                        n
                     ribosa

    RNA
                 í ta DNA



          v is
           Aldopentosa

Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
ESTRUCTURA x
                                                                                    .m
                                       Estructura del ADN

                        Características del modelo de Watson y Crick (1953)

                                                                          o m
1.- El DNA está formado por 2

                                                                 e .c
                                                               t
 cadenas de polinucleotidos                                        7.- por cada 10 pares de bases, la
                                                                        doble hélice da una vuelta
2.- cada cadena consiste de un
                                                             u        completa con una dimensión


                                                        .g
grupo fosfato unido a un residuo                                              lineal de 34 A.
  de -D-desoxirribosa y una
       base nitrogenada

                                                   w
                                                                     8.- las bases nitrogenadas se
                                                                     orientan hacia el interior y las
  3.- las cadenas forman una
   doble hélice antiparalela
                                               w                     pentosas y fosfatos al exterior


4.- Cada cadena se encuentra               w                        9.- la complementaridad de las
                                                                      bases cumple las leyes de
de forma perpendicular al eje.

  5.- la doble hélice tiene un
                                    e n                            Chargaff (pares purina-pirimidina)

                                                                     10.- las cadenas de polinucleo-
   diámetro de 20 A (2nm)


                              os                                    tidos se unen por puentes de H.



                            n
6.- la doble hélice gira hacia la                                       11. Los enlaces fosfato-
 derecha del eje siguiendo la                                      desoxirribosa están polarizados en


                       ta
  orientaión de los azucares.                                         sentido opuesto 5’-3’ y 3’-5’

                     í
            v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
ESTRUCTURAx
                                                                                                    .m
                                                  Estructura del ARN



    Contenido de RNA                                  3 tipos de RNA
                                                                                             o m
                                                                                             Procesamiento de los

                                                                                   .c
       en la célula                              participan en la síntesis                    preRNA---- RNAm.
                                                       de proteínas.

                                                                             t   e                   Splicing:
BACTERIAS: 0.5-0.10 pg de                                          tRNA
                                                                           u                       remoción de


                                                                    .g
RNA, 6% de su peso total                                                                             intrones.
                                                         Existen diversas copias
         EUCARIOTAS: 20-30 pg de                         para cada gen de tRNA                   Eventos de corte:
         RNA, 1% de su peso total
                                                               w
                                                        (redundancia de genes).                  procesamiento de


                                                          w
                                                                                                   rRNA y tRNA
                 mRNA.

                                                      w
                                                                                                  Modificaciones
          Contiene al mansaje                          Existen 32 tipos de tRNA en células       químicas: adición
                                                        eucariontes, son pequeños (-4S)

                                              n
        genético que determina la                                                                   de grupos
       secuencia de amino ácidos                                                                    químicos.
       en la síntesis de proteínas.
                                            e
                                  s
                                                                     Cada tipo de tRNA
                                                                      transporta (en su
                                                                                                Edición del RNA:
   Existen 4 tipos en
 eucariontes: 18SrRNA,
28SrRNA, 5.8S y 5SrRNA
                               n o         rRNA
                                Presenta cerca del 70% del
                                                                     extremo 3´) uno de
                                                                     los 20 aminoácidos
                                                                                                  Modificaciones
                                                                                                 quimicas *citidin
                                                                                                   desaminasa-


                           ta
                                        RNA total.
                                                                                               convierte una C a U

                         í
               Small interfering RNAs (siRNAs)




              v   is
                   Micro RNAs (miRNAs)
                                                                  2 fuentes principales de RNA antisentido


  Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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  Desnaturalización del ADN                                                      .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
                          os
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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  Desnaturalización del ADN                                                      .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
                          os
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
         Tasas de reasociación del DNA           .m
                                             o m
   Según su grado de asociación existen
                                          .c
                                       te
    diferentes fracciones genómicas:

                                     u
                                  .g
  A) Componente rápido. Primera fracción
     de reasociación. Que representa el 25
     % del genoma.
                                w
  B)                          w
         Componente intermedio. Segunda
                            w
       fracción que corresponde al 30 % del
       genoma total.

                        e n
  C) Componente lento. La última fracción


                     os
     en renaturalizarse y supone el 45 %
     restante del genoma total.

                   n
                ta
   ¿Esto significará algo?
              í
         v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
  Secuencias repetidas y no repetidas        .m
                                         o m
                                      .c
   Las secuencias de renaturalización lenta generalmente son regiones de DNA

                                   te
    no repetitivas y casi todas las veces codificantes.


                                 u
  Según el grado de repetición las secuencias de DNA se clasifican en:

                              .g
                            w
  A) DNA repetitivo: si están presentes en más de una copia.


                          w
  B) DNA moderadamente repetitivo: si tienen un rango de reasociación moderado

                        w
                    e n
  C) DNA altamente repetitivo: Representa la fracción de reasociación rápida y son
     producto de la reasociación de secuencias cortas localizadas en tandem en
     frecuencias de repetición múltiple.
  

  
                 os
      En este grupo también se encuentra el DNA satélite que consiste de regiones cromosómicas
      centroméricas inertes (no se transcriben).
      El DNA microsatelite corresponde a fragmentos más cortos de DNA de alta asociación.
  
               n
      El DNA minisatélite o VTNR y las secuencias cortas forman parte de este DNA.



          í ta
     v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                          Genes y genomas                                           .m
                                                                           o m
                                                                    .c
Concepto fundamental:            Definición:                         Complementario:
Gen                              Secuencia de DNA que codifica       Contiene información
                                 para un RNA funcional.
                                                                 te  extrínseca e intrínseca.
Genoma                           Conjunto de genes codificados
                                                               u
                                                        .g
                                 en el DNA.
Secuencias no codificantes       Secuencias regulatorias de la       OriC, ARS, ACS, Intron,

                                                   w
                                 duplicación, transcripción o
                                 control epigenético.
                                                                     Promotor, Terminador,
                                                                     DNA espaciador
Densidad génica y genómica
                                               w
Cistron
                                           w
                                 Unidad monogénica.                  Cis-trans (un promotor controla

Policistron
                                   e n
                                 Unidad poligénica dependiente
                                 de un promotor.
                                                                     la expresión de un gen).



Valor C
                          os     Cantidad total de DNA en el
                                 genoma
Paradoja del valor C
                        n        No correspondencia entre el


                  í ta           tamaño del genoma y el número
                                 de genes.



              v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                      .m
     On the fate of duplicated genes……



                                                                             o m
                                                                      e .c
                                                              u t
                                                         .g           deletereous mutagenesis

                                                     w
                                                 w
     Nonfunctionalization
                                             w
                                      Neofunctionalization            Subfunctionalization



                                      e n
                                 os                    conservation

                               n
                    í ta
     90% loose function
     9% subfunctionalizatión
                                                                      Lynch et al. (2001) Genetics



           v is
     1% neofunctionalization



Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
  Familias génicas                                                               .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
     Tercera parte                         w
     CONTROL e
                      n LA CROMATINA
                     DE
                  os
                n
           í ta
      v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                                        .m
Organización del DNA                     Modelos de
                                                                                                o m
                                                                            El bloque de construcción de la
en células eucariontes                    interacción
                                      nucleosoma - DNA                               .c
                                                                             cromatina es el nucleosoma

                                                                                   e
  El DNA se asocia a                          *ricos en hélices
                                                                         u t                Es la unidad mínima de
                                                                                           construcción de cromatina,


                                                               .g
  proteínas llamadas                                                                      involucra todas las histonas
                                               *formación de
      HISTONAS                                                                                   excepto la H1.
                                               heterodímeros:

                                                       w
                                              H3-H4. H2A-H2B.
                                                                                                          dimeros
Histonas H1
                                               w*residuos de fosfato


                                           w
                                               interaccionan con las
                                                      histonas.                                      Octameros
    Histonas              Estructura
 nucleosomicas:
H2A, H2B, H3, H4
                            de la
                          cromatina
                                   e n           *interacciones
                                                electrostaticas y
                                                 puentes de H.
                                                                                                    (nucleosoma)
                                                                                               Cubre 200 pares de bases.



