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INTRODUCCIÓN A LA
PROTEÓMICA
CONCEPTOS, CAMBIOS DE PARADIGMAS, Y DEFINICIONES
POR: M.C. ROXANNA MARISOL LAYSECA GRESS
¿DE DONDE SURGE EL CONCEPTO DE
PROTEÍNA?
1830
1835
Primeras
enzimas
descubiertas.
¿DE DONDE SURGE EL CONCEPTO DE
PROTEÍNA?
Berzelius Mulder
Proteína : griego
proteios
𝑐400𝐻620𝑁100𝑂120𝑃1𝑆1
1838
Proceso de
fermentación
Evidencia de una
fuerza vital
Vitalismo
LÍNEA DEL TIEMPO EN DESCUBRIMIENTOS
(Braun & Gingras,
2012)
HIPÓTESIS UN GEN UNA ENZIMA
Beadle y Tatum 1941
¿Qué molécula es la
responsable del
fenotipo de un
organismo?
Mecanismos
bioquímicos básicos de
la acción de los genes
Integración de la
química con la biología
¿Por qué hoy en día esta
hipótesis no es del todo
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Cis splicing
Splicing alternativo
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¿Qué tipos de splicing
conoces?
¿Cuáles de estos no
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EL NACIMIENTO DE LA PROTEÓMICA.
¿La proteómica es una
ciencia aislada a todas
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¿Cómo defines tú el
termino proteómica?
23,000 genes y más de
500,000 proteínas en
humanos
¿Proteoma es lo mismo
que proteómica?
Marc Wilkins , 1994
El proteoma es
dinámico.
Difiere entre tipos de
células, e incluso en el
mismo tipo celular.
¿De que nos habla un
cambio en el proteoma?
EL CRECIMIENTO EN LAS BASES DE DATOS.
Un universo más grande
con respecto a las
proteínas
Desarrollo de nuevas
tecnologías para su
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Las tecnologías que
utiliza la proteómica
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¿Cómo lo
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PREPARACIÓN DE SOLUCIONES
• ¿Cuántos litros de una solución de rojo congo al 25% se deben
de añadir a 3 litros de solución de rojo de congo al 10% para
obtener una solución de rojo de congo al 15%?
SOLUCIONES PORCENTUALES
SOLUCIONES NORMALES ¿PARA QUÉ
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Cuando se necesita
controlar el pH de una
solución
N=
𝐸𝑞
𝐿
• Realiza los cálculos
para realizar una
solución de HCl al 0.2
N en 500 mL
g=(Eq)(Peq)
Peq=
𝑃𝑀
# 𝐻 ó 𝑂𝐻
∂=
𝑔
𝑉
PREPARACIÓN DE SOLUCIONES MOLARES
El número de moles de
soluto presentes en un
litro de disolución
M=
𝑛
𝐿
• Realiza los cálculos
para realizar una
solución de 𝐻3𝑃𝑂4 al
3M en 500 mL.
g= (n)(PM)
∂=
𝑔
𝑉
Cálculo de la
pureza
PREPARACIÓN DE SOLUCIONES MOLARES
• Realiza los cálculos para estimar la molaridad a la que
está el fosfato de sodio monobásico el cual se preparó
con 6.9 g del reactivo y se disolvió en 250 mL.
• Realiza los cálculos para realizar una solución al 1 M en
250 mL de NaOH
C1V1=C2V2
• C1 = concentración de la solución concentrada
• V1 = volumen necesario de la solución concentrada
• C2 = concentración diluida (solución final)
• V2 = volumen final de la solución diluida
Ambas soluciones
contienen la misma
cantidad de soluto, la
solución diluída
contiene más disolvente
• Se disponen de 10 mL de una disolución de cloruro de sodio
(NaCl) 1 mol/L. A partir de esta disolución se desea preparar
una disolución de NaCl 0,1 mol/L de concentración. Calcula el
volumen de disolución de NaCl 0,1 mol/L que se debería
obtener.
¿Cuáles son los datos
que sabes?
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  • 1. INTRODUCCIÓN A LA PROTEÓMICA CONCEPTOS, CAMBIOS DE PARADIGMAS, Y DEFINICIONES POR: M.C. ROXANNA MARISOL LAYSECA GRESS
  • 2. ¿DE DONDE SURGE EL CONCEPTO DE PROTEÍNA? 1830 1835 Primeras enzimas descubiertas.
  • 3. ¿DE DONDE SURGE EL CONCEPTO DE PROTEÍNA? Berzelius Mulder Proteína : griego proteios 𝑐400𝐻620𝑁100𝑂120𝑃1𝑆1 1838 Proceso de fermentación Evidencia de una fuerza vital Vitalismo
  • 4. LÍNEA DEL TIEMPO EN DESCUBRIMIENTOS (Braun & Gingras, 2012)
  • 5. HIPÓTESIS UN GEN UNA ENZIMA Beadle y Tatum 1941 ¿Qué molécula es la responsable del fenotipo de un organismo? Mecanismos bioquímicos básicos de la acción de los genes Integración de la química con la biología ¿Por qué hoy en día esta hipótesis no es del todo cierta?
  • 6. Cis splicing Splicing alternativo Transsplicing ¿Qué tipos de splicing conoces? ¿Cuáles de estos no concuerdan con esta hipótesis?
  • 7. EL NACIMIENTO DE LA PROTEÓMICA. ¿La proteómica es una ciencia aislada a todas las omicas? ¿Cómo defines tú el termino proteómica? 23,000 genes y más de 500,000 proteínas en humanos ¿Proteoma es lo mismo que proteómica? Marc Wilkins , 1994 El proteoma es dinámico. Difiere entre tipos de células, e incluso en el mismo tipo celular. ¿De que nos habla un cambio en el proteoma?
