Este documento explica los pasos para construir un árbol filogenético comparando las secuencias genéticas de tres especies: la ballena, el cerdo y la foca. Primero se buscan las secuencias del gen ARNr 16S de la mitocondria de cada especie en una base de datos genómica. Luego, estas secuencias se cargan en un sitio web de filogenia para comparar los nucleótidos y generar automáticamente un árbol filogenético que muestre cómo están emparentadas las tres especies.

1. CONSTRUCCIÓN DE
ÁRBOLES FILOGENÉTICOS

2. Vamos a construir un árbol filogenético con tres
especies diferentes, lo primero que hay que
hacer es conocer el nombre científico de éstas
(por lo menos el género):
• Ballena  Balaenoptera acutorostrata
• Cerdo  Sus scrofa
• Foca  Halichoerus grypus
Construcción de árboles filogenéticos
género
nombre
específico

3. Construcción de árboles filogenéticos
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
En esta página web vamos a buscar la secuencia
genética de las tres especies para poder
compararlas.

4. Construcción de árboles filogenéticos
En la pestaña que pone “All Databases”, poner
“Nucleotide”, ya que lo que vamos a comparar van a
ser secuencias de nucleótidos.

5. Construcción de árboles filogenéticos
Escribir:
Nombre de la especie [GROUP] AND MITOCHONDRION [TITL]
En el ejemplo:
BALAENOPTERA ACUTOROSTRATA [GROUP] AND
MITOCHONDRION [TITL]

6. Construcción de árboles filogenéticos
Se pone “MITOCHONDRION”
porque el genoma que vamos a
comparar va a ser el de la
mitocondria.
Las mitocondrias tienen su propio ADN y su
propio aparato de síntesis proteica que incluye
ribosomas, ARNt y ARNm. Los ribosomas
mitocondriales de las células animales
contienen dos tipos de ARN ribosómico, el
12S y el 16S.

7. Construcción de árboles filogenéticos
Dar a “Search”.

8. Construcción de árboles filogenéticos
Salen todos los resultados, en este caso, del
género Balaenoptera. Hay que escoger uno que
tenga la secuencia entera: “complete genome”.
Vamos a trabajar con la secuencia de
Balaenoptera acutorostrata.

9. Construcción de árboles filogenéticos
De todas las secuencias de ADN que salen, vamos
a coger la que codifica para el ARNr 16S.
Le damos a esta opción y nos aparece la
secuencia de nucleótidos del ADN.

10. Construcción de árboles filogenéticos
Hay que darle a “FASTA”, para pasar la secuencia
a un formato informático determinado.

11. Construcción de árboles filogenéticos
Copiamos la secuencia.

12. Construcción de árboles filogenéticos
www.phylogeny.fr
Esta es la página que nos va a permitir construir los
árboles filogenéticos.
En “Phylogeny Analysis” seleccionamos “Advanced”.
www.phylogeny.fr

13. Construcción de árboles filogenéticos
Quitamos la selección
del segundo proceso,
y marcamos “step by
step”.
Una vez hecho, le
damos a “Create
workflow”.

14. Construcción de árboles filogenéticos
Pegamos la secuencia de nucleótidos que
habíamos copiado ya antes en el formato FASTA.

15. Construcción de árboles filogenéticos
Se realiza el mismo proceso con el resto de
especies, en este caso con el cerdo (Sus scrofa) y
la foca (Halichoerus grypus). Se copia la
secuencia, también del 16S (todo igual) y se pega
justo en la siguiente línea.

16. Construcción de árboles filogenéticos
Una vez tenemos ya todas las secuencias
pegadas, le damos a “Submit”.

17. Construcción de árboles filogenéticos
En este paso vemos que compara los nucleótidos de
las tres especies. Los fragmentos en los que los tres
genomas coinciden aparecen en azul, en los que
coinciden dos en gris, y los que no coinciden en
blanco.

18. Construcción de árboles filogenéticos
Abajo del todo, darle a “Next step” y en la página
que sale, darle a “Submit” (también aparece en la
parte de abajo).
En la siguiente página nos sale ya el árbol
filogenético construido.
¿Qué especies están más emparentadas?
Haz el mismo procedimiento con 3 animales
que quieras y averigua sus parentescos
evolutivos.
Cuando tengas las respuestas de los dos
ejemplos no olvides mandármelas al correo.

19. Construcción de árboles filogenéticos