                          os                   Los extremos amino de
                                              las histonas pueden ser
                                                                                                   Collar de cuentas

                        n                     modificadas por enzimas:


                   ta
Eucromatina (A)       Heterocromatina           Acetilación, Metilación, Fosforilación.
                                                                                                          solenoide
                 í
CROMOSOMA

          v  is          Regiones de cromatina en metafase

Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
                                                                                                  Asas de cromatina
x
    La subunidad que se repite en la estructura                                     .m
      de la cromatina es el nucleosoma
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
                          os                                           DNA
                                                                       espaciador
                                                                                      165pb


                        n
                   ta
 Los trabajos de A. Klug y colaboradores (1980) sobre la disposición de

                 í
 las histonas en el nucleosoma le valieron el Premio Nobel de Química

            is
 (1982).

          v
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
                          os
                        n
                 í ta
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
DNA                              x
                                                                                 .m
                                                       Nucleosoma
                                                                         o m
                                                                   .c
                                                       Fibra de 30 nm (300 Å) o
                                                                 e
                                                               t
                                                       solenoide
                                                             u
                                                        .g
                                                       Asas o Bucles radiales de
                                                   w   DNA

                                               w
                                           w
                                   e n                    Las fibras de 30 nm se unen a


                          os                              un    armazón     proteíco en
                                                          regiones especificas llamadas
                                                          SAR [regiones asociadas con el
                        n                                 armazón o regiones de unión a

                   ta
                                                          la matriz (MAR)].

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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                 e .c
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                               .m
CROMATINA
            CONCEPTO                    CONCEPTO NECESARIO

                                   Conjunto de ADN, histonas y
                                                                                     o m
                                                                          CONCEPTO COMPLEMENTARIO

                                                                         Se encuentran en el núcleo de
(solo presente en Eucariotas)      proteínas.
                                                                             .c
                                                                         células eucariontes y constituyen el
                                                                         cromosoma eucarionta.

                                                                           e
HISTONAS                           Principal proteína presente en las
                                   cromatinas.
                                                                        u t
                                                                         Tienen carga positiva.
                                                                         Ricas en lisina y Argina
                                                                         Consecuencia de genomas grandes


                                                                 .g      Proteínas mas conservadas en
                                                                         eucariontes
NUCLEOSOMA
                                                           w
                                   Conjunto de octamero de histonas
                                   que involucran todas menos la H1
                                                                         Cubre 200 pares de base


EUCROMATINA                                            w
                                   Representa la forma activa de la      Esta diseminada por el resto del
                                   cromatina.
                                                  w                      núcleo y aquí se encuentran la
                                                                         mayoría de genes activos.
HETEROCROMATINA

                                       e n
                                   Representa la forma inactiva de la
                                   cromatina.
                                                                         Se localiza en la periferia del núcleo
                                                                         y puede ser de dos tipos:
                                                                         constitutiva y facultativa.



                              os
REGIONES Y TERRITORIOS NUCLEARES   Nucleólos,
                                   Dominios OPT,

                            n      Cuerpo PcG



                      ta
                                   Cuerpo PML,
                                   Cuerpos de Cajal,

                    í
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                 e .c
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                                                        .g
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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              Estructura del nucleonema            .m
                                               o m
                                            .c    Nucleolo


                                       u te        No tiene membranas


                                    .g
                                                    delimitantes.
                                                   Es la estructura subnuclear

                                  w                 más prominente.
                                                   Producción y ensamblaje de las
                                w                   subunidades ribosomales.
                              w                    Precursor de 45S


                          e n                      Usa proteínas importadas del
                                                    citosol = RNP

  FC: Centro Fibrilar
                       os
                     n
  DFC: Componente denso fibrilar


                  ta
  GC: Componente granular

                í
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
                          os
                        n
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          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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  Cuerpos nucleares                                                              .m
                                                                         o m
                             Cuerpos de Cajal:
                                                                 e .c
                                                             u t
   Orgánulos esféricos nucleares presentes en células en alta proliferación
    (tumorales), o metabólicamente activas con alta tasa transcripcional

                                                        .g
    (neuronas).


                                                   w
   Ramón y Cajal las denominó “cuerpos accesorios nucleolares”, debido a su
    asociación con el nucléolo en las neuronas.
                                               w
                                           w
   Su tamaño se sitúa entre 0.1 - 2.0 micrometros y su número es de entre
    uno a cinco por cada núcleo, variando a lo largo del ciclo celular y entre los
    diferentes tipos celulares.
                                   e n
   Los cuerpos celulares “son posibles lugares de ensamblaje o modificación


                          os
    de la maquinaria de transcripción del núcleo”.
   Se encuentran únicamente en los núcleos de plantas, animales y
    levaduras.
                        n
                 í ta
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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  Cuerpos nucleares                                                              .m
                                                                         o m
                                                                   .c
   Los dominios OPT se relacionan con nuevas síntesis de RNA polimerasa
                                                                 e
                                                             u t
    II y dominios que contienen proteínas relacionadas con la transcripción y
    factores de transcripción TFIIH, Oct1, BRG1, E2F-1, estos pueden


                                                        .g
    representar complejos de iniciación de transcripción incompletos, complejos
    inhibitorios, o sitios del almacenamiento.

                                                   w
                                               w
   El complejo grupo Polycomb (PcG, o cuerpo PcG) es una asociación

                                           w
    cromatina multiproteica relacionada con la represión estable de mutaciones
    homeóticas, además de ser un complejo de represión transcripcional.


                                   e n
                          os
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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  Cuerpos nucleares                                                              .m
                                                                         o m
   Las manchas -nuclear speckles- son estructuras intranucleares
                                                                 e .c
                                                             u t
    caracterizadas por concentraciones altas de pre-mRNA, aunque su función
    es polémica, existe evidencia fuerte de que son sitios que unen piezas de


                                                        .g
    almacenaje o ensamblaje.


                                                   w
   Cuerpos PML. Cuerpos nucleares promielocíticos, donde se sintetiza la

                                               w
    proteína PML (882 residuos de aa, 97,5 kDa), cuya su función principales la
    supresión del crecimiento celular.
                                           w
                                   e n
   Posee otras funciones relacionadas con la regulación de genes e
    implicación en las vías de supresión tumoral y, por tanto, de la inhibición del
    crecimiento celular.

                          os
                        n
                 í ta
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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  Cuerpos nucleares                                                                       .m
                                 Control de la expresión génica
                                                                                o m
     MEMORIA CELULAR: modificación química de la
     cromatina

                                                                      e .c
                                                   Mediante acetilación, fosforilación, que permiten
                                                   encender y apagar diferentes genes para formar un


     DIFERENCIACIÓN Y ESPECIALIZACIÓN CELULAR:
     DIFERENCIACIÓ       ESPECIALIZACIÓ                          t
                                                   tejido específico


                                                               u
                                                   Determina características estructurales y funcionales



                                                         .g
     proceso de remodelación de la cromatina       distintas
     ENVEJECIMIENTO CELULAR: mediado por genes     Lleva a 2 tipos de muerte: apoptosis y necrosis
     CELULAS TOTIPOTENCIALES
                                                    w
     CELULAS MULTIPOTENCIALES

                                                   w
                                              w
     CELULAS OLIGOPOTENCIALES
     CELULAS DIFERENCIADAS
     CELULAS ESPECIALIZADAS


                                      e n
     INSULATOR

                           os
     ENHANCER

                         n
     SILENCER

                  í ta
             is
     LCR



           v
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
     Cuarta parte                          w
     DUPLICACIÓN     e n Y REPARACIÓN
     DEL DNA      os
                n
           í ta
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
           ¿Cómo es la replicación del DNA?       .m
                                              o m
                                           .c
                                      u te
                                   .g
                                 w
                               w
                             w
                         e n
                      os
                    n
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                        El oriC                                  .m
                                                                         o m
                                                                   .c
   El origen de replicación bacteriano se denomina OriC y corresponde a 245
                                                                 e
    pb.