  • 8. EL CRECIMIENTO EN LAS BASES DE DATOS. Un universo más grande con respecto a las proteínas Desarrollo de nuevas tecnologías para su entendimiento
  • 9. Las tecnologías que utiliza la proteómica son diversas ¿Cómo lo relacionas con los microorganismo s
  • 10. Enfermedades infecciosas Compleja red de interacciones Patógeno Hospedador Necesidad de estudios multidisciplina res Proteómica Búsqueda de nuevas dianas Biomarcadores Nuevos candidatos vacunales, fármacos Miles de factores Proteómica en las enfermedades infecciosas (Quero et al., 2014)
  • 11. Campos de estudio Proteómica estructural Proteómica funcional Proteómica cuantitativa Proteómica cualitativa: 2DE y 2-DIGE Abundancia Modificaciones postraduccionales Localización celular Función Interacciones Cromatografía líquida Espectrometría de masas Proteómica de expresión (Quero et al., 2014)
  • 12. PREPARACIÓN DE SOLUCIONES • ¿Cuántos litros de una solución de rojo congo al 25% se deben de añadir a 3 litros de solución de rojo de congo al 10% para obtener una solución de rojo de congo al 15%? SOLUCIONES PORCENTUALES
  • 13. SOLUCIONES NORMALES ¿PARA QUÉ SIRVEN? Cuando se necesita controlar el pH de una solución N= 𝐸𝑞 𝐿 • Realiza los cálculos para realizar una solución de HCl al 0.2 N en 500 mL g=(Eq)(Peq) Peq= 𝑃𝑀 # 𝐻 ó 𝑂𝐻 ∂= 𝑔 𝑉
  • 14. PREPARACIÓN DE SOLUCIONES MOLARES El número de moles de soluto presentes en un litro de disolución M= 𝑛 𝐿 • Realiza los cálculos para realizar una solución de 𝐻3𝑃𝑂4 al 3M en 500 mL. g= (n)(PM) ∂= 𝑔 𝑉 Cálculo de la pureza
  • 15. PREPARACIÓN DE SOLUCIONES MOLARES • Realiza los cálculos para estimar la molaridad a la que está el fosfato de sodio monobásico el cual se preparó con 6.9 g del reactivo y se disolvió en 250 mL. • Realiza los cálculos para realizar una solución al 1 M en 250 mL de NaOH
  • 16. C1V1=C2V2 • C1 = concentración de la solución concentrada • V1 = volumen necesario de la solución concentrada • C2 = concentración diluida (solución final) • V2 = volumen final de la solución diluida Ambas soluciones contienen la misma cantidad de soluto, la solución diluída contiene más disolvente
  • 17. • Se disponen de 10 mL de una disolución de cloruro de sodio (NaCl) 1 mol/L. A partir de esta disolución se desea preparar una disolución de NaCl 0,1 mol/L de concentración. Calcula el volumen de disolución de NaCl 0,1 mol/L que se debería obtener. ¿Cuáles son los datos que sabes? ¿Qué volumen estas buscando?

Notas del editor

  1. Las actividades biológicas que actúan fuera de los organismos En 1835 se descubre la pepsina
  2. Mudler encontró una fórmula química similar entre material orgánico de plantas y animales lo que lo llevó a asumir que ese material orgánico estaba hecho de un mismo tipo de molécula. Pero no quedaba claro como se relacionaba esta sustancia con los procesos biológicos. Lous Pasteur describe los diferentes tipos de fermentación y que todas requieren células intactas y consideraba el proceso de fermentación como un proceso asociado con la vida. Esta fuerza vital era diferente a los procesos fisicoquímicos --vitalismo
  3. Ensayo Y2H La expresión de un gen informador requiere la unión de un factor de transcripción, que normalmente consta de dos dominios funcional y estructuralmente independientes: dominios de unión al ADN (DB) y de activación (AD). El dominio DB se une a la secuencia de ADN particular aguas arriba del gen informador, mientras que el dominio AD activa la expresión del gen informador. The TAP (tandem affinity purification) method is an affinity purification method for the isolation of TAP-tagged proteins along with associated proteins. The TAP tag consists of a Peptido de union a calmodulina(CPB), a tobacco etch virus (TEV) protease cleavage site, and Protein A. permits identification of proteins interacting with a particular target protein without any prior knowledge about the function, activity, or composition of the interacting proteins.
  4. También brindo herramientas para analizar rutas metabólicas y varios sistemas complejos incluyendo el sistema nervioso. Así como también mejoró el entendimiento de bases genéticas de enfermedades y sus posibles curas por manipulación química y por terapia de genes. Por que algunos genes codifican proteínas que no son enzimas. Algunos genes codifican una subunidad de una proteína, no una proteína entera. Algunos genes no codifican polipéptidos. También la existencia del splicing, la edición del RNA y el fenómeno del silenciamiento por medio de los RNA
  5. El cis splicing es un mecanismo intramolecular que remueve los intrones y une los exones que son del mismo transcrito de RNA.
  6. El proteoma se define como el total de proteínas que se codifican por el genoma de un organismo. La proteómica es la ciencia que describe las características del proteoma de un organismo, así como también es el entendimiento de la estructura, función e interacciones del contenido completo protéico de un organismo. ¿Por qué en el mismo tipo celular? Por el diferente estado de desarrollo o actividad en el que se encuentran las células. Un cambio en el proteoma es el reflejo de actividad diferencial de los genes dependientes del tipo de célula para expresar la proteína necesaria para una función en particular
  7. En este caso la densidad es de 1.85 y es ácido fosfórico.
  8. Deben encontrar volumen 2 y la respuesta final son 100 mL