La magnetoterapia no se recomienda durante el embarazo, la menstruación (excepto fuera del área de la pelvis), o para pacientes con marcapasos, audífonos u otros dispositivos electrónicos. Tampoco se recomienda para pacientes con tumores recientemente operados o tratados con quimioterapia, o con enfermedades neurológicas paroxísticas como la epilepsia, salvo indicación médica. Siempre se requiere supervisión y recomendación médica antes de la magnetoterapia.