                                                             u t
   Tiene las siguientes características:
                                                        .g
   Es una secuencia rica en A y T.                w
                                               w
                                           w
   Presenta 4 cajas de reconocimiento a DnaA (R1-R4 nonámeros repetidos).


                                   e n
   Tiene 3 repeticiones de treceámeros que permiten la disociación del DNA.


                          os
   Posee secuencias palindrómicas GATC de reconocimiento para las
                        n
    metilasas de Adenina (DAM)


                 í ta
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
  5´                                            3´

                                                     Proteina DnaA

                                                                         o m
                                                     - multicomplejo (10-20)
                                                     - ATP

                                                                 e .c
                                                     - se une a los repetidos de 9 pb del
                                                     OriC
                                                             u t
                                                         .g
                                                     - provoca la separación de las
                                                     cadenas de los repetidos de 13 pb
                                                     w
                                               w     Proteina DnaC

                                           w         - “escolta” la DnaB a las DnaA



                                   e n               Proteina DnaB (Helicasa)
                                                     - hexamero


                          os                         - ATP

                        n                            - “abrazadora” alrededor de cad.


                   ta
                                                     sencillas

                 í                                   - se desplaza a lo largo del DNA para


          v is                                       separar las cadenas en el sentido 5´-3´

Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                     Inicio de la replicación                                    .m
                                                                         o m
    Proteína:                  Funciones:
                                                                 e .c
    DnaA:                      1.- Reconocimiento de OriC,

                                                             u t
                               2.- Curvatura, desestabilización y apertura del DNA,

                                                        .g
                               3.- Reclutamiento de DnaB y DnaC.


    DnaB, DnaC                                     w
                               1.- Helicasas que impiden la reasociación del DNA,
                                               w
                               2.- Permiten el reclutamiento de SSB y de la DnaG
                               (primasa).
                                           w
    SSB
                                     n
                               1.- Impide la reasociación de las hebras de DNA,
                                   e
                               2.- Permite la liberación de DnaA (pre-primosoma)
    DnaG

                          os   1.- Sólo se integra si DnaC ha sido retirado.
                               2.- Coloca el cebador de RNA. Define la formación

                        n      del primosoma.
                                   primosoma


                 í ta
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
Crecimiento de DNA y RNA 5’⇨                 m
                                            .3’
                                        o m
                                     .c
                                u te
                             .g
                           w
                         w
                       w
                   e n
     Se requiere un extremo 3’-OH
     libre para que ocurra el ataque

                 s
     electrofílico sobre el alcohol.

                o
              n
     El crecimiento de cada cadena

           ta
            es unidireccional.

         í
     La doble hélice crece de

      is
     manera bidireccional

    v
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
            Elongación de la replicación          .m
                                              o m
  Proteína:                   Funciones:
                                           .c
  Hda/Ida:
  DnaG
                                      u te
                              Permiten que se retire las DnaA
                              Coloca el primer (iniciador, cebador, prímero) de 10-12

                                   .g
                              nucleótidos de RNA sobre el molde de DNA.


                                 w
                              Se requiere para dejar un extremo 3’-OH.
  Dnapol III                   w
                              Toma el extremo 3’-OH dejado por la primasa y
                             wpolimeriza DNA en ambas cadenas (líder continua,


                         e n  retrasada discontinua F. Okazaki).
                                                        Okazaki
                              F y x permiten la retirada de SSB.
  Dnapol I (Rnasa)

                      o
  Dnapol I (polimerasa)s      Retira los fragmentos de RNA.
                              Rellena los huecos dejados por la actividad de RNAsa.

                    n
                 ta
  Dna Ligasa                  Sella los fragmentos de Okazaki.

               í
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
Hay dos propiedades importantes de las DNA POLIMERASAS:

FIDELIDAD Y PROCESIVIDAD
                                                                         o m
FIDELIDAD:
                                                                 e .c
El seguimiento exacto de la secuencia
                                                             u t
que sirve como molde.
                                                        .g
La actividad de exonucleasa     3’ 5’ de
la DNA polimerasa contribuye a la                  w
fidelidad pues tiene actividad correctora
                                               w
(proofreading).
                                           w
 PROCESIVIDAD:
                                   e n
                          os
 La capacidad de una DNA polimerasa de elongar una cadena de DNA por
 muchos nucleótidos antes de disociarse del complejo que forma con el sustrato.

                        n
 La DNA polimerasa I tiene una procesividad baja. Es distributiva.

                 í ta
 La DNA polimerasa III tiene una procesividad alta.


          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                   .m
La DNA polimerasa III está compuesta por varias subunidades
 Subunidad : 129 kDa, tiene actividad de DNA polimerasa

 Subunidad : 27.5 kDa, tiene actividad de exonucleasa 3’ 5’
                                                                           o m
 Subunidad : 41 kDa, se une al DNA. Es el factor de procesividad
                                                                   e .c
 Subunidad : Factor de dimerización
                                                               u t
                                                          .g
 Subnidad : cargado de la hebra de DNA.


                                                     w
                                                 w
                                             w
                                     e n                                        Permiten que
                                                                                se retire SSB



                            os
                          n
                   í ta
 En ausencia de la subunidad , la DNA Pol III tiene muy baja procesividad, pues se


            v is
 disocia del molde

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x
            Termino de la replicación              .m
                                                 m
                                               o TerC
                                            .cel avance los
   El fin de la replicación es mediada por secuencias
    ricas en A y T que pueden retrasar
                                        u te Ter y Tus que
    replisomas debido a la unión de proteínas       T
    muestran una unión cooperativa.g DNA.
                                     al
                                  w
                                w
   La metilación-desmetilación del OriC permite controlar
                             w
    los ciclos de inicio de cada replicación del DNA
    procarionte.
                        e  n
                    o
   La disponibilidad
                     s de las DnaA y los demás factores que
                  n
               ta
    forman el pre-primosoma constituyen un mecanismo de
             í
    regulación.

       v  is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
  Eucariotas = más genoma (DNA + proteína)                                       .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n                                                  oriC


                          os
                        n
                   ta
                                                                                          Ter

                 í
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
  Tres características comunes de los orígenes de
                                                                         o m
  replicación de procariontes y eucariontes
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
  1) Son segmentos de DNA singulares que contienen múltiples secuencias
  repetidas cortas

                                                   w
                                               w
  2) Estas unidades repetitivas cortas son reconocidas por proteínas

                                           w
  multiméricas ORC (origin recognition complex) que reconocen regiones ARS

  replicación
                                   e n
  (Autonomously Replicating Sequence) que se unen al origen para iniciar la




                          os
  3) Las orígenes de replicación suelen ser regiones ricas en AT, lo que facilita

                        n
  la desnaturalización del duplex de DNA (menos energía).


