La magnetoterapia no se recomienda durante el embarazo, la menstruación (excepto fuera del área de la pelvis), o para pacientes con marcapasos, audífonos u otros dispositivos electrónicos. Tampoco se recomienda para pacientes con tumores recientemente diagnosticados o tratados, enfermedades neurológicas paroxísticas como la epilepsia, diabetes infantil no compensada, hemorragias, enfermedades infecciosas como la tuberculosis aguda, o durante tratamientos con rayos X.