                 í ta
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                  .m
Eucariontes Inferiores - Secuencia de replicación autónoma
de S. cerevisiae: ARS (Autonomously Replicating Sequence)


                                                                         o m
              5´- (A/T)TTTAT(A/G)TTT(A/T) -3´
                                                                 e .c
                                                             u t
                                 A       B1
                                                        .g
                                                        B2                   B3


                                                   w
              ARS consensus sequence (ACS)     w
                                           w
                                     e n
                       - mutaciones puntuales inhiben el inicio de la replicación
                       - Sitio de unión del ORC (Origin Recognition Complex), 6

                          os
                       proteínas que forman la maquinaria de iniciación de la replicación)

                        n
                   ta
  - cada 40 kb

                 í
  - aprox. 400 orígenes de replicación en los 17 cromosomas de S. cerevisiae


          v is
  - activación sucesiva de las diferentes ARS: regulación

Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
Xenopus
                                                                 Cdc6 + Cdt1             x
            ORC (6 proteínas)
                                                                                   .m
                                                                           o m
                  origen
                                                                      e .c
                                                               u
                                                         síntesist
                                                         .g
                                                         ciclinas y
                                                         activación
                        Degradación                      Cdk
                        ciclinas
                                                G1
                                                     w                       Helicasas Mcm2-7
Ciclina E/Cdk2 >> Inhibe unión de M/G2          w
         Mcm2-7 (Cdc6)                      w       S
                                                                             - Fosforilación Cdc6
Germinina >> secuestra Cdt1

                                      e n                        P
                                                                             y liberación
                                                                             - Fosforilación ORC y
                    P

                            os                             P
                                                                             Mcm2-7
                                                                              -Associación Cdc45

                          n
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                    P                                                       P


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                                                                           Cdc45
                                                                                         P
 Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
        Control positivo de la replicación en eucariontes
                                                                                 .m
1.-    Acumulación          de      proteínas                            o m
“permisivas” en el núcleo en G1:
                                                                 e .c
- CDC-6 y CDT-1, las cuales se unen al
ORC y reclutan las helicasas MCM
                                                             u t
- helicasas MCM se unen al DNA y
                                                        .g
catalizan su desenrollamiento
                                                   w
                                                w
2.- Una vez que empieza la replicación
                                           w
en la fase S:
- CDC-6 y CDT-1 se despegan del ORC
                                   e n
(por fosforilación)

                          os
- MCM progresan con el avance de la
                        n
                   ta
horquilla de replicación

                 í
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
       Control negativo de la replicación en eucariontes
                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                   .c
  • En la célula en fase M/G2 se impide la activacion del ORC, a través de ctd1 y el
  reclutamiento de las helicasas MCM a las nuevas cadenas de DNA.
  •Por tanto no se puede iniciar la replicación.               t e
                                                             u
                                                        .g                      Complejo

                        - Ciclina Cdc6, regulador  w                            pre-replicativo

                        positivo no fosforilado
                                               w
                                           w
                        (Expresión alta en G1)
                        - Ctd1

                                   e n                                       Helicasa Mcm2-7


                          os
                        n
                   ta
  • En G1, la germinina es degradada, de tal manera que el DNA de la célula

                 í
  pueda responder al control positivo por las proteínas permisivas y iniciar su


          v is
  replicación

Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
cadena en extensión, incompleta                                                 x
       AACCCC-5’
       TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’                                                  .m
                                                                              TELOMERASA
 Cromosoma           telomero        cadena molde
                                                                         o m
                                                                   .c
                                       Telomerasa con
                                         templado
           AACCCC-5’
                            3’
                            ACCCCAAC
                                    5’ de RNA
                                                               t e
           TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’
                                                             u                   Elongación

                                                        .g                       extremo 3’
                                                                                 por la
                                 3’      5’        w                             telomerasa
           AACCCC-5’             ACCCCAAC
           TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’      w
                                           w
                                   e n
                                   Primer RNA
                                     CCAAC
           AACCCC-5’
                           s
           TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’
                          o
                                                Adición primer RNA


                        n
                   ta
                                                Extensión

                 í       DNA polimerasa        cadena

            is                                  retrasada por
           AACCCC-5’    CCCAACCCCAACCCCCAAC-5’
           TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’ la polimerasa
          v
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
     DAÑO EN EL      e n DNA
                  os
                n
           í ta
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
                          os
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                 í ta
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
       AGENTES INDUCTORES DE DAÑO                .m
                                             o m
  Físicos:
                                          .c
  •Radiación ultravioleta
  •Radiación ionizante               u te
                                  .g
  •Radiación nuclear            w
  Químicos:                   w
  •Agentes químicos         w
  •Hidrocarburos       e  n
                   os
  •Quimioterapéuticos
                 n
              ta
  •Radicales libres
            í
       v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
             Radiación ultravioleta (200-300nm)
                                                  .m
                                                                                              1



                                              o m
                                           .c      Entrecruzamiento covalente de

                                        te
                                                   pirimidinas adyacentes en la
                                                   misma cadena de DNA.
                                      u            Generalmente son timinas.

                                   .g
                                 w
                               w
                             w
                         e n
                      os
                    n
               También se puede generar el

                 ta
               “fotoproducto 6-4”

               í
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
                    Radiaciones ionizantes: Rayos X y rayos gamma.                            2



                                                                         o m
                                                                   .c
Ionizan moléculas que rodean al DNA                             radicales
                                                                 libres

                                                               t e
                                                             u
                                                        .g
algunos contienen oxígeno que tienen un electrón desapareado. Son especies
altamente reactivas y pueden atacar la molécula del DNA causando rupturas en
una o en las dos cadenas.
                                                   w
                                               w
  También      pueden                      w
                                      modificar
  químicamente una base,
  guanina.
                                   e ncomo la


                           s
  Generación de 8-oxo-guanina.
                          o
                        n
  Causa transversiones: GC -> TA


                 í ta
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
                                                                                              3
                             Radiación nuclear

                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
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                                               w
                                           w
                                   e n
Enlaces covalentes O-P
                          os
                        n
                 í
     Extremos romosta                      Translocaciones                         Cáncer
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                 .m
                                                                                              4
                Modificación de bases en el DNA

                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
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                                           w
                                   e n
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                 í ta
            is
                     Las desaminaciones pueden ser espontáneas o inducidas.



          v
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                                 .m
Modificación de bases en el DNA: Desaminación por ácido nitroso.                              4



                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
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                                           w
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                 í ta
    Desaminación de citosina
        genera uracilo
                                                           Desaminación de 5-metil
                                                            citosina genera timina


          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                                                                                 .m
                                                                                              4



                                                                         o m
                                                                 e .c    Tipos de Daño al

                                                             u t         DNA. Alquilación.


                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
 Metilación o acetilación de las bases en los átomos (O/N) que
 participan en la formación de puentes de H, desestabiliza la doble
                           s
 hélice de DNA y hace esa zona susceptible a mutación.
                          o
                        n
 La presencia de estas regiones dañadas puede causar detención

                   ta
 de la replicación, o si ésta continúa, está sujeta a errores.
                 í
          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
Efectos del daño al DNA                                           x
                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
                                                   w
                                               w
                                           w
                                   e n
                          os
                        n
                 í ta
        Veamos la contraparte al daño


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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
x
                              Daño en el DNA                                                     .m
         CONCEPTO               CONCEPTO NECESARIO
                                                                                      o m
                                                                         CONCEPTO COMPLEMENTARIO

Mutación                    Alteración o cambio en la información 
                            genética (genotipo) de un ser vivo.
                                                                              .c
                                                                      Alteración Espontánea: se producen de forma


                                                                            e
                                                                      natural o normal en las poblaciones



                            Causados por:
                                                                 


                                                                      u t
                                                                      Alteración Inducida: surgen como consecuencia
                                                                      de la exposición a mutágenos químicos o fisicos




                                                                 .g
                            • Errores durante los procesos de  Cambios tautoméricos - Formas alternativas
Alteraciones Espontáneas
                            replicación,    recombinación   o  isoméricas de las bases nitrogenadas que
                            reparación del DNA.
                            • Cambios químicos espontáneos
                                                           w   cambian el patrón de apareamiento normal.
                                                               depurinación, desaminación y oxidación de

 Alteraciones Inducidas     Causados por:             w     
                                                               Bases.
                                                                 Modificación      de    Bases     en    DNA
                            • Agentes químicos
                            • Agentes físicos    w          
                                                                 (desaminantes, alquilantes)
                                                                 Rayos UV (dimeros de T), Ionizante (radicales

Reparación del DNA
                            célula,   e n
                            Es un proceso constante en la
                                        esencial para    su
                                                                 libres), Nuclear (extremos romos)
                                                              Mecanismos de Reparación:




                             os
                            supervivencia ya que protege al
                            genoma de daños y mutaciones
                                                            Directa
                                                            Apareamiento
                                                            NER - Reparación por Escisión de Nucleótido


                           n
                            dañinas.
                                                            Recombinación



                       ta
                                                            VER Reparación por Escisión de Base



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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                         o m
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                                                        .g
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                                               w
                                           w
     REPARACIÓN      e n DEL DNA
                  os
                n
           í ta
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                     Mecanismos de Reparación
                                                                                 .m
                                                                         o m
                                                                     Glucosilasas


                                                                 e .c
                                                             u t     RnasaH, Dnapol I,
                                                                     Dnapol ligasa

                                                        .g           u.v.rABC
                                                   w
                                               w                     RecA, RAD51

                                           w                         Glucosilasas


                                   e n
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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         1. Reparación directa: Fotorreactivación
                                                  .m
                                              o m
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                                 w                Fotoliasas
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                             w
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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         1. Reparación directa: Fotorreactivación
                                                  .m
                                              o m
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                                 w                Fotoliasas
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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      2. Actividad de las Glucosilasas (BER)    .m
                                            o m
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                               w                                              ¿Cuál OH es?
                             w                                                ¿1’, 2’, 3, 5’?

                           w                                                  Esto lo responden


                       e n                                                    hasta los que no
                                                                              son “masters”.



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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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3. Reparación de apareamientos erróneos (MMR)
                                              .m
                                          o m
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                                  u te  1


                               .g                 1. Reconocimiento de la lesión

                             w                    MutSalfa: AE, ins/del (2-8)
                                                  MutSbeta: ins/del (1-16)
                           w
                         w                        2. Act. ATPasa MutSalfa libera el AE


                     e n         PCNA
                                  RPA- SSDNA
                                                  3. Discriminación de la hebra (Okazaki)



                  os                              4. Excisión y síntesis de reparación


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 Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
4. Reparación de excisión de nucleótidos                                       x
                                                                                   .m
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    NER
                                                                       . cAcoplada a
                                                                           NER-TCR
Genómica Global
                                                               u te      transcripción
1.Reconocimiento XPC/HR23B
2. Entrada del factor TFIIH a la                          .g
Lesión
                                                     w
3. Ensamblaje del complejo NER
4. Helicasas actúan y XPA-RPA                    w
Interactúan con la lesión
                                             w
                                       n
5. Endonucleasas:XPG y F
6. Remoción 25-32 n
7. Liberación complejo
                                     e
8. Síntesis y ligación

                            os
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  Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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        5. uvrABC                                                        o m
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          Mecanismo resumido:

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1.- UvrA se une al DNA en la región
                                                        .g
dañada.
                                                   w
2.- UvrB/UvrC tienen actividad de
                                               w
endonucleasa y corta en los lados
adyacentes de la cadena liberando un       w
oligonucleótido de unos 12-13 nts de
largo.
                                   e n
una DNA polimerasa I y
                          os
3.- La región “vacía” es rellenada por


                        n
                   ta
4.- Sellada por una DNA ligasa.

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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                      6. Recombinación Homóloga

                                                                         o m
                                                                 e .c
                                                             u t
                                                        .g
•Eucariontes
•Libre de error
•Fase S y G2
                                                   w
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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              Intercambio de cadenas mediado
             por REC A O RAD51 (sistema SOS)
                                                                         o m
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
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                                                                           Ruptura


                                                                         o m
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Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
7. Reunión de extremos no homólogos                                         x
                                                                                  .m
                                                                               o m
                                                                  e .c
•Mamíferos                                                   u t
•Predispone al error
•Fase GO/G1                                             .g
                                                   w
                                                           Exonucleasa ssDNA




                                               w
                                           w
                                   e n
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          v is
Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
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Bloque 4. Genética y Biología Molecular
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Bloque 4. Genética y Biología Molecular
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Bloque 4. Genética y Biología Molecular
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Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
Bloque 4. Genética y Biología Molecular
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Bloque 4. Genética y Biología Molecular

  • 1. x .m o m c .y tablas Mapas conceptuales te u sintéticas .g w Maestro en w Ciencias Bioquímicas wGenaro Matus Ortega e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 2. x .m o m e .c u t .g w w Primera parte w HISTORIA Y e nDESARROLLO DE LA BIOLOGÍA os MOLECULAR n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 3. HISTORIAx .m o m e .c u t .g w w w e n os Genes ligados, n ta Genes auto y gonosómicos, í Herencia citoplásmica, v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 4. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 5. x .m o m e .c u t .g w w Segunda parte w ESTRUCTURA e n DE ADN Y ARN: os PROPIEDADES DERIVADAS n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 6. x Estructura de la doble hélice .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 7. Purinas x .m o m e .c Adenina Guanina u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 8. Purinas x .m Pirimidinas o m e .c Adenina Guanina Timina Citosina u t Uracilo .g Timina = uracilo metilado w Citosina = uracilo aminado w Timina – uracilo –citosina w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 9. Purinas x .m Pirimidinas o m e .c Adenina Guanina Timina Citosina u t Uracilo .g Pentosa w w w e n Ribosa os 2’-Desoxi- n ribosa RNA í ta DNA v is Aldopentosa Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 10. ESTRUCTURA x .m Estructura del ADN Características del modelo de Watson y Crick (1953) o m 1.- El DNA está formado por 2 e .c t cadenas de polinucleotidos 7.- por cada 10 pares de bases, la doble hélice da una vuelta 2.- cada cadena consiste de un u completa con una dimensión .g grupo fosfato unido a un residuo lineal de 34 A. de -D-desoxirribosa y una base nitrogenada w 8.- las bases nitrogenadas se orientan hacia el interior y las 3.- las cadenas forman una doble hélice antiparalela w pentosas y fosfatos al exterior 4.- Cada cadena se encuentra w 9.- la complementaridad de las bases cumple las leyes de de forma perpendicular al eje. 5.- la doble hélice tiene un e n Chargaff (pares purina-pirimidina) 10.- las cadenas de polinucleo- diámetro de 20 A (2nm) os tidos se unen por puentes de H. n 6.- la doble hélice gira hacia la 11. Los enlaces fosfato- derecha del eje siguiendo la desoxirribosa están polarizados en ta orientaión de los azucares. sentido opuesto 5’-3’ y 3’-5’ í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 11. ESTRUCTURAx .m Estructura del ARN Contenido de RNA 3 tipos de RNA o m Procesamiento de los .c en la célula participan en la síntesis preRNA---- RNAm. de proteínas. t e Splicing: BACTERIAS: 0.5-0.10 pg de tRNA u remoción de .g RNA, 6% de su peso total intrones. Existen diversas copias EUCARIOTAS: 20-30 pg de para cada gen de tRNA Eventos de corte: RNA, 1% de su peso total w (redundancia de genes). procesamiento de w rRNA y tRNA mRNA. w Modificaciones Contiene al mansaje Existen 32 tipos de tRNA en células químicas: adición eucariontes, son pequeños (-4S) n genético que determina la de grupos secuencia de amino ácidos químicos. en la síntesis de proteínas. e s Cada tipo de tRNA transporta (en su Edición del RNA: Existen 4 tipos en eucariontes: 18SrRNA, 28SrRNA, 5.8S y 5SrRNA n o rRNA Presenta cerca del 70% del extremo 3´) uno de los 20 aminoácidos Modificaciones quimicas *citidin desaminasa- ta RNA total. convierte una C a U í Small interfering RNAs (siRNAs) v is Micro RNAs (miRNAs) 2 fuentes principales de RNA antisentido Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 12. x Desnaturalización del ADN .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 13. x Desnaturalización del ADN .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 14. x Tasas de reasociación del DNA .m o m  Según su grado de asociación existen .c te diferentes fracciones genómicas: u .g A) Componente rápido. Primera fracción de reasociación. Que representa el 25 % del genoma. w B) w Componente intermedio. Segunda w fracción que corresponde al 30 % del genoma total. e n C) Componente lento. La última fracción os en renaturalizarse y supone el 45 % restante del genoma total. n ta  ¿Esto significará algo? í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 15. x Secuencias repetidas y no repetidas .m o m .c  Las secuencias de renaturalización lenta generalmente son regiones de DNA te no repetitivas y casi todas las veces codificantes. u Según el grado de repetición las secuencias de DNA se clasifican en: .g w A) DNA repetitivo: si están presentes en más de una copia. w B) DNA moderadamente repetitivo: si tienen un rango de reasociación moderado w e n C) DNA altamente repetitivo: Representa la fracción de reasociación rápida y son producto de la reasociación de secuencias cortas localizadas en tandem en frecuencias de repetición múltiple.   os En este grupo también se encuentra el DNA satélite que consiste de regiones cromosómicas centroméricas inertes (no se transcriben). El DNA microsatelite corresponde a fragmentos más cortos de DNA de alta asociación.  n El DNA minisatélite o VTNR y las secuencias cortas forman parte de este DNA. í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 16. x Genes y genomas .m o m .c Concepto fundamental: Definición: Complementario: Gen Secuencia de DNA que codifica Contiene información para un RNA funcional. te extrínseca e intrínseca. Genoma Conjunto de genes codificados u .g en el DNA. Secuencias no codificantes Secuencias regulatorias de la OriC, ARS, ACS, Intron, w duplicación, transcripción o control epigenético. Promotor, Terminador, DNA espaciador Densidad génica y genómica w Cistron w Unidad monogénica. Cis-trans (un promotor controla Policistron e n Unidad poligénica dependiente de un promotor. la expresión de un gen). Valor C os Cantidad total de DNA en el genoma Paradoja del valor C n No correspondencia entre el í ta tamaño del genoma y el número de genes. v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 17. x .m On the fate of duplicated genes…… o m e .c u t .g deletereous mutagenesis w w Nonfunctionalization w Neofunctionalization Subfunctionalization e n os conservation n í ta 90% loose function 9% subfunctionalizatión Lynch et al. (2001) Genetics v is 1% neofunctionalization Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 18. x Familias génicas .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 19. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 20. x .m o m e .c u t .g w w Tercera parte w CONTROL e n LA CROMATINA DE os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 21. x .m Organización del DNA Modelos de o m El bloque de construcción de la en células eucariontes interacción nucleosoma - DNA .c cromatina es el nucleosoma e El DNA se asocia a *ricos en hélices u t Es la unidad mínima de construcción de cromatina, .g proteínas llamadas involucra todas las histonas *formación de HISTONAS excepto la H1. heterodímeros: w H3-H4. H2A-H2B. dimeros Histonas H1 w*residuos de fosfato w interaccionan con las histonas. Octameros Histonas Estructura nucleosomicas: H2A, H2B, H3, H4 de la cromatina e n *interacciones electrostaticas y puentes de H. (nucleosoma) Cubre 200 pares de bases. os Los extremos amino de las histonas pueden ser Collar de cuentas n modificadas por enzimas: ta Eucromatina (A) Heterocromatina Acetilación, Metilación, Fosforilación. solenoide í CROMOSOMA v is Regiones de cromatina en metafase Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx Asas de cromatina
  • 22. x La subunidad que se repite en la estructura .m de la cromatina es el nucleosoma o m e .c u t .g w w w e n os DNA espaciador 165pb n ta Los trabajos de A. Klug y colaboradores (1980) sobre la disposición de í las histonas en el nucleosoma le valieron el Premio Nobel de Química is (1982). v Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 23. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 24. DNA x .m Nucleosoma o m .c Fibra de 30 nm (300 Å) o e t solenoide u .g Asas o Bucles radiales de w DNA w w e n Las fibras de 30 nm se unen a os un armazón proteíco en regiones especificas llamadas SAR [regiones asociadas con el n armazón o regiones de unión a ta la matriz (MAR)]. í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 25. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 26. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 27. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 28. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 29. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 30. x .m CROMATINA CONCEPTO CONCEPTO NECESARIO Conjunto de ADN, histonas y o m CONCEPTO COMPLEMENTARIO Se encuentran en el núcleo de (solo presente en Eucariotas) proteínas. .c células eucariontes y constituyen el cromosoma eucarionta. e HISTONAS Principal proteína presente en las cromatinas. u t Tienen carga positiva. Ricas en lisina y Argina Consecuencia de genomas grandes .g Proteínas mas conservadas en eucariontes NUCLEOSOMA w Conjunto de octamero de histonas que involucran todas menos la H1 Cubre 200 pares de base EUCROMATINA w Representa la forma activa de la Esta diseminada por el resto del cromatina. w núcleo y aquí se encuentran la mayoría de genes activos. HETEROCROMATINA e n Representa la forma inactiva de la cromatina. Se localiza en la periferia del núcleo y puede ser de dos tipos: constitutiva y facultativa. os REGIONES Y TERRITORIOS NUCLEARES Nucleólos, Dominios OPT, n Cuerpo PcG ta Cuerpo PML, Cuerpos de Cajal, í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 31. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 32. x Estructura del nucleonema .m o m .c Nucleolo u te  No tiene membranas .g delimitantes.  Es la estructura subnuclear w más prominente.  Producción y ensamblaje de las w subunidades ribosomales. w  Precursor de 45S e n  Usa proteínas importadas del citosol = RNP FC: Centro Fibrilar os n DFC: Componente denso fibrilar ta GC: Componente granular í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 33. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 34. x Cuerpos nucleares .m o m Cuerpos de Cajal: e .c u t  Orgánulos esféricos nucleares presentes en células en alta proliferación (tumorales), o metabólicamente activas con alta tasa transcripcional .g (neuronas). w  Ramón y Cajal las denominó “cuerpos accesorios nucleolares”, debido a su asociación con el nucléolo en las neuronas. w w  Su tamaño se sitúa entre 0.1 - 2.0 micrometros y su número es de entre uno a cinco por cada núcleo, variando a lo largo del ciclo celular y entre los diferentes tipos celulares. e n  Los cuerpos celulares “son posibles lugares de ensamblaje o modificación os de la maquinaria de transcripción del núcleo”.  Se encuentran únicamente en los núcleos de plantas, animales y levaduras. n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 35. x Cuerpos nucleares .m o m .c  Los dominios OPT se relacionan con nuevas síntesis de RNA polimerasa e u t II y dominios que contienen proteínas relacionadas con la transcripción y factores de transcripción TFIIH, Oct1, BRG1, E2F-1, estos pueden .g representar complejos de iniciación de transcripción incompletos, complejos inhibitorios, o sitios del almacenamiento. w w  El complejo grupo Polycomb (PcG, o cuerpo PcG) es una asociación w cromatina multiproteica relacionada con la represión estable de mutaciones homeóticas, además de ser un complejo de represión transcripcional. e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 36. x Cuerpos nucleares .m o m  Las manchas -nuclear speckles- son estructuras intranucleares e .c u t caracterizadas por concentraciones altas de pre-mRNA, aunque su función es polémica, existe evidencia fuerte de que son sitios que unen piezas de .g almacenaje o ensamblaje. w  Cuerpos PML. Cuerpos nucleares promielocíticos, donde se sintetiza la w proteína PML (882 residuos de aa, 97,5 kDa), cuya su función principales la supresión del crecimiento celular. w e n  Posee otras funciones relacionadas con la regulación de genes e implicación en las vías de supresión tumoral y, por tanto, de la inhibición del crecimiento celular. os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 37. x Cuerpos nucleares .m Control de la expresión génica o m MEMORIA CELULAR: modificación química de la cromatina e .c Mediante acetilación, fosforilación, que permiten encender y apagar diferentes genes para formar un DIFERENCIACIÓN Y ESPECIALIZACIÓN CELULAR: DIFERENCIACIÓ ESPECIALIZACIÓ t tejido específico u Determina características estructurales y funcionales .g proceso de remodelación de la cromatina distintas ENVEJECIMIENTO CELULAR: mediado por genes Lleva a 2 tipos de muerte: apoptosis y necrosis CELULAS TOTIPOTENCIALES w CELULAS MULTIPOTENCIALES w w CELULAS OLIGOPOTENCIALES CELULAS DIFERENCIADAS CELULAS ESPECIALIZADAS e n INSULATOR os ENHANCER n SILENCER í ta is LCR v Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 38. x .m o m e .c u t .g w w Cuarta parte w DUPLICACIÓN e n Y REPARACIÓN DEL DNA os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 39. x ¿Cómo es la replicación del DNA? .m o m .c u te .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 40. x El oriC .m o m .c  El origen de replicación bacteriano se denomina OriC y corresponde a 245 e pb. u t  Tiene las siguientes características: .g  Es una secuencia rica en A y T. w w w  Presenta 4 cajas de reconocimiento a DnaA (R1-R4 nonámeros repetidos). e n  Tiene 3 repeticiones de treceámeros que permiten la disociación del DNA. os  Posee secuencias palindrómicas GATC de reconocimiento para las n metilasas de Adenina (DAM) í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 41. x .m 5´ 3´ Proteina DnaA o m - multicomplejo (10-20) - ATP e .c - se une a los repetidos de 9 pb del OriC u t .g - provoca la separación de las cadenas de los repetidos de 13 pb w w Proteina DnaC w - “escolta” la DnaB a las DnaA e n Proteina DnaB (Helicasa) - hexamero os - ATP n - “abrazadora” alrededor de cad. ta sencillas í - se desplaza a lo largo del DNA para v is separar las cadenas en el sentido 5´-3´ Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 42. x Inicio de la replicación .m o m Proteína: Funciones: e .c DnaA: 1.- Reconocimiento de OriC, u t 2.- Curvatura, desestabilización y apertura del DNA, .g 3.- Reclutamiento de DnaB y DnaC. DnaB, DnaC w 1.- Helicasas que impiden la reasociación del DNA, w 2.- Permiten el reclutamiento de SSB y de la DnaG (primasa). w SSB n 1.- Impide la reasociación de las hebras de DNA, e 2.- Permite la liberación de DnaA (pre-primosoma) DnaG os 1.- Sólo se integra si DnaC ha sido retirado. 2.- Coloca el cebador de RNA. Define la formación n del primosoma. primosoma í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 43. x Crecimiento de DNA y RNA 5’⇨ m .3’ o m .c u te .g w w w e n Se requiere un extremo 3’-OH libre para que ocurra el ataque s electrofílico sobre el alcohol. o n El crecimiento de cada cadena ta es unidireccional. í La doble hélice crece de is manera bidireccional v Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 44. x Elongación de la replicación .m o m Proteína: Funciones: .c Hda/Ida: DnaG u te Permiten que se retire las DnaA Coloca el primer (iniciador, cebador, prímero) de 10-12 .g nucleótidos de RNA sobre el molde de DNA. w Se requiere para dejar un extremo 3’-OH. Dnapol III w Toma el extremo 3’-OH dejado por la primasa y wpolimeriza DNA en ambas cadenas (líder continua, e n retrasada discontinua F. Okazaki). Okazaki F y x permiten la retirada de SSB. Dnapol I (Rnasa) o Dnapol I (polimerasa)s Retira los fragmentos de RNA. Rellena los huecos dejados por la actividad de RNAsa. n ta Dna Ligasa Sella los fragmentos de Okazaki. í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 45. x .m Hay dos propiedades importantes de las DNA POLIMERASAS: FIDELIDAD Y PROCESIVIDAD o m FIDELIDAD: e .c El seguimiento exacto de la secuencia u t que sirve como molde. .g La actividad de exonucleasa 3’ 5’ de la DNA polimerasa contribuye a la w fidelidad pues tiene actividad correctora w (proofreading). w PROCESIVIDAD: e n os La capacidad de una DNA polimerasa de elongar una cadena de DNA por muchos nucleótidos antes de disociarse del complejo que forma con el sustrato. n La DNA polimerasa I tiene una procesividad baja. Es distributiva. í ta La DNA polimerasa III tiene una procesividad alta. v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 46. x .m La DNA polimerasa III está compuesta por varias subunidades Subunidad : 129 kDa, tiene actividad de DNA polimerasa Subunidad : 27.5 kDa, tiene actividad de exonucleasa 3’ 5’ o m Subunidad : 41 kDa, se une al DNA. Es el factor de procesividad e .c Subunidad : Factor de dimerización u t .g Subnidad : cargado de la hebra de DNA. w w w e n Permiten que se retire SSB os n í ta En ausencia de la subunidad , la DNA Pol III tiene muy baja procesividad, pues se v is disocia del molde Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 47. x Termino de la replicación .m m o TerC .cel avance los  El fin de la replicación es mediada por secuencias ricas en A y T que pueden retrasar u te Ter y Tus que replisomas debido a la unión de proteínas T muestran una unión cooperativa.g DNA. al w w  La metilación-desmetilación del OriC permite controlar w los ciclos de inicio de cada replicación del DNA procarionte. e n o  La disponibilidad s de las DnaA y los demás factores que n ta forman el pre-primosoma constituyen un mecanismo de í regulación. v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 48. x Eucariotas = más genoma (DNA + proteína) .m o m e .c u t .g w w w e n oriC os n ta Ter í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 49. x .m Tres características comunes de los orígenes de o m replicación de procariontes y eucariontes e .c u t .g 1) Son segmentos de DNA singulares que contienen múltiples secuencias repetidas cortas w w 2) Estas unidades repetitivas cortas son reconocidas por proteínas w multiméricas ORC (origin recognition complex) que reconocen regiones ARS replicación e n (Autonomously Replicating Sequence) que se unen al origen para iniciar la os 3) Las orígenes de replicación suelen ser regiones ricas en AT, lo que facilita n la desnaturalización del duplex de DNA (menos energía). í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 50. x .m Eucariontes Inferiores - Secuencia de replicación autónoma de S. cerevisiae: ARS (Autonomously Replicating Sequence) o m 5´- (A/T)TTTAT(A/G)TTT(A/T) -3´ e .c u t A B1 .g B2 B3 w ARS consensus sequence (ACS) w w e n - mutaciones puntuales inhiben el inicio de la replicación - Sitio de unión del ORC (Origin Recognition Complex), 6 os proteínas que forman la maquinaria de iniciación de la replicación) n ta - cada 40 kb í - aprox. 400 orígenes de replicación en los 17 cromosomas de S. cerevisiae v is - activación sucesiva de las diferentes ARS: regulación Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 51. Xenopus Cdc6 + Cdt1 x ORC (6 proteínas) .m o m origen e .c u síntesist .g ciclinas y activación Degradación Cdk ciclinas G1 w Helicasas Mcm2-7 Ciclina E/Cdk2 >> Inhibe unión de M/G2 w Mcm2-7 (Cdc6) w S - Fosforilación Cdc6 Germinina >> secuestra Cdt1 e n P y liberación - Fosforilación ORC y P os P Mcm2-7 -Associación Cdc45 n í ta P P v is P Cdc45 P Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 52. x Control positivo de la replicación en eucariontes .m 1.- Acumulación de proteínas o m “permisivas” en el núcleo en G1: e .c - CDC-6 y CDT-1, las cuales se unen al ORC y reclutan las helicasas MCM u t - helicasas MCM se unen al DNA y .g catalizan su desenrollamiento w w 2.- Una vez que empieza la replicación w en la fase S: - CDC-6 y CDT-1 se despegan del ORC e n (por fosforilación) os - MCM progresan con el avance de la n ta horquilla de replicación í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 53. x Control negativo de la replicación en eucariontes .m o m .c • En la célula en fase M/G2 se impide la activacion del ORC, a través de ctd1 y el reclutamiento de las helicasas MCM a las nuevas cadenas de DNA. •Por tanto no se puede iniciar la replicación. t e u .g Complejo - Ciclina Cdc6, regulador w pre-replicativo positivo no fosforilado w w (Expresión alta en G1) - Ctd1 e n Helicasa Mcm2-7 os n ta • En G1, la germinina es degradada, de tal manera que el DNA de la célula í pueda responder al control positivo por las proteínas permisivas y iniciar su v is replicación Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 54. cadena en extensión, incompleta x AACCCC-5’ TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’ .m TELOMERASA Cromosoma telomero cadena molde o m .c Telomerasa con templado AACCCC-5’ 3’ ACCCCAAC 5’ de RNA t e TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’ u Elongación .g extremo 3’ por la 3’ 5’ w telomerasa AACCCC-5’ ACCCCAAC TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’ w w e n Primer RNA CCAAC AACCCC-5’ s TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’ o Adición primer RNA n ta Extensión í  DNA polimerasa cadena is retrasada por AACCCC-5’ CCCAACCCCAACCCCCAAC-5’ TTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTGGGGTTG-3’ la polimerasa v Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 55. x .m o m e .c u t .g w w w DAÑO EN EL e n DNA os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 56. x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 57. x AGENTES INDUCTORES DE DAÑO .m o m Físicos: .c •Radiación ultravioleta •Radiación ionizante u te .g •Radiación nuclear w Químicos: w •Agentes químicos w •Hidrocarburos e n os •Quimioterapéuticos n ta •Radicales libres í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 58. x Radiación ultravioleta (200-300nm) .m 1 o m .c Entrecruzamiento covalente de te pirimidinas adyacentes en la misma cadena de DNA. u Generalmente son timinas. .g w w w e n os n También se puede generar el ta “fotoproducto 6-4” í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 59. x .m Radiaciones ionizantes: Rayos X y rayos gamma. 2 o m .c Ionizan moléculas que rodean al DNA radicales libres t e u .g algunos contienen oxígeno que tienen un electrón desapareado. Son especies altamente reactivas y pueden atacar la molécula del DNA causando rupturas en una o en las dos cadenas. w w También pueden w modificar químicamente una base, guanina. e ncomo la s Generación de 8-oxo-guanina. o n Causa transversiones: GC -> TA í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 60. x .m 3 Radiación nuclear o m e .c u t .g w w w e n Enlaces covalentes O-P os n í Extremos romosta Translocaciones Cáncer v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 61. x .m 4 Modificación de bases en el DNA o m e .c u t .g w w w e n os n í ta is Las desaminaciones pueden ser espontáneas o inducidas. v Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 62. x .m Modificación de bases en el DNA: Desaminación por ácido nitroso. 4 o m e .c u t .g w w w e n os n í ta Desaminación de citosina genera uracilo Desaminación de 5-metil citosina genera timina v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 63. x .m 4 o m e .c Tipos de Daño al u t DNA. Alquilación. .g w w w e n Metilación o acetilación de las bases en los átomos (O/N) que participan en la formación de puentes de H, desestabiliza la doble s hélice de DNA y hace esa zona susceptible a mutación. o n La presencia de estas regiones dañadas puede causar detención ta de la replicación, o si ésta continúa, está sujeta a errores. í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 64. Efectos del daño al DNA x .m o m e .c u t .g w w w e n os n í ta Veamos la contraparte al daño v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 65. x Daño en el DNA .m CONCEPTO CONCEPTO NECESARIO o m CONCEPTO COMPLEMENTARIO Mutación Alteración o cambio en la información  genética (genotipo) de un ser vivo. .c Alteración Espontánea: se producen de forma e natural o normal en las poblaciones Causados por:  u t Alteración Inducida: surgen como consecuencia de la exposición a mutágenos químicos o fisicos .g • Errores durante los procesos de Cambios tautoméricos - Formas alternativas Alteraciones Espontáneas replicación, recombinación o isoméricas de las bases nitrogenadas que reparación del DNA. • Cambios químicos espontáneos w cambian el patrón de apareamiento normal. depurinación, desaminación y oxidación de Alteraciones Inducidas Causados por: w  Bases. Modificación de Bases en DNA • Agentes químicos • Agentes físicos w  (desaminantes, alquilantes) Rayos UV (dimeros de T), Ionizante (radicales Reparación del DNA célula, e n Es un proceso constante en la esencial para su libres), Nuclear (extremos romos) Mecanismos de Reparación: os supervivencia ya que protege al genoma de daños y mutaciones Directa Apareamiento NER - Reparación por Escisión de Nucleótido n dañinas. Recombinación ta VER Reparación por Escisión de Base í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 66. x .m o m e .c u t .g w w w REPARACIÓN e n DEL DNA os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 67. x Mecanismos de Reparación .m o m Glucosilasas e .c u t RnasaH, Dnapol I, Dnapol ligasa .g u.v.rABC w w RecA, RAD51 w Glucosilasas e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 68. x 1. Reparación directa: Fotorreactivación .m o m .c u te .g w Fotoliasas w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 69. x 1. Reparación directa: Fotorreactivación .m o m .c u te .g w Fotoliasas w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 70. x 2. Actividad de las Glucosilasas (BER) .m o m .c u te .g w ¿Cuál OH es? w ¿1’, 2’, 3, 5’? w Esto lo responden e n hasta los que no son “masters”. os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 71. x 3. Reparación de apareamientos erróneos (MMR) .m o m .c u te 1 .g 1. Reconocimiento de la lesión w MutSalfa: AE, ins/del (2-8) MutSbeta: ins/del (1-16) w w 2. Act. ATPasa MutSalfa libera el AE e n PCNA RPA- SSDNA 3. Discriminación de la hebra (Okazaki) os 4. Excisión y síntesis de reparación n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 72. 4. Reparación de excisión de nucleótidos x .m o m NER . cAcoplada a NER-TCR Genómica Global u te transcripción 1.Reconocimiento XPC/HR23B 2. Entrada del factor TFIIH a la .g Lesión w 3. Ensamblaje del complejo NER 4. Helicasas actúan y XPA-RPA w Interactúan con la lesión w n 5. Endonucleasas:XPG y F 6. Remoción 25-32 n 7. Liberación complejo e 8. Síntesis y ligación os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 73. x .m 5. uvrABC o m e .c Mecanismo resumido: u t 1.- UvrA se une al DNA en la región .g dañada. w 2.- UvrB/UvrC tienen actividad de w endonucleasa y corta en los lados adyacentes de la cadena liberando un w oligonucleótido de unos 12-13 nts de largo. e n una DNA polimerasa I y os 3.- La región “vacía” es rellenada por n ta 4.- Sellada por una DNA ligasa. í v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 74. x .m 6. Recombinación Homóloga o m e .c u t .g •Eucariontes •Libre de error •Fase S y G2 w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 75. x .m Intercambio de cadenas mediado por REC A O RAD51 (sistema SOS) o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 76. x .m Ruptura o m e .c u t .g w w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx
  • 77. 7. Reunión de extremos no homólogos x .m o m e .c •Mamíferos u t •Predispone al error •Fase GO/G1 .g w Exonucleasa ssDNA w w e n os n í ta v is Autor: Maestro en Ciencias Bioquímicas Genaro Matus Ortega. Asesor del grupo GUTE: www.gute.com.mx